眼看科研一部的工作进度如此之快，科研二部和三部便也受到了“鼓舞”。虽然陆军型能源压缩及反应存储装置一体机还存在着诸多的问题需要解决，但科研三部好歹是拿出了十二分精神研讨出了一个还算说得过去的解决方案，但实际上实施起来的难度依旧是让他们身心俱惫。
科研二部的进展明显要比三部好些，由于其对于海军型能源压缩及反应存储装置一体机的试机和优化并不像科研一部和三部那样被局限于现有的装备上，所以从某种程度上来说，他们的研究工作更具有广阔的开源性。值得一提的是，科研三部本来就已经有了新型战舰的设计方案，该设计方案旨利用一个较为标准化的指标来设计和建造智能化、信息化和未来化的新型战舰。这个方案所涉及到的项目涵盖了隐身导弹驱逐舰项目、隐身导弹护卫舰项目、隐身导弹巡洋舰项目、隐身两栖攻击舰项目、隐身濒海作战舰项目和超大型综合补给舰项目。显然，在“蓝光”被开发出来之后，超大型综合补给舰项目是不需要进行的。而事实上，当时由于该项目所涉及到的技术先进性已经远远超出了先觉者集团所掌握的技术范围，科研三部在建造样船时便把该项目从总项目计划中暂时剔除了。在反物质能源研究项目被叫停的那段时间里，科研三部调集了所有的资源将设计方案付诸实施，一鼓作气将设计方案中所提及的除超大型综合补给舰外的其他战舰各建造出了一艘样船。但是，由于科研三部当时的计算错误，未能利用现有的技术把已经建造出的战舰匹配到合适的动力系统，所以，即使该设计方案已经从图纸变成了实物，说到底却还是纸上谈兵。并且，由于该设计方案耗资庞大却毫无实质性的成果，当时的科研三部正要面临来自董事会的处罚，还好他们还没来得及被处罚，“蓝光”就已经顺利投产，这也算是歪打正着吧。
与科研一部不同，由于战舰的体型和吨位要比战斗机大得多，所以科研三部采用了与科研一部不同的能源球排列组合方式。科研三部在集中研究后决定用“凤凰座形”、“鲸鱼座形”和“环形星云状”的排列组合方式来作为战舰能源球的组合排列形式。最终，他们花费了3个月的时间完成了海军型能源压缩及反应存储装置一体机的试机工作，并最终确定以“环形星云状”作为能源球的排列组合形式。值得一提的是，科研三部在组合方式上做了进一步创新，他们将能源球进行了核子分离，使能源球在按“环形星云状”的排列方式下能够相互吸引并产生适当的核子牵引力。被优化后的能源球在一体机运行的过程中可以如同真正的星云般实现自转和公转，不仅增强了能量输出，而且观感性十足。给样舰换装好动力系统后，各型战舰便顺利如期地进入了下水试航阶段。实践证明，海军型能源压缩及反应存储装置一体机完全能够满足各吨位战舰的动力需求。在为期一个月的试航过程中，各型战舰均表现出了极佳的综合性能和协调作战性能。最后，科研三部将定型后的战舰统一命名为“波塞冬”系列，并最终实现了批量投产和列装的目标。
其中，隐身导弹驱逐舰的列装序列为“波塞冬”级SMD，舰长448米，舷宽48米，吃水30米，标准排水量8.8万吨，满载排水量为10万吨，标准航速100节，最大航速200节，极限航速222节，续航力无限制。武器系统、火控系统、主动防御与被动防御等系统均为科研三部自主设计研发的“海狼星”系列。
其中，武器系统方面，该舰装备有8座“海狼星”MK-R1型导弹垂直发射装置，首部3座共120个单元，中部2座共60个单元，尾部3座共120个单元，可发射“海狼星”MK-SR1型可调距舰空导弹、“海狼星”MK-LR1型可调距激光制导导弹、“海狼星”SY-K巡航导弹、“海狼星”MK-SS1反潜导弹和“海狼星”FK1防空导弹。首尾各4座6联装“海狼星”SJ-1可调距反舰导弹及发射装置，中部2座4联装“海狼星”SJ-2可调距反舰导弹及发射装置。6座5联装450毫米“海狼星”YL鱼雷发射器，发射HL1号鱼雷，所有导弹发射装置和鱼雷发射器均采用了“隐形”设计，需要时可由舰岛中控台控制，发射装置和发射器下的升降机会将隐藏于甲板下的武器系统分别送到作战平台上。另有首尾各3座150毫米“海狼星”JSP舰炮、8座12管45毫米“海狼星”JSW近防炮、6座16管“海狼星”GR-H红外干扰弹和箔条干扰弹发射装置、6座“海狼星”W-shark拖曳鱼雷诱饵、15挺14.5毫米机枪和6挺25毫米特制的WOLF01反器材狙击步枪。
