尽管拓跋嗣多次叹服崔浩是不可多得的良臣，有先见之明，但总忍不住贪获渔人之利的私心，想从秦晋交战中捞到好处，还是委派长孙嵩、叔孙建二人，各率精兵，向南方出征。
东晋刘裕的大将王镇恶率领的陆军部队在潼关一带受到后秦的顽强抵抗，无法突破险关，便向刘裕请求，要转率水军自黄河入渭河，直袭长安，得到批准后，王镇恶特意改造了一批冲锋舟，兵士们都藏在船中，在船底划桨，推船前行。秦人迷信，见到船支逆水而上，只见船行，没有见到有人摇橹划桨，都以为是有鬼神相助。这批冲锋舟就在秦军士兵的眼皮子底下冲过了防线，一直抵达长安城边的渭桥。冲锋舟停靠长安城郊荒凉的河滩，王镇恶立即命令将士们在船上饱餐，而后仗剑登岸，丢弃冲锋舟，大水把冲锋舟冲得无影无踪。他告诫将士们说：“我们的家属都在江南，而今船舰衣粮都随船支漂走了，我们已没退路，这里上岸就是长安城的北门，今战而胜则立功扬名，不胜，则尸骨无存，兄弟们，冲啊！”王镇恶身先士卒，第一个向前冲杀，晋军们立于绝地而后生，勇气倍增，一以当十，所向无敌，击退所有抵抗的秦军，一直攻进长安平朔门，占领秦都长安，宣告后秦灭亡。
一直关注着这场战争胜负的不只是北魏皇帝拓跋嗣，还有一位躲藏得远远的后秦将领刘勃勃。刘勃勃是刘卫辰的儿子，投靠后秦，逐渐掌握军权。姚兴病重期间，拥兵自重，脱离后秦的羁绊，自命大夏天王，认为自己“显赫得与天地相连”，将“刘姓”改为姓“赫连”，史称赫连勃勃。为了建立一座大夏的都城，就在陕西靖边这个地方修筑都城，而且要以此地为核心，统治万座城市，故将新都城命名为“统万城”。任命叱干阿利为将作大匠，领导十万民工，在朔方水北，黑水之南修筑统万城。沙漠上筑城，叱干阿利创造了建筑史上的奇迹——用糯米熬浆蒸沙土（这就是历史上最早的混凝土）夯土筑墙，并实行严格的质量监理制度。用铁锥检验，如果铁锥钉入城墙一寸，就斩杀筑土夯墙的人，将尸身一并丢进夯土，筑入城墙，所以，统万城的城墙堪比钢筋水泥建筑，坚固得可以当磨刀石。这在一千五百多年前，确实是不可设想的事。赫连勃勃认为叱干阿利对自己忠心耿耿，连建造、制作都一并交他管理。叱干阿利不仅是著名的建筑师，还是著名的军械制造商，他派人制造矛盾，如果矛刺穿了盾牌，就将造盾牌的人斩首。反之，如果矛刺不穿盾牌，则将造矛的工匠斩首。所以，叱干阿利制作的武器十分精良，在其后的战斗中，毫不费力地就占领了刘裕盘踞的长安。如果我们今天实行叱干阿利这样严格的监理制度，就决不会出现在建楼房垮塌，在建桥梁坍塌的事故了。我们今天的材料比古人好一千倍，事故也比古人多一千倍，简直就是黑色幽默。
明元帝拓跋嗣听说赫连勃勃修筑坚固的统万城，也想修筑一座高枕无忧的京城。而京都平城已经修筑完成，自然不敢和赫连勃勃的统万城相比较。明元帝很不服气，就找大臣们商量。崔浩说：“一个国家，不只要有坚固的长城抵御外族，更要有坚固的政治长城，防止内部腐败。”拓跋嗣大为赞赏，加快了内部长城的构建。把京畿附近划为四个方城，方城的外维，又划有四个维城，简称“方”“维”。这四个方和维合称八国，以刚刚任命的八部大人行使行政职权。平城附近有条秀容川，附近几十里地都属于酋长尔朱羽犍的势力范围，此人曾率领部族跟随北魏大军攻占中山，建立战功。拓拔珪对他特别奖赏，把秀容川四周三百里都划为尔朱羽犍的封地，拓跋嗣也延续此例，尔朱家族就隐伏在这里繁衍起来，成为后来吞噬北魏的豺狼。为加强政权建设，拓跋嗣派出使臣（中央巡视组）到各州，审核各州行政长官的财产申报，不是州官家庭生产积累的家财，即为赃物，登记造册充公，狠狠打击了贪污腐败。这是内政建设的第一座长城。
