小雨一直在大木研究所的后院里一如既往的跟神奇宝贝们在一起做训练。时间距离大会开幕还有三个礼拜。小雨想到了原剧中辛巴大师在真新镇的后山。于是小雨叫上水精灵跟伊布向着真新镇的后山前进。
来到了后山小雨发现小智一行人也在后山那里。小霞看到了小雨，就说你们看是小雨啊。小智说真的啊耶。我们过去跟小雨打招呼吧。小智一行人来到了小雨的身边。
小智说小雨你怎么会在这里了？是不是来找辛巴大师。小雨回答小智说我是来这里训练的。顺便跟辛巴大师问一下关于神奇宝贝的事情，虽然我不是专攻格斗系的神奇宝贝训练家。小智说原来如此啊，那么我们一起去找辛巴大师吧。
走了一段路之后，小刚说辛巴大师他真的在这里修行嘛？小智发现了很大的路。小雨心想那就是巨大大岩蛇通过的痕迹。小刚说这个看起来不像是路，像是大东西通过的路。
就在这个时候，像是地震过来了。小雨知道那是巨大大岩蛇。小雨叫小智等人快点离开，可是为迟已晚，小雨跑到了大岩蛇的后面，慢慢地抚摸大岩蛇，发现一只穿山鼠的原因造成了巨大大岩蛇痛苦的样子，小雨跟大岩蛇说大岩蛇，愿不愿意跟着我了？大岩蛇点了头，小雨用神奇宝贝球将大岩蛇收服了。
这时辛巴大师出现了，辛巴说没有想到你收服了巨大大岩蛇，真是厉害。小雨说你过奖了，辛巴大师。小智一行人惊讶了。小智说原来你就是辛巴大师啊。请你教我神奇宝贝的大秘技。辛巴说你们跟我来吧，
小智一行人跟随辛巴大师到了辛巴修行时居住的地方，到达辛巴大师那里，小雨说辛巴大师很高兴认识你，我是真新镇的训练家小雨，小智说我是真新镇的训练家小智，我是小霞.我是小刚。
辛巴说原来你就是小雨啊。小雨说辛巴大师你知道我啊？辛巴说当然啊，你可是我们联盟重点培育对象啊。小雨说真的吗？辛巴说那是当然的。
小智打断了小雨跟辛巴的谈话，小智说辛巴大师请教我神奇宝贝大秘技吧。辛巴说我没有什么大秘技啊。小智说原来如此。辛巴说既然我想要收服的大岩蛇被小雨给收服了，我也该回去总部了。
小智和小雨也回到了真新镇，小雨也回到了大木研究所跟自己的神奇宝贝们沟通。就这样一天的时间过去了，
第二天小雨带着水精灵跟月精灵还有三只伊布来到了某一座山上训练着。突然听见了一声爆炸，小雨跑过去看，原来是小智跟小刚做训练的时候无意间两个绝招碰到岩石发生的声音，胖丁也在那里。
胖丁看到了小雨，就跑到了小雨的怀抱里。小雨对胖丁说你是那个时候的胖丁吧?原来你一直在找我啊。胖丁高兴地笑了起来。小雨说胖丁你是不是想跟我一起旅行了？胖丁叫了起来。小雨用神奇宝贝球将胖丁收服了。
等到浓浓烟雾散去的时候，一个遗迹出现了，就在这个时候一个女生跑了过来说这个该不会错的，女生说团长发现金色之眼了。团长说终于发现了，你干的很好。小刚跑过去说我是第一个发现的，我叫小刚。女生说今天黄道吉日，事业有成，太感谢你了，我叫怀特，请多多指教。
怀特说没有想到这么快就发现了，我有点不敢相信。小雨小智在旁边摇头。团长说做得好，博士。这下子你做的假设等于是获得证实了。怀特说把营地转移到这里来吧，团长，我要做进一步的研究。
小雨.小智.小霞说那个...。像是没有人理会。团长说我早就转移了。怀特说不愧是团长。那个...怀特说你们是谁啊？这时小霞.小智.小雨则地无语了。
怀特将小雨等人带进了帐篷里，拿出了一个东西，小智说这是可达鸭嘛？小霞说居然会崇拜可达鸭，超古代文明不容小看，小雨说超古代文明关于这些我好像在哪里看过啊。超古代文明我记得是这么写的发生了天变地动，一夕之间小时的古代都市，没有错吧。
小刚说他们把神奇宝贝当以崇拜，虽然地点一直都没有找到，该不会是这里吧？怀特说在这座山上挖到的东西证实了那个传说刚开始了。还没有等怀特说完团长叫了怀特说博士，你看这个。怀特说是跟黄金之眼一样的结晶。你在哪里找到的？
团长说在石像的后面发现的，怀特说神奇宝贝两样东西难道是指这个，怀特拿出了石板，跟小雨等人说这个就是那个石板哦。小智说上面写了什么？怀特说听好了，毁灭世界的两种力量黑暗的黑色，渲染了天空。金色的眼眸染乱了气，把世界一分为二的争端，使得人们束手无策。天空开启了冥界之门，这个时候都平息下来的力量化成了圆球回到了地平线下。
小智说我不懂啊。怀特说就是不懂我才要解开这个谜啊。小霞说为什么神奇宝贝文明会消失。
在晚上，巨大的耿鬼出现了。金之眼跟金色之眼飞了出去，在外面变成了巨大的胡地和巨大的耿鬼对战。小雨知道是没有用的，于是和小智等人逃到了山上。小雨放出了胖丁，对胖丁说胖丁你到那边的山去唱歌。
胖丁去了那边的山，可是胖丁的歌声不管用，这是巨大的胖丁出现了。唱出了歌声将胡地和耿鬼变成了圆球回到了地平线里。在这场动乱中，明白了超古代文明是存在的。
就这样小雨等人告别了怀特，回到了真新镇的大木研究所准备去石英高原的神奇宝贝联盟大会的最后准备。