火控系统方面，“波塞冬”级系列战舰统一采用了“海狼星”相控阵四维空间雷达、火控雷达及战术导航雷达阵列，采用“海狼星”shark-X系列声纳。
“波塞冬”级系列战舰所采用的“海狼星”Armor主动防御及被动防御系统不仅让“波塞冬”级系列战舰的综合作战性能呈直线上升，更是大大增强了其作战生存率，这是当下除此之外的其他任一战舰所不具备的。
更值得一提的是，为了解决全天候持续作战的物资补给问题，“波塞冬”级系列战舰均采用了“海鲨”海水净化系统、“厨师”食物自供给系统和“海狼星”Mas微型弹药供给链系统。其中，“海鲨”海水净化系统能够在1个小时内将20吨海水淡化、净化至饮用水级别的淡水资源。“厨师”食物自供给系统则能够根据船员的需要将各种海产品加工成可口的美味。“海狼星”Mas微型弹药供给链系统则相当于一个微型弹药生产及组装流水线，能在两个小时内生产或组装出5万发各型子弹或1万发各型炮弹或1500枚各型舰载导弹或100枚巡航导弹，并最终利用传送带将生产或组装完成的弹药输送至弹药库分类存放。
另外，“波塞冬”级SMD隐身导弹驱逐舰于舰尾设有8座立体起降平台，可同时供10架反潜直升机或8架武装直升机或8架多用途舰载直升机停放。需要时，这8座起降平台也能相互拼组成1～2个大型起降平台，可同时供4架具备短距垂直起降的战斗机停放。
“波塞冬”级SMD全舰均以先进隐身涂料涂装，并以此巩固其舰本体设计带来的隐身性能。
隐身导弹巡洋舰的列装序列为“波塞冬”级SMC，舰长450米，舷宽48米，吃水32米，标准排水量9万吨，满载排水量10万吨，标准航速100节，最大航速200节，极限航速223节，续航力无限制。武器系统方面，该舰装备有几乎与SMD相同的武器。电子设备方面，该舰另设有“海狼星”EEL电子对抗与电子战系统。其舰尾同样设有8座立体起降平台，全舰同样以先进隐身涂料涂装，以此来巩固舰体设计带来的隐身性能。
隐身导弹护卫舰的列装序列为“波塞冬”级SMF，舰长440米，舷宽48米，吃水30米，标准排水量为8.6万吨，满载排水量为10万吨，标准航速100节，最大航速200节，极限航速222节，续航力无限制。武器系统方面，除与SMD相同的配置外，另有“海狼星”ST-sh水雷及深水炸弹布施装置。其舰尾同样设有8座立体起降平台，全舰同样以先进隐身涂料涂装，以此来巩固舰体设计带来的隐身性能。
隐身两栖攻击舰的列装序列为“波塞冬”级SA2S，舰长450米，全宽60米，标准排水量8.9万吨，满载排水量10万吨，标准航速150节，最大航速200节，极限航速225节，续航力无限制。武器系统方面，除无舰炮、鱼雷、水雷和深水炸弹外，其余与SMF基本相同，可同时搭载80架各型舰载机。全舰同样以先进隐身涂料涂装，以此来巩固舰体设计带来的隐身性能。
隐身濒海作战舰的列装序列为“波塞冬”级X-IIW，舰长300米，全宽28米，标准排水量6.8万吨，满载排水量8.5万吨，标准航速180节，最大航速240节，极限航速280节，续航力无限制。全舰采用隐身设计，以先进隐身涂料涂装，主要用于支持特种作战。
按照计划，先觉者集团原定生产并列装600艘SMD、450艘SMC、300艘SMF、50艘SA2S和20艘X-IIW，但由于资金问题，他们不得不将海军战舰的列装计划暂时搁置。
