《抱扑子内篇》称：“玄者，自然之始祖，而万殊之大宗也。”。万物命理，玄而有道。九天玄女，炎帝之母，天下大宗，终归玄学。
玄灵阁，一直以为都是个神秘的存在，出于某种原因，古籍对它的记载并不多，仅有《玄女传》、《山海密史》、《九州妖异录第三卷》中有一两句提起。这些提及都与一个人密不可分，那便是九天玄女娘娘。
关于玄灵阁有几种说法，最可信的是，最早出现的有关记述，炎黄之前，九天玄女娘娘怜悯时间瘟疫横行，特谴灵人三千，下界普度众生，后来玄女娘娘麾下就有了一群灵人常行于人间，进行救治水深火热中的凡人。这三千灵人就是玄灵阁最初的样子。
而后，炎黄蚩尤大战，九天玄女被皇帝的仁德打动，让九千灵人帮助炎黄蚩尤。这九千灵人所做的就应该是收集四海八荒的各种信息。
后来中原初定，玄灵阁也从部族战争中淡了出来。它直属玄女娘娘麾下，听命于九天玄女。其实关于九天玄女的记载，自古以来就不多，这也和她本身就很神秘有关，现存的古籍对她的说法也是各有不同，所以关于玄灵阁也是众说纷纭，它的真面目，无人清楚。
玄灵阁独立于六界之外，由于玄女天尊的关系，它在六界之中畅通无阻，但也极少插手六界的事，至于它后来究竟如何，古籍并未记载的有，几千年的历史演变，这样一个神秘而复杂的组织，没有多少人清楚它究竟是怎样的一个存在。
《奇闻杂谈》里有这样一个故事，东山刘氏由于误入山中“鬼市”，困于其中，一位青衣女子从天而降，立于市中，市中百鬼直呼“阁主饶命”，青衣女子折扇一动，居高临下，曰:“尔等来日，入归地府。”百鬼齐哭。刘氏立刻精神抖擞，随青衣女子离开。
拿折扇的女子，古籍里倒有很多，但被称阁主的却是极少，也只有这么一位。据传，玄灵阁，历届阁主多为女子，玄女娘娘多着青衣，灵人也皆穿青色衣裳，这不妨让人联想这位青衣女子是否就是玄灵阁主。
年前，北川墨家长女墨子嫣受人之托奔赴西南收妖，不想有人捷足先登。墨子嫣到了西南天岩村坟山之中，只见一位撑着布伞的青衣女子，手执折扇，按着鬼王的头，念着:“尘缘已了，往生去吧。”那鬼王痛哭，在女子扇下化为蓝烟。
女子二十出头模样，周身灵气缭绕，肩头趴着一只足有千年的九尾赤狐，墨子嫣上前询问女子姓名，女子背对她摇着扇子，道:“青衣折扇，玄灵阁主。”说完隐于雾中。
此后，销声匿迹的玄灵阁再次出现。
