朱常洛定为太子之前，慈圣太后曾问朱翊钧，“怎么不早定长哥（宫里对太子的称呼）？”朱翊钧回答说，“因为他是都人（宫人）的儿子。”慈圣太后很严厉的告诉朱翊钧：“你也是！“弄的朱翊钧趴在地上不敢说话。慈圣太后是十五岁就入宫当宫女，被分配到裕王府侍奉裕王，生下了朱翊钧，裕王就是后来的隆庆皇帝，她当然也是都人出身。那什么样的人不是都人呢？明媒正娶的王皇后不是都人，一开始就位封九嫔之一的郑贵妃也不是都人，但这不等于郑贵妃生的儿子就有更有资格当太子。国本之争的重点，不是争立不立朱常洛当太子，而是争什么时候立他为太子。而究其实际，争的是皇帝会不会退让，皇权是不是会向整个文官集团意志低头。尤其特别的现象是，它不象大礼议之争，有张璁这样的大臣给嘉靖皇帝出主意、充当打手，而是所有的大臣完完全全都站在皇帝的对立面。既便是象申时行或者王锡爵这样的首辅，仅是偶尔替皇帝说说话而已，这也不被允许，备受诸臣的指责。
党这个概念，常被现代的词义所误导。正确的理解，应该是伙，就是那一伙人，只是这伙人多了，以当时的词义，就成了党。请注意，这不是我们现代意义上的政党，但是，他们是共同利益的团体。要了解党，先得理理明朝的士。所谓士，原来是指有本事的人。到了明朝，就专指那些读书人，严格一点来说，就是读书考中进士的人。士，最开始象方孝孺那样，宁可诛十族也不替朱棣草诏。百余年以后，杨慎号召大家仗节死义，为了劝谏皇帝冲进去挨板子。又几十年后，为了争谁是皇帝正牌的爹，又百多人冲进去挨了板子。太祖、成祖的时候是杀士，哪怕士是持有正义，是有理的一方。接下来皇帝就只有打板子，而且打的人越来越少，正德的时候，是皇帝没道理，还打了一百五十六人。到了嘉靖的时候，皇帝占着理，打了二百三十二人，到了万历初夺情，就只打了四个人，而且还有一个邹元标不怕打，继续冲进去。国本之争的时候，皇帝不见得不占理，却从不打板子。为什么呢，因为皇帝的威望越来越小，这些读书人出身的官员士气却越来越高。在政局上，士人出身的官员越来越讲求个人节义，追求个人名利声望，而不是首先从国家利益出发，虽然他们打的旗号都是为了国家。其结果就是，官员们越来越喜欢制造问题，而不是解决问题。
张居正的考成法废除以后，就按照原来的规则进行京察和外察制度，由吏部和都察院主持。京察又称大计，每六年一次，察的是京官；外察查的是地方官，每三年一次。京察是四品及以上的官员都是写自察上报，察核的结果由皇帝亲自决定官员是否合格，继续留任与否。五品以下的就由主管考察的官员负责，包括考察以后的升职、退休、调任、罢官，甚至除籍，都是由主管官员事先拟定，并向皇帝奏报定夺。考察的过程如果有遗漏的呢，再由给事中、御史纠劾，这个方式叫拾遗。万历二十一年这一次京察，是由吏部尚书孙鑨lóng和考功司郎中赵南星主持，这两个人大公无私，孙鑨的外甥文选员外郎吕胤昌和赵南星的亲戚都给事中王三余因为不合格都被罢斥了。但是他们无私，不等于别人也无私，被干掉也包括内阁大学士赵志皋的弟弟。还有，首辅王锡爵本来想庇护一些人，结果这些人也都在罢斥的名单中。这下得罪的人就太多了。京察由他二人主持，那接下来的拾遗就由不得你做主了。按王锡爵的意图，被查为“附权陷媚”给事中刘道隆上疏攻击京察不公平。王锡爵也票拟“切责吏部专权结党”。孙鑨当然不肯认错，上疏抗辩。但是在王锡爵的操纵下还是被罚俸，赵南星降三级调走。正直的官员诸如左都御史李世达等人上疏为孙、赵二人鸣不平，并且攻击王锡爵。王锡爵激怒朱翊钧，将孙鑨、赵南星削籍，其它辩护的人全部降职或者调任。这是第一次大臣中间一伙人跟另一伙人干仗，也是拉开了万历门户之争的序幕。
