摩柯末坐在阿姆河西南岸的营地上对众人说道：“我们现在要好好布置下一步作战计划了，不能坐以待毙啊！”就在此时，又传来不花剌和撒麻耳干失陷的消息，花剌子模的宿将建议：河中地区已无法挽救，应以全力防守呼罗珊、伊拉克，召集各处之兵，合成一军，并招回教徒入伍，共同据守阿姆河一线，但摩柯末不以为然地否决了。又有人说道：“我们可以将军队撤到哥疾宁抵抗蒙古，如形势不利，可以合议逃到印度。”摩柯末马上接受了这个比较软弱的建议。而扎兰丁却对这两个建议都不满意，他主张立即回师与蒙古军展开战斗，但摩柯末没有理睬这个建议。就在摩柯末喘息时，者别率领的大军已从般扎卜渡过了阿姆河，进入摩柯末的驻地，诸臣子、王子为了保护君父安全，与者别发生激烈战斗，者别初战不利。就在此时，速不台的后卫军赶到阿姆河岸边。当时天色已晚，速不台下令军士每人点三支火把，在阿姆河上下游走。顿时星火如昼，摩柯末大声惊呼道：“蒙古大军将至，我们还是快快撤退吧！”就这样，摩柯末的军队进入巴里黑地区。
摩柯末进入巴里黑后，他的手下却没有与他同仇敌忾，而是想将算端杀死，当天晚上，摩柯末得到消息，于是换了个睡处，躲过了被杀死的命运。此时的摩柯末更加提心吊胆，他重新组织了一队护卫人员，径直向呼罗珊进发。此时的者别、速不台大军站在阿姆河畔，准备用蒙古军的皮筏顺阿姆河而下，进攻呼罗珊。坐在皮筏上的蒙古军很快就突破了阿姆河上的防线。者别、速不台到达巴里黑后不费一兵一枪就降服了这座城市。安排守城任务之后，者别选派了一个当地的向导，在他们搜寻摩柯末的时候给他们带路。途中他们抢掠了咱维县，屠杀了县民。蒙军渐渐逼近你沙不儿，此时摩柯末借口出城打猎想离开你沙不儿，到伊拉克去避难。就在此时，探马飞报说蒙军到来了。于是摩柯末回到了哥疾宁，但将他的嫔妃、子女和母亲都送到了哈伦堡安身，想得到伊拉克守将的保护。摩柯末部署城防结束后，藏到一个深山中去，企图在那里召集军队，与蒙古军展开周旋。但者别、速不台大军在一路西进的路上并没有遇到巨大的抵抗，当他们每到一座城市时，都在当地得到许多的财物和粮草。所以蒙古军也没有对他们进行杀戮，只有徒思城对蒙古军表示了敌对，者别攻下了它，并对那里的城民进行了无情的杀戮。
当者别与速不台分兵追进时，摩柯末的王侯、大臣已经在可疾云聚集了三万人的军队，摩柯末决定在伊拉克与蒙古军顽抗。就在摩柯末重新找到自信的时候，者别等人一举攻下了剌夷城。剌夷城被攻破的消息传到了摩柯末君臣的耳中时，摩柯末震惊地喊道：“难道安拉就不爱护他的孩子了吗？为什么蒙古人在你的土地上会所向无敌呢？”整个军队的士气马上跌到了谷底。当他们听到蒙古军到来的消息后，纷纷逃跑，刚刚聚集起来的军队失散了一半，军不成军。摩柯末也带着亲信跑到哈伦堡避难去了。者别大军听说摩柯末在哈伦堡中，在那里与花剌子模军大战，还没有分出胜负，者别得到消息说算端离开了，者别马不停蹄，跟踪而去。经过无数次的颠沛流离，摩柯末来到额别思宽的一个岛上躲避了一段时间。在当地的礼拜寺里虔诚地祷告了几天，然后在教长诵读《古兰经》的声音中，摩柯末又向另一个远岛上出发。摩柯末在小岛上已经过着提心吊胆的生活了。
