显然，恭亲王作为一名开明的政治家，是她们的最大希望；一方面，恭亲王有一个明显的优势，即他是满族人却又在咸丰帝信任的党羽之外。另一方面在咸丰帝在位时，虽然在北京恭亲王能够手握大权，但一旦咸丰帝去世，他所处的位置将会十分危险，除非他能够确保铲除八大臣。
东西两宫太后和恭亲王之间达成了一定共识之后，恭亲王在8月初快马加鞭秘密抵达了热河。到达热河时他才发现咸丰帝已经临近死亡的边缘，大臣们正把握着大局。
8月22日，咸丰帝驾崩，在他最后一份诏书中说到，在他的儿子还没成年之前，由八位顾命大臣辅佐摄政。八位顾命大臣包括怡亲王、庆亲王、肃顺以及其他五位满族大臣。
同治帝登基后，年号定为祺祥，取“吉祥“之意。在回京之前，顾命大臣们忙着稳固他们在朝中的势力。9月和10月这两个月，同治帝及顾命大臣们仍在热河，这时恭亲王已经回到总理衙门？。总理衙门是由他提议新设立的部门，专门管理对外事宜。他认为在这里，他可以很好地隐蔽自己。
八位顾命大臣摄政的意图已经很明确。他们谋划着除掉两宫太后，以及恭亲王和他的弟弟们，如此一来他们的夺权之路便畅通无阻了。10月底，七位顾命大臣带着皇帝和两宫太后前往北京。肃顺负责把咸丰帝遗体护送出热河。两宫太后已经把她们的疑虑告诉了恭亲王。恭亲王决定立即给顾命大臣们沉重一击，这将使得他们的阴谋破灭，也将使得大清在如此敏感的时期避免受到更深的伤害。注释：①总理衙门的全称是：总理各国事务衙门，帕克教授对此逐字进行了翻译，即“管理全世界各国通商事务的机构”（《古今中国》第208页）。
如果想拥有皇权就必须设法将玉玺拿到手。这时，城门上突然出现了两份以小皇帝名义发布的诏书，一份说八位顾命大臣摄政一事暂缓，另一份说现在暂由东西两宫太后摄政。虽然诏书暂缓八大臣摄政，且军营外有一部分忠于自己的军队，但恭亲王还是小心翼翼地来到了位于北京城外的军营，探听八大臣的意向。他缓缓走到了顾命大臣们的身边，告知他们自己手中拿着皇帝的诏令，让他们考虑是否要遵从。当然，怡亲王和庆亲王束手就擒。恭亲王在顺利消灭两个劲敌之后，他的弟弟醇亲王已经前去拦截刚离开热河的肃顺。据说，肃顺现在已经不再纵情酒色，开始尽职尽责地将咸丰帝的遗体护送回北京。终于，醇亲王在一个夜里将肃顺从床上逮捕。
肃顺被押回北京之后，恭亲王便开始了对这三个主要前顾命大臣的审判。最后他们三个都被指控为叛国罪，并判处死刑，其中对肃顺所用的刑罚最为残酷，他被判处“凌迟”，即“千刀万剐”。据说，多亏两宫太后说情，他们最后才死得并不那么痛苦。怡亲王和庆亲王被赐予白绫，自缢而亡，而肃顺则被押至午门问斩。午门位于北京，是囚徒被斩首示众的地方，每当执行刑罚的时候，会有很多平民百姓在那里围观，并对那些他们深恶痛绝的囚徒的死欢呼雀跃。
由于这次大胆而果断的决策，恭亲王和两宫太后成为这场斗争的最后赢家。这次政变的每一步计划基本上都是恭亲王制定的，但是这如此完美的计划却让我们联想到了1875年至1898年的政治危机中的慈禧。慈禧是她和慈安太后联合摄政之后的谥号。发动“卒酉政变”时，慈禧只有26岁，此时的她还没有多少处理国家大事的经验，而恭亲王已经在与西方大国的交往中显示了非凡的政治素养。然而，这位年轻的太后是无论如何也不会甘心做她小叔子手中的傀儡的。
