皇甫敷率领几千人迎战刘裕，宁远将军檀凭之阵亡。刘裕骁勇善战，势如破竹。皇甫敷的士兵把刘裕围住，围得水泄不通，刘裕背靠一棵大树继续战斗。
皇甫敷说：“你打算怎么死？”拔出长戟准备刺他，刘裕怒目圆睁。皇甫敷退后，不敢上前。
此时刚好刘裕的属下赶来救援，射中皇甫敷的额头，皇甫敷掉下马来。刘裕提刀上前，皇甫敷说：“你顺应天命，必定能胜利。我想把子孙托付给你。”刘裕杀了他，又派人抚慰他的遗孤。
初二，刘裕的部队吃完饭，扔掉粮食，进军到覆舟山以东。刘裕派一些羸弱的士兵登到山上，让对方误认为自己兵力弱小，以此来造成对方的错觉。然后又分成几路一起前进，士兵一时布满了山谷。
桓玄派出的探子回去后说：“刘裕的军队遍布整个山上，无法估算其数量。”桓玄更加恐惧，派武卫将军庾赜之率领精锐部队前去增援各军。桓谦等人的士兵很多都是北府的老部下，素来畏惧刘裕，根本无心打仗。
刘裕与刘毅等人分成几路，进攻桓谦的军阵。刘裕身先士卒，将士都浴血拼杀，勇猛无比，士气极盛。当时东北风刮得很急，刘裕放火焚烧敌阵，浓烟烈火直冲云霄，喊杀声震动京县，桓谦等各路军队落荒而逃。
桓玄虽然派出部队迎战刘裕，可以已想好了退路。他暗中派领军将军殷仲文在石头城准备好船只。听说桓谦等人已经惨败，就率领亲信部下几千人，假称亲自挂帅去征战，然后带着他的儿子桓升、侄儿桓浚从南掖门逃走。
路上刚好遇到前相国参军胡藩，胡藩拦住他说：“现在还有800名羽林军的弓箭手，都是讲义气的旧部，受过桓家几代人的大恩。现在正是他们报恩的时候，陛下就这样丢下他们，还想到哪里去呢？”桓玄没有回答，只是用马鞭指了指天，随即走了。
桓玄向西赶到石头城，与殷仲文等人登船沿着长江向南逃跑。桓玄整日没有吃一粒米饭，随从给他端来粗糙的米饭，他也咽不下去。桓升抱着父亲抚摩他的胸口，桓玄悲恸不已。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的幼子王方回，站在路边等候。刘裕接过王仲德怀中的王方回与王仲德一起痛哭。刘裕追任王元德为给事中，任命王仲德为中兵参军。刘裕留守在之前桓谦的帐中，派刘钟据守东府。
初三，刘裕在石头城驻扎，安置了地方县衙的官员机构；在宣阳门外，将桓温等人的牌位焚毁，重新设立晋朝的先帝牌位，送到太庙供奉。
接着诛杀了留在建康的桓玄宗族中的人，然后派将士继续追捕桓玄；并且派尚书王嘏率领百官前去奉迎皇帝车驾。
刘裕派臧熹进入皇宫，收检图书、器物，关闭府衙仓库。其中有很昂贵的乐器，刘裕问臧熹：“你可以带走一些。”
臧熹严肃地说：“皇上被逼流亡，将军首倡大义，为王室鞠躬尽瘁。我虽然不能像您那样，却也无心弹奏乐器。”
刘裕笑着说：“我只是和你闹着玩罢了。”
桓玄兵败被杀
晋元兴三年（公元404年）三月，桓玄从建康逃出，逃到寻阳，郭昶之救济了他一把。十四日，桓玄把晋安帝司马德宗带在身边作为护身符，一起逃向西边，刘毅统率何无忌、刘道规等几支军队穷追不舍。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之一起据守湓口。
桓玄在路上亲自撰写《起居注》，叙述讨伐刘裕的经过，自认为战略英明，只是手下的军队违背自己的指挥调度，所以才打了败仗。桓玄全神贯注地写这些，根本没时间与百官将领们议论时事。《起居注》写完以后，又向世人展示。
四月初三，桓玄挟持安帝来到江陵，桓石康收留了他们。桓玄再次设立百官机构，任命卞范之为尚书仆射。自从失败逃跑以来，桓玄担心群臣不服从自己，就加重了刑罚的力度，闹得人心背离，怨声四起。
殷仲文劝他，桓玄生气地说：“现在由于这些将领没有作战才能，老天也不保佑我们，所以我们才回到楚国旧都来。但是这些小人却还妄加议论，应该用刑罚进行整顿，绝不能用宽容的态度对待他们。”
