就在多铎开始攻击扬州的同时，西路的阿济格军也开始对李自成进行攻击。阿济格兵分两路，一路连克承天府、德安府、孝感；另一路军沿水路进发，沿途夺取船只甚多，随后占领了金口。大君山、小君山外的大顺军被迫全线撤退。
李自成急令各部加紧修筑工事，欲死守武昌和汉口，保住这块立足之地。再过一日，便听到洪山被清兵围困；大别山一线各处也全线告急，守将袁宗第向李自成请求援兵；黄冈也被清军攻击，旦夕且下。李自成大惊，倘若这些外围要塞被清兵攻下，武昌城便无险可守。于是急忙下令，全线收缩至武昌，派大将白旺率一万余人先行过江，占领南岸的兴国州，接应大军东下，进驻江西。
刘宗敏、郝摇旗等人拼命在武昌城外狙击清兵，掩护大军撤退。时仍在妄图清君侧的左梦庚正在与黄得功在坂子矶战斗，九江城内空虚，李自成想趁机占领九江，船只由湖口进入鄱阳湖。但因船只不多，大军渡江速度甚缓。
四月二十七日，李自成率数万老营士兵驻军富池口。大军在武昌外围被击溃的甚多，好在将士们的家属、伤员，以及一部分兵力已经过江，到达长江南岸。
李自成从由陕北一路撤退到了湖北，远离桑梓之地，群众基础薄弱。长江一带的百姓几乎都把他当成强盗，把他看成是逼死崇祯、方使得清军趁乱入关，让大明陷入险境的罪魁祸首。只要听说李自成的大顺军要来，便纷纷逃亡到深山密林之中。因此，李自成大军到了富池口后，不见一个百姓，犹如聋子、瞎子一般，无从打探消息，根本无法知道清兵已到了何处。
这一路撤下来，掉队的士兵很多，军中士兵也疲惫不堪，李自成便令队伍先驻扎下来，休息一日，一则能收拢掉队的残部，二则暂时休整，以便击退尾随而至的清兵先头部队，掩护大军沿江顺利东进。
谁知阿济格攻陷武昌、汉阳之后，并未停下来休整，而是一鼓作气，大队人马全速追赶，如狼群一般，死死追逐猎物不放！清军终于在半夜时分赶到富池口，趁大顺军疲惫休息之际，全军出击，骑兵先是在各处营寨左冲右突，犹如无人之境，随后大队步兵掩杀过来。大顺军中大乱。
李自成率亲兵卫队杀到江边，掩护将士们登船，朝下游逃去。清军水师也从上游赶到，在江面进行拦截。江面上火炮、火箭如雨，被击毁焚烧的船只将江面映照得一片通红。
一直厮杀到天色渐明，李自成终于率二百余艘战船突破重围，到了江西的桑家口。对各营士兵进行一番清点，发现身边将士只剩下不足一万人。载有宫内嫔妃、金银珠宝、以及大顺国玉玺的船只也被清军缴获。
吴汝义也率数百骑兵逃过江来，在桑家口见了李自成，便扑倒在他脚下，嚎啕大哭。
李自成见状，心凉了下去，知道定有甚多不好的消息。但见周围士兵甚多，当面问他富池口情况，只怕会影响军心士气，便扶起他，走进大帐，遣退大帐内的所有人后，方才低声问道：“吴将军，富池口情况如何？”
吴汝义哽咽道：“清兵趁夜偷袭营寨，各部将领来不及反应，都被清兵击溃。汝侯刘宗敏拼死战斗，却陷在重围之中，被清兵擒去，军师宋献策也受伤被擒。”
李自成闻言，如五雷轰顶，瘫坐在地，半响作声不得。良久才喃喃道：“没想到，没想到……清兵会这么快！汝侯、军师乃朕之左膀右臂，莫非天要朕亡不成？”
吴汝义道：“皇上，白旺将军先行过江，目前驻扎在兴国州外，还有万余兵马；夫人、高一功、李过将军率二十余万将士从陕北突围后，转道四川东进，皇上可迅速集合将士，前往汇合。”
众人稍稍休息了片刻，便又听到清兵过江追到。李自成和吴汝义率部阻挡了一番，但终因一路奔逃，士气低落，抵挡不住清兵凌厉的攻势，纷纷逃亡。大顺军且战且退，李自成和吴汝义两军又被清兵冲散，失去联系。
李自成带着残部不足一千人马，朝九江方向逃去，背后清兵紧追不舍。一路逃到瑞昌城下，离九江不足百里的距离，却被瑞昌城和龙开河拦住去路。瑞昌城门紧闭，城墙上满是守护的军民，满怀敌意地望着城下的大顺军。
李自成望着身畔仅剩的数百残兵，个个垂头丧气，狼狈不堪，哪里还能攻城突围？忍不住向天长叹！如今前路被阻，后有追兵，莫非此处便是自己毙命之所？正待抽刀自刎，突然从城西北的树林之中冲出一彪人马，李自成一见大喜！领头的那员大将，正是从武昌提前南下的白旺，见大军东下长江，便沿途赶来接应。
