飞夜就任第六代火影之后，木叶度过了和平的一年。在飞夜发布警戒命令一个月后，其余四大国和晓组织均没有大的动作，飞夜就取消了警戒命令。在这期间，飞夜将木叶十二小强除了卡卡西班的佐助﹑鸣人之外全部集中起来进行了严酷的修行。在经过飞夜半年的地狱式修行，其中鹿丸﹑宁次﹑志乃﹑小李的实力均达到了准影级，而其余的也达到了上忍水平。当阿凯看到小李的实力已经达到自己的水平后立刻带着小李道飞夜这里感谢。不一会阿凯和小李在火影办公室里抱在一起痛哭起来。飞夜看着泪流满面的两个西瓜皮，不禁叹了口气：现在的我还是无法适应这两师徒的作风。
送走阿凯师徒后，喝着静音送来的茶飞夜暗想：是时候解决日向一族的问题了。飞夜要静音安排一下晚上去日向日差家。
夜晚，飞夜带着两名暗部来到了日向家族。飞夜走进日向日差的家时正好看到雏田正在练习柔拳。飞夜看到日向日差正战在屋门口看着院子中的雏田。飞夜上前打招呼：“哟，日差族长好久不见。”
日向日差并没有给飞夜好脸色，说：“不知六代火影大人来此有何贵干。”
“啊，是有些事情，不过我们两个就在院子里谈吗？”飞夜耸耸肩说。
飞夜和日向日差走进房间后屏退他人。日向日差说：“火影大人有何事情现在可以说了吧。“
飞夜这时神情严肃的说：“不知道日向族长知不知道日向的白眼已经被外国忍者所得。”
“什么？！怎么会有这种事情？！”日向日差吃惊的站了起来。
飞夜挥挥手说：“日向族长不必惊讶，这个消息确实可靠。其实在雾隐就有一个家伙移植了一只白眼。所以这也是我来日向家的目的所在。”
日向日差此时已经平静下来，问：“不知火影大人有何指教。”
飞夜整理了一下语言说：“我认为现在日向家族的管理模式存在缺陷。日向宗家和分家之争已经不是秘密了。我认为日向家族现在使用的笼中鸟的束缚术已经失去了他原本的作用，反而成为了束缚日向家族实力和木叶战力的枷锁。我认为现在是时候到了改良笼中鸟束缚术的时候了。”
日向日差问：“怎么改良？”
飞夜说：“将笼中鸟中的宗家对分家的控制去除，而改成被施术者自己控制。而且日向家的所有人都要植入保护白眼秘密的新笼中鸟束缚术。”
日向日差听到飞夜的话后大吼：“这不可能！”
飞夜平静的看着日向日差说：‘日向日差我知道你也想让日向家族改变吧，难道你想让日向宗家和分家永远的对峙下去吗。你是怕宗家中那些老顽固们不同意吧，只要你同意，我会帮你处理这些问题。”
“你的意思是杀掉日向宗家的顽固长老？”日向日差说。
飞夜看着日向日差说：“没错，牺牲掉一小部分人来获得日向家族的团结统一这符合日向家族的利益也符合木叶的利益。”
日向日差被飞夜的大胆想法震惊了。日向日差早就想改革日向家族改变日向家族现在对峙的局面。可是迫于家族中宗家那几个长老的压力而无法实施。而飞夜提出的牺牲掉这几个长老以换回日向家族真正的统一，虽然看起来很合理可是日向日差自己无法接受飞夜的计划。日向日差看着飞夜无奈的说：“火影大人虽然你的计划是为了日向家族着想，但是从感情上我无法接受。”
飞夜见日向日差为难便没有再进一步紧逼便起身回去了。
飞夜回到火影办公室便秘密召见了佐助。飞夜问：“佐助你现在还能控制大蛇丸留下的大批手下吗？”
佐助想了想说：‘我只能控制一部分，大部分的忍者都已经逃掉了。怎么你有什么想法吗？”
飞夜看着佐助说：“佐助我给你一个机密的任务，你去召集那些你能控制的大蛇丸的手下，给我将日向家族宗家的几位长老杀掉。为了整合日向家族的力量一遍对抗宇智波斑，我只能出此下策了。佐助怎么认为?”