荆州、江州的几个郡听说桓玄西迁，有人上书慰问他，诸如这里的饮食习惯是否能适应之类，桓玄一概不接受。又命令江陵百姓祝贺迁移新都。
桓玄派遣武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭指挥数千人，同何澹之等共同保卫湓口。何无忌、刘道规到达桑落洲。二十三日，何澹之等人率领水军迎战。
何澹之经常乘坐的船只装饰了很多旗帜。何无忌说：“敌人的将帅肯定没有乘这艘船的想法，只是想蒙蔽我们而已。我们应该尽快进攻他们。”
大家都说：“何澹之不在这条船上，纵然收缴它也并无益处。”
何无忌说：“现在敌众我寡，很难抵挡，我们并没有胜券在握。何澹之既然不在这条船上，那么船上的兵力肯定不堪一击。我们以精锐士兵进攻，一定能缴获这条船；缴获了这条船，敌人的士气就会受打击，而我们的士气则会受到鼓舞。然后趁机进攻，就必定可以取胜。”
刘道规说：“对啊！”
于是带兵猛攻并缴获了那条船，乘机大喊：“何澹之已经被捉了！”
何澹之的军队如惊弓之鸟，不知所措。何无忌的军队也以为是真的，士气大振，乘胜进攻何澹之等人的部队，大败了他们。
何无忌等人攻克了湓口，进兵据守寻阳，派使节奉送晋室灵位回到京师。朝廷让刘裕兼任都督江州诸军事。
桓玄招募荆州兵马，还没到一个月就聚集了两万人，有丰足的武器装备。二十七日，桓玄再一次统率大军挟持安帝向东进军，让苻宏兼任梁州刺史打头阵。
桓玄又派散骑常侍徐放赶在部队前面，去劝刘裕等人说：“倘若你们自行解散，我可以不追究你们的罪责，让你们重新过以前的生活，各授官职，绝不让你们失望。”遭到刘裕等人严词拒绝。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守孟怀玉共同领军从寻阳出发，一直向西。五月十七日，他们与桓玄的部队在峥嵘洲相遇。刘毅等人的士兵不到1万人，可是桓玄有几万士兵，实力相差悬殊，因此大家都很害怕，想要撤回寻阳。
刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱不同，倘若畏首畏尾，不敢攻击，一定会被敌人抓住机会，就算回到寻阳，又怎么能守得住呢？桓玄表面上勇猛聪慧，其实很怯懦，再加上他现在已经历过失败奔逃，部下根本就没有死战的决心。取胜的关键在于奋勇拼杀，而不在于人数的多少。”于是命令自己的部下做前锋，刘毅等人率领军队紧随。
桓玄经常在座舰旁准备一艘小快艇，失败的时候好坐它逃走，所以士兵都很涣散。刘毅等人顺着风向放火，随后派精锐之师进行攻击。士兵奋勇争先，桓玄的军队大败，只好烧掉自己的辎重物资，连夜逃跑。郭铨向刘毅投降。
桓玄挟持安帝乘小船逃向西边，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文此时正在桓玄的座舰上，提议聚集其他船上的散兵，乘机叛变桓玄，恭奉两位皇后投奔夏口，再回到建康。
二十三日，桓玄与安帝回到江陵。冯该劝他再东征一次，桓玄没有听从。他准备投靠汉中的桓希，但这时部下人心背离，意志消沉，没人听从他的命令。
二十四日深夜，桓玄正准备离开，而城内已经大乱，只好和100多个心腹骑马出城，向西逃跑。刚走到城门，他的一个亲信忽然在暗中拿刀砍向桓玄，没有砍中，其他的人开始自相残杀。桓玄保住性命逃到船上，侍卫全都四处逃散，只有卞范之还跟在他身旁。
桓玄准备前往汉中。屯骑校尉毛修之引诱桓玄去蜀地，桓玄听信了。毛璩的弟弟毛璠在担任宁州刺史时去世，毛璩派他的侄孙毛祐之和参军费恬带领几百人护送毛璠的灵柩回江陵。
