“好痛！这是哪？我怎么会在这里？”一个无比黑暗的空间内，传来一阵呻吟。一名十五六岁的少年静静地悬浮着，说是悬浮，实际上这里没有方向，时间，物质，除了少年自己。
“对了，我好像是在坐公交车，然后公交车从大桥上掉进了江里。”少年努力的回想，“那我现在是穿越了？”看着周围这漆黑一片的情景，少年暗自咽了口口水，对着周围大喊：“有人吗？这里有没有人？”但是连个回音都没有。少年不禁有些失落，“果然，这里只有我一个。”尽管早有心理准备，但是孤独的感觉仍然止不住。
随后少年又振作起来，斗志昂扬，“这里是属于我一个人的了，拥有一个独立的空间，还是类似于混沌的时候，怕是只我一家了吧。哈哈哈……”少年越想越得意，笑出声来。
“说起来，这个混沌的空间到底有什么用，我什么时候才能出去呢？”一想到在这个空间里不知要待多久，少年心里带上一抹惆怅。
忽然，一阵气流袭过，少年感觉到自己的身体竟然有了一丝丝强化。这让少年大喜过望，只要不断的吸收这些气流，把身体强化，说不定哪天就能像小说里那样撕裂空间，从这里出去。“幸亏我家还有祖传的气功，不然等那些气流来不知要浪费我多少时间！”少年当机立断，沉下心来修炼起气功。一阵阵吸力从少年的身体里传来，大量的气流涌入，随着气功的运行送到全身各处，每一个细胞都在欢呼雀跃，不断的壮大强化。
过了很久，久到少年精神麻木，只剩下机械般的运转气功，强化身体，若不是想要出去的强烈渴望的支持，他只怕早已精神崩溃了。这个时候，他的身体仿佛达到了某个临界点，再也没有吸进半道气流，可是仍然有大量的气流在涌进他的身体，他的身体开始崩裂，肌肉不停的裂开，出现一道道豁口，但在强大的恢复力下又马上愈合。愈合还没完成，下一道伤口又裂开，就这样不断的循环，持续了很久，少年却毫无反应，就像身体不是他的一样。这样的好处也是显而易见的，少年的身体在一次次的破灭与新生变得更为强大，向着更高级的生命层次进化，突破了人类的极限。
一道蓝白色电光闪过，少年那死灰的眼眸里闪过一抹波动，沙哑的声音从少年嘴里发出“那是……光！”少年的心情从死寂转为狂喜，“哈哈！光！”紧接着少年停止了气功的运转，调集身体里的气向身后喷射，控制这身体向电光冲去。终于，少年的手碰到了电光，化作一道流光，没入了电光里，随后电光也消失在了这处不知名的空间。
学园都市是面积占据东京都西部三分之一的都市，居住着230万人，其中八成（180万）以上是科学势力的代表：学生。拥有世界上最尖端的科技，一般认为领先外界约30年。学园都市的由统括理事长亚雷斯塔·克劳利花费50年的时间创建，由「统括理事会」全权管理。由于技术、研究多数都是高度机密事项，学园都市内的警戒体制非常严格，对人员进出有严格的限制。
学园都市是一个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生研究设施，生产、商业设施，国际展示场，国际机场等等在都市内生活的所需要的生活设施都齐备。
学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。学园都市的学生大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level0）、低能力者（Level1）、异能力者（Level2）、强能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、绝对能力者（Level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为Level6的可能，并没有哪一个角色成功进化为Level6。并每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但学生中的六成是无能力者，而学园都市中超能力者也只有七人。
此刻学园都市某座大桥上，茶发国中生少女与刺猬头少年对峙着。就在这紧张的气氛下一道莫名的闪电击中了两人之间的空地。少女明显愣了神，她并没有使用能力，这道闪电是怎么来的？刺猬头看见少女愣了神，心中一喜。“好机会！趁着放电妹楞神，赶紧跑！”这样想着，刺猬头转过身就跑。少女也发现了刺猬头要逃跑，很是愤怒，大叫：“别想跑！来和我决斗！”无意中扫了一眼，发现地上出现了一个少年。少年身上有着密密麻麻的伤口，在渗出血迹。“喂！你怎么啦！醒醒啊！”很遗憾，少女的呼喊没有任何作用，少年依旧昏迷不醒。“伤的这么重，要赶快送医院才行。为什么我要做这种事！都怪那个该死的刺猬头！”少女把少年的手搭在肩上，搀扶着昏迷的少年，走向了医院。“这家伙怎么这么重啊！”少女在心底抱怨。
