十一年前一场可怕的火灾带走了爱丽丝的家人，只留下脑中满是精神创伤的她。之后她被送进拉特利奇疯人院（Rutledge Asylum），在那里进一步陷入她幻想中的仙境世界（Wonderland），同时挣扎着去面对自己内心的恶魔。经过十年后，她终于获得释放，但仍背负着那个悲剧事件沉重的心理负担。
她的记忆支离破碎，无法解决那些奇怪的回忆、梦境、和幻觉促生的恐惧。认为在仙境中她也许能改善这一切，于是爱丽丝返回那个地方，寻求现实世界（the “real“ world）所不能提供的：安全感、慰藉、以及有关过去的真相。但在她离开的时间里，奇境也发生了变化，有些事变得非常糟糕，而一支邪恶势力降临在了她一度美丽的避难所。爱丽丝需要从烧毁两者的疯狂中解救仙境世界——以及她自己。
爱丽丝在一名精神病医生的看护下离开了拉特利奇疯人院回到伦敦，但父母双亡的噩梦一直困扰着她，加上生活地点的改变，爱丽丝一直处在极度不稳定的精神状况下。陷入黑暗和疯狂中的爱丽丝，前去接受医生的心理治疗，但并没有明显效果，噩梦仍伴随着她。爱丽丝遇到原所在医院的护士老婆婆告诉爱丽丝她残存的记忆片断是真实的。之后爱丽丝掉入了仙境世界，在解救幻想世界的同时，寻找自己过去的记忆碎片。游戏前半部分爱丽丝会依靠手中的刀子过关斩将，会说话的柴郡猫、女公爵等那些童话里的老朋友都会在游戏中再度出现，比如柴郡猫会在爱丽丝的旅途中指引爱丽丝前进。而随着游戏的进行，爱丽丝可以获得其他的武器甚至是魔法，其中有充满魔力的法杖、魔鬼的骰子、狂怒箱子等等。
