董卓死后，作为诛杀****的首要功臣，王允得以总理朝政，录尚书事，王允也表奏天子任吕布为奋威将军，仪仗与三司相同，并进封为温候，与之共同执掌朝政。
大权在握的王允态度开始发生改变，他原先惧怕董卓，故屈身降志，委曲承奉，杀卓之后，以为再无患难，就有点居功自傲。
当然他也有骄傲的资本，生杀予夺基本由他一个人说了算，董大人脾气大，王大人的脾气好像也不小。
蔡邕本是当世大儒，虽迫于压力，委身于董卓，但并没有帮董卓做什么坏事，有一次蔡邕到王允家里作客，说起董卓的时候，想起了董卓的知遇之恩，不知不觉叹息了几声。
王允很不高兴，当场变了脸色，勃然大怒，骂道:“董卓，国家大贼，几乎覆灭我朝，你身为臣子，应和大家一样感到愤怒，只是因为他对你好，你竟然把大节也丢了，不知道朝廷正惩处所有有罪之人吗！你在这里悲伤、哀痛，难道不是与他通同叛逆?”
蔡邕也意识到自已有点失态，马上谢罪，但王允不依不饶，还是逮捕了蔡邕，交廷尉审讯。
狱中，蔡邕承认有罪，请求黥首断脚，饶一条命，使他能继续修成汉史。
蔡邕的名气很大，不少士大夫怜悯他，求王允放过蔡邕，但王允就是不松口。连太尉马日蝉都专程前往王允住处，替蔡邕说情：“伯昭(蔡邕字)是难得的旷世奇才，学问渊博，见多识广，特别是对本朝故事了解颇多，应当给他机会，让他继续写成史书；况且伯昭以忠孝闻名于士大夫之中，现在以莫须有之名给他判罪，恐怕有失众望，不服人心吧!”
王允反驳道：“从前汉武帝不杀司马迁，使他写谤书，流传后世。现在国家的命运中衰，皇位不稳固，不能让谄媚的人在幼主左右执笔。对皇上没有好处，我们这些人也会受到他的攻击。”
马日蝉无奈，只得退出，遇到同僚后，不由得感慨地说：“王允这种作法恐怕不行吧!善待人才，这是一个国家得以维持和发展的命脉，而让国家经典得以流传，则是重视国家制度和创作的保障。如今，像王允这样不重视贤才，切断国家的命脉，阻碍国家经典的流传，难道能维持久远吗？”大家听后，都不停叹息。
蔡邕最后冤死狱中。之后，文武百官和士大夫对蔡邕的死议论纷纷，王允听闻这些议论后，这才后悔处置有些过份。
蔡邕死时六十一岁。很多士大夫和儒生为他屈死流泪。兖州、陈留间甚至有人画着蔡邕的像纪念他，可见蔡邕影响之深远。
蔡邕能有如此巨大的影响，不仅因为他博学多才，还因为他极讲孝道，是天下士林学习的楷模。
蔡邕年轻时，母亲就卧病在床，不能起身。在母亲卧病三年期间，不论盛夏严冬、气候变化，蔡邕没有解开过衣带，母亲病重的时候，他一直不睡觉，足足守了七十天。母亲死后，他在墓旁盖一间房子住下守着，一动一静，都遵守当时的礼制。这些都不是一般人能装出来的。
蔡邕除了以孝名动天下外，本人也极爱学习，少年时就博学多才，文学、数术、天文，音乐无一不精。熹平四年(175年)，蔡邕在其他人帮助下修订《六经》被汉灵帝正式颁定为标准经文，供所有儒生学习，蔡邕用红笔亲自写在碑上，使工人刻好立于太学门外。碑新立时，来观看及摹写的，一天之内，车子就有近千辆，街道也随之堵塞。
蔡邕的死令很多朝中大臣对王允大感失望。
人死不能复生，如果说王允杀蔡邕，只是措施失当的话，那么对董卓旧部的处理，则是王允最后走向灭亡的最重要和最直接的原因。
董卓的嫡系部队是凉州兵，战斗力强，董卓死后，如何处置凉州兵，是王允眼下最需要考虑的大事。
在怎样处置董卓旧部的问题上王允态度模糊，有些摇摆，他企图削夺凉州兵将领的兵权，取缔全部凉州兵，并且计划利用关东兵去控制他们。
他手上最主要的力量是吕布，吕布和王允是一根绳上的蚂蚱，但吕布在董卓身边常常扮演的是看家护院的角色，董卓手上的主力都掌握在自已的女婿牛辅等人手中。忠于吕布的兵马并不多。董卓死后，京城内的一些部队投靠了王允、吕布等人，力量有所增强，但与董卓部署在外面的部队相比，明显有差距。
王允和吕布第一个想到的就是董卓的女婿牛辅，牛辅统领董卓的主力单独驻扎在S县今HNSMX市杀死董卓后不久，吕布立刻派李肃到陕，打算用皇帝诏书的命令杀掉牛辅。
当时，牛辅正分别派遣校尉李傕、郭汜、张济攻夺陈留、颖川各县。听说董卓被杀的消息后，牛辅就开始戒备，李肃只能当众宣读诏书，但牛辅根本不予理会，率众攻打李肃，结果李肃战败，逃到弘农郡（今HN灵宝北）。
李肃的失败让吕布很生气，虽说是同郡人，又在诛杀董卓时出力不少，但吕布仍怪其无能，将其处死。
牛辅打了胜仗，本是好事，但皇帝以诏命杀他这件事，令牛辅很担心，他害怕有人利用这件事暗害自已，于是整天手握兵符令箭，把兵器放在身边，借此给自已壮胆，每次会见部下及宾客，他都先让相面先生看一下来人，观察一下来人脸上是否有反气。
