万历五年（1577年），张居正的父亲去世。在冯保和皇太后等人的支持下，由神宗皇帝作出裁决，以政务繁忙、不必离职守孝为由，下诏挽留张居正“夺情视事”。从当时的形势来看，夺情视事确实有利于改革。因为此时正值改革的关键时刻，整个国家百废待举，而内阁、六部和督抚之中，还找不出第二个人能够代替张居正，倘若张居正于此时回家守孝，就有可能中断擘划已久的政治改革。然而，夺情毕竟违背了“祖制”和“纲常”。因为根据传统礼教的惯例，丁忧者必须离职居丧守孝3年，否则便是违反伦常的虚伪矫情。故而“夺情”一事，让许多士大夫深感不满。他们纷纷指责张居正“恋栈”，要求朝廷罢黜张居正。虽然他们的反对不仅没有得逞，反而分别受到了惩处，但张居正的威望却因此在一些士大夫中间急剧下降。
稽考史实，在夺情之争中反对张居正的，并非完全是反对改革的奸佞小人，但张居正却认为这些人存心与自己作梗，因而采取了极不明智的手段，不遗余力地打击反对派。当时，在他的授意下，明神宗以“星变”为由，下诏考察群臣。因这一年适逢旧历“丁丑”，史称“丁丑京察”。此次京察共查处了51名官员，其中的绝大多数人都是反对夺情者。有人虽然素负才名，只因反对夺情，就被冠以“才力不及”之名而降级调外；相反，有人虽屡次遭受弹劾，却因赞成夺情而青云直上。显然，“丁丑京察”助长了任人惟亲的风气，从而在朝廷上形成了一股依附于张居正的亲信势力。由于掺杂着个人恩怨，处置不当，打击面过宽，无形中将一些原本并不反对改革的人推到了对立面。次年六月，户部员外郎王用汲上疏弹劾张居正，指出“丁丑京察”的结果必然会“驱使天下之士奔走于私门”。张居正见疏大怒，将王用汲削职为民。
早在夺情之前，张居正的政治作风就已相当专断。他对同僚的态度向来是盛气凌人。以至于当时的阁臣张四维、申时行等人只能随声附和，从不敢有所异议。诚如著名学者黄仁宇所说：“张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。”万历三年（1575年），南京户科给事中余懋学将矛头指向了张居正，他是针对朝政中流行着的对张居正、冯保之阿谀逢迎而发难的。当时，无论是边防上打了胜仗，还是完成了水利、桥梁等工程，论功行赏时，六部官员总是将张居正、冯保列于首位，赞颂他们运筹帷幄，为之请求封赏。余懋学认为，内阁、司礼监作为中枢机构自有贡献，应该给予实事求是的评价，但不能事无巨细全都归功于他们，盲目加以赞扬，从而助长了谀佞的风气。余懋学的主张不无道理，但张居正为了维护自己的权威，不仅拒不接纳，而且还严厉处罚了余氏，将之革职为民，永不叙用。余懋学的被贬，更加深了一些官员对张居正的反感。“夺情之争”以后，张居正变得越来越听不得逆耳之言，并由听不得逆耳之言发展到只愿听阿谀逢迎之辞，从而丧失了正常的判断能力，整天陶醉于奸佞小人的歌功颂德之中。例如，有人送给他一副对联这样写道：
上相太师一德辅三朝，功光日月；
状元榜眼二难登两第，学冠天下。
这副对联的上联吹捧张居正辅佐世宗、穆宗和神宗，而下联则是说张居正的两个儿子分别考中状元和榜眼。对于这样肉麻的吹捧，张居正不仅泰然处之，而且还欣欣然地将之悬挂于厅堂。原礼部侍郎邱岳献了一副对联，对联上这样写道：
日月并明，万国仰大明天子；
丘山为岳，四方颂太岳相公。
