战后，自由星全面重整，正式划分为九大战区，分别以中央战区为中心，划分出了东南、东北、西南、西北、以及东西南北共计八大战区，以自由岛在这场战争中战绩最大的八大化神期大修士为统领，至于中央战区，则永远是由自由岛岛主或者是由岛主指定的人来担任。其余两位化神期大修士，则作为自由岛的太上长老，坐镇自由岛在自由星上建立的圣城自由城。
其中，西北战区的统领为太上长老程龙尊者，西南战区的统领为太上长老林海源，东北战区的统领为太上长老顾为民，东南战区的统领为太上长老肖锡华，东方战区的统领为太上长老吴楠，南方战区的统领为太上长老田龙，西方战区的统领为太上长老童伟阁，北方战区的统领为太上长老袁长天，中央战区的统领暂时由刘剑锋自己兼任。
至于九大战区下面的各城市的城主，则按开战之前的说明，由太上长老及元婴期长老组成的评议团评议各个元婴期老祖的战绩排名，然后在根据在蓝沙宗统治蓝沙星时的城市综合实力排名，一一确定了各城市的城主。
至于自由岛的宗门，也由玄黄星的自由岛迁移过来，那边只作为一个分部存在，由方丹主持。而在自由星上建立起自己的圣城自由城，自由城建立在一座巨山上，一共分为八十一层，其中五十层以下为各弟子及外来修士租赁之所，五十到六十层之间为宗门核心金丹期弟子的居所，六十到七十层之间为元婴期长老的居所，七十到八十层为化神期大修士的居所，岛主及其家人居住在第八十一层。整个宗门下设炼丹堂、炼器堂、制符堂、阵法堂、修炼堂、外事堂、内务堂、执法堂等八大堂口，以及药园、藏书楼、兽山、奇物阁等四大执事单位。另外，所有的元婴期长老组成长老会，决定平时宗门的一切事务，如果有无法决断或者需要发动对外战争等重大事项，则必须在长老会通过之后，在上报到由全体太上长老组成的决策会来最终决定，岛主对决策会的决定拥有最终一票否决权。
很快，自由岛在八大堂口的统御之下，快速有效的运转起来，所有的弟子被统一划分为以下几个等级：拜入宗门为记名弟子，着灰衣；练气期弟子为外门弟子，着黑衣；筑基期弟子为内门弟子，着青衣；金丹期弟子为核心弟子，着银衣；元婴期长老着金衣；化神期大修士为太上长老，平时着衣可随意，但有重大活动或者对外交往中，统一着紫衣；岛主及夫人平时着衣可随意，但有重大活动或者对外交往中，统一着白衣。
自由星上的城市自即日起，全部下调入城费，统一为一块灵石一人一月，所有城市内常驻修士或者宗门必须到城主府备案，登记在册后发放身份玉符；每个城市成立一个执法队，由金丹期修士担任队长或者分队长，按城市大小，执法队的人数确定为一百五十人至三百人，以五十人为一个分队，一百五十人为一个中队，三百人为一个大队，小城市设立一个中队的执法队，大城市设立一个大队的执法队，至于矿山等重要资源地，则派驻一个小队到三个小队不等。
内部整顿的同时，自由岛向星球联盟的其他星球派出了驻守机构，也就是相当于地球时期的外交大使馆，驻守机构通常有金丹期核心弟子担任外事堂的分堂主，主要用于收集各大星球的情报以及自由星上缺少的物资。
经过整顿和整合，整个自由岛经过统计，拥有化神期大修士十一人，另外蓝沙宗原来的宗主等三人有意加入，宗门还在考察期间；拥有元婴期修士一百四十人；拥有金丹期修士一千二百三十人；拥有筑基期修士一万六千三百人；拥有练气期修士十万八千七百人。现在，自由岛可说已经成为了一个真正的庞然大物了。
