当司马睿代替了自己的堂侄司马邺当上了中原的掌权者，但是他在建兴五年（公元317年）4月6日并没有立即称帝，而是成为晋国国王，改元建武，并广泛征辟文吏（那个时候称为椽属）以为自己的辅佐，有“百六椽”之称。
在当年的六月，孤悬在北方的晋朝长官刘琨（就是闻鸡起舞的那个）、段匹磾、刘翰等一百八十个人上书劝进。这不劝进戏码的导演当然是王导，因为王导这个人权力欲不次于当年的司马昭，所以他觉得只要晋国国王再前进一步，那么自己这个家族可就真的有了发达的余地了。
所以就在司马睿称王的时候，他鼓动了很多大臣将司马睿逼到了墙角，司马睿无可奈何之下，只能答应，毕竟主权掌握在王导的身上，如果没有王氏兄弟，自己恐怕早被鞑虏掳去了。
但是他还是想等一等，因为他远在北方的堂侄还没有消息，所以天无二日，万一这个时候皇帝再回来，就不好办了。所以直到公元318年的4月23日之前，司马睿都没有称皇帝，等到这一天，“司马邺死在汉国皇帝刘聪的手中”的消息传来，司马睿才真的在三天后称帝，改元太兴。
晋朝的领土面积到了司马睿建国的时候已经大大的缩水了，面筋仅仅是长江中下游以及淮河、珠江流域。原来的西域部分以及北方的地区完全沦陷在了五胡所建立的政权之中，而此刻我们后面要讲的东北地区，已经被五胡之中的强悍民族占据，北方的地区，尽落于五大民族的分割之中。
司马睿即位之后，深切地感受到自己在皇族子弟当中的声望并不高，势单力孤，所以得不到南北士族的支持，皇位非常的不稳定。但是他自从重用了王导和王敦，王导的谋略从此开始发挥作用。利用谋略，王导使南方和北方的士族子弟都决心拥戴司马睿，稳定了东晋政权，而且此刻东晋政权掌握的领土够支撑一段时间的。
司马睿看到由王导创制的天下，十分的感激，任命王导为宰相，执掌朝政。此刻王家的荣耀慢慢地升起，从317年开始一直延续到339年，一共22年的时间。当时的人都成这个时代为“王与马，共天下”。
而且司马睿还犯了一个大大的错误，那就是他竟然称呼与自己同岁的王导为“仲父”，把他比做自己的萧何。王道也经常劝谏司马睿要克己奉公，而且要勤俭度日，优待南方士族子弟。所以司马睿和王导创造了一场君臣互敬互爱的佳话。
除了王导被授予丞相的官职，王敦更是控制着长江中游（东晋的北大门），兵强马壮；而且王家四分之三的朝野官员是王家人或者王家的相关人员。另外我要说的是，在后面的一本书中，我们会说一下王家是怎样在南朝掌握权力的。
虽然司马睿喜欢当甩手掌柜，但是如果让他一点政治权利不掌握，那他就算是闲也能闲出病来。而且司马睿自己是一位守成的君主，唯一不能即位的原因是他是司马炎的堂侄，司马衷的从弟，也就是说他的上面还有许多兄长，王导抢夺权力抢夺的太多，这让司马睿觉得自己的处境十分不妙，而且自己又不是完全的无能，至少也得分给自己一点权力。
所以司马睿对王导和王敦很不满。但此时，他又对另一件事情发下了昏庸的号令，这件事情就是北伐，主将是刘琨的好朋友祖逖。
虽然在司马睿称王的时候，祖逖就主张北伐，但是司马睿尽管不同意，但也没有表示明确的讨厌之情。我们知道，司马睿虽然有才能，但是他还是一个“小富即安”的人，而且当时他已经习惯了偏安一隅，不想再找北方各国的头痛。为了表示一下自己的决心，他还是做了一个样子。封祖逖为奋威将军，对北方的游牧民族政权来一次清扫。
祖逖这个人军事指挥才能不赖，首先将豫州收了回来，然后又对付石勒建立的赵国，功勋卓著，更加了不起的是他让石勒和他讲和，就这样稳固住了晋朝既得利益。就在旗开得胜的时候，祖逖却发现司马睿任命戴渊为征西将军，都督司兖豫并雍冀六州诸军事、司州刺史，出镇合肥。
祖逖深知，戴渊虽然有才，但是没有远见卓识。而且王敦跋扈，朝廷内部皇权和军权势不两立，自己的北伐大计恐怕要毁于一旦，所以忧愤成疾。不久在雍丘去世，享年56岁。晋元帝命令祖逖的弟弟祖约接掌祖逖的部众，石勒趁机入侵河南，祖约退守寿春。祖逖收复的失地又被赵国夺了回去。
祖逖的北伐失败，让司马睿很痛心，但是更痛心的是他用来牵制王敦的刁协、戴渊两个人被王敦诛杀。王敦当时的实力已经不可小视，永昌元年（322年），王敦以诛杀刘隗的名义在武昌起兵，直扑石头城（也就是建康）。王导为了保全家族利益在暗中帮助王敦，王敦杀入建康，斩杀了刁协和戴渊。刘隗逃奔到了赵国。
司马睿看到最后的尝试也失败了，所以他脱下了皇袍，穿上大臣朝拜的衣服，对王敦说：“你如果想当皇帝你就对我说呀，我把王位让给你，我还当我的琅琊王去，何苦让百姓受苦呢？”王敦此刻觉得心满意足，不久他开始给自己加官进爵，王敦自封为丞相、都督中外诸军、录尚书事。
司马睿在征讨王敦的时候，曾经下令：“有杀敦者，封五千户侯。”为了嘲弄一下这位皇帝，王敦给自己封万户侯，而且封自己为武昌郡公。这无疑是和皇帝较劲，但是当时的皇帝没有权利，朝中的事情全部由王敦做主。王敦觉得太子司马绍有勇有谋，所以想要废掉他，但是群臣坚决反对。
司马睿看到动摇不了王氏家族的势力，幸而有荀组比较忠顺，便任命他为太尉兼太子太保，不料荀组病死，司马睿病情加重，最终在323年1月3日（也就是永昌元年322年的闰十一月初十）病死，终年四十八岁。
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