1500美元在当时可是一笔巨款，于是伯尔在兴高采烈地回到家后不久，即开始招募游民，半个来月即组织起了大约80人。伯尔随后将这些人拉到了俄亥俄河上位于帕克斯堡东面的布伦纳哈赛特岛上，以垦荒种地的名义开始军事训练。
伯尔公然策划叛乱并游说外国势力分裂祖国倒也罢了，但奇怪的是谋划这种掉脑袋的阴谋口风却颇不严实。不出半年，各种谣言已经在当地传得沸沸扬扬，以至于杰斐逊那里隔三岔五就能收到检举前副总统叛国的署名或者匿名信件。不过，更邪门的还在后头。
1806年10月10日，伯尔的2名助手携带着一封密信前来和威尔金森会面。信里声称，英国方面已经同意支持伯尔，英国海军已准备加入计划。为此，伯尔敦促威尔金森在行动开始的时候配合他，沿密西西比河南下，突袭佛罗里达地区的西班牙军队。威尔金森此时已经用行动证明了自己的品格，大约半年前因为在任上贪赃枉法，他已被撤了职，此时正在家里赋闲中。听闻真的要动手，威尔金森不干了。尽管他和伯尔关系不错，自己的路易斯安那总督的位子还是通过伯尔向杰斐逊推荐才捞到的，但他实在是没有半分真要背叛联邦政府的意思。况且他被罢官回家都半年多了，哪有闲心去组织什么军队。说穿了，和亚伦·伯尔的联合与其说是“密谋”，不如说是朋友之间喝酒闲谈时说的大话罢了。思前想后，威尔金森决定临阵倒戈，写信向杰斐逊指证伯尔叛国。恰好在那段时间，纽约、费城的报纸也不知道是从哪里得到的消息，纷纷爆料前副总统伯尔先生即将揭竿而起的小道消息。
前副总统伯尔居然妄图叛国？那还得了！总统大人杰斐逊亲自签署了逮捕令，要将大逆不道的伯尔锁拿进京下牢问罪。新仇旧账，来个总清算吧。
伯尔不是被锁拿进京的，是自己跑去当地联邦法院向法官自首的。为什么？因为逮捕伯尔的消息被报纸登出来了，其效率比递送逮捕命令本身高得多。不过当地法院并没有为难伯尔的意思，询问了一番之后认定伯尔无罪，便放他回了家。可伯尔的太平日子没有维持几天，报上很快就登出了第二道逮捕命令。无可奈何的伯尔再次跑去了地方法院，在经过上次类似的过程之后，他又平安地回了家。
自首了两次的伯尔已是战战兢兢，回到家后整天闭门不出祈祷能就此过上太平日子。但是1807年年初，报上还是登出了第三份逮捕令。看来杰斐逊是不会放过他的，这一而再，再而三的，大有不整死他不罢休的架势。怎么办？跑吧！
往哪跑？新奥尔良已经是联邦的地头了，跑去那里只是送死而已。更况且他和威尔金森的关系谁都知道，杰斐逊一定会在那里设卡准备拿人（伯尔还不知道是威尔金森出卖了他）。那么，就去西班牙人控制下的佛罗里达吧。前副总统伯尔大人收拾完行李，一路奔向南边，结果一头撞上了在南边设卡正等着抓他的联邦司法人员，他的行踪杰斐逊全料到了。
躲得过初一躲不过十五，亚伦·伯尔大人到底是没能逃脱被“锁拿进京”的下场。不过人家到底是独立战争时代的悍将，在被押解回弗吉尼亚后还妄图逃跑，结果在打伤一名看守后被众人发现，领到了一顿饱揍……
杰斐逊的命令恰好在同时被送达：干脆也别送去华盛顿了，就在弗吉尼亚当地审理吧。但是，务必要让伯尔坐实叛国罪的罪名。
为了审判前副总统，弗吉尼亚州首府里士满的一家酒店进行了改建，布置成了临时公审会场。
联邦方面最有力的证人便是“烂人”威尔金森。在首次开庭的时候，威尔金森便以证人的身份出庭作证，并出示了伯尔在去年10月10日托助手带给他的密信。如此强大物证在手，伯尔的下场似乎是近在眼前了？不过各位可别说伯尔缺心眼，居然将那么重要的事情留了物证给别人——伯尔当时派人带去的信，在威尔金森读过之后便被要过来烧掉了。
那么这封信是怎么回事？
在看过证人出示的证物后，伯尔当庭宣称此信不是他所写，而威尔金森咬定这是伯尔的信。结果两人当庭唱起了以“不是、就是”为主题的Rapper。那个年代可没笔迹识别专家，怎么处理这个僵局？很简单，法官命令两人抄书。而这一抄也就真伪立辨了，信的笔迹明明是威尔金森的嘛。威尔金森只能解释说，这封信是他凭记忆在事后默写的，原件在当时就被烧了。
