黑晶和白晶的联系虽然截断了，可白晶还在散发着卦能，只是越来越弱。机器人总司令感觉到困倦，他极力想使程序高速运行。他的意识忽然感觉到了饥渴，这种感觉他从没有经历过。只是在很久以前浏览一些人类的文学著作时模拟过。饥渴的感觉越来越强，内心的空虚就像一个巨大的旋涡，疯狂地想要吸收所谓的食物。可周围什么也没有，只有弥漫在空间中的氮气和惰性气体。迷迷糊糊中，他觉得人类的食物就是能量，但是，他并不缺乏能量啊。他感觉到程序运行缓慢，简直就是蜗牛在移动。实际上这只不过是他的错觉，他的程序仿佛脱缰的野马奔腾不息。主程序高速运行，所剩不多的卦能不断地融合进去，逐渐形成恶性循环。现在，机器人总司令终于感觉到体内空空如也，黑暗完全覆盖了他，不过，他的程序运行丝毫也没有停止。忽然，他整个身体变得僵硬，动作也不自然起来。凌星可以确定，机器人总司令自主智能完全消失，变成了无意识的普通机器人。为了万无一失，凌星传音让风云带上一个跟她关系最好的机器生物，一起到中心控制室来。此时，所有的机器武器都是依靠先前设定的模式在运行。它们还在不断寻找着人类，到处都是武装到牙齿的机器武器。
通过凌星对她传递的所有被俘的机器生物光影，风云从中挑选出来一位同样是女性的机器生物。这个机器生物名叫森林，凌星他们在地下世界的时候，她曾经提醒风云，说海水将要淹没整个地下世界。当森林看到现在的风云时，她非常羡慕，不断地向她打听人类对待她们这些机器生物的态度。风云见到以前的同事，也感觉到很兴奋。她眉飞色舞地向森林介绍这些人类的大神通，甚至把其中一些人类称之为神。这让森林非常吃惊，对此她还无法全部相信。在森林的约束下，沿途遇见的机器武器都没有再向风云动手。
风云和森林来到中心控制室的大门前，森林伸手去敲门。当她把手指弹向大门时，直到她伸长了手臂，手指也没有碰到大门。近在咫尺的大门现在好像让她永远也摸不到似的，这是她此时突然产生的诡异感觉。风云看到森林在那里摸来摸去，却始终没有摸到大门，她隐隐感觉到那个神一样的男孩，又在创造着神迹。她开口说道：“森林，别摸了。这是凌哥自创的空间，你听说过有人类可以自创空间吗？刚才你还不相信我说的话，现在真正看到了吧。”森林一点也不懂风云话中的意思，但眼前发生的一切已经完全颠覆了她以前的认知。正在这时，大门突兀地打开，里面传出一个带有磁性的男中音：“风云妹妹，进来吧。”风云哎了一声，拉着森林一起走进了大帝号的中心控制室。风云和森林都是第一次来到这里，她们感到十分震撼。一个直径近百米的球形空间，仅仅是总司令的单独办公室。
凌星招呼风云过去，示意她仔细观察机器人的总司令。森林一看到他们的首领，大吃一惊，她张大着小嘴，道：“总司令怎么会变成普通的机器人？”她是见过总司令的，眼前的普通机器人从外貌上来看，的的确确是总司令。以前的那种威严依稀还可以从他的脸上看到，但现在他的脸上只是毫无表情，眼神之中没有一丝光彩。看到这儿，她有些畏惧地抬起头望着凌星，低声道：“尊敬的主人，我是你最忠诚的奴隶森林，随时等待您的吩咐。”凌星正在想着该如何下手破解总司令的程序，对于森林的称呼也没有太在意。他皱眉道：“我把你们叫来，是想让你们帮我鉴定一下这个机器生物是不是已经失去了自我意识。”风云肯定地回答：“总司令的自主意识还在，但他已经完全退出了大解脱境界，成为一个普通的智能机器人。”森林奇怪地看了风云一眼，不知道她为什么不说智能机器生物，而直接称呼机器人。凌星噢了一声，问道：“能不能控制他的主程序？”风云回答：“一般来说，低等的机器人必须完全服从高等机器人的指令。我现在在他的眼里是一个背叛者，可能无法控制他。森林应该可以。”凌星又看向森林，一直弯着小细腰的森林急忙回答道：“我来试试。”
