元朝第一次征日失败后，任礼部侍郎杜世忠为国信使，以使节团正使身份持国书出使日本，要求日本称臣。杜世忠等人抵高丽国都，高丽随即派舌人（翻译）郎将徐赞及水手三十余人将其送至日本。到日本，绕过大宰府，直抵长门国室津上岸，打算闯过关卡，到达京都或鎌仓，中途被长门守护逮捕，押送大宰府，再押至鎌仓。
这一天，大宰府守护恭敬的鞠躬，道：”执权大人！元寇使节杜世忠等人不请自来，要求求见执权大人！”
北条时宗皱起眉头说：”元寇可有国书呈上？”
”禀执权大人！有！”大宰府守护随即呈上。
北条时宗打开元朝国书，生气的道：”元寇傲慢！竟然要我家武穆遗书以及俯首称臣，简直欺人太甚……。”
大宰府守护问着：”执权大人！使节是囚？抑或放？”
”放？未免显得我幕府示弱！杀！”北条时宗肯定的说。
”大人英明！”大宰府守护回应。
北条时宗下令斩杀元朝礼部侍郎杜世忠后，盘膝而坐敲经唸佛，处之泰然。他早有部署，作好对元军再次来袭的准备。鎌仓幕府为防元军再犯，沿博多湾海岸西从今津东至香椎，修造了约20公里的石垒，以阻止元军登陆，即所谓元寇防垒。防垒是幕府组织民力用四至五年由今津至香椎一带建造高二米厚二米的石墙。
第一次攻打日本失败后，高丽国王多次反对元朝再度侵日，而元朝也派遣使者至日本，但日本恨杀元朝钦差杜世忠等人，使得忽必烈怒气冲天，开始积极筹划第二次进攻。
身为忽必烈女婿的高丽国王于第一次征日后，试图劝说自己外父打消征日念头。
”父汗！征日劳民伤财，我军不善海战，只会事倍功半……。”高丽国王劝说着。
”贤婿！此乃长他人志气，灭自己威风之举！难道汝不欲助朕征战？”忽必烈皱眉说。
”臣婿不敢！只欲向父汗禀明当中利害！”高丽国王回应。
”不必多言！幕府杀我使节，未有将朕放在眼里！朕决意再度东征……。”忽必烈怒不可遏。
北条时宗初生之犊不畏虎，即使是蒙古征服南宋，依然无畏无惧，断言拒绝向元朝称臣，宁愿倾全国之力，进行防卫之战。但老百姓软弱无助，对于这场元日战争，显得无奈。高丽除了向元朝朝贡外，又要协助征日，负担庞大军费，只有加赋，以弥补开支，百姓叫苦连天。而忽必烈灭宋，对汉人高压统治，民怨沸腾。所以，两地百姓采取另类方式，表示不满。
一般认为台风是造成元军失败的最大原因。有一种说法认为元军舰队之所以被台风摧毁，是因为使用了错误的船型。日本考古学家研究元朝舰队的沉船后，认为他们使用的是在运河航行的平底船，采用了当时较为流行的水密隔舱设置，而不是在海洋上航行的海船。而之所以如此，可能是因为元朝在中国本土及高丽的残酷压迫，导致朝鲜半岛、华南沿海两地，对于战事的准备与制造军舰很反感，造船的汉人和朝鲜工匠故意使用错误的船型，而蒙古人对航海又一无所知，又或者忽必烈攻日太过仓促，未有充分准备海船，造船工人只得在匆忙间敷衍，以求交差了事。不过具体原因目前尚无定论。
忽必烈被船匠所骗，交付平底战船，做了冤大头，还懵然不知。另一件冤大头事件是另一支邪恶河童族领袖河伯化身全真教邱处机，骗取忽必烈赐予万家香火和童女，释出万人景仰气墙和阴柔之气，用以修炼河童族绝技－『翻江倒海』。其实，早在第一次攻日前，河伯已化身邱处机，以刺杀北条时宗为交换条件，可惜被鄧天撞破事败。
邱处机早于忽必烈建立元朝时已去世，河伯化身邱处机，讹言已得道成仙。第一次攻日后，化身邱仙人的河伯走入大都御书房，游说忽必烈：”大汗！本仙早有所料今次征日，失败告终！”
”邱大仙为何不及早言明？”忽必烈感到愕然。
河伯（化身邱仙人）把弄一下长胡子，摇头说：”天机不可洩露！”
”然风害摧毁我军船舰，另有内情？”忽必烈关切的问。
“嗯！念在本仙与汝祖父成吉思汗之情谊，故且冒犯天条……。”河伯（化身邱仙人）伪装的说。
”朕万分感恩！”忽必烈行礼说。
河伯（化身邱仙人）续说：”风害之所以出现，原因为河神作怪，引起大风……。”
”朕该如何是好，以平息河神怒气？”忽必烈追问下去。
”大汗应多建河神庙，让万人景仰，河神自然息怒！此外，大汗亦应交出一千童女，让本仙作法祈福，以保大元作战顺利……。”河伯（化身邱仙人）提出要求。
”好！朕马上去办，以保我大元东征旗开得胜！”忽必烈笑逐颜开，满意的说。
自第一次元日战争后，相隔七年，忽必烈听了河伯建议，不断在中土各地兴建河神庙，又在各地暗征童女，交予河伯。河伯吸收了万人景仰气墙和阴柔之气，已修炼成『翻江倒海』之术，足以与鄧天（河童王）抗衡。
第二次元日战争前夕，身为鄧天（河童王）管事的哈比河童族族长忽忽必烈，
曾到中土侦察河伯族举动，然后返回河童国向鄧天汇报。
河童族族长忽忽必烈禀报着：”陛下！依臣观察，中土突然多了许多河神庙，此举并不寻常！相信河伯已说服忽必烈，给予修炼『翻江倒海』所需……。”
”你是说河伯将拥有与我同等力量？”鄧天一脸惆怅问道。
”陛下！正是！不过，俗语说邪不能胜正，想必以『皇者之书』施行之『翻江倒海』之术，定能压倒伪冒之『翻江倒海』……。”忽忽必烈安慰说。
鄧天皱起眉头，无奈说：”但愿如此！”
