小智无奈地忘了真司一眼，接着，去整理了一下携带者的神奇宝贝，然后，便离开了。
来到了研究所，小智便开始找那个大叔。大叔也看到了小智。“哦？是你啊，小弟弟！”大叔站起来和蔼的对小智说道，“你的那个化石已经复活过来了。现在正在复活舱里呆着。到时候，要让它第一眼看到的人是你才行。跟我来吧！”大叔带着小智来到了研究室的复活舱前。
“好了，打开舱门！”随着大叔一声口令，旁边一个研究员按下了一个按钮，舱门缓缓打开。然后，一片烟雾从里面蔓延出来。过了一阵，烟雾散去了。里面出现了一只小小的头盖龙，而且，头盖居然是红色的。
“好帅！谢谢啦！”小智说完就拿出一个神奇宝贝球，将头盖龙收了进去，宝贝球上的灯闪了几下，就熄灭了。
小智离开了研究院，到海滩边去找早已等在那里的小霞小刚。“怎么样，小智？拿到没？”小刚问道。“当然拿到了。而且它的头盖居然是红的！”小智很兴奋。“是吗？恭喜了！”
说话间，天空突然飘过来一块乌云。慢慢地，乌云越来越浓，渐渐地将阳光遮蔽住。
“怎么回事？”小霞有些慌张，紧紧地抓住小智的手臂。“没事，应该是要下雨了……我们赶紧离开这里！”小智安慰小霞说道。“好！”两人齐声答道。
很快，小智来到神奇宝贝中心，准备拿回寄放在神奇宝贝中心的神奇宝贝球。但是刚一进神奇宝贝中心，雨就下了下来。“看样子，只有等天晴了才能离开了……”小刚看着外边的暴雨无奈的说道。小智此时的神奇宝贝只有皮卡丘跟头盖龙。其他七个都是武藏和小次郎的那七只。因为要照顾这七只，所以就把自己的全部传了回去。而现在，小智又把那七只全部放了出来。
“恩？你们？！”真司突然出现在三人面前。“哦？是你啊，真司！好久不见！”小刚热情的打招呼。“恩……”真司淡淡的答了一句。随即将头转向了窗外。
“想什么呢？”过了一会儿，小智问一直在发呆的真司。“你们不觉得这场暴风雨有点奇怪吗？”真司愣了一下后突然发问。“奇怪？”三人不解，同时疑惑道。
“红莲岛处于关都的南端，气温较高。但是气候比较干燥，自从红莲岛有记录开始，就从没下过这么大的雨。而且传说红莲岛的附属岛屿灯笼岛上居住着火焰鸟。因此，就算下雨，也很快会停。所以今天这场暴风雨，非常的奇怪，尤其是这风暴……”没等真嗣开口，一个的沙哑，苍老，担忧很和蔼的女性声音出现。众人回头一看，一个看起来五六十岁的老婆婆站在离他们不远的地方。“菊子婆婆！？”小智第一个喊了出来。
“菊子！？”另外三人也都吃惊的叫了出来。“呵呵哈！没错，我就是菊子。”菊子微微笑了笑。“这场暴风雨为什么会出现呢？”小智问出了关键问题。“是火箭队！”菊子说道。“火箭队为了获得更强大的力量，居然妄动捕捉洛奇亚的念头，结果非但没能成功，反倒引起了洛奇亚的愤怒。结果这件事惊动了联盟，关都四天王被派去了两个，分别是渡和科拿。城都的一树也来了。还有丰缘最强的四天王成员源治。有他们四个，应该能够平息洛奇亚的愤怒……”菊子缓缓的说道，“我是因为这里是介于丰缘和关都之间的一个重要的岛屿，所以，我来这里是以防万一的……”
这时，小智在一个角落里听到了一个声音，好像是谁在哭。“恩？怎么回事？”小智和菊子率先望向发出动静的一边。“是谁在那里？！”声音苍老，但是极为威严，与刚才的和蔼可请形成鲜明地对比。接着，从里面走出两个人，是武藏和小次郎。
“你们？我不是叫你们明天下午在那里等我吗？”小智问了一句。“我们……我太想我的双弹瓦斯了……5555……”小次郎哭着说道。“我、我也是啊……5555……”武藏也哭着说。
“恩？怎么回事？”菊子又望向了小智，发出疑问。“唉……他们两个是火箭队的成员……”小智将事情的经过原原本本的告诉了菊子。其间还望了望真司。
“原来如此！”菊子听完后没好气的瞪了武藏和小次郎一眼。“没出息的东西！”又骂了一句。“你们抢别人的神奇宝贝的时候，就没想过会有今天吗？神奇宝贝又不是工具，怎么能容你们抢来抢去！？”菊子威严的表情让两人不敢抬头。
“是……我们错了……”菊子教训完后，武藏小次郎低声答道，脸上还挂着眼泪。“既然这样，那神奇宝贝就拿回去吧……”小智说道。“真的吗？”武藏和小次郎听了后惊讶的问道，更多的是惊喜。“以后不准再……”小智话还没说完，两人就跑过去和自己的神奇宝贝抱作一团。
解决了武藏和小次郎的问题后，小智取回了传回研究所的神奇宝贝，现在他的队伍是皮卡丘、火恐龙、卡咪龟、比比鸟、化石翼龙、喵喵（说话）、鬼斯通、大针蜂和头盖龙。