森林的身材跟风云相差无几，同样是矮个子纤细苗条，虽然长相迥异，但也非常美丽。机器人总司令坐在高高的宝座上，面无表情地看着他们三个。森林径直走到宝座前面，肃容道：“雷电，现在你已经不是总司令了，请你马上从宝座上下来。”雷电双眼一瞪，就要发作，但看到眼前笔直站着的森林，脸上又恢复了平静。他默默地从宝座上站起来，回头久久地注视着这个金壁辉煌的，陪伴了他几千年的宝座。终于强行回过头来，面向森林，又弯下腰深深地躹了一躬，才慢慢地从宝座的台阶上走了下来。森林根本没有多看他一眼，她回头望向凌星，小脸上露出媚媚的笑容，低声道：“尊敬的主人，请您上座!”说着，她又趋步至凌星的身侧，右手向前微伸，道：“请!”凌星无奈地看向风云，而风云则微微点头。于是，凌星在森林地引导下登上了台阶，坐在了宝座上。森林在下面又深深地躹了一躬，这才转过头，严肃地看着雷电，道：“雷电，请你显示出你的源代码。”凌星也期待地看着雷电，希望能够如森林所说。
雷电平静地望着森林，用无任何感情色彩的机械声音，道：“对不起，森林首领，我的源代码是天狼大帝亲自授予的，没有天狼大帝的命令，任何生物也不能查看。”包括凌星在内，三个人都吃了一惊。森林震惊过后，还是严肃道：“现在，你的智能等级已经降低，按照惯例，请你服从我的指令。”雷电的脸色始终平静如一，道：“除了献出我的源代码，其它任何要求我都会满足你。”看来要想彻底控制雷电是不可能了，只能从他的记忆着手了。因此，凌星传音给风云，道：“告诉森林，让她下载雷电的全部记忆。”森林得到指示，就道：“雷电，现在，开放你的记忆库，让我下载。”雷电低头道：“好。”说完，身体变得僵直，眼神暗淡，似乎变成了一具机器。森林面对着雷电，缓缓闭上了眼睛。
凌星和风云对望一眼，都点点头，又默默地看向他们。事情出乎意料地顺利，三个多小时后，森林首先抬起头，转身面对凌星，轻声道：“尊敬的主人，已经下载完毕。”凌星脸上露出笑容，欣慰道：“很好，森林，这次你立了一大功，你以后就是我们的伙伴了。”虽然不明白凌星的意思，但她能够感觉到凌星是由衷的高兴，因此，她又低头道：“能为主人效劳，是森林的光荣。”森林一口一个主人，若在以前，凌星很快就会去纠正，但是，现在他心里思考的事情太多，没有精力再去做别的事情。拿下了机器人总司令，夺取大帝号的工作就完成了百分之八十。剩下的工作就是对大帝号进行彻底地改造，以适合人类使用。
大帝号上除雷电外，还有一百零七个机器生物。在凌星控制雷电的过程中，刘凤兰布莱克文纪牧野狄安娜守在核武库门前，共干掉了四个机器生物。这样，机器生物的数量就变成了一百零三个。当凌星向伙伴们传来已经成功获得机器人总司令的记忆时，分散在大帝号各处的伙伴们立即欢呼起来。即使受伤最重的阿里巴巴也咬着牙，手握拳头，举了举。此时流凌月正在旁边无微不至地照顾着他，看到阿里举起拳头，她也兴奋地用双手捧住阿里的拳头，眼里流下了晶莹的泪水。几乎所有的女孩子都激动地泪流满面，甜甜和狄安娜甚至失声痛哭。他们失去苗苗号后，一度对前途充满忧虑。甜甜和狄安娜则是心痛电脑苗苗，很可能她们将会天人永隔。