二十六日，在江陵枚回洲，毛祐之与桓玄狭路相逢。毛祐之、费恬迎战桓玄，箭如雨下，桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人挺身护主，都中箭死了。
益州督护冯迁拔出佩刀，冲上前去砍桓玄，桓玄赶紧拔下象征天子的头饰递给冯迁，说：“你是什么人？竟敢杀天子！”冯迁说：“我是杀逼害天子的人！”就把他杀了。
安帝在江陵重新复位，任命毛修之为骁骑将军。二十八日，实行大赦，那些被形势所迫、身不由己而参与叛逆的人，统统不计前嫌。刘毅等人把桓玄的首级送到建康，悬挂在大横木上示众。
刘裕伐灭南燕
晋义熙五年（公元409年）三月，刘裕上表请求讨伐南燕，朝廷群臣以为不妥，只有左仆射孟昶、车骑司马谢裕、参军臧熹料定会胜利，支持刘裕出征。刘裕任命孟昶为监中军留府事。
墩灯
四月十一日，刘裕从建康进发，率领水军从淮河进入泗水。
五月，东晋军队到达下邳，留下舰船、辎重，步行前进到琅邪。所到之处都修建城池，留下军队把守。
有人对刘裕说：“燕国人所处的大岘山依托天险，如果他们坚壁清野，固守城池，那么，我们的大军深入，不但不能建功立业，反而会命丧于彼，那可怎么办？”
刘裕说：“我已经将这些考虑得很清楚了，鲜卑人鼠目寸光，前进的时候只希望能够多俘虏抢掠，后退的时候又害怕破坏了庄稼。他们以为我们孤军深入，一定不能长期坚持，因而他们至多进攻到临朐，或者退守广固，一定不会据守险要或者坚壁清野。这一点，我有十足把握。”
南燕太上帝慕容超听说东晋军队前来讨伐，于是让群臣出谋划策。
征虏将军公孙五楼说：“吴地的士兵快速果断，比较擅长速战速决，因此我们不要去迎敌，应该占据大岘山，让他们无法深入，靠时间拖垮他们。然后慢慢地挑选精锐骑兵两千人，沿海往南进发，阻断他们的运粮通路；另外再让段晖率领兖州的军队沿着山脉往东，让他们进退两难，腹背受敌。这是上策。
“命令各地官员凭借险要自己固守，只留下所需的物资，除此之外剩下的东西一律烧毁。再把田地中的禾苗全部铲除，让敌人没有食物充饥。他们深入别国领土作战，没有粮食，想会战却没有人接战，不到十天一个月时间，他们必定不战自败。这是中策。
“让他们进大岘山，再出城迎战，这是下策。”
慕容超说：“从天道的角度来看，今年吉星高挂在我们头上，按照天道推测，我们不用动手也能打败他们。
“从地的角度来看，现在敌人孤军深入，我们是主，他们是客，形势也对我们有利。
“从人的角度来看，他们长途跋涉，一定不能持久。我占据五个州，拥有富庶的百姓，铁甲骑兵数以万计，庄稼遍布田野，怎么能铲除未成熟的庄稼，迁移百姓，妄自菲薄呢？不如放他们进入大岘山，再派精锐骑兵前去蹂躏他们，不必忧心不会取胜！”
辅国将军、广宁王贺赖卢也极力劝阻，慕容超一意孤行。退朝以后，贺赖卢对公孙五楼说：“一定要这样的话，我们很快就要亡国了。”
太尉、桂林王慕容镇劝慕容超说：“如果陛下一定认为骑兵在地势平坦地区作战很有优势的话，也应该越过大岘山去迎战敌人。那样纵然没有成功，也还可以退回大岘山防守。不应该放任敌人进入岘山，自己舍弃天险的优势。”慕容超还是不肯听从。
慕容镇退出后，对韩说：“主上既无十足把握打败敌人；又不肯迁移居民坚壁清野。而且非要把敌人引进自己腹地，坐等敌人上来围攻，太像汉朝末年的刘璋了。今年国家就要灭亡，我一定会死。你是中原人，又要被别的夷族奴役了。”
慕容超听说后，大怒，让人把慕容镇囚禁起来。然后下令撤回戍守莒城、梁父的守军，修筑都城的防御工事，整顿军队，等待东晋军队到来。
刘裕经过大岘山，南燕的军队没有出击。刘裕举起手指着上天，喜不自禁。
左右侍从说：“您还没有看见敌人已开始欣喜，这是为什么？”
