桓玄又历数会稽王司马道子及其子司马元显的罪恶，流放司马道子到安成郡，数月后桓玄更派人杀死司马道子；又杀司马元显、庾楷、司马尚之和司马道子的太傅府中属吏。桓玄又图除去刘牢之，先命他为会稽太守，令其远离京口。刘牢之意图反叛但得不到北府军将领支持，于是北逃广陵投靠广陵相高雅之，于途中自杀。司马休之、高雅之和刘牢之子刘敬宣于是北逃南燕。
桓玄在三月攻入建康时就废除了元兴年号，恢复隆安年号，不久又改元大亨。及后，桓玄自让丞相及荆江徐三州刺史，以桓伟出任荆州刺史、桓修为徐、兖二州刺史、桓石生为江州刺史、卞范之为丹阳尹、桓谦为尚书左仆射，分派桓氏宗族和亲信出任内外职位。自置为太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史。另外又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的礼遇。
四月，桓玄出镇姑孰，辞录尚书事，但朝中大事仍要咨询他，小事则由朝中桓谦和卞范之决定。自晋安帝继位以来，东晋国内战祸连年，人民都厌战不已，而桓玄上台后就罢黜奸佞之徒，擢用俊贤之士，令建康城中都一片欢欣景象，希望能过安定日子。不过很快，桓玄凌侮朝廷，豪奢纵欲，政令无常，故令人民失望。当时三吴******，很多人死亡，即使是富有的也是守着金玉财宝活活饿死家中，桓玄虽曾下令赈灾，但米粮不多，给予不足，纵然会稽内史王愉召还出外寻食的饥民回去领粮，还是有很多人在道旁饿死。
另一方面，桓玄亦先后杀害吴兴太守高素、竺谦之、高平相竺朗之、刘袭、彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等北府军旧将，以图消灭刘牢之领下北府军势力。另亦要朝廷追论平定司马元显和殷仲堪、杨佺期的功勋，分别加封豫章公及桂阳公，并转让给儿子桓升及侄儿桓濬。又下诏全国避其父桓温名讳，同名同姓者皆要改名，又赠其生母马氏为豫章公太夫人。
大亨元年（403年），桓玄迁大将军，又上请率军北伐后秦，但随后就暗示朝廷下诏不准。桓玄本身就无意北伐，就装作出尊重诏命的姿态停止。同年，桓伟去世，桓玄因公简约礼仪，脱下丧服后又作乐。而桓伟一直是桓玄亲仗的人，桓伟死后桓玄孤危，桓玄不臣之心已露，同时全国对其有怨气，于是打算加快篡位工作。而桓玄亲信殷仲文及卞范之当时亦劝桓玄早日篡位，连朝廷加授桓玄九锡的诏命和册命都暗中写好。桓玄于是进升桓谦、王谧和桓修等人，让朝廷命自已为相国，更划南郡、南平郡、天门郡、零陵郡、营阳郡、桂阳郡、衡阳郡、义阳郡和建平郡共十郡封自己为楚王，加九锡，并能置楚国国内官属。及后桓玄自解平西将军和豫州刺史，将官属并入相国府。
当时桓玄的行动令原为殷仲堪党众的庾仄起兵七千人反抗，趁着接替桓伟的荆州刺史桓石康未到就袭取襄阳，震动江陵，不过不久就被桓石康等所平定。桓玄及后又假意上表归藩，却又自已代朝廷作诏挽留自己，然后再请归藩，又要晋安帝下手诏挽留，只因桓玄喜欢炫耀这些诏文，故此常常做这些自编自导的上表和下诏事件。另桓玄亦命人报告祥瑞出现，又想像历代般有高士出现，不惜命皇甫谧六世孙皇甫希之假扮高士，最终竟被时人称作“充隐”。而桓玄对政令执行亦无坚定意志，常改变主意，导致政命不一，改变起来乱七八糟。
大亨元年（403年）十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝规格的十二旒，又加车马仪仗及乐器，以楚王妃为王后，楚国世子为太子。十一月十八日，由卞范之写好禅让诏书并命临川王司马宝逼晋安帝抄写。二十一日，由兼太保、司徒王谧奉玺绶，将晋安帝的帝位禅让给桓玄，随后迁晋安帝至永安宫，又迁太庙的晋朝诸帝神主至琅邪国。及后百官到姑孰劝进，桓玄又假意辞让，官员又坚持劝请，桓玄于是筑坛告天，于十二月三日正式登位为帝，并改元“永始”，改封晋安帝为平固王，不久迁于寻阳。
桓玄篡位以后，骄奢荒侈，游猎无道，通宵玩乐。即使是桓伟下葬的日子，桓玄在日间哭丧但夜晚就已去游玩了，有时甚至一日之间多次出游。又因桓玄性格急躁，呼召时都要快速，当值官员都在省前系马备用，这样的朝廷已经不再是朝廷的样子了。另桓玄又兴修宫殿、建造可容纳三十人的大乘舆。百姓更因而疲惫困苦，民心思变。北府旧将刘裕、何无忌与刘毅等人于是乘时举义兵讨伐桓玄。
永始元年（404年）二月二十七日，刘裕等人正式举兵，计划在京口（今江苏镇江）、广陵（今江苏扬州市）、历阳和建康四地一同举兵。其中刘裕派了周安穆向建康的刘毅兄刘迈报告，通知他作内应，然而刘迈惶恐，后更以为图谋被揭向桓玄报告，桓玄初封刘迈为重安侯，但后又以刘迈没有及时收捕周安穆，于是杀害刘迈和其他刘裕于建康的内应。原于历阳举兵的诸葛长民亦被刁逵所捕，但刘裕等终也成功夺取了京口和广陵，镇守两地的桓修和桓弘皆被杀。
刘裕率义军进军至竹里，桓玄加桓谦为征讨都督。桓谦请求桓玄派兵攻刘裕，但桓玄畏于刘裕兵锐，打算屯兵覆舟山等待刘裕，认为对方自京口到建康后见到大军必然惊愕，且桓玄军坚守不出，对方求战不得，会自动散走。不过桓谦坚持，桓玄就派了顿丘太守吴甫之及右卫将军皇甫敷迎击。不过二人皆在与刘裕作战中战死，桓玄大惧，就召见一众会道术的人作法试图对抗刘裕。后桓玄又命桓谦、何澹之屯东陵，卞范之屯覆舟山西，共以二万兵抵抗刘裕。不过刘裕进至覆舟山东时故设疑兵，令敌方以为刘裕兵力众多，桓玄得报后更派庾赜之率兵增援诸军。然而，因为刘裕的兵众大多是北府军出身，故桓谦军队都畏惧刘裕，未有战意，而刘裕则领兵死战，并乘风施以火攻，终击溃桓谦等。
请看下一讲：一语成谶