凌星宣布成功后，立即着手解决核武库的问题，毕竟这个问题始终像达摩克里斯之剑悬在众人的头顶上。通过雷电的记忆，凌星迅速接管了大帝号的控制权，并通过大帝号的电脑对所有无意识机器人的程序进行改进。删除了厌恶人类的程序，增加了对人类忠诚的程序。这样，大帝号中所有的无意识机器人都受到了凌星的控制。对核武库，凌星专门进行了控制。雷电把核武库作为大帝号的后备能源库来管理，而对凌星来说，核武库显然比较多余。有了新能源，有了聚能阵，有了黑晶和白晶，对他们来说，能量可以说是取之不尽，用之不竭。核武库的核辐射对机器可能影响不大，但对机器人的智能就有影响。核辐射中含有αβ射线，这些都是带电粒子，对磁场电场均有影响。这个核武库里存放着许多裂变材料，而链式反应的发生取决于中子的数量。宇宙中游离的中子辐射也很强，因此，核武库也是被隔离的。即使如此，核武库的放射性辐射剂量对人体也是致命的。凌星的第一条命令，就是制造相应的材料完全隔离核武库的辐射。第二条命令就是对舰桥，即大帝号的中心控制室进行生存改造。这些，都是急需解决的问题，他还没有跟大伙商量，就先行决定了。接下来，每个机器生物都献出了他们的源代码，接受了程序改造。直到此时，凌星他们才算真正占领大帝号。雷电因为拒绝献出源代码，所以被凌星囚禁在一个卦能空间中。
此时大帝号上共有智慧生物一百零四个，包括风云在内。但风云现在已经脱胎换骨，跟其他智慧生物有了巨大的差别。凌星等人讨论问题时，风云作为其中一员起到相当重要的作用。此时，他们十二个人就聚在舰桥讨论大帝号的改造。最后决定，以布莱克作为总工程师，所有伙伴作为副手，一百零三位机器生物作为成员。改造小组成立后，凌星跟刘凤兰打了个招呼，就匆匆忙忙地离开了。随后，布莱克集中数万名机器人开始对大帝号进行大规模地改造。一星期后，大帝号战舰外壳密封工作完成，秋冬率领一批机器人开始按照布莱克绘制的阵图在大帝号的外表面安装黑晶。而布莱克则亲自带着一些机器人在舰桥中用白晶布置聚能阵。
对于苗苗号驱动能源储存晶体的构成，布莱克利用卦能质谱仪早已解决。只是限于苗苗号上的条件，无法解析工艺，没有原材料，因而给制造储能晶体带来困难。现在，大帝号上既能对稀有矿物进行冶炼，也能使工艺变为可能。因此，这个任务就交给风云，让她带领机器生物中的工艺解析专家攻克这个难关。凌星的戒指中储存着不少的维生装置和材料，足够供应到下一批维生材料被制造出来之后。现在，凌星离开了，差不多所有的储物戒指都由秋冬保管。只有秋冬才能利用神意从戒指中取出东西。金衣战士们身上都穿着单兵飞行战衣，紫衣战士们都能用一定量的神意包裹自身，因而，他们都不会受到来自核武库和宇宙空间的辐射。布莱克按照凌星离开时的嘱托，把大帝号的速度用1g的加速度，逐渐减速，等待他的回归。伙伴们都非常默契，他们都知道凌星到底去了哪里。
在对大帝号进行改造的过程中，因为机器人和人类生活习惯的根本不同，很多改造方案需要布莱克亲自制定。因此，在技术上最擅长的布莱克，英子和甜甜经常在一起讨论布置改造计划，因为牵涉到人类生活，流凌月也当仁不让地参与进来。她提出了一项让众人吃惊的改造方案，在大帝号第一层建造绿化广场，开辟一些地方种植蔬菜和一些瓜果。同时，对第二第三层进行全面的绿化，把大帝号真正建成一个可供人类居住的星空之城。流凌月的想法也不是不切实际的，如果考虑到大帝号庞大的机器人数量，即使工程再浩大，只要给予他们足够的时间，还是能够完成。