从万历二十九年立了太子以后，朝廷党争就进入正式篇章，从此以后，党争不仅频繁，而且愈演愈烈。王锡爵万历二十二年退休，接下来首辅是赵志皋，赵志皋于万历二十九年九月病故，内阁就只剩下沈一贯一个人了，那不是首辅也是首辅了。朱翊钧担心党争，把已经退休的两个礼部尚书沈鲤、朱庚召回来，以原官入阁。他以为退休的老臣就没有在朝的这些盘根错节的关系网，不会引发剧烈的党争，但是他想错了。万历三十一年初，首辅沈一贯一派借楚宗一案打击礼部侍郎郭正域，当时礼部尚书缺员，郭正域实际上就是礼部的掌舵人。楚宗案是由于楚王宗人告发，隆庆五年楚恭王朱英?xiān死后，留下双胞胎遗腹子朱华奎、朱华壁不是他的亲生儿子，不应该继承王位。案子争到朝廷，朱华奎行贿沈一贯，并得到他的支持。而郭正域则坚持公勘【1】，他公正的态度得到内阁沈鲤和朱庚的支持。朱翊钧也下旨公勘，但是公勘的结果却是查无实据。沈一贯则仍然指使心腹攻击礼部，说郭正域勘问不公平。郭正域则揭发沈一贯受贿并暗地里帮助朱华奎的情况，双方争的不可开交。最后还是朱翊钧下旨，这事没有证据，不用再问了，朱华奎都已经嗣楚王位二十多年了，怎么现在才告发？最后告发者被处理，而郭正域并没有受到太大的处分。楚宗王一案，把朝廷势力分成斗争的两派，沈一贯一派暂时胜出，保住了朱华奎、华壁的嗣位。
楚宗案发生之后，几乎同时，原先已经销声匿迹好几年的妖书案又死灰复燃了。万历三十一年十一月十一日（连发生的日期都显得妖气）的早晨，从朝房到勋戚大臣的门前，都收到一张同样的匿名书帙，题名为“国本攸关”，第一行就是“续忧危竑议”，内容是一个名叫郑福成的问答录，郑是郑贵妃的郑，福是福王朱常洵的福，成是成为太子的成，什么意思不用说了吧。大意是，两年前皇帝册立太子，那是不得已的，以后一定会改封福王朱常洵为太子。为什么呢？因为现在朱庚入阁，朱是皇帝的朱，庚与更同音，更改太子的意思。书中还列了一堆大臣的名字，说这些人以后会帮着朱庚支持福王争立的。而且怪异的是，派出东厂和锦衣卫到处查不到这东西是哪里来的。妖书嘛，不仅内容荒唐，毫无根据，来路也无迹可寻。当时京城就抓了好多人，几天之内把监狱都塞满了。最后锁定的嫌疑人是锦衣卫督周嘉庆、妖人皦生光、同知胡化、僧人达观、医者沈令誉、仆人毛尚文，还有刑科给事中钱梦皋的女婿阮明卿这几个人。很快，周嘉庆因为治理无方罢官回籍，阮明卿也摆脱嫌疑。此时的沈一贯却想把罪名摁到沈鲤和郭正域身上，达观是游历时曾被郭正域驱逐，沈令誉曾去过郭家，毛尚文是郭正域的仆人，这几个跟郭正域有联系的人，都是沈一贯的心腹抓来的。借着这个名头，沈一贯一伙攻击郭正域，怎么就刚好在楚宗案发生的时候，妖书产生了呢？因为郭正域是沈鲤的门徒，沈令誉是郭正域的门客，胡化是郭正域的死党，一定是郭正域受沈鲤的指使扰乱楚宗一案。沈一贯又控制刑部，逼迫胡化等人陷害沈鲤，胡化不答应；达观被拷问致死；沈令誉也差点死了，但是死活不承认跟郭正域有关系。只有毛尚文受不了那个罪，同意诬陷郭正域，但是他的供词完全出于编造，没几下就漏洞百出，根本无法达到目的。
