且说日海军用武力占领澎湖后，便欲登岛实施南北两路夹攻台南；澎湖守军一部退往安平没两天，日本海军舰队便乘夜偷袭安平。这安平本是天险，西滨海，东阻大山，炮台守军奋起还击。日海军陆战队分作两路，一路由基隆攻入台北进而继续南下；一路由海上进攻安平，以半年为期，决意攻占全台；怎奈安平战碉林立，易守难攻。什么叫作战碉？守军用石筑垒，高约三四丈，仿佛塔形，里面用兵士守住。四面开窗，可放枪射击，每夺一碉，须费若干时日，还要死伤数百人。这碉虽毁，那碉复立，攻不胜攻，转眼己是半年，毫无寸功，安平炮台依然在黑旗守军掌握之中。而能久亲王驱使的一路日军在大甲溪战斗中即被义军消灭700多人，日酋能久、川村景明少将等陷入义军布下的地雷阵魂断异国；日军便不甘心失败，当下五万南下援兵分作四路，一齐发动，如潮前进。那时一部退守大湖、新竹县城的义军虽奋死抵抗，究竟不敌如狼似虎的日寇五万之众，且枪弹缺乏，风飘雨扫，只得且战且走。一队敌骑如风驰电掣般，在后紧紧撵着义军后队猛追不舍，行了数日，遥见一座大山，挡住去路，危崖如削，峻岭横空，四围又都是小山攒住，蜿蜿蜒蜒的约有数百里。日军大队扎住了营，召进当地汉奸，问道：“这个地方叫作什么？”汉奸道：“这名阿里大山，广阔的了不得。差不多有五百里方圆。发源于大山日月潭上游的曾文溪水流湍急，向系义军野营之所。幽密处很，就是近地高山族蛮，亦没有晓得底细。”
次日，日军侦察骑兵当先而入，炮队随后继进。敌情十万火急。义军连续作战数十日，将士未得休整，伤号需要救治，而躲入大山里的逃难百姓欲纷纷转移更安全的地方；见部下面有难色，吴彭年拍案道：“养兵千日，用兵一时，国家费了无数军饷，所为何事？难道叫你坐食不成？末将受国厚恩亦不忍独生，愿与大众同死此地共御外侮……”徐骧也慨然道：“倭夷仗着火器锐利，欺我等无内地后援；我兵攻一方，敌则各方援应，彼众我寡，故倭夷气焰日渐嚣张，我兵日挫。天下事不患不成，但患不为，果使戮力同心，生死与共，何惧这强寇……”义军将士听了此言，方个个欢欣起来，争愿效力。
吴彭年遂传令诸军，在敌骑入山谷深处早已撒下硫磺、硝炭等引火之物，便在谷口外四布伏兵。日军大队兵马围了半月，方始渐渐进逼，得步进步，得尺进尺，却无处寻觅义军踪迹。日军大队兵马方敢大驱而进，行入谷内，但见丛莽塞径，参天林木蔽日，雾雨冥冥，瘴烟幂幂，极大的蛇虺、极恶的野兽，出没其间。见敌骑先头部队纵马而入，山路崎岖，敌骑只得下马前行，一队在前，一队在后，敌先锋已经逾岭而进，后队尚在岭中，吴彭年便令军士纵火焚林，霎时间火势乘风腾上，满山满野，统是浓烟滚滚，动植各物，无不烧死。敌骑抱头鼠窜，前后无路。在谷口外接应的大队日骑拼死而入，不想黑旗后援又到，一支生力军奋勇杀入，敌骑先锋官长自知不能生还，便拼了命，与黑旗义军混战一场，谷内被困日军兵士亦大半做了刀头之鬼。
日军总督桦山资纪接连闻了败报，方识黑旗义军勇敢善战厉害非凡，便召副总督高岛等商议，随向高岛道：“能久亲王、川村景明两员骁将侍勇轻敌，统己阵没，我不料区区黑旗义军有这般厉害。还请高岛君等别图良策！”高岛道：“总督阁下智深骁勇，定能指日奏凯，如高岛辈碌碌无能，劳军糜饷，自知有罪，此后但凭总督裁处，高岛奉命而行便了。”这番言语，分明是讥讽桦山资纪。桦山资纪也不作甚计较，且勉强道：“凡事总须和衷办理，高岛君不应推诿，亦不可别生意见。”高岛道：“据愚见想来，只有用碉逼碉一法，我大日本舰队火炮威力无穷，而彼方火器落后，难以持久作战，正所谓兵贵神速--待战碉一律削平，勒嘉义、台中，便容易攻入了。”桦山资纪茫无头绪，不发一言。高岛复道：“彰化、台中一方，巳调遣皇军三万兵力及马炮队火速往攻，我想不日即会占据此地，进而南渡曾文溪河，当与退据嘉义、曾文溪的黑旗义军展开决战而聚歼之……” 当下计议己定，三万陆路日军分作四路迅猛攻入台中及彰化县城，进而携带大量火炮往攻嘉义；嘉义城高坚厚，义军首领吴彭年、徐骧等率部下又将如何定夺迎战敌寇……