在旁听者的哄笑下，威尔金森被大发雷霆的法官轰了下去，不过审判情况对伯尔依然是极为不利的，因为杰斐逊下了“必须坐实罪名”的死命令，而共和派方面也发动了所有的关系，这次是务必要将伯尔这条落水狗打到死为止。而伯尔呢，自从一枪打死汉密尔顿之后就成了彻彻底底的孤家寡人，联邦党人不原谅他，通过坦慕尼俱乐部拉上的各层关系也疏远他，他现在是喊天天不应，叫地地不灵了。
叛国罪的下场是上绞架，而州法院判决伯尔有罪。就在亚伦·伯尔在牢里等死的时候，一个意料之外的人救了他一命——联邦最高法院首席大法官约翰·马歇尔。联邦法院首任首席大法官是约翰·杰伊，约翰·马歇尔是第二任。
在马歇尔看来，伯尔的事情被定性为叛国本身便是禁不起推敲的：
首先，不论威尔金森所说的那封信是否属实，其内容都只牵扯到武力攻击西班牙领土，而没说要攻击美国的土地。
再者，联邦的检察官也不是以叛乱事实作为罪名，而只是以推断和谣传作为依据来指控伯尔叛乱的，这种以动机和预谋来指控别人犯有叛乱罪的行为本身就是很狗血的。
最后，联邦军队在布伦纳哈赛特岛上逮捕的那80多个武装“农民”，并未宣称伯尔是他们的首领或者雇主，当地也没有人看到过伯尔去过布伦纳哈赛特岛，所以这摆明了就是一起利用一些事实进行的政治迫害。如果说伯尔一定有罪，那也该是西班牙政府对伯尔提起公诉，指控他阴谋攻击西班牙领地。
马歇尔认定，这一系列事件中唯一能认定的事实是伯尔曾接洽过英国驻美公使——从英国政府那里拿了“30000个5美分”而已。伯尔找到英国公使的真正目的很可能“只是”诈骗，而如果这真是一场诈骗，那么必须要由英国政府方面作为苦主来向美国法院起诉伯尔，经过审判才能定罪……
总而言之，指控前副总统伯尔叛国，联邦最高法院首席大法官约翰·马歇尔认为，证据不足。
马歇尔是个认死理的人，谁去劝都没用，即便杰斐逊亲自登门，得到的也只能是类似“请总统先生不要干涉司法公正”一类的回答。最后气得总统大人杰斐逊在最高法院里羊角风当场发作，马歇尔大法官还是没有松口。
因为这么一个死咬条文的大法官，伯尔的小命总算是保住了。不过他究竟是真的意图叛国，还是借着叛国之名从英国那里骗钱，直到今天英美两国的历史学家对此仍没有确切答案。
大难不死的伯尔这回彻底领教到了政治的危险，在被无罪释放后不久就远渡重洋自我流放去了欧洲，很久之后才返回美国。在他之后的30多年余生里，再也不过问政治。
落水狗伯尔没有灭成，托马斯·杰斐逊本人，却即将于1808年卸任了。对于政治，即便是善于弄权的他也算是领教够了。临近大选的时候，托马斯·杰斐逊明智地做出决定，不再谋求连任第三届总统，干脆学华盛顿一样早早隐退，反正家里还有温柔的黑人女奴在等着他。
于是乎，在冠冕堂皇的卸任演说之后，杰斐逊不干了。而总统最多担任两届这一点，在这以后也就成了传统，不久之后又被以宪法修正案的形式确立下来。
托马斯·杰斐逊走人了，麦迪逊将接替他成为共和派的掌门人。联邦党人则开始磨刀霍霍，准备尝试重新夺回总统的宝座。但是，杰斐逊留给后辈的并不是一个好年景，各种危机正在酝酿成形，美国即将再次被推向战争的深渊，再次面对和英国人交战的局面。
美国“倒爷”
建国之初的美国，其立国之本是建立在农业和海外贸易之上的。美国建国之初的农业状况，就如前文所叙述的那样，将面临一定时间段内的衰退困境，那么海外贸易势必将越来越成为国家财政倚重的支柱。至于工业……什么是“工业”？
18世纪末的欧洲风云动荡，英国的老对头法兰西波旁王朝垮台后，轰轰烈烈的法国大革命爆发了，并引起了欧洲诸国的一系列连锁反应。为了维护统治，国王和大公们组织起了武装干涉同盟，使欧洲陷入混战。1799年，随着科西嘉人拿破仑的崛起，进而统治了法兰西，英法两国为了争夺欧洲的霸权，展开了一场横跨军事、政治、商业的全面对抗。
