上古时代，天地一片混沌，盘古大神用开天斧将这一片混沌一辟为二。于是，轻而清的气上升成为天，重而浊的气下降成为地，宇宙有了天地之分，原本漆黑一片的混沌空间瞬间有了生气。盘古将自己的肉身化作山川、草木、虫鱼、鸟兽，又分出天、地、人三界，分别设立神、人、魔管理三界。其中神界至高无上，人界次之，魔界居下，三界相生相克，永世不灭。
盘古为维护三界稳定，用自己的灵力幻化出四大上古天神：女娲、伏羲、幽冥、混沌。天界至尊女娲掌管人间，抟土造人是为人类之母；伏羲氏善医术，于三界中救治各种飞禽走兽，护三界生灵；掌管魔界的幽冥神专司六道轮回；还有恶灵神混沌收纳三界一切污浊气象，护三界清明。四大天神各司其职，相依相护，在盘古死后的数百万年间都将三界治理地井井有条。但天道轮回，劫数天定，早在盘古坐化之时便曾预言，八百万年后，三界将经历一场劫难，能否顺利度过此劫要看天地造化。果然，八百万年后的天界便发生了一场浩劫。
恶灵神混沌于三界间行走，收纳三界一切污秽之气。人世间的贪、嗔、痴，魔界的邪、恶、毒所化的浊气都靠他元神中的正气压制转化，数百万年间，他体内的正邪两气此消彼长，在吸聚了无数污浊之气后，元神难免受到侵扰，心中一股邪气也渐渐滋生起来。终于，偶有一次吸入过量的浊气后，混沌的元神失控，以致正气无法压制邪气，神身为邪气所侵沦为邪神。成为邪神后的混沌妄图称霸三界，他积聚天地之间的邪恶力量，与当时的天帝抗衡。在一场血雨腥风的三界大战中，盘古大神座下的四大神兽青龙、白虎、朱雀、玄武拼死保卫天帝，灵兽朱雀为护佑天尊，身负重伤，体内的护身内丹在打斗中遗落。
上古神兽本是万古不朽之身，就算身形俱毁，灵魂犹在，依靠内丹便可复活。但朱雀因为失了内丹，无法复活，又因为神籍犹在也无法入六道轮回。所幸女娲大神感念朱雀的护主之功，遂将其意念之灵收入一颗玉石中。此石集日月精华，法力无边，因此保得朱雀的意念之灵历万世不灭。众神齐力打退混沌平定三界之乱后，女娲大神将此玉石化作一位少女，取名丹珠。又许她于天地人三界中历三界九劫寻觅失落的内丹，内丹寻回之日她便可再回神界。
所谓三界九劫，便是天界、地界、人界。九劫，便是雷电劫、木石劫、天水劫、烈火劫、孤苦劫、诛心劫、无情劫、生死劫、执念劫。每入一界，轮回三世，历经三劫，三劫圆满便入下一界轮回，故此称为九劫。由于当年的天界恶战，朱雀的意念之灵无意间吸收了三界的邪念，因此作为玉石化身的丹珠，每一世都易受邪念侵扰，一旦她神性不稳，就会像当年的恶灵神混沌一样沦为邪神。因此，她的每一世轮回中，都有随她转世的护灵神物一件，这既是护身之物，又有提示作用。只有当她消除邪念一心向善之时，神物方能给予提示，助她寻找内丹。
少女丹珠于三界中轮回，历经九劫，只为寻回内丹重回神界……
