这时战争已经爆发，他感到忍无可忍。罗斯福到达华盛顿后，径直前往海军部。“在那里，不出我之所料，我发现一切都处于静止状态，似乎对历史上最可怕的戏剧即将开场这一事实毫不在意。”他在几天后写给妻子的信中说，他正在做真正的工作，而丹尼尔斯却“被这一切搞得茫然不知所措，他非常亲切，但非常悲伤”。他说，丹尼尔斯和布赖恩对欧洲大战的含义的认识程度，就像四岁的埃莉奥特“对高等数学的认识程度一样”。
这番话预示了罗斯福在未来的“保持中立”的几个月中所起的作用。他支持海军将领，极力要求加速扩大海军，劝说威尔逊设立国防委员会，公开主张实行全面的军训。他的热情促使他采取了可疑的立场：他和西奥多·罗斯福、亨利·洛奇以及其他一些批评威尔逊政策的人保持联系，甚至向共和党人提供海军秘密情报。共和党便利用这些情报攻击丹尼尔斯，指责海军对战争毫无准备。
如果说罗斯福的热情已经发展到不服从上级的地步，他的这种态度部分地也是由于他对将来的困难有比较现实的了解。战争爆发时，他认识到这可能是一场旷日持久的战争。他和他在金融界的一些朋友的看法不同，认为一个决心打仗的国家不会因为财力不足而缩短战争。他十分理解世界大战对于海军战略的含义所在。他和海军上将艾尔弗雷德·塞耶·马汉长期保持通信。这位海军上将告诫他不要把海军舰队分散在大西洋和太平洋。他知道一旦战争开始，无论在人力或物资方面都需要大量的后备力量。为了处理重整军备中那些棘手的、令人厌倦的琐事，他一周又一周地辛勤工作。
1916年秋，罗斯福对他的上级说：“我们必须参战。”丹尼尔斯不需要问究竟参加哪一边。罗斯福一开始就倾向于协约国。在获悉德国已经入侵法国时，他写道：“为了避免一场旷日持久的战争，我希望英国参战，同法国和俄国一起用武力迫使柏林实现和平！”他对比利时进行的“光荣的抵抗”感到欢欣鼓舞。威尔逊曾经求美国人不但在行动中而且在思想上都要保持中立。然而，在1915年初罗斯福伤心地对妻子说：“我只知道我要做一些非常不合乎中立的事才能顺利得到通过！”
罗斯福在战备问题上采取这种咄咄逼人的立场，本来可能使他陷入易受攻击的境地，但事态的发展给他解了围。1915年5月“卢西坦尼亚号”被击沉后，国务卿布赖恩辞职。他不赞同威尔逊对德国的潜艇政策提出抗议，他担心抗议可能必须用战争来实现。一年以后，战备活动全面展开。这年通过的海军拨款法案本来可使美国最终会建立一支世界上最强大的海军。在1916年的大选中，政府加强了团结。罗斯福抛开了个人过去的一切怀疑，针对共和党关于威尔逊和丹尼尔斯备战不力的指责，热情地为他们辩护。他在普罗维登斯发展的一次演说中宣称：“总统的对手们利用了错误的引语和错误的转述——甚至可以说是谎言，我用‘谎言’这个词，因为这是一个‘罗斯福式’的好字眼。”
西奥多-罗斯福目睹威尔逊对德国采取“逆来顺受”的政策感到怒不可遏，1916年6月抛弃了进步党转而支持共和党候选人查尔斯·埃文斯·休斯。共和党的队伍重又团结起来。随着选举的日益临近，他们觉得有把握在总统选举中获胜。第一次的选举结果报告证实了这一预测。和威尔逊一样，富兰克林·罗斯福睡觉时满以为休斯已经获胜。但是，第二天来自西部的选举结果截然不同。罗斯福在给妻子的信中激动地说：这是“我一生中最不寻常的一天。”最后的选举结果报告表明，威尔逊获得9，129，606张选民票，休斯获得8，538，231张选民票，而选举团的票数差额为277比254。
这位海军部助理部长感到欣喜而且如释重负，几天后开玩笑说：“据传我的一位著名的堂叔现在正忙于修订他那本最著名的历史著作《西部的胜利》。”
1917年1月9日，德皇在西里西亚的一座城堡里忐忑不安地主持了一次关系重大的皇家委员会会议。前一年，战事的发展变得对德国及其盟国不利：协约国的战线由于遭受沉重的打击，虽然在凡尔登向后收缩，但是阵地仍然守住；在日德兰半岛海战以后，德国海军不敢再冒一次风险和英国人正面作战；协约国的封锁正在削弱德国的经济力量。军事首脑争辩说，只有一条出路：进行不受限制的潜艇战。两年多以来，外交家们一直成功地抵制了这种极端的政策。他们的理由是，这样做将会促使美国参战。在这次会议上，军方的主张取胜了。不久，在2月1日，向各潜艇艇长迅速发出指令，要求开始进行不受限制的潜艇战。
