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战争打成这样，哎……还真是失败呀。桓玄还真是没办法，可派的将领，基本上都派出去了，而且基本上都挂了。现在唯一能做的只能是逃了，可是光明正大的逃毕竟不太好，赶紧把打了败仗的姐夫殷仲文叫过来，吩咐他赶紧到石头城秘密准备船只，走陆路太危险——刘裕正在陆路。等到前方传来桓谦失败的消息，不等他们归城，立马叫上自己的亲信几千人，对外则说要去前线督战。不过，大家都是明白人，你去督个战还要带着自己的皇子后妃们，你骗谁呢。
所以，在出南掖门的时候，被相国参军胡藩看到，胡藩拦住桓玄的马，劝阻说：“现在，我们京城里还有神射手八百人，他们全都是你曾有恩的老部队，西部还有那么多你们桓家曾有过恩的军队，不让他们试一试，你就舍弃首都，再说，陛下你要去哪里？”桓玄被问得哑口无言，只能举起马鞭指了指天上，然后策马狂奔，向西奔往石头城，与姐夫殷仲文会合后，逆江南下。
虽然成功的到达了船上，也算是安全了，可是桓玄心里还真不是滋味，当皇帝才没多久。桓玄四0三年十二月初三登基，四0四年三月初二就开始逃跑，皇帝的凳子都没有坐热，又得走，心情自然不太舒服，而且现在当了皇帝，如果逃跑失败只有死路一条，现在这个局面，又无将领可以调派，实在不知有何胜算。
心情沉重，桓玄在船上也吃不下饭，更何况因为走的过于匆忙，饭菜自然比不得以前那么好，所以桓玄更是吃不下。他的儿子桓升就抱着他，抚摸着的胸脯安慰他，让他别再担心。虽然如此，桓玄心里依然难过！
好，让桓玄慢慢担忧吧。一个领导都没有的首都很快就沦陷了。刘裕进入建康后，王仲德抱着王元德的幼子王方回站在路边等着刘裕的到来。刘裕过来时，在马上抱着王方回，心里很不是滋味，就和王仲德相对而哭。人都死了，就封个官吧，追封王元德为给事中，挺大的一官了。当然，对于他的弟弟王仲德也一样升官，毕竟现在都打到首都来了。所以，就给了他一个中兵参军的职务。
三月初三，刘裕把军队移到石头城，就如刘邦一样，为了显示自己并没有占领之意，把军队移走。当初刘裕起兵，以及在檄文中都是讲把反贼桓玄赶走的。所以，如果老占着首都，别人会怀疑的。
把军队驻扎在石头城后，在石头城设立临时政府，把桓玄的设立的官职一概给废了，恢复之前的百官职位，顺便把当初楚国的皇家庙里的牌位，就在宣阳门外一把火给烧了。当初，桓大爷没有做那么多祖宗的牌位，倒也是省了不小材料的。烧完桓家的牌位，就重新刻好司马家的牌位，重新放到晋朝的皇家祭庙里。
做完这些事情之的，刘裕一边命各个将领去追击桓玄（领导范），同时命令尚书王嘏率领文武百官，去寻阳把正在流放途中的司马德宗接回来。另一边呢，把还在首都的桓氏家庭集体屠杀，也够厉害的，不过一将功成万骨枯，这也是很正常的。
做完之些事情之的，刘裕命令把皇宫里的东西全部登记造册，这其中还有一个挺有意思的故事。
事情是这样了的：刘裕命藏熹到皇宫中收集图书以及各种珍贵的宝物，查封皇宫的还有政府的（当然指的是桓玄政府的）仓库。当然这其中不凡名贵之物，当有一天次搜出很多黄金白银时，刘裕恰好也在场，就问：“藏熹你想不想要呀？”藏熹一看刘裕如此嬉皮笑脸的，就严肃地说：“皇上（当然是司马德宗）被迫害，流亡到不属于他的地方，我们心里也很是不安。你首先站出来，倡导大义，我虽然不能像你一样，但也不会贪恋此物，安然享受。”刘裕一看他如此严肃，就笑笑地说：“我跟你开玩笑而矣，别放在心上。”看来，刘裕这个人还是挺可爱的。
胜利了，当然要所表示的，政府的这些官员也很懂事，就在两天后，三月初五，司徒王谧（好人）和文武百官们，一致推举刘裕领扬州，也就是京城的安全也是他负责了。是一个很大的官位的。刘裕一想，现在接受就如同桓玄一样，万万使不得，就坚决辞让！反而任命王谧担任侍中兼领司徒（宰相），并且把自己死得不愿意当的让给王谧再兼一职。如此一来，这个王谧可谓无人能敌了，这么多重要官职集于一身，果真了不得。
在此，可有细心的读者可能发现了，刘裕现在只不过是义军首领（这个大一些，他自己现在任的官职在他们面前不值一提）是可以任命一些官职，前提是你不拥戴现在的政府才行，或是你自己组建自己的政府也可以。不过，很可惜的是，刘裕当初打的旗号是拥护晋国的，何有权力任命这么高的职位？在朝堂上那么多比你高的职位的人，你有什么资格任命别人担任何职务？你只不过是一个小小的外官，这些人全都是京官！
当然合理的解释是有的，那就是，泽东同志说的好！“枪杆子里出政权”谁有实力谁说话，刘裕手握北府军团，刚刚又打败了桓玄，自然有资格！
百官们一看，这个职位你不想当，那就让当其他的吧，就让刘裕都督杨、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军史，要知道东晋在淝水之战前，包括侨州一共才十五个州，即便之后刘裕收复许多失地，也才二十五个州。你一人现在就拥有八个州的军事权，真可谓是心里有算呀。除了这个还兼徐州刺史，并拥有使持节，这个东西了不得！一级权力，见此节如同见皇上呀。虽然有时候皇帝本人来也未尽管用，但最起码是一个荣誉呀。
当然，自己享福，兄弟受苦这样子的事情，刘裕也做不来。在刘裕的示意下，王谧任命（他有这个权力）刘毅为青州刺史，何无忌任琅邪郡内史，孟昶为丹阳尹（首都），刘道规当义昌内史。看看这些任职，我们会一种感觉，刘裕果然很会安排，无论军事重地，还是首都重要之地，无一例外全都有自己的人。而自己都督八州军务，现在朝中有谁是他的对手？可谓是一番良苦用心呀。
成功了，但是结下来怎么弄？桓玄还在外，司马德宗也没有接回来，现在建康一片混乱要如何收场？且看刘裕的手段！