有一天中郎将董越前来见牛辅，牛辅让人卜算吉凶，结果得到了一个《周易》上的《睽》卦，卜算的人说，火克金，是外面的人企图对里面的人有所行动的卦，牛辅听后立即杀了董越（《魏书》）。
不久，牛辅军营里面有士兵趁夜间叛逃，军营之中一时骚乱不安，神经过敏的牛辅以为全营的士兵都背叛了他，就取出自已的金银财宝，和一向关系很好的月支胡人赤儿等五六人一起翻出城墙，北渡黄河。
没想到赤儿等人见牛辅所带财物很多，就起了杀人越货之心，于是抢劫了他的财物并把牛辅的头砍下来送到了长安请赏。
朝廷就这样莫明其料地灭掉了心腹大患。
事情远没有结束，李傕等人回来后，得知牛辅被杀，大军顿时成了没人认养的孩子，心灰意冷之下，本打算各自分散回家。
偏朝廷迟迟没有发布赦免董卓旧部的文书，又开始流传要杀死所有凉州人的谣言。令李傕等人极为恐慌。
这时牛辅营中有个讨虏校尉叫贾诩的，是涼州武威人，是个深藏不露的历害角色，在李傕等人彷徨不安的时候，站出来说道：“听说长安城中的人议论说想要杀尽凉州人，而各位丢下部属单独出逃，就是一个亭长也能把你们捆绑起来。不如带领部属往西去，在经过的地方招募士兵，来攻打长安，为董公报仇，如果有幸把事情办成，就可以以朝廷之威来征服天下，如果不能成功，再逃跑也不晚。”这几句话有如醍醐灌顶，李傕等人一下子就清醒了。
李傕立即带领部众向西进军，所到之处收容了不少逃亡的士兵，实力大增。
王允得到消息，立派胡轸、徐荣在新丰迎击，结果徐荣战死，胡轸带兵投降。
王允没想到凉州兵如此之强，就派两个凉州官员胡文才、杨整修，去安抚李傕等人，但王允平时因董卓的关系，对凉州人是极讨厌的，可想而知，这两个凉州的官吏是被冷落的对象，而且王允并没看清事态的严重性，只是叫二人传话：朝廷没有诛尽凉州兵之意，李傕、郭汜你们二人，带兵进京，意欲何为？
结果是，胡、杨二人并没有帮王允说话，而是毫不客气地把那些叛军带到了长安。
大军赶到长安时，已有十几万人。在趋往京城的路上，又和董卓原来的部下樊稠、李蒙、王方等人合兵一处，兵力更盛，很快包围了长安城。
长安城内守军不多，但城墙高陡，李傕等人一时也无法攻破，围城八天之后，（《三国志》记载为十天，但过程极为简略）城内的蜀兵突然叛变，打开大门接应李催大军进城，王允的防线彻底崩溃。
吕布的军队守在城北与攻打城北的郭汜对峙，听说城门已破，吕布知道守不住，遂打开城门，上前对郭汜说：“不如我们两人都退兵，你我二人来场决斗，将军敢吗？”
郭汜胜券在握，不想在部下面前示弱，于是出列和吕布较量，几个回合之后，郭汜就被吕布以矛刺中，郭汜的随从见势不妙，立即冲上去把郭汜救了回去，他们可不管什么狗屁约定，马上一拥而上，吕布兵少，只能败走。（《英雄记》）
走之前，吕布想邀王允一起逃走，但王允拒绝了，断然道：“我最大的愿望是安定国家，如果做不到，那就有死而已。”吕布只得带队只身离开。
李傕、郭汜杀入长安城后，杀了太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀。吏民死者不可胜数。王允和皇帝只能跑到宣平城楼躲避叛军，李、郭大军很快包围了城楼。
李傕、郭汜看到皇帝后，还是按臣子的礼节于城门下拜，并伏地叩头，此时献帝已有些年岁，就指责道：“你们攻入京城，想做什么？”李傕道：“董卓忠于陛下，而无故为吕布所杀，臣等为董卓报仇，不敢作叛逆之事，如果臣等大仇得报，愿到廷尉那里领罪。”李傕、郭汜的部下则不停叫嚷着交出王允，不肯离去。
王允无法，知道躲不过去，为免天子受累，只得在李傕、郭汜等人的逼迫下，出来见李傕，被李傕当场杀死，并被暴尸街市。同时被杀的还有王允的宗族十余人。（张番《汉纪》中）
就这样，在董卓死后不到六十天，长安城就易了主。李傕、郭汜将参与谋杀董卓的人全部处死，又找到董卓遗骸，派人埋葬于郧，不料几天之内，狂风、暴雨不停，大水流进墓坑，把董卓的棺材又冲了出来，也许上天也不愿意董卓安息吧。（语出《三国志》）
掌控朝政后，李傕等人马上逼着天子给自已封官。李傕担任车骑将军、池阳侯，兼任司隶校尉、授给符节；郭汜担任后将军、美阳侯；樊稠担任右将军、万年侯。李傕、郭汜、樊稠三人总揽朝政。
张济担任骠骑将军、平阳侯，驻扎在弘农。
李傕本想给贾诩封候，没想到贾诩坚决推辞，说：“我不过是救命之计，哪有什么功劳!”李傕只得作罢，改任贾诩为尚书典选。