1917年2月初，电台广播德国的这一通告时，罗斯福正在圣多明各。丹尼尔斯立即召他回国。在嗣后几周焦虑不安的气氛中，这个国家正犹豫不决地走向战争。罗斯福力促采取行动。3月初，他请求威尔逊批准舰队作好应战准备。罗斯福后来回忆，总统当时曾说：“不行……我不希望美国通过战备方式做出任何军事行动。这将使得历史学家能够在日后作结论时……说美国对德奥匈三个盟国采取了不友好的行动。”但是不久，有关美国船舶遭到鱼雷袭击的报告接连传来。内阁团结一致，建议总统要求国会宣战。
4月，一个阴雨的夜晚，富兰克林和埃莉诺·罗斯福倾听了威尔逊发表的他那雄辩而又庄严的宣战演说。埃莉诺回家时，“由于感到即将来临的重大变化而产生的迷茫还没有完全摆脱”。她的丈夫则对报界说：这篇演说“对于每一个真正的公民来说，不论他的政治信念和宗教信仰如何，不论他来自哪个国家，都是一种鼓舞”。
大局已定。罗斯福精力充沛、镇定自若地投入有关战争的行政管理工作。他有大量工作要做——大规模地征募新兵和采购物资，加速海军建设工作，迅速采取防御措施，制定海军作战计划，同商船队进行合作，和英法两国就舰艇的调度进行细致的安排，以及许多其他事务。他需要大规模地处理重要的工作，这使他感到振奋。他喜欢迅速采取行动，即使这并不意味着所有的行动都是明智的。埃默里·S·兰德对他关于舰艇设计的建议作出了评论：“他是一个了不起的家伙，他不断进行试验，有时会发生错误，但总会成功，而且确有一些好主意。”这个评语道出了他的一般活动的特点。
战争动员没有使罗斯福此后不再需要用政治手段解决行政问题。1916年末，罗斯福向丹尼尔·古根海姆采购黄铜时企图对价格打折扣。他告诫古根海姆说，削价将会向公众表明商人并不只是为了牟取私利才对战备发生兴趣。在战争时期发生工资纠纷时，他和工会领袖们当面举行谈判。合同很有效率地得到批准，但并不总是严格遵照非政治性的基础。
在威尔逊发出战争动员令以前的那几周气氛十分紧张，使人屏息以待。在此期间，罗斯福企图施展的一次政治花招本可以使一个历史性的插曲不一定发生。罗斯福希望给通过潜艇出没的水域的商船配备海军火炮时却发现不能把火炮售给私人船主。但他决定根据一项旧的法令，他可以将火炮租借出去。他通过丹尼尔斯向威尔逊报告了这个情况，但总统不愿利用这个漏洞。相反地，他要求国会授予必要的权力，结果这个提案由于被威尔逊所称的“一小撮刚愎自用的人”使用冗长的演说阻挠议程而被否决了。后来，威尔逊未经国会授权，便下令给商船装配火炮，罗斯福必然以异常满意的心情注视这一情况。1940年在准备采取租借法案的措施时他是不会忘记这个事件的。
为了使他的一些建议得到批准，罗斯福要使用他所能施展的各种政治手腕。其中一条建议是，在苏格兰和挪威之间布雷设障，以阻绊德国潜艇进入大西洋。但所需的费用令人吃惊而技术困难使人生畏，因此罗斯福遭到英国海军部和当时在伦敦的威廉·S·西姆斯海军上将的反对。然而，由于发明了一种电动天线点火装置，而美国海军部又派遣了一名高级将领亲自设法使计划能获伦敦的海军部门的通过，再加上罗斯福不断地施加压力，终于打破了僵局。事实最后证明这一计划完全合乎实际需要，不过，因为开始得太晚，所以在反潜艇战中没有起多大作用。
