随着洪承畴的援军抵达乌鲁木齐，茅元仪也由阵地坚守转为逐层後撤，科普吕律认为排湾军不敌，便下令全军进击，茅元仪在进入石河子後，便利用洪承畴华中军构筑的工事，进行防御，而洪承畴则编成两个侧翼打击兵团，一路向西迂回，夺回博尔塔拉、伊犁再进击塔城，一路向东大迂回绕过土耳其军後方，夺取克拉玛依，洪承畴在两陆大军出发三日後，命令茅元仪佯装不敌，再由石河子逐次退入乌鲁木齐。
土耳其军进入石河子地区军心大振，科普吕律则打算继续追击排湾军，但有些久经战阵的部将们，发现大军已由新疆边境，深入数百里，便开始有些怀疑排湾军是否真的如此不堪一击，或是排湾军打算诱其深入，而恰巧此时塔城方面传来消息，阿富汗方面的补给迟迟未运送前来，无法对石河子方面进行补给，於是土耳其将领建议科普吕律後撤回塔城地区，避免被排湾军断了补给，而科普吕律则被胜利的喜悦冲昏了头，他告诉诸将，排湾军已被他打的站不起来，如何能实施长途迂回作战去断了千里之外的阿富汗补给点，又为何不选择去夺取塔城？因此，他认为补给线太过绵长，运输部队或许在路上耽搁了，几天之後便能送达，要诸将安心，阿拉真主将庇佑土军此战告捷。
科普吕律也不管诸将的劝告，在石河子稍做整补，便又向乌鲁木齐进犯，只是大军进到昌吉地区便遭遇到排湾军猛烈攻击，连续三日强攻，却连一条战壕的防线也夺不下来，土耳其军损伤惨重，这时克拉玛依方面传来战情，称塔城与博尔塔拉、伊犁三处均被排湾军夺回，如今克拉玛依已成孤城，三处敌军又转南攻击，连石河子地区大军也深陷重围。