“丘山”是邱岳二字的偏旁，而“太岳”则为张居正的别号。对此，张居正更是心花怒放，准备越级提拔邱岳。这种对阿谀奉承者的欣赏和鼓励，必然会使用人的标准由“惟贤”变成“惟亲”，从而形成党同伐异的个人宗派。这就使得张居正愈来愈不能保持清醒的头脑，难以真正任人惟贤地选拔人才。事实上，张居正在任用人才的同时，也任用了不少亲戚故旧。其中，既有安邦治国的贤才，也有奸险的昏庸之徒。
在对阿谀奉承者欣赏和鼓励的同时，张居正还竭力压制言官，对言官采用利诱、威胁的两手，凡不听话的言官必定调出京师，至于公开唱反调的则必定罢官，乃至于流放。言路是明代政坛的晴雨表，言官是政坛上最活跃的分子，历任首辅不控制言路就无法长期执政，张居正为了推行改革而打击政敌是无可厚非的，但他缺乏大度容人的器量，在处置言官和其他持不同政见的官员时，往往掺杂着个人的恩怨，处置失当，打击面过宽，无形中将不少人推到了对立面，这显然是张居正处世为人方面不够明智之处。
另外，张居正与宦官冯保的关系，也使他陷入了一个两难的境地。自从明太祖朱元璋废除丞相之后，明朝内阁对皇权的依赖性大大强于前朝，而皇权的伴生物——宦官势力，也始终成为左右明朝政局的一股重要力量。内阁大学士倘若无法取得皇帝、宦官等宫廷方面的支持，就不可能长期执政，故而张居正不得不殚精竭虑地采取妥协的方式处理与宦官的关系，以求得宫、府一体，将决策、行政权合而为一。在当时，冯保是张居正与宫闱内的皇帝、太后交通信息的最佳人选。然而，冯保其人贪财好货，张居正不得不竭力满足他的奢欲。有一次，张居正送给冯保的礼品有金3万两，银10万两，夜明珠9颗，珍珠帘5副，还特地为之写了《司礼监太监冯公预作寿藏记》，字里行间充满了肉麻的吹捧。为了取得冯保的支持，张居正在万历元年（1573年）和万历六年（1578年），先后两次赞成冯保收进六千多名宦官，扩大了宦官的人数，从而造成了万历中后期宦官势力的恶性膨胀。他还曾主动要求封赏冯保的子侄，并压制攻击宦官的朝臣，尽量减少朝臣与宦官的摩擦，以此巩固他和冯保的联盟。这一方针虽然在稳定政局方面，有着策略上的益处，但却不能不引起朝野士大夫的非议。一些讲究气节的文人，认为张居正阿谀逢迎宦官，人品卑下，因此对他产生了反感。张居正以冯保这样一个腐败的人物做自己的政治后盾，使他陷于一种两难的境地：拒绝冯保的支持，他便根本没有机会实现自己的政治抱负；而与冯保结盟，则必然会被他拖入恶浊的深渊。
除了交结宦官之外，朝野上下对张居正人品议论最多的还有贪污受贿问题。贪污受贿原是明代官场上的通病，当时的官吏薪俸极其微薄，以权谋利蔚成风气。在明代的权臣中，张居正还算清廉持正。不过，他虽然自称自己当政以来，“私宅不见一客，非公事不通私书”，但在其私人信函中屡次提到他的亲信文官曾向他赠送贵重的“礼物”，包括现金和田地。譬如，万历七年（1579年），张居正曾说过，自执政以来，仅两广将帅所赠的财物就不下万金，但他都没有接受。尽管张居正本人不受贿，但他却未能制止亲属受贿。不少官员看准了这个门路，不向京师相府送礼而是直送到江陵张府。故而张居正死后，抄家时也还是抄出了黄金万余两，白银十余万两。
张居正执政之初，尚能约束子弟、家人，不许他们与权贵、督抚、边帅结交。然而，随着其权势的如日中天，张居正踌躇满志之余，便不再约束子弟家人，甚至为后者谋取进身阶梯。这些做法大大损害了他的政治形象，引起了正直的士大夫的不满。张居正当权时，其诸子皆登上第，一状元，一榜眼，一进士，悉由关节得之，其三场作文则请人代作。万历五年（1577年），张居正次子张嗣修参加会试，廷试拆卷后，嗣修排在二甲。出于李太后、冯保的授意，神宗将嗣修列为一甲第二名榜眼。事后，神宗对张居正说：“朕无以报先生功，当看（顾）先生子孙。”神宗带头作弊，张居正泰然处之，遂使科场风纪大为窳坏，权贵子弟纷纷夤缘际会猎取功名。张居正的家人甚至扬言说：“明年殿试，吾家小公子必中探花。”只是后来张居正去世，才没能兑现。对此，后来有诗云：
