经过那次的谈话飞夜再也没有找君麻吕谈过话，但是飞夜能够感觉到君麻吕已经变了。他不再是那个一切以大蛇丸为中心的工具君麻吕了，而是以一个名叫君麻吕的人活在这个世上。
很快飞夜带着君麻吕三人回到了木叶。飞夜将从大蛇丸那交换来的研究资料交给团藏便借机要求退出暗部，团藏看在飞夜立功的份上同意了飞夜的请求。飞夜退出暗部以后，从三代火影那里搞到了君麻吕三人的身份证明，便潜心教导君麻吕三人修行。
时间过得飞快，转眼间三年已过。在这三年里，飞夜除了教导君麻吕三人修行就是逗弄鸣人和佐助。在这三年里君麻吕三人的实力均达到了上忍级别，其中又以君麻吕的实力最高。而鸣人和佐助在飞夜的调教下性格也都发生了些许改变，鸣人不在和以前那么白痴佐助也不在那么沉默。
随着中忍考试的临近，大蛇丸和砂忍一同导演的木叶崩溃计划也要开始了。为了减少木叶在中忍考试时的损失，飞夜给了君麻吕三人一个秘密任务。飞夜将君麻吕三人派出，在木叶周围秘密巡查一旦发现除了参加中忍考试以外的砂忍和音忍立即格杀！
将君麻吕三人派出之后，飞夜就静等中忍考试开始。这个时候参加中忍考试的各个忍村的选手也陆陆续续的来到木叶。飞夜无聊的在街上瞎转这个时候看到一个方方正正的大岩石从自己身边经过转到了一条小巷中。飞夜不禁额头冒出冷汗：哪有这样的岩石啊。飞夜一时兴起跟了上去，正好听到鸣人在大骂木叶丸。飞夜见此便隐藏起来稍有兴趣的看了起来。这个时候，木叶丸说小樱是鸣人的女人，被小樱狠狠的揍了一顿。飞夜在暗处看到不禁感慨：小樱还真是个暴力女啊，鸣人竟然喜欢她，还真是萝卜青菜各有所爱。看着被小樱追的到处跑的鸣人和木叶丸三人，飞夜露出了一丝舒心的微笑。这才是我要守护的木叶啊。
这时，木叶丸一下子撞在了勘九郎身上倒在地上。勘九郎抓住木叶丸的衣服将木叶丸聚了起来，鸣人上去营救被勘九郎控制的查克拉线绊倒在地。勘九郎嚣张的说：“木叶的下忍还真是弱得可以啊。”正在勘九郎一拳将要打在木叶丸身上时，被佐助抛出的石子打在手腕上，木叶丸被丢在了地上。佐助潇洒的坐在树上博得了在场女生的一直欢呼。这个时候我爱罗也登场了，飞夜见我爱罗出来便瞬身站到了我爱罗的一边拍着我爱罗的肩膀说：“哟哟，好可爱的小家伙啊。天天绷着脸可不好哦。”说着飞夜还伸出手拉了拉我爱罗的脸。调戏完我爱罗飞夜转眼看向勘九郎，说：“有一件事情我很在意，那就是你不应该欺负我最喜爱的木叶丸！”飞夜瞬间将勘九郎击在墙上，用手肘抵住勘九郎的下巴，说：“小子，记住在别人的村子不要太嚣张的好。”修理完勘九郎飞夜立刻一拳将鸣人打在地上大骂：“笨蛋鸣人！我的脸都被你丢光了，你平时的修行都修到狗肚子里去了！”
这时飞夜看到了召集上忍的信号鹰便招手说：“红发的那个小子，我们还会见面的。呐，各位再见。”说着飞夜瞬间消失。
在飞夜走后，我爱罗走到勘九郎身边说：“勘九郎，你只会给村子丢脸。以后弱在发生今天的事情我就杀了你。还有小心那个家伙，他很强。走吧我们可不是来玩的。”说着砂忍三人也走了。
飞夜来到火影办公室发现大家都在，有些不太好意思的打招呼：“哟，各位都在啊，呵呵。”卡卡西看到飞夜的样子不禁暗暗嘀咕：这个家伙比我来的还迟。
三代火影没有在意飞夜的糗样，吸一口烟说：“那么现在我正式宣布：我们将于7日后的7月1日，正是开始中忍选拔考试。”
在众上忍离开以后，飞夜单独留了下来。三代见飞夜没有走有些好奇，问：“飞夜，还有什么事情吗？”
飞夜心中有些矛盾到底应不应该告诉三代关于木叶崩溃计划呢？飞夜脸色凝重，说：“三代，进来我发现一些事情很可疑。”
三代听到飞夜的话有些惊讶，说：“哦，什么事情可疑？”
飞夜决定，透漏一些关于木叶崩溃的情报以提高三代的警惕。飞夜组织了一下语言说：“进来我发现砂忍有一队参加中忍考试的三人没有和其他的砂忍住在一块。同是一个村子的忍者为什么会保持距离。我刚才来的时候借机试探了一下那三个下忍的实力发现他们均有中忍精英的实力尤其是有个背葫芦的红发小子其实力直逼上忍。”