少年睁开眼，入眼是一片白茫茫的。“少年，醒了吗？”听见这声音，少年转头，看见的是张奇怪的脸。“青蛙精！”也对，那硕大的眼睛，可不就是青蛙精，“诶～我现在说的好像不是汉语啊，是日语！我怎么会说日语的？”，不过他也知道现在不是说这个的时候，所以压下了心里的疑惑。
青蛙脸医生一脸无奈，“现在的年轻人啊！算了，自我介绍一下，我叫冥土追魂，是名医生，你呢？”“名字啊！时间太久，忘了。”看着少年一脸无辜，冥土追魂实在是不知道说什么好，到底是有多久你才会忘了自己的名字啊！感慨一番，冥土追魂决定给少年取一个名字。“这样啊，我给你取一个，叫石横拓也怎么样。”“谢谢你啦医生，名字很不错，我很喜欢。”石横拓也高兴的向冥土追魂道谢。
“拓也，等一下你能不能和我一起去做一下能力测试。”冥土追魂向石横拓也提出请求，“你的身体的强大超出了我的想象，足足是普通人的百倍有余。”
“能力测试？那是什么？”
“能力测试就是通过科学的测量手段，直观的把你能力的强弱测量出来，同时对你进行评级。”冥土追魂耐心的替他解释。
“听起来还不错，带我去吧。。”石横拓也想了一下，同意了。
换上冥土追魂给自己准备的衣服，石横拓也整个人都精神多了。“没想到你这小子还挺帅的嘛。”石横拓也本来长得也不错，现在是一头黑色的短发，剑眉星目，棱角分明的面孔，一米八左右的身高，健硕的身材，令他充满了阳刚之气。
“就是这里，你听从研究员的安排进行实验就行了。”冥土追魂在一旁叮嘱，然后退到了安全区里，他是知道拓也身体有多强悍的，为了自己的小命着想，他决定离拓也远些。
“由于我们并不知道你的能力类型，结合冥土追魂先生提供的资料，给你准备了两个基本测试，分别是力量和速度，至于其他的测试临时安排。”一个穿着白大褂，戴着眼镜的高个子在给拓也讲解测验的注意事项。“你是说让我全力击打这个机器，就能测出我的力量，是这样吧。”拓也打量了这个机器，看上去和拳击测力计差不多，不过结构更加紧密，更结实。“好！我就全力出手试一试！喝呀！”轻喝一声，拓也右手握拳放在腰间，右脚向后斜跨一步，把腰一扭，朝着测力计挥出了自己的拳头。“轰！”一声巨响，测力计发生了爆炸，飞散成零件四散纷飞。现场一片安静，研究员们都陷入了呆滞，那台机器可是要百吨以上的力量才能打坏哎，要打成直接爆炸起码要翻上一倍！
“咳咳，接下来是速度。请在跑道上准备。”眼镜男咳嗽了两声，缓解了尴尬，让拓也在跑道上准备。
一声令下，研究院一眨眼的的功夫，拓也就不见了人影，“他人呢？”正当他疑惑的时候，又是一声巨响。
他循着声音看过去，拓也撞到了墙上。“音速，他绝对超越了音速！”跑道有一千米长，从他在自己的眼中消失到撞到墙不超过三秒钟，这难道会是第八位超能力者吗！其他的研究员都是一样的激动，显然他们也发现了这个可能。
平复了下心情，眼镜男恭敬的询问拓也，“请问您有其他的攻击手段吗？”
拓也搞不懂为什么他突然变得恭敬了，不过他还是点了头。他抬起了右手，一道湛蓝色的光柱带起强劲的风，试验场的墙在光柱之下毫无反抗之力，轻易的就被贯穿，穿墙而过数百米，才消散。“这样够了吗？”拓也扭过头，看着目瞪口呆的眼镜男。
之后毫无疑问的，拓也被评定为了Level5，很快学园都市诞生第八位超能力者的消息传遍了整座城市。
“医生，我可以离开医院了吗？”实验测试完，石横拓也想离开医院，就询问冥土追魂。“不行啊，你没有身份证明，是不能在学园都市里活动的，先等我给你申请好身份证明在离开吧。”石横拓也一脸郁闷，“那还要多久啊！我都要无聊死了！”尽管口中不断的抱怨，但石横拓也还是乖乖的待在了病房里。
“呱太医生，我上回送来的那个家伙好了没啊？”一个女孩子的声音传来，不由自主的，石横拓也回过了头。一个有着茶色齐肩头发的国中女生，穿着灰色百褶裙，短袖上衣与夏季薄毛衣，不化妆也很俏丽的面孔，看到这名少女，久远之前的记忆浮上来，加上冥土追魂，学园都市，Level5等等词语，石横拓也终于知道这是哪里了，这里是——魔法禁书目录的世界！
