樱一知道柯南在怀疑自已，但自己不能承认她有很多的秘密是不能让柯南知道的，对他来说很危险。接下来的一段时间，柯南遇到的案子层出不穷，由于每次的办案现场毛利小五郎也会出现使得暮目警官对毛利小五郎有一些意见，樱一有时候也会跟去，她把大部分的时间都用在练内功和练习枪支、冷武器上了。
她用的最熟悉的还是三棱军刺，她怕在琴酒到来的时候她没有反抗的能力，一旦她暴露，柯南也不安全了。对于樱一平时的忙碌，柯南能猜到一点但不知道是为什么。樱一预感到琴酒可能会在不远的将来到这里，毕竟还有医药公司的实训基地，可惜她没有去过只是听宫野明美说过一些。
在他们离开后，为了防止活下来的他们叛变已经把基地给炸了，那两个人在遇到琴酒时还需要做一些伪装，就怕琴酒到时候发现他们的身份。分析最近的案件中有没有黑衣组织的影子，樱一想到毛利小五郎自己解决的一个案子，凶器是钓鱼用具，柯南发现了并利用玩游戏的方式提醒毛利小五郎，但差点被发现。
可能是因祸得福吧，柯南那小学生的样子让毛利小五郎渐渐打消怀疑，而柯南又装作孩子玩耍，让毛利小五郎不再怀疑柯南，看这这一切的樱一只有“呵呵”一笑。
由于柯南用毛利小五郎的声音解决案子，让他名声大噪有很多知名人士邀请他参加聚会。这天一个满天堂软体公司的社长就邀请了毛利小五郎去参加，四个人一起去了。柯南想去看看，小兰要看着柯南，大家都去了，樱一又没课只有一起去。
在路上毛利小五郎再三警告不要给他添麻烦，柯南和樱一答应了。在柯南去买饮料是经过一个大高个字樱一看了有点眼熟，却又想不起是谁。在大高个立刻樱一也没有想起他是谁，柯南在大厅里觉得无聊，看着领箱子的人进行记忆加强记忆能力。柯南发现了问题本来有三个人连续存箱子，但是那箱子时号码不一样，柯南经过一番观察和思考发现有人进行交易，还是利用这次举办的活动。由于是小孩子的模样，所以很轻松的就问道了他想知道的消息。
樱一跟在小兰身边看着毛利小五郎骄傲的样子，觉得很是无语ヾ(。￣□￣)?゜゜゜，樱一一愣她知道什么时候看见过那个男人了，那个男人是外围成员，她只见过一次他好像是负责联系什么人，当时也没有在意。现在看来组织里的人是为了这次的软件吧。糟糕了，柯南不见了。问小兰姐姐，小兰担心的说：“柯南不是和你在一起吗？真是的，到处乱跑不知道会让人担心吗？樱一你留在这里陪爸爸，我去找找柯南。”樱一看着小兰离开，回想柯南走过的路径和那个男子可能去的地方，猜想他来的目的。
既然是联系人，到这里只能是为了交易的，樱一想到小兰排队存包的时候她和柯南很无聊，于是在旁边看大家的号码牌数，对了是用号码牌领包的，那么那个男人现在应该在男生厕所里打开箱子吧。想着樱一就去厕所的，在快跑的过程中撞到了柯南，樱一抓住柯南说：“这里危险......”还没有说完就被柯南打断了。柯南有些焦急的说到：“我想到了，那个男人是组织里派来那东西的，你......”“轰”的一声不远处的男生厕所爆炸了，两人震惊了ヾ(?｀Д??)立马反应过来过去查看。爆炸把宾客都引了过来，看到厕所里被炸的焦黑的尸体，有些胆小的妇人哭了出来，宾客中有人打了电话。
闻讯赶来的毛利小五郎看到在犯罪现场的两人，脸色发黑，一手一个拎了出来，小兰气呼呼的叉这腰，生气的说：“你们两怎么可以跑到案发现场呢，真是的，你们好好反省一下。”毛利小五郎进案发现场观看，眉头紧锁很是苦恼，他完全没有头绪。接到电话的警官很快就赶了过来，来的熟悉的目暮警官，在观察中发现了问题。
樱一看着他沉思的模样，想着柯南告诉她偷听到的内容，想着组织的目的何在，为什么要这样做呢。这边柯南利用毛利小五郎的声音解决了问题，中岛英明说出了，他们的联系地点，可是柯南和樱一到的时候整个酒吧都被炸飞了。柯南流下了眼泪，他不知道他和妹妹能不能变回原来的样子了，他不知道该怎么办才好。
