站在张温身边的孙坚见董卓如此无礼，当时就对张温耳语道：“董卓狂妄至极，大言不惭，应当以召见不按时赶到的罪名，绳以军法，处以斩首。”
但张温说：“董卓在陇西、蜀郡之间一向威名显赫，现在杀了他，我们西边就没有依靠了。”
孙坚劝道：“您亲率天子的大军，威震天下，何须依靠董卓？我看董卓说的话，对您毫无礼貌，轻上无礼，这是他的第一条罪状；边章、韩遂飞扬跋扈长达一年，应当抓住时机出兵讨伐，董卓却说不能出兵。延误战机，蛊惑人心，这是他的第二条罪状；董卓受职无功，上司召见，他居然迟迟不来，而且态度十分傲慢，这是他的第三条罪状。古代的名将，手持斧钺莅临军队，没有不通过诛杀悍将立威的，这就是穰苴斩庄贾，魏绛杀杨干的道理，如果将军留着董卓这样的人，不马上加以严惩，那么再严历的军法也会遭到破坏。”
但张温还是不忍心对董卓采取行动，就说：“你暂且回去吧，否则董卓会产生疑心的。”
孙坚只得起身离开。董卓得以生还。
经过此事，董卓和张温就结了仇。
而在当时，张温大军压境，边章、韩遂损耗较大，军心浮动，边章、韩遂就假意乞求投降。（注：这是《三国志孙坚传》的记载，但《后汉书董卓传》中并没注明边章、韩遂有投降一事。）
东汉大军返回，负责评议的朝廷官员认为大军没有同敌人交锋，不能够论功行赏，然而听说孙坚敢于历数董卓三条罪状，劝说张温杀了他，没有人不赞叹感慨的。但是朝廷还是只授任孙坚为议郎，谁叫他朝廷无人呢。
董卓数次抗上，朝廷还是极为不满的，对这类不听话的官员，夺回兵权是必须的。所以，不久朝廷征其为少府(为九卿之一，掌管皇室财政)，没想到董卓是个异类，以他发达的大脑，早弄明白了一件事：没有“枪杆子”，他只能任人宰割。
所以要他放弃兵权，那是白日做梦！
但董卓知道表面文章还是要做一下的，于是上书朝廷：“臣所带之湟中旧部，都对臣说：粮饷不齐，朝廷颁发的东西也都断绝，老婆孩子挨饿受冻，都拉着臣的车子，使臣不能上路，这些羌胡人个个狼心狗肺，臣只好斗胆违背旨意，顺应他们的要求进行安抚，有别的情况再行上奏。”（注引《灵帝纪》）
奏折上达朝廷后，朝中大臣对这位不服管教的董大将军是很不放心，等到灵帝得病，又用玺印诏书任命董卓为并州牧，封斄乡侯。要求将其所带兵交给皇甫嵩。
要说朝廷这次任命还是很费了一番心思，并州牧及是一方诸候，一般情况下，除了具备皇室血统的重臣，其他人恐怕只能羡慕、忌妒、恨了。
没想到董卓又上书说：“臣即无深谋远虑，又无壮举，承皇上错爱，使臣掌管兵马十年，和部下士卒都建立了很深的感情，他们也留恋臣，愿意为臣效力，请允许臣继续带兵效力边疆。”并不等回复自行驻兵河东，以观时变，实际上已不完全受朝廷节制。
董卓敢跟朝廷叫板可不是意气用事，他早摸准了朝廷的软肋，外有强敌，内有黄巾余部，谁也不能把他怎么样。
朝廷没招了，更让人忧心的是韩遂又来了，而年纪轻轻的大汉天子却不行了。
189年5月，汉灵帝油尽灯枯，与世长辞。
灵帝死后不久，劝不动太后的何进发来了召他进京的密令。并要他上书朝廷进京的目的是“清君侧之恶”的。董卓等来了机会，但他没想到，自已还没到，何进先死了。
