小智一行人离开了深山的贵族学校，继续以枯叶市向前进。由于到枯叶市还有很长一段距离，所以，他们将目标暂时定在了正辉的灯塔，作为一个暂时休整的地方。
一行人不停地旅行，在离开贵族学校一天后，他们来到了一个有水塘的地方，停下来休息。正当他们要吃点东西补充体力时，一直走路草出现在了三人眼里。“哇！是走路草诶！好，我要收服它！”小霞的精神振奋了起来，接着就派出了宝石海星，“用水枪！”……“用冲击！”受到宝石海星两次猛烈地攻击，走路草很快便失去了战斗能力，可惜小霞扔出去的宝贝球被半路杀出的妙蛙种子用藤鞭打飞。这一次来精神的变成了小智。“妙蛙种子！太棒了，它归我了！”说完便让皮卡丘冲了上去，可是妙蛙种子却拖着走路草迅速逃跑了……
小智很不甘心，便招呼皮卡丘追了上去。“等等我们！”小霞大喊道，收起宝石海星便和小刚跟了上去。“可不能这样下去！这种追法，根本不可能收服它！”小智想到，便派出了巴大蝴和比比鸟，让它们两个去跟踪。最终，小智等来了好消息——它们在一所建在河边的疗养所附近生活，也就是神奇宝贝乡，不过一路上有很多陷阱，这可整苦了小智等人……
经过不懈的追踪，小智一行人终于到达目的地——河边的疗养所！
这时，屋子里走出来一位年轻的女子，小刚立刻被迷住了，一闪便冲上去“深情表白”……“你们好，我叫小翠，是这里的主人。”小翠自我介绍。小翠是专门在这里收养了那些在战斗中受伤、或是被主人抛弃的神奇宝贝，而她在听了小智追赶妙蛙种子的经过后，便建议小智将妙蛙种子收服。而小智也不含糊，拍皮卡丘打败了妙蛙种子，将它成功收服。而小霞在和走路草交流一阵后，也收服了走路草，这是她第一只非水系的神奇宝贝。
告别小翠后，小智等人又来到了一座山间的神奇宝贝中心，在这里，小智毫不犹豫的收服了小火龙，并狠狠地教训了那个叫大佑的家伙，而在这座神奇宝贝中心，小智将铁壳昆传了回去，打算让它在研究所进化。
离开这里之后，小智等人终于走上了一条能到达正辉灯塔的道路。他们来到了杰尼龟军团捣蛋的地方，小智想方设法，终于没被杰尼龟军团算计，反而把杰尼龟军团教训的服服帖帖，之后带走了那只带头的杰尼龟，另外的四只，小智交给了当地的君莎小姐，组成了杰尼龟消防队。
在搞定这三个小麻烦后，小智一行人终于在一个黄昏时看到了目标——正辉灯塔！
这时小智想到，好像原来的小智还在这里收服了一只发育不良的大钳蟹，这么想并不代表小智真的打算去收服那只大钳蟹，而是他想到了小茂的那只大钳蟹……于是他就带着皮卡丘跑到海边，“怎么说也得抓只比小茂那只大得多的大钳蟹……”打定注意后的小智边和皮卡丘开始了寻觅。可惜，没找到……
这时那只发育不良的大钳蟹出来了，“难道我真的要收服它？！不，绝不！！”小智又坚定了一下信心。
这时，小霞小刚跑了过来，“你刚才发什么疯嘛！招呼都不打一声就一个人疯跑！”小霞不满的嚷道。“就是啊，你一个人要是出事了怎么办呐？”小刚也表示担忧。“哈~实在抱歉啦！我想收服一只大钳蟹，那种家伙的力气可是很大的！抱歉啦……”小智挠挠头，一脸赔笑地说道。“那你找到没有啊？”小霞立刻关心的问道。“呃……暂时还没有啦！不过我想应该找得到。”小智答道，“对了，我们赶紧去灯塔吧！”小智提醒道。“好！”
三人离开海滩，走到了灯塔前。小刚上前叩门：“请问，有人在吗？我们想在你这里借宿。”“是谁啊？”“我们是迷路的旅行者，不好意思打扰一下……”“你会做炒面和馅饼吗？”“会，还有其他很多菜我都会做！”“那你们进来吧。”接着，门打开了，三人进到塔里面。
刚一进去，便看到一个巨大的布偶化石盔。由于灯光的昏暗，看起来感觉有些恐怖。“麻烦你们来一个人，帮我按一下这个按钮好吗？”‘化石盔‘说道。小智便跑上前按下按钮，化石盔打开了，正辉就从里面钻了出来。
“谢谢你们了！”正辉说道，道谢之后，正辉又跟三人说了巨大神奇宝贝的事情。三人便打算来留下来看一看。那只巨大的快龙并没有在当天晚上出现。“想来应该是我们来的早吧！好吧，就在这里多留一阵，就说要训练。”小智在房间的床上，想着想着便睡着了。
第二天，小智早早的起了床，组织起自己的神奇宝贝到海滩边练习。现在小智的神奇宝贝，只有在训练时才戴上“强力环”，其他时候都是取下来的。
小智分别下达了命令：“皮卡丘和比比鸟一组，练习出招的速度和躲避的速度；小火龙和杰尼龟一组，杰尼龟使用水枪时只需要6分力气，主要锻炼小火龙的火焰威力；妙蛙种子和巴大蝴一组，练习巴大蝴的反应速度！好了，去吧！”命令下达后，神奇宝贝们就各自去训练。小智则在一旁观察，看哪里需要改进，哪里需要加强。皮卡丘和比比鸟早就这样锻炼很久了，所以没什么问题。关键就是另外两组——杰尼龟爱捣蛋的恶习依旧存在，练习时老是擅自加大水量，结果小火龙好几次差点儿被打趴下；妙蛙种子则是出招速度慢了些，结果巴大蝴的训练反而不是很好……
