在岱柑岛的这七天，是他们这辈子最累的七天，却也是最受益匪浅的七天，塞蕾娜是第一个学会预判天气的人，她通过赐予之力配合超克之力做到的，小修跟着照猫画虎，用至今为止所有的能力做到这件事，小智的话到现在都没学会，不过他本人表示没关系，毕竟波导就可以做到在战斗中寻找宝可梦的身影了，不过小智还是感到有些遗憾。
宝可梦那边也得到了不小的成功，基本上所有的宝可梦都能控制自身的实力了，雷也得到了不小的锻炼，实力大幅提升，不过小蜻和皮卡丘依旧无法发挥出本来该有的实力，但也恢复了不少，估计还要再多锻炼一阵子。
“非常感谢您的指导！内木老师！”临走前，小修他们向内木博士深深鞠了一躬。
“叫我内木博士就行了，而且要说谢谢的人是我才对，多谢你们给我送来凤王和洛奇亚这两位神兽，当然也感谢梦幻和超梦的配合，让我得到了不错的研究资料。”内木博士不说还好，这一说，梦幻和阿超痛苦的跪在地上，“女博士好可怕女博士好可怕女博士好可怕······”“妾身当不了新娘了，妾身当不了新娘了，妾身当不了新娘了······”
塞蕾娜满头黑线问：“您到底对它们做了什么？”
“你确定你想知道？”
“突然不想知道了。”
告别内木博士后，塞蕾娜问：“接下来去哪座岛？奈普鲁岛吗？那里有道馆。”
“去那里之前，我们可以先去邻近的几座岛屿逛逛，反正我们又不赶时间。”小修提议。
“说的也是，塞蕾娜，目前距离我们最近的岛屿是哪座岛？”小智问。
“金柑岛。”
“呦西！目标！金柑岛！出发吧！”“哦！”*2
来到金柑岛后，他们发现岛上的宝可梦无缘无故的暴走了，皮卡丘刚走进去没多久，就感到剧烈的头疼，说有什么东西在影响它的脑子，小修赶紧用超能力保护皮卡丘，因为他很清楚，这是超能力才能做到的事，当然，超克之力也可以，于是塞蕾娜使用超克之力帮宝可梦解除暴走，然后在小修的带领下找到了超能力发射的来源，是一个电波发射塔，发射可以让宝可梦暴走的电波，这也让他们确信者要么是超能力系宝可梦所为，要么就是超能力者。走到里面一看，竟然是害他们坐过牢的亚麻多和小四郎。【小三郎：‘是小三郎！’】仇人相见分外眼红，更何况他们还做了这么过分的事，不用多说什么，小修直接用超能力破坏了电波发射塔，小智上前将他们一拳打飞，塞蕾娜则将他们目前收集到的宝可梦全部释放，让它们离开。君莎小姐很快就来到这里，还带着一只鬼斯，看上去是打算用这只鬼斯来对付他们，可惜他们来晚了，小修他们已经替他们解决了，然后没接收任何奖状什么的便离开了。
之后在前往椪柑岛的途中，小智拾到了一个装有写著寻求水晶大岩蛇信息的漂流瓶。他们来到了椪柑岛后，巧遇了漂流瓶的主人正美和她的哥哥阿功，正美介绍这里以玻璃制品而闻名，因为岛上盛产品质上乘的水晶，岛上的居民有许多是技艺高超的玻璃工匠，她的哥哥就是一名玻璃工匠。阿功说他虽然是一名工匠，但不是一名优秀的工匠，他做出来的制品不像他的爷爷那样富有灵魂，希望能像他爷爷那样，通过见到那只水晶大岩蛇来获得灵感。小智他们决定帮助阿功找到那只水晶大岩蛇。小智将波导范围开到最大，很快便找到了水晶大岩蛇，来到附近一座稍小的岛，就在小修准备使用瞬间移动带他们过去的时候，海水突然退潮，小岛和椪柑岛通过沙洲连接起来了。小岛上有一个被森林环绕的水晶洞穴，他们在洞口外看到了被自己的陷阱坑了的火箭队三人组，然后二话不说，直接打飞。走进山洞一看，整个山洞里都是水晶！看起来非常美丽，那只水晶大岩蛇就住在山洞的湖中，这样小智他们人感到很惊讶，莫非它免疫水！？水晶大岩蛇很快就从湖中出来，阿功派刺甲贝与它对战，但它竟然免疫水属性攻击！最终刺甲贝战败。阿功派他的搭档火恐龙出战，火属性攻击对它好像是效果群拔，火恐龙使出火焰旋涡包裹水晶大岩蛇，水晶大岩蛇因此全身被烧得通红，发出了红色的光芒，这道光芒给阿功带来了灵感，于是阿功放弃收服水晶大岩蛇，小修他们也放弃收服，就这样，带着阿功送给他们的他们三人的两个王牌的宝可梦的玻璃制品心满意足的离开。