妖书案中，之所有无法弄倒沈鲤和郭正域，除了本身是诬陷无法成立以外，还有一个很重要的原因，就是沈鲤等人得到很多正直官员的极力保护，他们也有自己的一派。这一派还有一个重要的人物——太子朱常洛。郭正域曾是太子出阁时的讲官，朱常洛明确传话给东厂，要保郭正域。沈一贯首辅再厉害，也得对太子顾虑三分。案情从一开始就因为被引入错误的方向，所以真凶难以捕捉，最后就归到剩下的唯一的嫌疑人皦生光身上了。皦生光是顺天府的生员，一个印书匠，他是因为印书敲诈郑国泰和富商包继志而成为本案嫌犯的，他的妻妾子弟也跟着一起被拷打的体无完肤。东厂提督陈矩觉得，就算他不是妖书案的主谋，反正他前面的敲诈已经可以定为死罪，不如就把案子结在他的身上。于是，皦生光被朱翊钧下旨凌迟处死，终于了结了妖书案。这一次，沈一贯利用妖书案引起的打击郭正域等人的党争，并没有达到预期的目的。
一年多以后，迎来了万历三十三年的乙巳京察。主持这一次京察的，是吏部侍郎杨时乔和左都御史温纯，他们是站在沈一贯的对立面。温纯揭发过沈一贯的心腹陕西巡按御史于永清和都给事中姚文蔚的贪污劣迹，妖书案的时候又是沈鲤、郭正域坚定的支持者。而且，这一次的京察也好，之后的拾遗也好，都不是沈一贯这一派主刀。京察伊始，杨时乔与温纯就横扫沈一贯一党，其心腹给事中钱梦皋、钟兆斗，御史张似渠、于永清等在被察时都列名在“浮躁”、“不及”或者遭到拾遗，被定为“例转”。【2】沈一贯一党当然不甘心坐以待毙，心腹钱梦皋首先得到沈一贯援助，重提楚宗一案，称楚宗案仍有再严查的必要，把予头指向与他辩论的林秉汉，说他是郭正域的私人。朱翊钧受其影响，将林秉汉降职调边。另外的心腹也得到沈一贯的大力支持。在沈一贯一党的积极活动下，朱翊钧扣住了京察的奏疏。不久，批复下来，以科道缺人，被评为浮躁或者不及的人姑且留用，并且批评这些将科道的官员定为不称职的人数太多了，其中肯定有徇私之弊。能让皇帝做这样的批复，这看来沈一贯这个内阁首辅的能量还真是不可小觑的。杨时乔和温纯接到圣旨，只能一方面例举以往京察的数据，表示这一次科道不合格的人员并没有太多，另一方面也上疏请求罢官。钱梦皋等人则趁胜追击，仍然拿楚宗案做文章，想把郭正域搞下台。被外转侯命的给事中钟兆斗也跟着上疏诬蔑温纯“多赃”。受这些人的盅惑，朱翊钧终于在七月让温纯退休了。
此事发生以后，沈鲤一派的人也纷纷起来攻击沈一贯，这些人的攻击并没有对沈一贯起到什么作用，反而都被朱翊钧革职为民。但是，攻击他的人多了，沈一贯也觉得自己是留不住了，几度上疏辞官。万历三十四年六月，朱翊钧终于答应了他的请求。沈一贯临走的时候，担心沈鲤留下后患，秘密想扳倒他。其实对于两派的党争，朱翊钧的心里也非常清楚，朝廷虽然有正邪两派之说，但这其实并不是谁对谁错的问题，而是谁想搞掉谁的问题。恰巧此时，沈鲤也上疏请辞，朱翊钧两头各打五十板，让沈一贯与沈鲤一起退休了。
【1】就是公开勘问。
【2】被评定为浮躁或者不及的，都要受到罢斥或者降职的处分。“例转”就是以年例转为地方官员，就是调离京师。
