消失8年、如今突然重出江湖的神秘怪盗——怪盗基德，引起了喜爱魔术表演的高中生黑羽快斗的注意，因为他父亲、世界知名魔术师黑羽盗一也是8年前去世的。快斗在阴差阳错之下，进入到父亲的密室，发现其中存放着与怪盗基德一模一样的服装。疑惑的快斗决定穿上基德服装，去今晚基德的预告现场去一探究竟……
快斗发现以基德身份活动的人竟然是盗一生前的魔术助手寺井黄之助，他更从寺井口中得知父亲黑羽盗一就是怪盗基德，以及盗一其实是遭暗杀身亡的真相……快斗决定继承父亲的衣钵，成为第二代怪盗基德，以此引出杀父元凶，调查父亲的死因。
最后怪盗基德终于知道了父亲是被谁杀害的，就是一个神秘的黑衣组织，因为第一代基德（也就是黑羽盗一）不听劝告试图破坏黑衣组织的好事（指比黑衣组织先一步找到世界上唯一一颗可以长生不老的宝石---潘多拉），所以在一次魔术表演中遭到了黑衣组织的杀害。于是黑羽快斗决心做第二代怪盗基德完成父亲未完成的使命。
另外，知道黑羽快斗就是怪盗基德的有如下几个人······
寺井黄之助：曾是第一代怪盗基德黑羽盗一的手下及管家，起誓付出生命也要帮助快斗少爷（黑羽快斗），在怪盗基德盗取宝石的时候担任助手来帮助怪盗基德。
小泉红子：是一位魔法师，与天下所有魔术师为敌，因为她认为这个世界上的所有男人全部全部都是她的俘虏，但是魔法水晶球显示只有一个人甚至不可能成为她的俘虏，这个人就是怪盗基德（黑羽快斗）。所以就混入了高中生之中来征服黑羽快斗做她的俘虏。
白马探and江户川柯南：他们都是有名的侦探，而江户川柯南是怪盗基德的死敌，白马探是蜘蛛的死敌，因为知道蜘蛛的目标是怪盗基德，所以因此调查了怪盗基德的身份之后也混入了高中生，以此来消灭蜘蛛。
黑羽雨彦（作者）：黑羽快斗的表姐，有时候会住到黑羽快斗的家里帮助黑羽快斗盗取宝石，也是一位有名的魔法师，魔法水平十分高超，虽说雨彦是魔法师，但是魔法也运用的和魔术一样厉害！因为想要帮助自己的表弟（黑羽快斗），所以黑羽快斗的妈妈不在家的时候会经常来看快斗并照顾快斗，也因此混入了高中生，位置坐在了黑羽快斗的前面，和尘夕同桌，尘夕比雨彦大一岁，所以做了雨彦的姐姐，也是快斗和青子的姐姐。
中森尘夕（作者哒偶妮酱）：中森青子的姐姐，是一位非常厉害的魔术师，因为有一个侦探的头脑，所以她不仅是魔术师，还是侦探，因为雨彦和尘夕是从小玩到大的好朋友，所以她从雨彦那里知道了快斗的事情之后，也从国外回到日本，听雨彦说了做一名高中生挺好玩的，所以也成为了高中生，她有时会帮助快斗，所以住进了青子的家里，青子的老爸没有回家的时候也会照顾青子，据说尘夕还是黑羽盗一的徒弟，所以魔术技能十分的高超。在班级里位置坐在了青子的前面，和雨彦同桌。