明元帝要构筑的第二座长城就是接班人。宗祧继统，这才是封建君王长治久安的关键所在。拓跋嗣信奉道教，这和崔浩的教化之功是分不开的。崔浩不喜欢老子、庄子的学说，称其是“矫诬之说”，不近人情，搅乱了先王所信奉的韩非的法制精神。他更鄙视佛教。拓跋嗣曾因在国人中提倡宗教信仰，礼请佛教大师鸠摩罗什翻译的佛经传扬三晋大地。崔浩禁止其经卷流通，称其为“胡教”。胡，贬义词，是汉族人对鲜卑、氐、羌、高车、柔然等少数民族的贬称。这就激怒了同朝共事的鲜卑大臣。于是纷纷指责崔浩。说崔浩的坏话。拓跋嗣逼于内部压力，不得不将崔浩贬官，让其回归故里。崔浩长得白晰美貌，就像美艳的妇人，常以张良自谓。他赋闲在家，每天修身养性，练吐纳避谷之术。拓跋嗣遇到不能解决的问题，就会亲自到崔浩的府上，询问解决的办法。他见崔浩还是那么白晰，年轻，大为惊讶，询问：“爱卿有何妙术，能永葆青春不老？”崔浩趁机兜售他的道教学说，还说自己吃了用五种矿石提炼的五石散，不仅能延年益寿，而且还能强身健体，增强****，这些都是每一个封建帝王最关心的问题。拓跋嗣听后，开始大量服用五石散，也就是他父亲为之丧命的寒食散。
拓跋嗣服用寒食散后，身体每况愈下，决心尽快策立太子。又向崔浩询问办法，崔浩对明元帝说：“应该尽快策立皇子拓跋焘为太子，并派出颇有名望的大臣为辅佐，让太子得到治国锻炼。即便陛下万岁之后，国有成主，民有所归，奸宄息望，祸事就不会产生了。”拓跋嗣又征求了长孙嵩的意见，正式策立皇长子拓跋焘为太子，以长孙嵩、奚斤、安同为左辅，以崔浩、穆观、丘堆为右弼。拓跋嗣经常潜入东宫，暗中观察太子施政，尽管太子此时还是个十四岁的少年，但施政一丝不苟，十分得体，这让拓跋嗣放心了，心里暗暗高兴。
拓跋嗣要修建的第三道长城是名符其实的长城，为了防御柔然、大夏的攻掠，建筑一道强大的国防线，他发布命令，发动百万民工，修建东从赤城西至平城的长城，总长两千多里，此举征调了河北、内蒙、山西、陕西的大量民工，修筑长城。这期间，涌现了中国文学史上为之留名的两位年轻女性。
一个姓羌的女子（或许是一个羌族的姑娘），新婚不久，丈夫就被征调到漠北修筑长城，身怀有孕的羌姓女子去寻找姓孟的丈夫，结果得到的是丈夫尸骨被筑入长城的噩耗，羌女痛哭昏厥，用手扒城墙，要见丈夫最后一面。结果感天动地，泪水哭倒长城。这位千里寻夫的女子就是孟羌女。另一个就是贺阿莫兰。在柔然大举进犯北魏边境的时候，北魏各部落征兵抵抗，其中就征募了这名女子。从这女子的姓氏来看，她也许是贺兰部落的一个牧羊女，从小在马背上长大，善于纵横驰骋，征战杀伐，所以替父出征。“东市买骏马，西市买鞍鞯，南市买辔头，北市买长鞭。”从这首诗的描述中，可知北魏当时实行的还是府兵制度和国家军队并存的武装力量制度，府兵从军还得自己购买军械，可见，经过改革几十年的北魏，国家机器还并不健全，并不完善。同时可知，贺阿莫兰的家庭应该是部曲家庭，父亲得替坞壁主出征服兵役，在征战柔然丁零的战斗中，这显然已是惯例。这则故事在口述文学的发展过程中，经演变而成花木兰，原有的部落大姓被掩盖，以汉族女子的姓氏演绎鲜卑女子的感人故事。
