小雨是一位正在准备中考的学生，喜欢看神奇宝贝，也喜欢玩神奇宝贝游戏，可是父母不允许小雨玩电脑，要小雨好好地学习。考一个好的成绩。这样地日子过了将近一个月，中考结束后。小雨高兴地打开了电脑。看这俩个月错过的神奇宝贝的剧情和玩起神奇宝贝游戏。就这样过了俩个月，转眼间。就到了开学日子了。小雨难过的告别神奇宝贝和神奇宝贝游戏，马上就要过得高中生涯。熊爱玉地日子明知不好，也要过下去，转眼间。日子一天一天地过去，马上就要进入再老师和父母的监督下。小雨就要进入高中生活了。在开学的那一天。正好是九星连珠的日子。而在学校里认识了与自己爱好相同的同学，俩个人就这样相互成为了朋友。回家的路上，俩个人边说边笑。在小雨的眼中。最喜欢的就是伊布的进化型了。
希望有一天能够穿越神奇宝贝世界收服所有的伊布进化型。或者收服伊布。要伊布分别进化成火精灵、水精灵、雷精灵、太阳精灵、月精灵、冰精灵、叶精灵。当然还有伊布了、这7种不同的神奇宝贝。正当说着自己的理想。小雨和他的朋友看到了一张海报飞了过去。正是小雨最喜欢的神奇宝贝最新剧场版海报，小雨想要去拿到时候。一阵大风好像是带领着小雨来到了一颗树跟前。小雨拿着海报。这个时候天空突然出现了一个天文现象九星连珠，将小雨卷入了另一个世界。正当小雨要进去时，帕路奇犽将小雨带入了神奇宝贝世界。从此，小雨离开了自己的家人、朋友以及关心他的老师、还有自己即将要踏入的高中生活。
当他醒来时。发现自己睡在草地上。小雨发现这里的地方很陌生，有一只伊布在旁边舔着自己的脸，正当小雨疑惑的时候，有一位60多岁的爷爷走了过来，伊布被吓跑了。小雨也没有管伊布，就问爷爷：‘爷爷，这里是真新镇吗?‘爷爷回答了小雨，这里是真新镇，小雨又问爷爷，大木博士研究所怎么走啊？爷爷就回答小雨，我好事故大木啊，找我有什么事情吗？小雨回答大木博士。我来拜访大木博士。大木博士就说。看你是新人训练家，走，到我的研究所去做一晚上，明天正好有新人训练家来领取初始神奇宝贝，走了几分钟之后。
到达了大木研究所，开门的正是小智的死党。小茂就说：“爷爷，你回来了啊。”进屋后。小茂发现了小雨，就问爷爷，他是谁？大木博士跟小茂解释了起来。这个是新人训练家小雨。然后小茂和小雨成了好朋友。过了俩个小时。小茂叫爷爷和小雨来吃饭，就在饭桌上。大木博士就问小雨，小雨你是从那个地区来的？小雨回答说：‘我也不知道，自己好像失去了记忆，大木博士也没有多问什么。就叫小雨将这里当成自己的家，大木博士说完就进了房间，出来时发现了大木博士手上多了俩个背包，原来是大木博士给自己的孙子小茂准备的，大木博士将背包给了小茂。还有一个给了小雨，说完，就叫小雨、小茂回到房间里休息。准备明天的旅行。小雨因为睡不着觉，就自己到了大木研究所的后院去观看神奇宝贝，到了后山就远远的看到了伊布，小雨感到奇怪，为什么伊布会在这里了？小雨看跑过去看了伊布。问伊布：“你是不是一路跟着我？”伊布高兴的跳上了小雨的臂上，舔着小雨的脸。小雨就带着伊布向着大木研究所走了，回到房间里就和伊布玩了起来，很快就睡着了。
在梦中梦见了凤凰，凤凰跟小雨说了起来。因为自己不小心使用了技能，在地球卷起了大风。而那天正好是九星连珠的日子。为了避免你卷入其他时空。所以我就拜托.帝牙卢卡和帕路奇犽各自将时间停止。然后将你带到了神奇宝贝世界。我知道你喜欢伊布的进化型所以我就将这只伊布送给你，希望你能够好好地对待伊布。小雨也答应了凤凰，要好好地对待伊布。小雨向凤凰提出了一点要求。凤凰说；“只能说3个愿望。”小雨就告诉了凤凰，1是能够自己的家人朋友能够忘记他，第二个就是希望自己的家人朋友过得很好，第三个就是希望自己能够在这个世界上能见识到所有的神奇宝贝。说完凤凰消失了。
小雨也从睡梦中醒了过来。带着伊布走向大木博士的研究室。大木博士看到了小雨走过来。问小雨。这伊布是你什么时候收服的了？小雨回答大木博士，这只伊布一路跟着我，我还没有收服了。大木博士觉得伊布喜欢小雨。就没有叫小雨多问什么。然后就向小雨、小茂介绍了关东地区的初始神奇宝贝，水系神奇宝贝杰尼龟、火系神奇宝贝小火龙、草系神奇宝贝妙蛙种子。小雨就要让小茂先选神奇宝贝。小茂选择了水系神奇宝贝杰尼龟。正当大木博士叫小雨选择的时候。门口又来了俩个新人训练家。
小雨向大木博士说。自己没有关系。先要他们来选择神奇宝贝吧，一个选择了火系神奇宝贝小火龙。一个选择了草系神奇宝贝妙蛙种子。大木博士给了小茂和俩个新人训练家一个神奇宝贝图鉴和五个神奇宝贝球。大木博士给了俩个新人训练家的同时，他们告别了大木研究所。向着自己的目标向前旅行。小茂则是想等自己的死党小智宣到自己是第一个从大木博士研究所领到的神奇宝贝。小茂嬉笑小智为什么还没有来大木研究所了？小茂想着想房间里进去收拾东西准备出去旅行。小雨向大木博士要了一个神奇宝贝球。问伊布愿不愿意跟着自己出去旅行、伊布高兴地碰到了神奇宝贝球。球没有动，成功的收服了伊布。小雨将伊布放了出来。大木博士将神奇宝贝图鉴和神奇宝贝球给了小雨，小雨向大木博士提议。可不可以将图鉴升级了？大木博士将小雨的图鉴收了回来。叫小雨先收拾自己的行李。准备出去旅行。