北京朝中的变化是外国观察者很乐意看到的，因为众所周知，过去的统治者非常排斥中西方往来。外国观察者们非常希望新的统治者能够开启一个对外友好的新纪元，但现实注定要让他们失望。新的统治者并不比过去的统治者更支持中西方往来。二者的区别在于，新统治者中的一些人对西方的态度不同。这些人以恭亲王和文祥为代表，文祥在辛酉政变中给予恭亲王极大的帮助，现在在军机处？任职，同时兼任总理衙门大臣，这让他有更多机会了解外国人。他懂得如何与西方人交往，这方面，他们比怡亲王其它人做得好。
在中西交往中，因为很欣赏西方先进的武器装备，恭亲王对这些西方野蛮人作出了让步，并希望京师同文馆的学者们能够学习西方文化，将来能够师夷长技以制夷。但是对于慈安太后和慈禧太后而言，她们不会因为学习了西方技术而信任西方人，因为正是西方人进攻北京才使得她们狼狈不堪地逃至热河，这令她们颜面尽失。
八大臣被铲除，历史重新洗牌。为了抹掉过去的阴霾，两位年轻的太后决定换一个新年号。“祺祥”被弃用，“同治”取而代之，意为“两宫太后共同治理大清”。在同治帝只有五岁的时候，由两宫太后和恭亲王管理朝中之事，以维持国家稳定，同时，尽量避免与西方发生冲突。对于西方而言，就如之前所说，清政府只有装备了更先进的武器才有可能超越他们。
让我们再来具体看看国内的统治，一般而言，只要一个政府的统治没有恶劣到极点，中国人就不会起来反抗。因此即使有两股叛乱势力的冲击，他们也能够安于现状，有条不紊地生活。注释：①军机处，也就是英语中的内阁。军机大臣（根据规定，军机处有一半的军机大臣为满族人，一半为汉族人）一般都由年长者来担任，虽然军机处在1730年才建立，但是其重要地位
很快便凸显出来。
两股叛乱中的一股是中国西部的回民叛乱，另一股便是著名的太平天国运动了。咸丰帝在位的十一年间，太平天国起义从未消停，自从慈禧太后掌权以来，太平天国显然是清政府镇压的重点。
潘泰叛乱，是云南回民叛乱的一个部分，它对慈禧的政治生涯不会有特别的意义。而太平天国运动对于中西方关系影响深远，并吸引了很多人的注意。太平天国在其宣教中，运用了一种不同于之前起义的方法，在其宣教中我们可以看出其是中西方元素的交融。在太平天国的信条中，有一部分来自基督教，这使得他们赢得了很多欧洲与美国人的同情与支持。然而，在起义后期，太平天国将领们却对基督教和外国人充满了仇恨。
洪秀全，太平天国的创始人，一系列可怕战争的始作俑者，大清几乎毁在他手中。他是一个农民的儿子，家在离广州将近三十英里的一个小村庄里。他的家族与村里的其他人一样都是客家人。客家人是从北方移民到广州的，大约占了广东人口的三分之一。他们的血统、习俗、穿着以及语言都与广东本地人不同。洪秀全曾经是一个刻苦学习的学生，他期待着有朝一日能够飞黄腾达，但是他科举失败，没能当上秀才。
据说，在一次归家的途中，他偶然听到了基督教福音传道者在教堂的布道，并且拿了展放在那里的有关基督教教义的小册子，这本小册子名为《劝世良言》，其中有从当时的中译本圣经中整章整节摘录的原文，他把这本小册子带回家。但他当时他正忙着去广州应考，并没有立即阅读。
