接着，伯忆便被蚩尤所擒，蚩尤当着众多将领面，将伯忆生生的撕碎。
蚩尤本身就生性残暴好战，他的八十一个兄弟，都是能说人话的野兽，一个个铜头铁额，用石头铁块当饭吃。
并且蚩尤在庐山脚下发现了铜矿，他们把这些铜制成了剑、矛、戟、盾等兵器，军威大振，便起野心。蚩尤联合了风伯、雨师和夸父部族的人，气势汹汹地来向黄帝挑战。
黄帝看着自己的子民一直处于战火之中，不想战伐，一直想劝蚩尤休战。可是蚩尤不听劝告，黄帝不得已，叹息道：“我若失去了天下，蚩尤掌管了天下，我的臣民就要受苦了。我若姑息蚩尤，那就是养虎为患了。现在他不行仁义，一味侵犯，我只有惩罚不义！”于是黄帝亲自带兵出征，与蚩尤对阵。
黄帝先派大将应龙出战。应龙能飞，能从口中喷水，它一上阵，就飞上天空，居高临下地向蚩尤阵中喷水。刹那间，大水汹涌，波涛直向蚩尤冲去。蚩尤忙命风伯雨师上阵。风伯和雨师，一个刮起满天狂风，一个把应龙喷的水收集起来，反过来两人又施出神威，刮风下雨，把狂风暴雨向黄帝阵中打去。应龙只会喷水，不会收水，结果，黄帝大败而归。
不久，黄帝重整军队，重振军威，再次与蚩尤对阵。黄帝一马当先，领兵冲入蚩尤阵中。蚩尤这次施展法术，喷烟吐雾，把黄帝和他的军队团团罩住。黄帝的军队辨不清方向，看不清敌人，被围困在烟雾中，杀不出重围。
就在这危急关头，黄帝灵机一动，猛然抬头看到了天上的北斗星，斗柄转动而斗头始终不动，他便根据这个原理发明了指南车，认定了一个方向，黄帝这才带领军队冲出了重围。
这样，黄帝和蚩尤一来二去打了七十一仗，结果是黄帝胜少败多，黄帝心中非常焦虑不安。这一天，黄帝苦苦思索打败蚩尤的方法，不知不觉昏然睡去，梦见九天玄女交给他一部兵书，说：“带回去把兵符熟记在心，战必克敌！”，说罢，飘然而去。黄帝醒后，发现手中果真有一本《阳符经》。
打开一看，只见上面画着几个象形文字“天一在前，太乙在后。”黄帝顿然悟解，于是按照玄女兵法设九阵，置八门，阵内布置三奇六仪，制阴阳二遁，演习变化，成为一千八百阵，名叫“天一遁甲”阵。黄帝演练熟悉，重新率兵与蚩尤决战。
为了振奋军威，黄帝决定用军鼓来鼓舞士气。他打听到东海中有一座流波山，山上住着一头慢兽，叫“夔”，它吼叫的声音就像打雷一样。黄帝派人把夔捉来，把它的皮剥下来做鼓面，声音震天响。黄帝又派人将雷泽中的雷兽捉来，从它身上抽出一根最大的骨头当鼓槌。传说这夔牛鼓一敲，能震响五百里，连敲几下，能连震三千八百里。黄帝又用牛皮做了八十面鼓，使得军威大振。
为了彻底打败蚩尤，黄帝特意召来女儿女魃助战。女魃是个旱神，专会收云息雨。平时住在遥远的昆仑山上。
黄帝布好阵容，再次跟蚩尤决战。两军对阵，黄帝下令擂起战鼓，那八十面牛皮鼓和夔牛皮鼓一响，声音震天动地。黄帝的兵听到鼓声勇气倍增；蚩尤的兵听见鼓声丧魂失魄。蚩尤看见自己要败，便和他的八十一个兄弟施起神威，凶悍勇猛地杀上前来。两军杀在一起，直杀得山摇地动，日抖星坠，难解难分。
黄帝见蚩尤确实不好对付，就令应龙喷水。应龙张开巨口，江河般的水流从上至下喷射而出，蚩尤没有防备，被冲了个人仰马翻。他也急令风伯雨师掀起狂风暴雨向黄帝阵中打去，只见地面上洪水暴涨，波浪滔天，情况很紧急。
这时，女魃上阵了，她施起神施，刹那间从她身上放射出滚滚的热浪，她走到哪里，哪里就风停雨消，烈日当头。风伯和雨师无计可施，慌忙败走了。黄帝率军追上前去，大杀一阵，蚩尤大败而逃。
蚩尤的头跟铜铸的一样硬，以铁石为饭，还能在空中飞行，在悬崖峭壁上如走平地，黄帝怎么也捉不住他。追到冀州中部时，黄帝灵感突现，命人把夔牛皮鼓使劲连擂九下，这一下，蚩尤顿时魂丧魄散，不能行走，被黄帝捉住了。黄帝命人给蚩尤戴上五方之金所铸之枷锁，便将蚩尤给杀了。害怕他死后还作怪，便把他的身和首埋在了两个地方。蚩尤死之后，他身上的枷栲才被取下来抛掷在荒山上，变成了一片枫树林，那每一片枫叶，都是蚩尤枷栲上的斑斑血迹。
黄帝打败蚩尤后，诸侯都尊奉他为天子，这就是轩辕（黄帝的名字）黄帝。轩辕黄帝带领百姓，开垦农田，定居中原，奠定了华夏民族的根基。