后来，在“叛徒”的带领下，者别、速不台大军来到海边搜寻摩柯末的下落，但事情未果，于是回师攻克哈伦堡，将摩柯末的亲族全部抓住。摩柯末得到消息后，垂泪喊道：“待我复兴之日，定要遵照正义之礼，报仇雪恨。”顿时头晕目眩的摩柯末在卧榻上躺了几天。后来他又得了肋膜炎，弥留之际，他将几个儿子叫到身边道：“非扎兰丁不足以光复故国。”于是摩柯末废掉了秃儿罕哈敦意图确立的太子斡思剌黑，扎兰丁重新成为了太子。他亲自给扎兰丁戴上配刀，命诸子发誓，保证今后守忠不贰。一转眼，时间到了1220年12月，摩柯末死在了小岛之上。
摩柯末放弃首都，放弃天险，放弃一路上所有的城堡，祈灵于神灵与天意，只知道率众逃跑，从未发起过一次像样的抵抗。由这样一个人充当抗战时的领袖，这个国家焉能不亡国灭种、生民涂炭呢？摩柯末本人被困死岛，幼子被杀，嫔妃、母后被掳，这也是罪有应得，是历史对他的无情惩罚。正是摩柯末的死亡，使得整个花剌子模强盛不再，蒙古军的全面胜利就在眼前。
清剿残部版图剧增
摩柯末在小岛上病死了，而整个花剌子模并没有因为他的离去而伤感，相反众多的贵族觉得他的辞世能给花剌子模带来不一样的未来，他们觉得新算端扎兰丁能带领他们收复河山。扎兰丁正在伊拉克境内等待时机，等待他认为好的时候来对付成吉思汗大军。但在花剌子模腹地，蒙古军不停地攻城略寨，花剌子模剩下的最重要的城市——玉龙杰赤成为成吉思汗新的目标。撒麻耳干被蒙古军占领后，河中诸州和边疆诸城纷纷被成吉思汗霸占，而玉龙杰赤真正地成为了一个孤城，蒙古军从四面八方的城池中奔驰而来，玉龙杰赤坐落在中央，像“绳子被割断后倒塌下来的帐幕”。在攻打撒麻耳干之前，有人对成吉思汗进言道：“算端因为爱护长子扎兰丁常遭到秃儿罕哈敦的冷眼相对，母子俩也经常发生争执，因为他们的明争暗斗积攒了很多怨愤和不满。”成吉思汗利用这样的契机，派近臣答失蛮为使者前往玉龙杰赤向秃儿罕哈敦游说。答失蛮站在皇宫上对秃儿罕哈敦说道：“我们本想与花剌子模世代友好，但没有想到你的儿子算端心怀歹意，不得已攻打花剌子模，算端已经胆战心惊了，而他们的将校大部分投靠了蒙古国。如果哈敦明智，应当配合蒙古军，等大战结束之后，成吉思汗愿意将花剌子模的呼罗珊献给秃儿罕哈敦，成吉思汗愿意对哈敦表示朋友般的友好。”秃儿罕哈敦马上冷笑道：“难道成吉思汗只知道他自己是强者？摩柯末也是一个战无不胜的君主，相信你们不会得意太久的。”就这样，答失蛮含着几分怨愤回到成吉思汗处。很快，算端逃出撒麻耳干，秃儿罕哈敦得到消息后，依然自我安慰道：“相信蒙古人饱掠之后会离开花剌子模的，我们追赶摩柯末去吧！”就在此时，秃儿罕哈敦依然没有背叛摩柯末算端。