曾经的他为了走上仕途，如同耕牛一般勤勤恳恳读书，但由于某些官员的暗箱操作却屡次落榜？。回到家里后，他大病一场，精神恍惚中竟梦到注释：① 这样的事在中国司空见惯。大约十多年前，广州一高官因为营私舞弊而遭受严惩，当时他滥用他的权力使得本不应榜上有名的考生金榜题名，这对很多考生而言是不公平的。不久之后，这事传到两广总督耳朵里，最后这名高官被斩首示众。有朝一日他会黄袍加身，成为皇帝。然而，病愈后，他成为了一名私塾老师，教书的同时他继续为下一次科举考试做准备。
1843年，他最后一次参加科举考试，然而结果与前几次一样。他开始意志消沉，此时，一个亲戚建议他阅读《劝世良言》。在阅完《劝世良言》之后，他突然醍醐灌顶，茅塞顿开，信仰开始转变。他决定皈依上帝，接着与亲戚们按自己的理解进行了洗礼，表示清除罪恶，弃旧从新。
随后，洪秀全创立了“拜上帝会”，但是“拜上帝会”教义与基督教却不完全相同。广州一名名叫罗伯茨的美国浸信会传教士曾经想吸收洪秀全入会，但两个月之后，还未接受洗礼的洪秀全离开了。
在此之后，洪秀全的信条渐渐产生了变化，甚至有反抗朝廷的趋势。他把三合会（历史上著名的反清秘密组织）的一些成员、一直誓要反清复明的各路人士以及清朝的敌对势力都聚集到了一起，这些人成为他的追随者。他还让这群追随者们戒掉了烟草、鸦片还有酒，甚至不允许他们迷信与寺庙有关的一切（洪秀全因此得罪了村里的居民们），并下令将每周的第七日定为安息日。
到1848年时，洪秀全在两广范围内已经拥有两千到三千名信徒，并且人数还在增长。与此同时，不断有人质疑他的权威。
两年之后，他带着家人搬到广西，此时，离他开始公然进行反叛活动已经不远了。洪秀全的追随者们在他的领导下，穿着明朝开襟式的汉服（欧洲人经常可以在中国的花瓶和绘画作品中看到这样的服装），四处游荡，被当地人及政府称为“长毛乱贼”。两广地区的土匪和一些混迹社会的人加入后，洪秀全发现自己手里掌控的是一支强大的军队，因此他决定开展积极的反清活动。显然，这时候他对他的神圣使命已经没有疑问了。他自称“天父”。
在他的追随者中有宗教极端分子、秘密组织成员以及逃避审判的逃犯。与清政府军队相比，虽然他的军队力量在数量上不占优势，但清政府的懦弱无能、贪生怕死，使得洪秀全所率领的军队得到了机会。洪秀全成功发动金田起义后建国号太平天国，这是他领导的反清运动第一次有了自己的名号。在太平天国，洪秀全自称天王，只有他才能发布“天命”，这是他高贵身份的象征。
洪秀全那些无知的追随者对于他自称天王一事没有反对，反而特别拥护。与此同时，一种宗教狂热在他们之间传开，据说，很多人精神恍惚，甚至眼前出现幻影。农民认为洪秀全领导的太平天国有着不可思议的力量，进而更加崇拜信任他。农民们甚至认为洪秀全可以用纸剪出一个纸战士兵团，然后对他们轻轻呼一口气，就可以带着上战场了。这跟之后的义和团运动如出一辙，北方的农民们也认为义和团有这样神奇的力量可以募集到“精神战士”与他们共同对抗敌人。
农民的狂热崇拜一度给社会带来恐慌，这种恐慌很快从乡村传到城市，从城市传到官场，最后从官场传到清政府军队，搞得人心惶惶。天王带领的军队百战百胜，直到他们到达湖南省会城市长沙，这也是四月份爆发反传教士暴乱的地方。在这里，太平军遭到曾国藩的强烈抵抗，这也是自起义以来太平军遇到的第一场艰难的战斗。
曾国藩是湖南一名杰出的军人，他时刻准备为国效力。同时，他还是一名有才华的学者，翰林学士，是大清的“笔杆子”。
