小雨一行人在海上旅行中，乘龙突然感觉到什么。于是和小智的乘龙一起向着同一个方向前进。突然看到了一群乘龙。小智说是乘龙，有一大群乘龙。小健说我还是头一次在这么近的地方见到这么大群的乘龙。
小雨说搞不好那一大群乘龙还是这两只乘龙的同伴了。小智说同伴？小雨说对了小智。你的这只乘龙是在那里收复的啊？小智说在碰柑岛的时候收复的。小雨说我也是啊。小健说从海流跟时期来推测都很吻合。小智说乘龙那些乘龙是你的伙伴吗？乘龙也是叫了一声回答小智。乘龙追上乘龙群。可是乘龙群看到了乘龙就离开了。这时小霞说这是为什么？小智说为什么同伴回来了，你们要逃走了？乘龙首领用水枪绝招对着两只乘龙。小雨说乘龙它们的个性都很温和不应该会这么好战啊。接着乘龙群的首领使出来白雾。两只乘龙只好远远的看着自己的同伴远离。小雨和小智一行人来到了附近的岛屿收回了乘龙。向着神奇宝贝中心前进。
走路很久之后小雨一行人来到了神奇宝贝中心。给大木博士打了电话说清楚了原因。大木博士说如果说你们要问原因的话，我想那些乘龙大概是害怕人类吧。小霞说所以那些乘龙大概是想逃避我们吧？大木博士说大概是有人做了让他们害怕的事情吧。小智还是那种伤脑筋的对着大木博士生气地说是谁？到底是谁做这些事？君莎走路过来说一定是盗猎团不会错的。小智说君莎，君莎小姐。你说的盗猎团是什么？君莎说这附近是神奇宝贝保护区。可是有一群人像海盗一样一样根本不管法律规定盗捕神奇宝贝。小雨说这些人太过分了。我一定要把他们绳之以法。君莎说而且他们连炸弹都用了。小霞说太不可原谅了。过了许久之后。小雨跟大木博士商量了一下之后和大木博士挂了电话。告别君莎小姐走出神奇宝贝中心，继续寻找乘龙的伙伴。
乘龙游了一段之后突然发现乘龙群被毒刺水母攻击。小健说我马上带君莎小姐过来。小智叫皮卡丘使用十万伏特。结果乘龙和小雨一行人都被电到了。小雨放出了暴鲤龙、哥达鸭、哈克龙帮助乘龙群对抗毒刺水母。可是以少敌多对付不过来。这时盗猎团发射炸蛋炸到了小雨的身旁。小雨和乘龙沉入了海底，在海底中乘龙想将小雨拉上海面的时候突然出现了一个大家伙。等到了海面上，小智和小霞很惊讶，盗猎者也很惊讶。继续使用炸弹攻击。小雨醒了过来，发现自己谁在自己巨大的毒刺水母上。小雨指挥毒刺水母对付盗猎者。叫哥达鸭保护小霞跟小智上海盗船。并且控制抓获盗猎者。这时君莎小姐赶了过来，小雨将盗猎团交给了君莎小姐处理。
小雨跟毒刺水母说你们现在自由了，以后先万不要被坏人抓了。接着毒刺水母纷纷走了。小雨看到自己的毒刺水母从海里出来了。小健看到了这么大的毒刺水母观察了起来。小雨说毒刺水母你是在旅行吗？毒刺水母很高兴。小健说小雨这只毒刺水母是你的神奇宝贝吗？小雨说是啊。小雨跟乘龙告别希望以后还能够见到乘龙。乘龙也不舍得的离去了。
小雨说毒刺水母你也继续旅行世界吧。感谢你得帮忙了。毒刺水母。毒刺水母也进入海水也离开了小雨。小雨等人来到了小岛上。在岛上休息了一天之后。
第二天小雨等人乘坐船来到了凸橘岛。小雨等人问了本岛色的人说这里有联络船到关东地区的常磐市的船吗？本岛的居民说有啊，就在前面的小岛上。于是小雨等人向着路人所指的方向前进。
小智在路上兴高采烈地说说太好了，我们可以回真新镇了。好久没有吃妈妈做的拿手好菜了。小健说等一下，终于可以见到大木博士了，我真的好期待啊。小雨说马上就可以给你看我收复的神奇宝贝了，小健。
小雨等人走到了桥头发做到了现被阻隔了。小雨看到了桥上有个牌子。小雨等人过去看。牌子上写着因为危险，暂时禁止出岛，请多见谅。
小智说什么？这到底是这么一回事啊？小霞说不能出岛的话我们就没有办法搭船了。小雨说既然我们没有办法出岛的话，我看我们就放出神奇宝贝回常磐市吧。小雨心想这岛上有很多顽皮蛋有人会帮助这个到解决事情的。小雨说完便放出了喷火龙跟哈克龙。小雨跟小健坐上了喷火龙。小智和小霞坐上了哈克龙。
经过一天的飞行终于来到了常磐市。小雨因为想在神奇宝贝中心留**。小智一行人先行回到了真新镇。小雨和小健告别了小智一行人。
小雨和小健走进神奇宝贝中心。乔伊说请问你是不是小雨啊？小雨说是啊。乔伊说有人给你留了一通电话。叫你打电话过去。小雨说好的。小雨走到了电话机前。电话打过去却的另一边是四天王中的龙天王渡。
渡说小雨，我有一件事情要你办。由于CD地区要一个专门检查道管的搜查官去检查。听科拿说你正好要去CD地区旅行。所以就交给你办这件事情了。小雨说那我如果检查道馆，我可以参加CD联盟吗？渡说一般的搜查官不能去参加联盟的比赛。但是你还没有正式加入联盟。只能检查道馆。还是可以参加联盟的比赛的。你主要是检查8家道馆。而CD地区的联盟和其他地区的联盟也是得到8个徽章才有资格参加比赛。所以你就顺道去检查跟挑战道馆。小雨说我知道了。就这样小雨和渡挂了电话，回到了房间。就这样小雨和小健在神奇宝贝中心休息了一个晚上。