于是小智进行了调整：皮卡丘跟妙蛙种子一组，锻炼妙蛙种子的攻击速度；杰尼龟和巴大蝴一组，同样练习杰尼龟的攻击速度，还有练习巴大蝴的躲避速度；比比鸟和小火龙一组，比比鸟用风吹散小火龙的喷射火焰，这样能更好地练习小火龙的攻击力……
经过一天的训练，妙蛙种子，小火龙和杰尼龟都疲惫不堪。只有另外三个‘元老’若无其事的样子。于是小智组织神奇宝贝们准备回去。
这时路上出现了一只大钳蟹，按图鉴上的说法，平均每只大钳蟹高度都在40厘米左右，可这只大钳蟹竟然有50厘米高（图鉴能测量眼前神奇宝贝的身体数据）。“这么说来，发育特别亮好咯……好，就是你了！皮卡丘，十万伏特！”小智发出命令，皮卡丘一个闪电劈过去，大众大钳蟹，但是大钳蟹居然消失了，“糟糕，是影子分身！”这时大钳蟹一下子从空中一钳子打向小智，小智条件反射，猛地往后一跳，离大钳蟹远远地。
“没想到还挺聪明！居然敢打我，皮卡丘，用电击波！”皮卡丘立刻发出电击波，速度非常快，即使速度不快，也能命中（必中技）。果然，受到攻击的大钳蟹露出痛苦的表情。“就是现在，十万伏特！”皮卡丘高高跃起，一道闪电再次劈来，这回成功地击中了大钳蟹，小智立刻抛出宝贝球，过了几秒，大钳蟹被收服，然后，被传了回去。
回到灯塔，小智向大木博士联系。“哟！小智，你可是好久没跟我联系了啊！这次你送来的大钳蟹我也收到啦，比小茂那只个头还要大。没想到你不送神奇宝贝就算了，一送就送个另类的……你那只铁壳昆的发育也相当不错呢……”大木博士刚接到电话就一阵唠叨，“呃~~是吗！那就麻烦您了！”“没问题，拜拜~”通话结束了。“呼~~真是的，活生生一个老顽童……”小智无奈的摇头叹息……
在这里渡过了几天，小智不停地调整训练方式，效果显著，而小霞也在主动向小智示好，要么在中午时带饭来，要么就帮小智观察神奇宝贝们的状况，甚至有时会帮小智捶背……小智当然知道小霞的意思，但他不好意思明说，就经常在训练之外陪小霞，说话，散步（夜晚时可能会手拉手）等等，不过二人关系一直没有挑明，虽然已经很像一对儿了……现在通报一下小智的神奇宝贝目前的的状况：
皮卡丘：雄性，小智第一只神奇宝贝，活波，讨厌进球。掌握技能——电光一闪，铁尾，挖地洞，劈瓦，打雷，十万伏特，电击波，高速移动，影子分身，电磁波。
巴大蝴：雄性，翅膀边缘呈绿色的另类巴大蝴，性格很安静，很听话。掌握技能——烈暴风，念力，幻象术（幻象光线升级），银色旋风，回转攻，麻痹粉，睡眠粉，守住，影子球，毒粉。
比比鸟：雌性，个头比一般比比鸟要大，训练最为努力和主动，掌握技能——龙卷风，烈暴风，翅膀攻击，回转攻，钢翼，空气切割，破空斩，电光一闪，吹飞，羽毛舞，高速移动，影子分身。
妙蛙种子：雄性，曾被人遗弃，性格沉稳，坚忍，刻苦。掌握技能——藤鞭，飞叶快刀，魔法叶（后学会），能源球（同上），绑紧，寄生种子，猛撞，大晴天，睡眠粉，麻痹粉。
小火龙：雄性，曾被遗弃，后背小智救助，跟随小智，听话。掌握技能——火花，喷射火焰，火焰漩涡（同上），铁尾，合金爪，劈开，劈瓦，吼叫，烟幕，守住（同上），鬼火（同上）。
杰尼龟：雌性（谁规定女的就不能当老大啦），曾被遗弃，被小智教训后，跟随小智，开朗，机灵，喜欢捣蛋。掌握技能——泡沫光线，水枪，水波动，急冻光线，咬咬，高速旋转，缩壳，铁壁，守住，火箭头槌，潮旋（同上）。
至于另外两只，则是因为放在研究所里，没能训练。
这天晚上，神秘的神奇宝贝终于来了。正辉和小霞小刚一起站在灯塔的最高处，等待它到来。至于小智，他说是想在海滩边看，这样才能感受神奇宝贝的伟岸……其实他是为了不破坏正辉的等待，决定在火箭队袭击之前解决火箭队。
很快，神奇宝贝来了，这是一只巨大的快龙。这时，火箭队准备行动了，他们拿出了大炮，对准了快龙，“快，皮卡丘，十万伏特！杰尼龟，水枪！小火龙，喷射火焰！妙蛙种子，能源球！比比鸟，龙卷风！巴大蝴，幻象光线！”小智一口气下达了所有命令，所有神奇宝贝一起发动，火箭队这会连动作都没做就飞走了……
快龙和正辉相遇了，快龙决定住在灯塔附近，守护这片海域。并且每个月都来这里和正辉聚会一次，事情也圆满结束，而小智一行人也继续朝着枯叶市前进，这回，他们不会在绕远路了（前两次都是为了妙蛙种子和小火龙才走这么久），他们以枯叶市为目标，继续前进。