由于曾国藩的顽强抵抗，太平军对长沙久攻不下。于是他们改变作战计划，向长江方向进军。他们一路攻下长江沿岸的重要城市。1853年，长江沿岸最大的城市、清朝第二大城市南京落入太平天国手中。
攻下南京后，太平天国起义达到最高峰。随着起义的不断深入，太平军所到之处战火纷飞、横尸遍野，同时，太平军的力量不断壮大，一些罪犯、亡命之徒纷纷加入太平军以求实现他们理想。洪秀全称王后，暴力谴责“偶像崇拜”，因此失去三合会的支持。然而，战争的连续胜利使太平天国得以吸收更多士兵，填补了三合会造成的空缺。攻打南京时，太平天国的兵力已经八万有余，南京根本抵挡不住这样的攻击。进入南京后，太平军疯狂屠杀，其中包括两万名居住在南京的满族人。
从在客家村庄开始谋划起义到建立太平天国称帝，洪秀全只用了不到两年的时间，现在他所控制的领域从中国北方延伸到南方沿海各省，犹如一个楔子嵌入中国版图。此时的大清就像一个虚弱的人，注定要走向灭亡。但此时的天王似乎极度陶醉在权势与后宫糜烂的生活中，全然不顾其他人的看法。
洪秀全在起义过程中分封了五王，这五王专门负责管理一些公共事务。五王之一的东王，自称圣灵，他一直骄傲自满，甚至敢严厉谴责天王暴力对待女性同伴。天王接受了他的批评，但不久之后他因为被指控背叛天国而走向断头台。东王的死给其他追随者们敲响警钟。太平军在中国的土地上继续我行我素，暴力残杀。天王由于陷入酒色之中，无法自拔，局势产生微妙变化。
此时，“亚罗号”事件尚未爆发，清政府能够集中兵力镇压太平天国。1856年，外国侵略者制造“亚罗号”事件。英法联军入侵直隶时，中国将领们正在长江沿岸围剿太平军。由于侵略者入侵直隶，北方军队无法增援长江沿岸的军队，围剿太平军的战役变得异常艰难，进展迟缓。
同治帝统治下的中国风雨飘摇。英法联军和太平军的轮番扫荡，留给中国中部人民的只有贫苦和饥饿。太平军对长江流域的居民来说是一段梦魇，他们所经之处，都免不了一番烧杀抢掠。而清政府军队，由于拖欠军饷以及军粮供应不足，战斗力低下，根本不足以抵抗太平军。在一些地方，那些可怜的农民们只能每日在废墟中徘徊，由于极度饥饿，甚至还有食人事件发生。
在这样糟糕的情况下，新一代清政府不能迅速做出反应。但清政府此时与西方列强的关系越和谐，清政府越能有效地借助外国力量来打击太平天国。
早在1860年，中国富裕商人就已经出资在上海成立了一支军队，这支军队就是后来名声大噪的常胜军。后来，应清政府请求，英国指派了一名官员——戈登来指挥这支军队。由于戈登超出常人的军事天赋，太平天国运动的第二个转折点到来了，不久之后它将走向灭亡。
1864年7月14日，天京沦陷。6月30日时，天王洪秀全吞金而死。忠王带着天王16岁的儿子和一千名随从逃走了，直到1864年年底他们才被抓住。最后被处死。到1865年春天，除了几个被孤立的亡命之徒依然扰乱边界地区的安宁外，其他地区的太平军已经基本肃清。
这场可怕的内战持续了十四年之久。在这十四年里，至少两百万中国人惨遭杀戮或死于饥饿，九个地区被严重摧毁，其中河南、浙江、江西、江苏情况最为严重。尽管天王曾经宣告他要开启一个新纪元，但是事与愿违，太平军所到之处烧杀抢掠无恶不作，在当地也没有建立正式的政府。
在收到洪秀全死讯后，清政府发布了一份诏书，诏书中称：“洪秀全带给中国人民的痛苦和灾难是无法用言语形容的。他的罪孽极其深重，已经到了人神共愤的程度。”