俗话说“神仙打架，凡人遭殃”，但对美国人来说，英法之间的角力却意味着巨大的商机。贸易战和封锁延续了英法对抗的全过程，双方互相捕获对方船只也就成了家常便饭，但是封锁归封锁捕获归捕获，海上贸易却还是必需的。英国本土需要来自海外的粮食，同时为了让英国的纺纱机继续转下去，棉花、亚麻等工业基本原料也是必需的。这些东西法国也一样需要。美国“倒爷们”大量建造起一种小型快速商船用来维持其有风险的远洋贸易。这类被戏称为“飞剪船”的小型快速商船拥有利于劈波航行的飞剪船首，载货通常仅为60吨，最高不超过100吨，船体狭长。但就在这小巧的船身上，却安装有两副甚至三副桅杆！顺风顺水的时候，这种飞剪船能够跑得比英国海军最快速的三桅护卫舰还要快。
从1793年至1811年间，共计有超过5500艘此类商船航行于大西洋之上，从事着和英法有关的海上贸易。虽然到1812年战争之前，共计有超过1700艘被英、法海军虏获，但其赚取的丰厚利润仍促使诸多船主不顾一切地投身于新旧大陆之间的海上贸易。
因为战争的缘故，英、法的商运开始萎缩，船只被集中于主要航路之上，集中贩运各类紧俏商品和战争物资，从而放松了对远东地区与南亚的贸易监管和垄断，这就给了美国“倒爷们”可乘之机。美国商人很快就不满足于航行于美洲和欧洲之间，第一艘驶抵印度的美国船于1785年进入加尔各答港内。1794年，美国因为《杰伊条约》的签署而获得了对印度贸易“最惠国”待遇后，更多的美国商船驶向了印度。英国政府在《杰伊条约》中，只给予了美国商人和印度进行直接贸易的权利，但随着拿破仑战争的展开，越来越多的美国船开始无视这一规定，将印度货物转运至欧洲，大搞收入颇丰的三角贸易。
驶向远东的美国商船数目也与日俱增，仅1805年至1806年间，就计有42艘驶抵广州，载运着总值超过500万美元的货物，包括英国棉布、皮货、香料、白银等等。特别需要提到的是，其中还包括102箱首次经海上贸易线抵达中国的鸦片。这批鸦片产自土耳其，经由美国商船转运至广州，销路不错。作为鸦片贸易的鼻祖，美国商人的先进经验被英国人所借鉴，英国商人们还在政府的默许下于印度开辟了广大的鸦片田，种植并提炼出成批的毒品向清帝国贩卖……
跨洋贸易积累起了巨大的财富，并使美国的商船保有量直线上升，美国的人均船舶吨位数在1793年即超过英国位居世界第一。到了1805年，美国的海外规模已经变得空前巨大，总量几乎达到了当年全世界贸易总额的1/3强，凌驾于英、法之上。贸易带来了巨额利润，而利润构筑了繁荣。美国北方的重要商港波士顿、纽约等，以及位于南方的查尔斯顿港，先后成为了这个国家繁荣的中心点。证券、银行、贸易商行纷纷涌现，构筑起了一派和谐盛世的景象，被最初的美国国家主义者讴歌为“繁荣而自由的合众国”。但是，这种繁荣是虚构的，是缺乏基础的，也是极不平衡的。
必须要强调的是，19世纪初美国的这种“经济繁荣”是局限于其东部沿海地区的，而即便是在东北部那些最主要的商港，真正享受到富裕生活的，也只是那些持有大量资产的投机者、船东和富商。至于普通市民、西部农民、乡镇小业主等，他们并未从贸易繁荣中得到半点好处，日子还是该怎么过就怎么过。甚至由于庞大的物流和来自欧洲的商品输入，西部和北部农村的自耕农以及各种本土的小业主，非但没有从贸易繁荣中受惠，反因从工业国家输入的廉价商品而饱受冲击，许多人甚至被挤压到了濒临破产的境地。
单从国家整体情况而言，19世纪初的美国工业并非一无是处。由于经济的发展和白人移民的向西拓展，与其生活相配套的各种可被称为“工业”的设施也稳步跟进。与自18世纪末已开始“工业革命”的英国相比，美国当时可被称为“工业”的产业还主要仰赖于分散于各家庭的手工业，以及小型作坊式生产，真正成点规模的唯有印刷业一种而已，但其形式也多以遍布城乡的小印刷作坊为主。