白旺率兵将尾随在李自成背后的清兵逐退，然后奔到李自成身边，跳下马来，跪拜道：“末将救驾来迟，请皇上恕罪！”
李自成跳下马来，扶起白旺，道：“多亏爱卿及时前来救驾，否则朕危矣！你部如今驻扎在何处，还有多少兵马？”
白旺道：“末将奉旨从武昌过江后，一路上并未遭遇大规模的战斗，因此兵力还有万余，目前驻扎在武宁县境内。刚才击溃的这股清兵，以臣观之，应该是清兵的先头部队，若按清军紧追不舍的进军惯例，清军大队人马随后将至。请皇上随末将前往武宁，汇聚南下之兵，夺取九江。”
李自成如今哪还有其他办法，目前也只有这一只军队能够保驾了。便点了点头，随白旺一同前往武宁。
李自成奔逃了数天，甚是疲劳，大军一扎下营，便沉沉睡了下来，却总是恶梦不断，要么就是梦见高夫人兵败被杀，要么就是梦到刘宗敏浑身鲜血淋淋地来向自己告别……正晕晕沉沉之间，突然听见营中一阵大喊：“活捉闯贼！活捉闯贼！”李自成大惊，待要翻身爬起，手足却如绑住一般，一动也不得动，眼睛也无法睁开，挣扎良久，突然一脚踢出，身躯一震，方才睁开眼，原来只是一场梦魇！
李自成浑身衣服已被大汗湿透，淋淋地能掉下水来。他抱着头，心有余悸地回忆起梦境。
高夫人一部，前些日已经有下落了，听人说巫山县城一夜之内被数万大军占领，定是高夫人、高一功、李过所部。从巫山至武昌一千余里，经过这些时日，只怕高夫人一部已经进入了湖北境内，势必正在与清兵鏖战。武昌、汉口、大别山、以及长江南岸的通山、通城一带，被击溃的大顺军甚多，若能将这些兵收拢，自己应该还能有数万人马。
刘宗敏、宋献策被清兵抓获，却只有刘宗敏一人来向自己告别，定是已被清兵所杀！那宋献策呢？莫非已降了清？
最令自己恐惧的便是最后那一个噩梦！
白旺究竟会不会背叛自己，将自己绑了，或是杀了，投降清兵？
如今自己落难到此地步，正是患难见人心之际，谁忠、谁奸，日后定然看得明白。可是关键的是，若等到日后，自己已被白旺所擒，到那时虽是知道了他是忠是奸，只怕已经是追悔莫及。
杀了自己，或是将自己绑了献给清兵，那可是大功一件，足可拜爵封侯。面对功名利禄，能不动心的只怕没有几人。
白旺跟随自己时间才不过五年，不是自己从米脂带出的那一帮老兄弟。原来并没有怎么重用他，直到崇祯十六年，自己夺取陕西的时候，留下他驻守江汉一带，与左良玉打了几仗，痛击左军，方才脱颖而出，成为自己麾下的一员大将。更何况他手下的兵也不是陕西一带的，多是湖北德安府和承天府的人，如今背井离乡，来到江西，谁知军中会不会有怨言，会不会起不臣之心？！
自己如今狼狈逃窜，是不是就是下一个黄巢？黄巢兵败虎狼谷，外甥林言见大事已去，便杀了黄巢邀功。白旺会不会就是下一个林言？
想到此处，李自成越想越是惊恐，心中下定主意，自己绝不能随白旺前去武宁，何况梦中已经有了预警！这个时候，去相信别人，还是不如相信自己的好。
第二天，天一放亮，李自成便开始整顿跟随自己的老营士兵，准备出发。白旺前来给李自成请安，李自成挥挥手，道：“这个时候，就不要讲这么多礼节了。白将军，如今江西兴国、通城、通山、蒲圻一带，流落有我大军数万，朕昨夜想了良久，这部分兵马，朕得亲自去把他们收拢起来，否则定会被清军各个击溃！这部分军士，随我东征西讨多年，是军中不可多得的老兵，朕一定得将他们救出来才是！”
白旺道：“既然如此，末将愿陪皇上同去。”
李自成摇了摇头，道：“如今到处都是清兵，如果带的人多了，反而容易被清兵发现。你继续带着部队，在兴国府附近活动，以为策应。清兵定然会以为朕在你军中，如此反而可以保护朕的行动。”
白旺大惊道：“皇上万万不可！若清兵追来，皇上身边士兵不多，如何保驾？”
李自成笑道：“朕手下这些亲兵，跟随朕多年，个个骁勇擅战！清兵若少，当痛击之；清兵若多，朕手下这数百兵马，在大山密林中藏匿起来也容易得很。爱卿不必多说，你的忠勇，朕如何不知？只是当今之势，如此计划只怕最好！你可带部沿路南下，远远引开清军。你打得越好，朕就会越安全。”