“出来见见你的老朋友吧！喵喵！”小智把喵喵放了出来。“武藏！小次郎！”喵喵一见两人，就激动的浑身发抖。“我好想你们啊~~！”喵喵激动的扑了上去。“哦？！会说人话的喵喵！？”菊子对喵喵非常感兴趣。“那个……菊子婆婆，这有您更感兴趣的……”“哦？是什么？”菊子充满期待的望向小智。“出来吧，鬼斯通！”小智放出了自己那只特别的鬼斯通。可是鬼斯通刚一出来，就浑身发光，进化成了耿鬼。
“哈哈！怎么样？我厉害吧？！”耿鬼朝小智挤了挤眉毛。“太不可思议了！还有会说话的耿鬼啊！”菊子惊讶的张大了嘴，“你可真是让我惊讶啊，少年！”菊子夸奖道。“我看你的耿鬼非常不错嘛……要不要我帮你培养培养啊？”菊子问道。“可以是可以啦……不过你得问他……”小智当让不想放过这个让高手帮忙培养的好机会，但是他考虑到耿鬼的心情，所以还是让他做决定。
“你？小丫头可别说大话……”“耿鬼！别乱说……恩？哦、对！你没说错……你活了一千多年……客气点儿嘛……”小智顿时脑子里一片混乱。“哈哈哈……活了这么久，居然还能听到称我为‘小丫头’的，我太高兴了！哈哈……”菊子突然放声大笑起来。全然不顾大厅内众人奇怪的目光……
雨下了一整天。所有人都在神奇宝贝中心过了夜。第二天，果然风和日丽。“看来渡他们圆满的结局了事情呢！”菊子站在神奇宝贝中心后的对战场里说道说道。“是啊！菊子婆婆，请多指教了！耿鬼，去吧！”
这是昨天晚上，菊子和小智约定的一战。也是耿鬼的拜师战。而菊子派出的是大嘴蝠。
“耿鬼，影子球！”耿鬼立刻在手里聚成一个黑色的能量球，打向大嘴蝠。“空气切割！”菊子不慌不忙的应战，大嘴蝠立刻拍动翅膀，一道看不见的空气刀砍破了影子球，还打中了耿鬼。耿鬼受伤被打倒在地上，但是又很快站了起来。“别认输，黑夜诅咒！”小智又命令道。耿鬼双眼的眼珠盯着了大嘴蝠，发出两道黑紫色的光线，但是被大嘴蝠轻松的避开了。“大嘴蝠，影子球！”“躲开它，使出催眠术！”耿鬼躲开了大嘴蝠的影子球，接着一闪来到了大嘴蝠的面前，双眼发出奇特的光，“闭眼！影子分身！”菊子的命令突然来到，大嘴蝠立刻闭上眼睛，然后分出好几个分身，包围住了飘在空中的耿鬼。“快隐身！”小智立刻让耿鬼融进空气中。
“躲得开么？高速星星！”菊子下令道。小智一惊，“高速星星，不是无效么？”但是当他看到高速星星的动向之后，立刻明白，这是要逼出耿鬼啊。高速星星在空中乱窜，但是突然消失一下后，又重新出现在另一端。“就是那里！影子球！”菊子下令道。大嘴蝠立刻从嘴里释放一颗影子球，打向耿鬼。“快躲开！”耿鬼立刻现形，躲开了攻击，然后跳到了一边。
这时候，耿鬼的眼睛突然发出了粉红色的光。“是幻象术！”小智惊喜的叫道，“耿鬼，幻象术！”小智下令道。接着，耿鬼眼中释放的光，笼罩了大嘴蝠，大嘴蝠虽然是天王的神奇宝贝，但是受到属性被克制的攻击，难免受伤。结果被耿鬼牢牢地按在了地上。
但天王就是天王。“大嘴蝠，奇异光线！”大嘴蝠立刻睁开眼睛，正好与耿鬼的眼睛对上。接着，大嘴蝠忍住幻象术带来的伤害，从眼中发出奇异光线，耿鬼就这么混乱了，幻象术也被迫中止。“就是现在，意念头锤！”“快躲开啊！”小智大喊道，但是耿鬼并没有清醒过来，被击中，失去了战斗能力。
“小智，这个交给你！”菊子收下了耿鬼，临走时拿出一个宝贝球，递给小智。“啊？！这是……”“是梦妖！还是个孩子，很值得培养呢！”菊子笑着说道。“谢谢您！”
菊子走后。武藏和小次郎走了过来。
“对不起啊，小智……我们两个给你添了这么多的麻烦……”“好了……说这么多干嘛？改正了不就行了嘛……对了，你们打算去干嘛？”“我们也想参加联盟的比赛，但是，我们之前给很多馆主添了麻烦……所以……”“怕什么？只要你们诚心诚意的到了前，他们会原谅你们的！”“不过，就凭我们现在的实力，恐怕还拿不到徽章……”“那你们就先去大木研究所吧……大木博士应该会收留你们。到时候，你们再一人拿一个图鉴。就行了。”“是吗？谢谢你了。”
“喵喵，为什么你不跟他们走啊？”“我以前学到了一句话，叫‘天下没有不散的筵席’，喵！听说是西边的一块非常大的大陆传来的，喵！被你收服后，我也不打算过那种奔波的生活了，喵！”“那你就回到研究所，跟妙蛙种子一起，帮我训练神奇宝贝吧！”“没问题，喵！”
