中平元年，农民生活已极为困顿，传播“太平善道”的道士张角假托神灵，很得广大农民信任。张角自称“黄天泰平”，与他分布各地的信徒在同一日里一同起兵造反，各地纷纷响应，焚烧郡县官府，杀害地方官员。
曹操则在此时被朝廷任为骑都尉，跟随皇甫嵩讨伐颍川的黄巾军。骑都尉是二千石的官，所以，这是曹操很重要的一次晋升。
曹操也很珍惜这次机会，在与黄巾军的战斗中，曹操作战勇敢，配合皇甫嵩多次打败黄巾军，因功升为济南国相（东汉国相和郡太守职务相当，而且是诸侯王国中真正的统治者）。
曹操到任后，发现当地贪腐横行，地主豪强借祭奠西汉的城阳王刘章之机，大肆淫祀之风，而且和官员利用祭奠的机会，搜刮民脂民膏，造成了很坏的影响。
曹操可不是那些只知道碌碌无为，平稳度日的普通官僚，为了整肃风纪，大展宏图，曹操先是上奏朝廷罢除了八个贪赃受贿、声名狼藉的县官，又禁绝奢侈的祭祀活动，一定时间内郡国内秩序较为安定。但曹操很快发现，他做的这两件事太过冲动，损害了很多人的利益，很可能威胁到他的安全，他只是愤青，绝不是愣头青，不论是地方豪强，还是可能与京官勾结的地方官吏，在世风日下的环境下，曹操都不想结仇太深。
为免引起家祸，曹操决定上书朝廷提出辞去济南相，要求留在京城做宫禁保卫。
等到的诏书是调任东郡太守，东郡太守和济南相职位相当，是一次平调，显然朝廷并没有调他进京的意思。
曹操想等更好的机会，再次上书朝廷，以有病为由辞任东郡太守之职。
但曹操怎么也不会想到，几年之后，为了获得东郡太守之位，他几乎拼尽了全力。此是后话。（注：所有史籍都没有说明曹操为何辞任东郡太守，我认为曹操是因为时局混乱，不愿就任。）
就在曹操认为朝廷会放他回家的时候，等来了朝廷的回复：再任议郎。曹操再不是之前不知天高地厚的浑小子，他已经三十岁了，对这种取悦天子的闲职毫无兴趣，干脆以有病无法赴任为由自行回家，大汉朝托病回乡的事很多，一般情况下，朝廷也不会追究。
回家后，回归草民身份的曹操在城门外筑了一间精致的小屋，闭门读书，闲暇时以狩猎自娱。好在他父亲在官场还算得意，只要他不再闹出动静，对其家族也不会有什么影响。
这样过了一年半载，曹操三十二岁时又被征为都尉，虽说职位略低于太守，但都尉是武官，有兵权，曹操没有再推辞，欣然上任。
曹操在都尉任上默默无闻地干了二年，一天，一位地位显赫的刺史带领一帮人主动找上了门。
找他的是冀州刺史王芬、南阳人许攸、沛国人周旌，劝他一起联络地方豪强，废掉汉灵帝，另立合肥王为帝。
这真不是一种小事，这些人找他估计也是看到曹操得罪人多，仕途不顺利，实际上，近三年，曹操几乎被人遗忘，但经过十多年的风风雨雨，曹操早以今非昔比，再也不是当年的愤青和刺头，对时局有自已独到的看法。
曹操断然拒绝了王芬等人的请求，并劝道：“废立皇帝，实在是冒天下之大不韪，如商朝的伊尹贵为宰相，地位极高，而霍光承托国重任，位极人臣，又有太后和同僚相帮，另外昌邑王继位时间短，没有位高权重的人做帮手。所以他们能够得手。你们只看见他们成功，而没有想到现在的难处，我看很危险！”
曹操的话王芬等人也没听进去。
不久，王芬的阴谋败露而自杀。
也许王芬的事对汉灵帝产生了影响，也许大舅子何进的权太大，令灵帝不安，也许各地蜂起云涌的反叛令灵帝害怕，总之为了更好地掌握军队，保卫京师，汉灵帝下令设置了西园八校尉，而曹操被任命为典军校尉。八校尉之首则是宦官蹇硕（就是被曹操杀了叔叔的蹇硕）。
当然曹操怎么也没想到这次转任校尉，竟成为最无作为，最为凶险的一次赴任。