三人在海上继续漂泊，向奈普鲁岛前进，却无意间被卷入漩涡，以小修他们的能力，摆脱漩涡是非常轻松的事，不过小智他们并没有这么做，因为漩涡的中央有座小岛，岛上有很多宝可梦，火箭队三人组刚好来到这座岛，为了防止那座岛的宝可梦受到危害，他们和火箭队三人组一块来到这座岛。来到这座岛后，三人很快便遇到了这座岛的君莎小姐，君莎小姐一开始怀疑他们是盗猎者，但很快他们便洗清嫌疑，君莎小姐向他们介绍着作平柑岛。平柑岛是宝可梦自然保护区，因为岛的周围被漩涡包围，再加上岛上又大部分都是悬崖峭壁，所以人们很难登上这座岛屿。在这座岛上生长着一种特殊的水果——平柑果，如果长期食用，那么宝可梦就会变成粉红色，所以岛上的宝可梦大部分都是粉红色的。但是，如果只食用少量的话，宝可梦身上只会有一处或多处变成粉红色，但一段时间就会褪去粉红色，变回原来的样子。也正因为如此，吸引了不少盗猎者的光顾，但都被这座岛上的唯一的人类，君莎小姐赶跑，她是这座岛的守护者，得知火箭队就在这座岛，于是和小修他们一起找到他们，并将他们赶跑打飞，为了表示感谢，君莎小姐亲自送他们离开，同时小修他们也想君莎小姐保证，绝不会向其他人透露这座岛的存在。
小智一行人乘坐拉普拉斯向下一个岛前进时，一艘快艇略过，差点撞到他们。跟随快艇，小智他们得知这是一个有乔伊小姐带领考古团队和电视台的记者来到富拉四号岛找寻化石宝可梦化石盔的化石。在进发的途中，似乎一直有人在暗中阻止考古队前往发掘。最后，小智抓住了这个搞破坏的人，一位住在隔壁岛屿的田索，他说这座岛上有一个古老的传说：小岛一被破坏，红色的月亮照耀的时候，海上就会被黑暗所笼罩，到时候马上就有天大灾难发生。他劝大家不要破坏小岛，否则会有灾难发生。但不听劝阻的考古队还是挖掘出了化石盔的化石，再加上火箭队三人组的攻击，天上的月亮果然依传说所言变成了红色，化石盔们都复活了，由于岛屿是筑在化石盔上，化石盔的复活也使整座岛屿坍塌。小修他们带众人回到快艇，离开富拉四号岛，逃离了坍塌的小岛，化石盔也离开小岛寻找下一个它们沉睡的地方。电视台的记者经过这件事决定不再报道有关化石盔的事情了。
之后一行人来到哈撒岛，岛上的海港正好停靠了一艘豪华游轮，听说游轮上有宝可梦表演，于是上船观看表演，上面表演为宝可梦配音的表演秀，是很不错的表演，尤其是宝可梦和人类配合表演的那段对话，不得不说是非常厉害的，没有足够的默契是做不到的。不过一位年轻的演员凯儿似乎和她的宝可梦雷丘相处的有些问题，小智他们被请求帮助凯儿和雷丘。火箭队出现企图夺走船上的宝可梦，不过最后还是被打飞，但因为他们的原因，凯儿和雷丘终于能好好相处了，但团长因为伤到喉咙的原因无法参加表演，于是小智他们也加入表演，与其他人一同表演了精彩的表演秀。
之后他们在哈撒岛找了一处地方进行特训，遇到了一位水系宝可梦训练家小椿，小智他们说他们也认识一个和她同名的小椿，也就是烟墨道馆馆主小椿，塞蕾娜还说她还担任过华蓝道馆馆主。一听说塞蕾娜当过华蓝道馆馆主，小椿立马燃烧起来，希望能和塞蕾娜来一场水系宝可梦战斗，塞蕾娜应战，然后只用宝石海星轻松打败对方的三只宝可梦，这还没用上水箭龟和镰刀盔呢，之后她和小智与小修他们对战，结果依旧完败，他们都只用一只宝可梦打败她三只宝可梦，她都快怀疑自己的水平很菜了，还是小智解释他们已经拥有了冠军级的实力，尤其是塞蕾娜，这位神兽公主还在最近收服了洛奇亚作为自己的二号坐骑，小椿当然不相信，直到塞蕾娜放它出来她才相信的。之后小椿踏上她的修行之旅，小修他们也向奈普鲁岛继续前行。
一行人继续橘子诸岛航行，突然，他们看见了一位乔伊飞快地向前划著船。这位乔伊的肤色比普通的乔伊要深得多，而且肌肉更发达。小智紧跟其后，追至一座小岛。这位乔伊护士是为这些野生的宝可梦做巡诊，而独自留在这座无名岛上。由于这一带没有宝可梦中心，所以乔伊小姐要奔波与海上。她要划着小船载着吉利蛋在周围的小岛为生病了或受伤的宝可梦做巡诊。乔伊提供小智一行人的饮食并治疗了疲惫的拉普拉斯。为了报答恩泽，小智一行人决定帮助乔伊诊疗，与她一同前往各个岛屿给宝可梦治疗。
在途中，众人遭到火箭队的埋伏袭击，正准备出手的时候，一只超巨大的鲤鱼王突然出现，撞击火箭队的潜水艇，看上去是打算救乔伊小姐，乔伊小姐不忍心看到鲤鱼王为自己而受伤，希望鲤鱼王住手，结果鲤鱼王竟然进化为暴鲤龙，超巨大暴鲤龙一击打飞了火箭队，拯救了乔伊小姐。之后一行人终于来到了奈普鲁岛。
