神魔之战空前惨烈，同时也给天地造成无以伦比的灾害：山崩地裂、气候失常，大地死一般沉寂。这时天地急需一个大神将这副重担扛起来，重整天地的秩序。因而太阳神还未来得及安慰这刚刚失去至亲的女娲，便匆匆告别她，挥泪而去。临去亦告诉女娲，伏羲不一定真正消失，他已化作两块灵石消失在天地之中。太阳神去后，成了炎帝，重振天地秩序。
伏羲逝去，怎不令天地同悲。大地只留下女娲孤独地生活着，她在昆仑山山顶呆了九天九夜，想着和伏羲一起的快乐的时光，想着和伏羲一起降妖伏魔、一起经历的千辛万苦。她苦啊，和她相依为命的羲哥就这样去了，逝去时却连尸骨都化为灰烬再也找不到了，以后的日子女娲有如孤雁只影，无依无靠地生活着。想着他真得想随他而去，但是想到那万千生灵，最终打消了这念头。
“神农说羲哥并非真得消失了，只是化作两块灵石，只是天地如此之大该如何寻找？不，我一定要穷我毕生之力寻找！”女娲站在高山之巅暗暗发誓。
可怜的女娲从昆仑山下来时已是银丝满头。以后的岁月，她的足迹踏遍了三山五岳、江河湖泊，从天到地寻找伏羲灵石的下落，只是，得到的尽是失望。越失望便越寻找。
经过一定岁月，天地又回到了正常的秩序，到处呈现勃勃生机，所到之处到处鸟语花香，只是还是少了人类这种生命。
这一天，女娲来到黄河边上。她捏了一把黄土，随手捏了个人样，想起伏羲，不由得悲从心来，一滴泪滴落在人样的黄土上。
“妈妈，妈妈！”女娲询声看去，只见所捏的黄土活脱脱成了小儿模样，女娲看了自己的杰作非常高兴。于是，她干脆做了很多的人，有男、有女。一时间大地上响起“妈妈，妈妈！”的叫声。女娲高兴极了。这就女娲捏黄土造人的故事，因而，女娲后来被人类称作“始祖”。
时间一天天过去了，小儿渐渐长大，彼此间和睦相处，并且懂得了如何传宗接代，这样大地上的人类越来越多。由于，女娲造的第一代人类赋予了女娲的灵气，因而被封为神，如水神共工、火神祝融等，因而渐生傲慢之气，加之人类越来越多，于是，彼此间尔虞我诈、你侵我夺越来越多，人类彼此间的和睦秩序被打破，人神之间、神神之间、人人之间的矛盾愈来愈深，人为造成的天地不平衡即将爆发。
首先，蚩尤与黄帝的大战。蚩尤有八十一兄弟，他们全是猛兽般强壮的身体，铜头铁额，凶猛无比。有一次，攻打创世神炎帝，炎帝经受不住，被打得一败涂地，于是逃到黄帝处求救。于是黄帝与蚩尤在涿鹿展开激烈的战争。最后黄帝在九天玄女的帮助下并且制作“指南车”，破解了蚩尤的迷阵，捉住蚩尤并将其杀死，并将其魂魄封印在地狱深渊。
自从将蚩尤的魂魄禁锢在地狱深渊后，炎帝心中挂念着当初封魔时的义妹女娲和他知道那个旷世之魔混沌并没有死去，他有朝一日会挣脱神符的束缚，重返天地，当时天地必将遭受灭顶之灾，首要之际必须为若干年后混沌的重返做好应对的准备。于是他将天帝之位让给了轩辕黄帝。
神农飞天遁地寻找女娲的下落，可是却杳无踪迹，他知道女娲必是因为伤痛伏羲之死，而不愿在天地中露面，只想一人静静的过下去，并且他知道女娲要想躲避起来，可以说天地之内没有任何的人神可以察觉到她的位置，因为她的修为在三界之中是至高无上的。神农找寻不到女娲的下落，便放弃追寻，一人来到昆仑山顶思考若干年后的事情。
而此时的天庭在轩辕黄帝的执政之下，将以往的混乱局面休整。天庭的力量也得到了加强，当时天庭还没有道教三清，元始、道德、灵宝他们都还是童子，在鸿钧道人的朝英洞中学艺，至于太乙真人、太白金星、天王李靖和哪吒三太子以及各部星君等等都还没有入世，而西方的释迦摩尼、燃灯古佛等此时还在灵山苦苦修炼，此时的天庭除天帝外就是普度天尊，相当于后来人间朝廷中的宰相之位。普度天尊以下就是过去七神和三个护法天神，分别是战神刑天、火神祝融、水神共工，再接下来就是五雷正神和风雨雷电火五部正神等等。
虽说天庭重振秩序，但是天庭中也存在着多种派系，正所谓水火不相容的道理，天庭之中水神与火神关系最为紧张，而普度天尊则一向认为自己是一人之下万人之上的崇高地位，因而显得有些狂妄自大，而过去七神则喜欢摆资格，动嘴就是已过去七神的身份压人，而刑天则不依附于任何派系中。所以天庭的再一次的动荡就在隐隐之中，随时都有爆发的可能。