相门子弟多才杰，甲第翩翩居上列。
兄为榜眼弟状元，一家盛事真奇绝。
丞相家儿贵莫伦，寒士原应步后尘。
彩笔未濡文已就，春闱欲入名先闻。
张家昆弟何竞爽，荣华海内真无两。
假使相公馆未捐，幼儿又复夸蝉联。
曳白那顾旁人羞，及时且为子孙谋。
岂料乃翁一朝陨，还复青衫到白头。
张居正凭借权势为子弟谋取进身阶梯，其政治声誉不能不受到严重损害。一般来说，明朝建国以来，科场作弊虽然屡有所闻，但基本上还是公道的，然而从张居正开始，“公道悉坏”。
在张居正当权期间，不仅子侄青云直上，其奴仆也是颐指气使，盛气凌人。张居正自己虽表示要严厉约束奴仆，但实际上其家奴经常打着他的旗号狐假虎威。例如，张居正的宠奴游守礼（游七）纳资取得幕职，与士大夫结纳交往，招权纳贿。不少朝臣勋贵不惜降低身份，争相结纳游守礼，与之称兄道弟。张居正江陵老家的奴仆更是肆无忌惮，鱼肉乡里。张居正虽然对家人奴仆的不法行为有所察觉，有时也能稍加裁抑，但始终没有采取过有力的措施，以致当时的一些奸猾之徒，假冒张居正家人、奴仆之名，四处招摇撞骗，骚扰官府，欺凌百姓。这些，无疑都大大损害了张居正的声誉。
另外，张居正个人生活上的奢侈无度，也留下了道德上的疵瑕，这自然不能不贻人以口实。早在隆庆二年（1568年），江陵的辽王宪炜被废，豪华的辽王府归了张家。隆庆六年（1572年），湖广官员建议为张居正立牌坊，遭到张居正拒绝。于是，他们将建坊之费折价送到张家，张居正表示愿将此费交纳官府，作为购买辽王府的价款。但在实际上，这笔钱却成了翻修辽王府的费用。由于翻修费用大大超支，张居正又计划用历年所得的赏赐、俸禄和田租等加以偿还，但超支的部分却由地方官垫补。接着，湖广的地方官又动用公款，先后建造了三座石坊以颂扬张居正的功业。又有一次，明神宗听说张居正要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，就下令内库拨发白银1000两予为资助。之所以这样做，一是为了表示尊宠，二是因为在他的心目中，“张先生”的官俸并不丰厚。但在张居正去世之后，神宗才听说北京张宅的增修费用竟为白银1万两。而且，就在北京张宅修造完毕之时，湖广的江陵立即出现了一座规模相同的张宅，建造的费用也来自官库。据说，张居正获悉此事之后，自称于心不安，但却并没有拒绝那些地方官的阿谀奉承。张居正整顿驿传，禁止官员及其家属的滥用，然而，张家的仆人甚至亲友的仆人却可以任意向地方官需索车马船只。张居正回籍葬父，排场浩大，气势也相当显赫。当时，他的坐轿要33个轿夫扛抬，内分卧室及客室，还有小僮两名在内焚香挥扇。行经各地，不仅地方官一律郊迎，就连当地的藩王也破例出府迎送，与之行宾主之礼。显然，张居正要求其他官员厉行节俭，他自己却不能以身作则。
除了张居正本身的缺点外，他的改革也有一些偏差。例如在清丈土地的过程中，虽然确实清查出了不少豪强富户隐匿、诡寄的漏税地亩，增加了明朝政府的赋税收入，但由于张居正清丈田亩是为了增加赋税，当时有的地方官吏为了迎合他的旨意，弄虚作假，以短缩弓步的手法多报田亩，用来报功请赏。