在战争到来以前的几个月里，罗斯福对丹尼尔斯的审慎作风的不耐烦情绪达到了新的高潮。1916年11月，他在给妻子的信中说：“约瑟夫斯·丹尼尔斯做事慢得难以形容。”然而，这位助理部长一点也不支持由海军同盟带头发起的一个有组织的活动，其目的要使罗斯福在威尔逊连任总统期间担任海军部长。他说，他不喜欢一个下属总是想方设法要取代他的上级；但他也知道，丹尼尔斯在私交和政治方面都和威尔逊保持亲密的关系。在战争开始以后，他和丹尼尔斯之间的冲突多半都是围绕着方法问题而不只是目的问题。罗斯福私下仍然尖锐地指摘他的上司。有一段时间，他帮助美国小说家温斯顿·丘吉尔起草了一系列批评海军管理工作的意见书。这份材料由丘吉尔面交给威尔逊。罗斯福认为要做成一件事情，其办法就是抄起一把剪刀，狠狠地剪断红带子。他并不完全理解许多红带子只是一系列复杂的批准与协商手续。而丹尼尔斯跟一大批决策人物打交道，必须办完这些手续以后才能采取有效行动。
“我正想忘掉还有政治这件事。”这是罗斯福在1918年初说的话。可是他却无法忘记。朋友们一直敦促他竞选州长。更重要的是，坦慕尼作出愿意和解的姿态。
这一惊人的发展主要是由于罗斯福本人对坦慕尼的态度有所变化。他没有忘记1914年和那以前几年中的种种教训。他不声不响地采取了自己活也让别人活的政策。1915年，他运用任免权给几名坦慕尼派国会议员以好处，他们一年前曾对他进行猛烈的攻击。1916年，由于从威尔逊那里得到了暗示，他在州一级和全国性的选举中都奉行了党内协调一致的政策。他对史密斯、瓦格纳以及其他思想进步的坦慕尼成员表示了极大的热忱。1917年7月4日，罗斯福应坦慕尼之邀在威格沃姆担任主要讲演人，并和他的宿敌墨菲合影。此时，双方的和解已经告成。到了1918年春，他接到报告说，至少有十二名纽约市的领袖人物支持他，甚至还可能有墨菲本人。实际上，坦慕尼并不是突然变得喜欢罗斯福了，但看出他是一个可以赢得纽约州北部地区选票的人。
罗斯福本来很可能会获得提名并在选举中获胜。但在1918年6月，他果断地表示他不想参加竞选。
他把精神贯注在其他方面。他敏锐地认识到他的政治生涯中缺少一个重要的组成部分。当成千上万的人都穿着军装的时候，他却没有。他甚至没有被派到海外去。特德叔叔本人迫切希望能去法国作战。他极力主张罗斯福也参加战争。但丹尼尔斯不让他离开。退而求其次，哪怕以平民身分到靠近战场的地方去一下也好。他终于劝使部长派他去完成一项公差，即视察海军基地并和协约国的领导人进行磋商。罗斯福怀着冒险的迫切心情，于1918年7月初乘一艘驱逐舰前往欧洲。
这是一次激动人心而又令人满意的旅程。罗斯福乘坐的驱逐舰在大西洋上曲折航行。他们只受了几场虚惊，但就连这些虚惊也给以后的故事提供了基础。在英国，和他会晤并进行交谈的有劳合·乔治（罗斯福后来说：“给我印象最深的是他那惊人的活力”）、鲍尔弗勋爵、温斯顿·丘吉尔（当时他们都没有难对方以深刻的印象）、克莱蒙梭、奥兰多以及许多著名的海军与陆军将领。这将出差也不只是宴会酬酢，他花了大量时间研究合同、供给和人员等单调的细节问题。他试图就意大利海军的作战行动计划——或者说缺少这些计划——的问题在外交上和军事上所造成的难以解决的纠葛寻求一个和解方案，但毫无成果。
他终于目睹了战争，这是此行的主要目的。值得注意的是，他只有一次发了脾气，那是因为一位海军武官企图使他绕过战区。
罗斯福事后有好几个月都和那位可怜的人物为难。他参观了海军陆战队战斗过的战区，用敏锐的目光详细地介绍了这满目疮痍的战区的情况。他从远处眺望战斗情景。最使他兴奋的是，他遭到了一些零星炮火的袭击。
这一些都是令人兴奋的，但他仍然没有穿上军装。他在9月回国，决心要求丹尼尔斯给予他军官资格。但是，由于旅途劳顿，他患了流行性感冒和肺炎，只好用担架抬上岸来。他费了几周时间才使身体复原，而时光在不断流逝。大约在10月底前后，经过丹尼尔斯的批准，他去见威尔逊，请求委派军职。但总统对他说，现在为时已晚。他已收到了要求停战的最初信息，而且他希望战争不久将会结束。
罗斯福感到十分失望，但他企图充分利用这个机会。他后来给一位正准备在格罗顿学校树立一块世界大战纪念碑的校友写信说：“我认为我的名字应列入第一批‘服兵役’的人员表中，特别因为我曾在大洋彼岸观察了人们服兵役的情况，而且险些被鱼雷或炮弹击中……”