“嗯”三代吐出一口烟说：“确实很可疑。”
“还有就是关于一个刚刚成立的名叫音忍的忍村。我曾经暗地调查过，可是让我惊讶的是竟然查不到他们忍村的位置和村子的领袖。忍者是依赖接受任务获得酬劳来生存。可他们不让人知道忍村的位置如何接受任务，不接受任务那忍村靠什么生存？这点很可疑。而且今年音忍也有不少实力强劲的忍者来到了木叶，这让我有些担心。”
“嗯，确实值得怀疑。那么关于砂忍的那三个下忍就由你来调查，音忍的忍者我会让暗部注意的。”三代说。
“是”飞夜瞬身消失。
从三代那里出来，飞夜决定是时候解决团藏的事情了。现在团藏已经完全背离了守护木叶的初衷，他将木叶看成自己的东西为了坐上火影的位置肆意出卖木叶的利益。不然以木叶暗部的精锐为何发现不了砂忍和音忍潜伏到木叶周围的忍者。君麻吕三人已经发现了他们的位置，就等时机成熟给来犯忍者以致命的打击。飞夜慢慢的走在街上规划着刺杀团藏的计划。刺杀了团藏可以引起木叶上下的警惕，进而减少在中忍考试中砂忍和音忍发动木叶崩溃计划时的损失。以后大蛇丸会在中忍考试时现身，正好将击杀团藏的事情推到他的身上。真是一举三得啊。
飞夜决定今夜击杀团藏！
月黑风高杀人夜！飞夜穿戴停当，便朝着团藏的府邸而去。飞夜决定将团藏引出根部的保护，进而击杀。飞夜到了团藏的府邸说有重要情报汇报。
团藏见飞夜深夜来访有些怀疑的问：“飞夜，有什么情报值得你这么晚急急忙忙的跑来汇报？”
飞夜镇定神色说：“团藏大人，我在第七演习场发现了一些情况，请团藏大人跟我去看一下。”
团藏睁开眼睛盯着飞夜许久，说：“那好，你前面带路。”
飞夜将团藏带到了第七演习场的深处确定没有人跟来便停了下来。团藏看着周围没有异常知道飞夜骗了自己。团藏阴冷的说：“飞夜，你背叛了我！”
飞夜回头看着团藏说：“团藏大人，我认为你的存在对木叶的安危构成了威胁。这些年来你不断地利用根部出卖木叶的利益以换取你坐上火影位置的筹码。我认为，你已经背离了当初成立根部的初衷。”
“哦，你是受三代火影的命令来杀我吗？”
“不是，这只是我个人的行为。就是三代对你的忍让才造成了今天的局面。今天我要为木叶除去你这个毒瘤！”飞夜坚定地说。
“就凭你，你认为你是我的对手吗？”团藏蔑视的看着飞夜说。
飞夜拔出背后的流云剑说：“是不是对手打过才知道！”说着就快速的攻向团藏。
团藏躲过飞夜的一剑，在空中快速结印，说：“那我今天就让你看看你和我的差距！风遁真空玉！”一束束由风属性查克拉构成的千本从团藏的口中飞出直击地上的飞夜。风千本击在地上的飞夜将飞夜击成一阵白烟。团藏见此“影分身嘛，无聊的挣扎。”
飞夜忽然出现在团藏的背后快速结印“雷遁伪暗！”一束激光一样的雷束从飞夜口中喷出刺向空中的团藏。团藏被雷束击中，在耀眼的雷光中团藏变成了一节木头。“可恶，替身术。”飞夜地骂一句。飞夜知道自己的时间不多，必须速战速决。飞夜决定不再留手。飞夜闭上眼睛说：“团藏你知道自己最大的失误是什么吗？那就是你根本不了解我的底牌，而你的底牌我一清二楚！万花筒写轮眼之须佐能乎！”一道巨大的身影将飞夜包裹起来挡住了团藏击来的风刃。
团藏看到飞夜使出万花筒写轮眼大吃一惊，“你…你竟然是宇智波家族的人！”团藏见此也无法再留手，团藏慢慢的解开了缠在身上的绷带露出了无数的写轮眼。团藏快速结印“解！”
飞夜感到团藏的查克拉发生了一些变化，知道团藏已经用出了自己的绝招也是宇智波家族关于写轮眼的对自己施加的终极幻术。施术者可以在生与死只见转化，也就是将敌人对自己的伤害认为是梦境而消除，而自己的攻击则认为是现实对敌人产生伤害。然而这个术唯一的缺陷就是每一次转化写轮眼就会失明无法再用。这是只适合团藏这样移植了许多写轮眼的人才能使用的忍术。