上述的这些，均给反对改革者留下了口实。尽管张居正在世时人们害怕他的赫赫威势，不敢不恭维他，但在这种恭维的后面，却积蓄着怨恨和蔑视。这种怨恨和蔑视，一旦时机成熟随时都可能爆发。万历十年（1582年），张居正赍志以没。他刚死，新政即告废除。张居正被削除了官荫、赠谥，在江陵的老家也被查抄。长子张敬修自杀，次子张嗣修和其他几个孙子被发配到边远地区充军，全家被迫害致死者有十余人。张居正执政10年所进行的一些改革以失败告终。
张居正改革终以人亡政息而落幕，它给后人留下的启示是深刻的。纵观张居正改革，他不计私怨，改革吏治，整顿学校。尤其是大力选拔人才，实行检查公文落实情况的考成法，大大提高了国家权力机构的办事效率，使之成为能够有效推行改革的工具。实行清丈土地，推广一条鞭法等措施，缓和了财政危机，促进了社会经济的发展。此外，他支持对蒙古首领俺答的议和，加强对青藏地区的关系，扩大互市规模，整顿军备，取得了边境的安宁，促进了和蒙、藏等民族的经济交流。这些改革客观上收到了积极的成果，有利于社会生产的发展和人民生活的改善，促进了资本主义萌芽的发展，因而对历史的发展做出了有益的贡献。但是，张居正改革发生在明代后期，从整个明王朝来说，已处于由盛转衰的历史时期，帝国斜阳最后的一抹余晖虽然耀眼，但却已近暮色。这种总体趋势是任何人都无法改变的，腐朽的封建生产关系。决定了张居正改革不可能取得进一步的成效。
张居正的遭际，被当时人视作擅操威柄，权高震主，以至于祸发身后。此次改革的最终失败，对于晚明政坛产生了深远的影响。在张居正执政期间，大明帝国的财政收支状况良好。张居正去世之后，开支急剧增加，国家财政重新出现了入不敷出、储备减少乃至匮乏的局面。摆脱了张居正约束之后的明神宗，从此失去了首辅的有效制约，遂得肆意妄为。他整日耽于逸乐——“因曲蘖而欢饮长夜，娱窈窕而晏眠终日”，躲在深宫里朝歌夜舞，没日没夜地与宦官、宫女们厮混。甚至连庙祀亦不亲祭，而改遣大臣代祭。对于治国，明神宗愈来愈失去了兴趣。他先是纵容言官弹劾大臣，却拒不接受朝臣的忠言直谏；继而又以冷漠的态度，视言官的进谏为沽名钓誉。凡是进谏奏章，一概不理不睬，置若罔闻。由于长期拒不批答章奏，拒绝接见朝臣，使得万历中、后期的君臣隔阂日益加深。明神宗的怠于政务，再加上张居正推行的考成法之废止，使整个国家机构陷入了瘫痪的境地。考成法既废，政归内阁与政归六部之争愈演愈烈。此后，大明帝国的世风日趋颓唐，举朝上下失去了起码的政治是非标准。继任的阁辅权臣为了明哲保身，往往尸位素餐，故作平庸，惟皇帝的马首是瞻。而大小官员亦不以国事为重，遇事相互推诿，除了升官晋职之外均无所用心。特别是先前受张居正信任的官吏，如戚继光、张学颜、潘季驯、梁梦龙、徐学谟、曾省吾、李成梁诸人，均因张居正的缘故而遭斥革；而此前遭受冷落或罢黜的官僚，则因迎合神宗旨意，罗织各种罪名对张居正横加攻击而得以升迁，这就使得嘉靖以来逐渐形成的朋党风气更趋膨胀。此后，朝廷官员结党营私，相互攻讦愈演愈烈，王朝衰颓之势日益加深。明王朝从此日薄西山，一蹶不振。从这一意义上来看，张居正改革的废止不仅仅是他个人事业的失败，同时也加速了明王朝政治的腐败。对此，著名的明清史专家孟森曾说：“故居正没而（明朝）遂人醉梦期间矣”，“明亡之征兆，至万历而定”。黄仁宇在《万历十五年》一书中也指出：“张居正的不在人间，使我们这个庞大的帝国失去重心、步伐不稳，最终失足而坠入深渊。”