佐助思考了一下，说：“大蛇丸的那些手下只能用利益诱惑，他们只是摄于我的实力才听我的话，事后应该怎么处理他们呢？”
飞夜叹口气说：“我会叫君麻吕去援助日向家族，到时候你悄悄的消失，君麻吕会处理好的。怎么样这个任务接受吗？”
佐助摊摊手说：“你认为我能不接受吗？给我五天时间，五天后的夜晚我会带领大蛇丸的那帮手下偷袭日向家族宗家，理由就是受雇夺去白眼。”
“嗯，我会安排君麻吕给你们方便的。”飞夜说。虽然日向宗家的那几位长老也是上忍实力，可是既然他们不想放下自己手中的权利已经阻碍了木叶的进程，那他们已经成为了木叶的毒瘤就只能被木叶所淘汰！
为了配合佐助的行动，飞夜派出青川到土之国制造了一些事件引来了大量的岩忍到了土之国和火之国边境。暗部的情报员发现有大量岩忍出现在边境立刻向飞夜报告了这一现象，飞夜顺势调集一批忍者赶赴火之国边境防御。
五天后的夜晚。月黑风高杀人夜。十几个音忍来到了日向家族的宗家外围。他们虽然吃惊自己竟然顺利的进入到了木叶村子内，可是考虑到这是木叶第六代火影刚刚就任才一年还没有整合木叶的力量，而且还出现岩忍在边境大规模出现的影响以至于防卫出现了疏忽。这几十名音忍飞快的闯入了日向宗家的那几位长老的家中袭击了他们，这时日向宗家一片大乱。就在日向日差赶来救援时，发现那几名长老已经纷纷身亡，日向日差异常愤怒立刻带领日向宗家的精锐加入了战团。那几名音忍得到佐助的命令是只有拿着日向宗家那几个长老的尸首才能获得大蛇丸遗留下来的力量。此时来攻的十几名音忍只剩下了四个上忍实力的首领。他们见日向家族的救援赶来立刻扛起地上的尸首飞快的向外跑去。此时君麻吕已经接到飞夜的命令将入侵到木叶村内的音忍一个不留就地格杀！
那几名音忍在木叶防御墙那里与君麻吕带领的五名忍者相遇，双发二话不说打在一起。以为有君麻吕这个影级实力的高手在，几名音忍很快就只剩下一个。这时日向日差带领的宗家精锐也感到了现场。日向日差向着君麻吕大喊：“决不能让他们跑出木叶！”
那名音忍见自己将要被包围，索性不管任务瞬身准备逃跑，可是被日向日差抓住了。日向日差捏住那名音忍的脖子问：“你们为什么袭击日向家族，目的是什么？”
那名音忍看到日向日差那愤怒的眼神，说：“我们受命来抓日向家族宗家以获取白眼。不过你也看到了我们并没有成功。”
日向日差又接着问：“那你们受谁的命令？”
“我们受……”就在这时一柄骨刃从那名音忍的喉咙里刺出，日向日差大惊：什么时候出现在我面前的，我竟然没有发现！君麻吕的实力果然高强！心惊归心惊，日向日差还是愤怒的看着君麻吕说：“你为什么要杀死他？！”
君麻吕收回骨刃说：“你看看他的背后。”
日向日差将那名音忍翻过身来一看，只见那名音忍的背后贴着一枚爆炸缚正在缓缓燃烧。日向日差大惊，立刻将那名音忍的尸首扔了出去。“轰”一声巨响，爆炸缚起爆将来袭的音忍唯一的幸存者炸成灰烬。
音忍全部死亡日向日差也无法得知到底是谁要从日向家族夺去白眼，日向日差只能加强了日向家族的防卫力量。
这间事情过了不久，人们对这间事情的关注了渐渐淡了。飞夜又一次来到了日向家族中找到日向日差。飞夜说：“日向族长，现在日向家族宗家中的阻力已经消失了，那么那天我们谈论的关于日向家族改革的事情，你怎么看？”
日向日差听到飞夜的话知道原来那天音忍袭击日向家族原来是受飞夜指示。日向日差愤怒的问：“原来是你指使音忍来袭击日向家族！”
飞夜喝了口茶，慢慢的说：“为了木叶我可以做任何事情，比如说除去那些顽固不化的老家伙。在当天的袭击中你难道还没有发现日向家族的隐疾吗。在音忍偷袭的当天有几个分家的人出来保护宗家的？嗯！日向族长你还不醒悟吗！”
日向日差瘫坐在地上说：“好吧，我答应你改革日向家族。”
第二天，飞夜宣布了让世人震惊的消息：日向家族改革。原先施加在日向分家身上的笼中鸟全部消除，重新施加改良后的新笼中鸟。新笼中鸟依然保有了一但被施术者死亡则毁去白眼的特性，取消了其中宗家对分家的控制部分用更加人性化的改由被施术者自己控制，这样就防止了被敌人俘虏后从被施术者身上获取白眼的可能。经过几天的忙碌，日向家族在木叶暗部的保护下完成了改革。日向家族中的宗家和分家之争就此结束。而原日向宗家中的精英也不必在缩在木叶的保护之下可以出来做任务，这样经过飞夜的整顿木叶的实力更上一层。