白旺无奈，只得眼中含泪，望着李自成带着数百将士，渐渐消失在崇山峻岭之中。
五月一日，清英王阿济格为剿灭李自成，亲自带兵从武昌一路追击。到了九江，守城的左军将士一触即溃，大军顺利驻进了九江。随后，各部将领纷纷献上所抓的俘虏，向阿济格报功。阿济格得意洋洋，如判官一般，随意决定着俘虏的生死。刘宗敏临死不降，阿济格虽很是喜欢这员猛将，但见他宁死不降，只好将他用弓弦勒死，算是给了他一具全尸。杀了之后，一拍额头，方才记起手下骁将吴三桂曾对自己请求过，若是抓到了刘宗敏或是李自成，便请交由他处置，开膛剖腹，以祭北京被杀的三十余口亲人。只是如今已经把刘宗敏杀了，无可奈何，便也不放在心上。
宋献策破落秀才，原不过是一个行走江湖的算命先生，口才甚好，不顾廉耻，替堂上的各将算命，将众人大大恭维了一番，接着又跳了一阵大神，乐得阿济格等清将哈哈大笑，便放了他一条生路。
除了李自成女营之中略有些姿色的俘虏被留下来，赏赐给有功之人外，其余无论男女，皆被阿济格处死。随后阿济格坐镇九江，亲自指挥各部四处搜山、围剿李自成残部，战报一日日地汇总呈报上来。各部难免虚报战果，汇总之后，各部所杀的李自成士兵总数达二十余万，如此李自成部岂不是已经消灭殆尽？！阿济格也不管真假，一一的都记在功劳簿上。
数日后，白旺被手下将领王体中所杀，率部投降了阿济格，并将李自成独自率数百人隐藏在通城九宫山一带的消息报告给阿济格。阿济格大喜，将各路重兵悉数派到通城九宫山一带搜捕李自成。
左梦庚在坂子矶与黄得功血战多日，始终未能向南京前进一步。见清兵已攻陷九江，自己腹背受敌，便不顾众将的反对，在黄澍的劝说下率十余万大军投降了阿济格，被编入汉军正黄旗，都统为在大同投降清廷的总兵姜瓖。
围剿数日后，阿济格终于听到了自己最想听到的消息：李自成在湖北通城九宫山一带被乡勇程九百杀死，有李自成的花马剑、龙袍、佩玉等遗物为证。只可惜过了多日，尸体已经无法找到。阿济格一开始还有点不敢相信自己的耳朵，后又听说李自成的残部听到噩耗，血洗九宫山之后，方才相信此事为真，大笑道：“本王终于可以离开这鬼地方了！江南一带，又热又潮，蚊虫多得要命，本王到了江南，从来就没睡过一个好觉！”
耿仲明劝道：“王爷，李自成虽是死了，可是他的残部还没有消灭，如果我军离去，摄政王不会怪罪下来么？”
阿济格大手一挥，道：“本王自从去年绕道蒙古，攻打陕西开始，已不停在外征战半载。摄政王要我杀了李自成，如今不是杀了么？有缴获的李自成玉玺，有他的龙袍、兵器等遗物为证。功劳簿上记载的战果，李自成部已被我消灭二十余万，足可回去交差了！剩下那些残兵，让他们和大明官兵狗咬狗，相互杀去！”
耿仲明道：“南京我们不去打？”
阿济格摇头道：“我与豫亲王出兵时抓阄约定，他去打南明，我去打李自成。南京先让他打着吧！打不过再来帮他，那时功劳可就是我的了！”
于是，阿济格带着本部和左梦庚，数十员降将，以及被左梦庚胁迫的原九江总督袁继咸，班师回京。阿济格兵出蒙古，攻打陕西时，兵不过十万，一路从陕西、湖北、江西追击李自成，兵是越打越多，如今居然有各路大军近三十万！大军回师之际，左梦庚军中的金声桓，和杀白旺投降的王体中二人主动请缨，欲留在江西剿灭李闯残部。阿济格应允，令他二人率领所部收复江西。金声桓派出一个卫兵前往南昌，威胁说大清二十万精兵即将南下，如今唯有投降，方能不重蹈扬州覆辙，吓得江西巡抚邝昭挂印而逃；各级政府官员等也一轰而散，江西大部不战而降。
阿济格洋洋得意，带大军回到北京，却被多尔衮一通责骂，说他追剿李闯，延迟不力；李闯未死，所报不实；未悉数剿灭流寇，不待朝廷下旨，自行班师回朝等等，数罪并罚，降为郡王，直到数月后证实李闯身死方才官复原职。
关于李自成从武宁撤退后的下落，说法甚多，有战死、自杀、夹山寺禅隐、青城归隐等。李自成究竟如何身死，仁者见仁，智者见智矣。