撒麻耳干被攻克之后，成吉思汗的三个儿子向玉龙杰赤进发。此时扎兰丁兄弟从小岛上跑了出来，回到玉龙杰赤，众人见到新算端，个个欢欣鼓舞。当时玉龙杰赤已经汇聚了九万突厥、康里大军。但这支军队掌握在前王储斡思剌黑及其母舅不只别黑列汪等突厥、康里将领手中。扎兰丁面对大权失控，心中自然感到不安，他便酝酿着夺取兵权。就在此时，秃儿罕哈敦派的王储们开始坐卧不安，他们都畏惧扎兰丁的勇气和胆识。于是秘密谋和，决定将扎兰丁秘密杀死。但消息却传到扎兰丁耳中，他认真权衡利弊之后，果断地决定避开突厥、康里人的锋芒，逃往呼罗珊地区避难。在扎兰丁离开之后，帖木儿灭里因为对突厥、康里人的行为非常不满，便独自带上自己的三百名骑兵追随扎兰丁去了。他们用十六天时间横穿花剌子模、呼罗珊两地的沙漠，到达奈撒一地。正在此时，沙漠上奔驰来一彪七百人的蒙古军队。扎兰丁和帖木儿灭里与他们进行了激烈的战斗，最后蒙古军败逃。就在他们奔跑的时候，遇到扎兰丁的两个弟弟从玉龙杰赤方向奔来，蒙古军不知道他们是王子，于是将扎兰丁的两个弟弟斡思剌黑算端和阿里算端双双杀害。扎兰丁三兄弟离开了，玉龙杰赤虽然声势浩大，但却群龙无首，城中依然人心惶惶。许多绅士和贵族建议道：“王储们都不在了，我们不能没有掌事的首领啊！”在所有城民的一致同意下，在穆斯林的传统节日春分节的诺鲁思大会上推举了一位诺鲁思王，让这个人暂时掌管战时事务。最后秃儿罕哈敦的亲族忽马儿异密担当此重任。
有一天，一小队蒙古军跑到玉龙杰赤城下抢掠牲畜，玉龙杰赤人大声地叫喝：“这一队不怕死的蒙古人，难道欺侮我们花剌子模没有强兵吗？”守将打开一扇城门，部分军队和百姓，一窝蜂地奔了出来，企图将这队蒙古人杀死。蒙古人见追兵来，飞身上马，像兔子一般飞跑起来。玉龙杰赤人却紧追不舍，一直追到几十里之外的城郊宴游花园附近，蒙古大军发现了敌人，他们马上从四面八方杀了出来，经过半天的厮杀，玉龙杰赤人死伤无数，蒙古军攻进玉龙杰赤的城楼上，但因天色已晚，蒙古军于是从城中撤了出来。第二天，蒙古军对玉龙杰赤发动了大规模进攻，城中守将弗里敦古里将蒙古军一次又一次的猛烈冲锋打了回去。到天黑时分，双方还在僵持。不久，术赤、察合台、窝阔台大军兵临城下，术赤让使者进城招降百姓，他说：“前日我们已经攻占大部分花剌子模疆土，现在不想破坏玉龙杰赤这座城市，请城民们自动纳降吧！”这个消息在玉龙杰赤百姓中掀起了巨大的波澜，许多人拿出摩柯末算端的手谕道：“如果你们到了心力都不能抗敌的时候，最好还是投诚，这样能保全性命，而且可以保护自己的财产。”但经过激烈的争吵，百姓们还是否定了摩柯末算端的旨意，他们很快又投入到对蒙古军的战斗中。
同时，经过十天的准备，哈沙儿也全部到齐，术赤站在城下，高声呐喊：“蒙古军的勇士们，向玉龙杰赤的城墙上冲杀吧！天神保佑我们正义之师。”就这样，对玉龙杰赤的总攻开始了。一时间，投掷器和箭矢像雹子一般倾泄而出。军队不断向前移动，将玉龙杰赤包围得水泄不通。正在喝酒作乐的假算端和军队统帅忽马儿看到蒙古军一拨又一拨猛烈的进攻，大惊失色地喊道：“让蒙古人进来吧！这样真主会让我们的罪孽少一些。我会更加虔诚地为玉龙杰赤祈祷的。”就这样，假算端带着将士走到城楼下，打开城门，将整个城池献给了蒙古军。但百姓马上发动骚乱，当蒙古军进城后，百姓在街头巷尾、在能展开搏斗的地方与蒙古军战斗起来。这样残酷的战斗，一直持续到深夜，但此时玉龙杰赤已经被摧毁大半，城中的金银财宝也都化作了一堆堆黄土，整个局面变得非常惨淡、凄凉。虽然蒙古军进入了城中，但他们并没有真正占领它，他们损失惨重，然后退出城池。
