弘光元年（1645年），江阴降清，明朝知县林之骥解印去职，清知县方亨继任，循例颁布剃发令。阴历六月二十八日乡耆何茂、邢觳、周顺、邢季、杨芳、薛永、杨起、季茂、辛荣等人议请留发。方亨破口大骂。众人大怒，也骂道：“你身为中国进士，头戴纱帽，身穿圆领，来做鞑靼知县，不知道羞耻吗？”方亨羞愧不已，暂停所议。
闰六月初一日清晨，方亨以上香为名，召集地方诸生百余人及乡绅、百姓会于文庙。众人问道：“现在江阴已尽归顺，应该没有什么事了吧？”方亨道：“只剩下剃发了。刚才所差四兵，便为押人剃发之故。”众人道：“发可以不剃吗？”方亨道：“这是大清律法，不可违背。”说罢就回衙了。诸生许用等人聚集不去，在明伦堂共同立誓道：“头可断，发决不可剃！”正在这时，常州府发来严令剃发的文书，其中有“留头不留发，留发不留头”的话。方亨叫书吏把府文写成布告张贴，书吏写到这句话时，义愤填膺，把笔扔到地上说：“就死也罢！”消息很快传遍全城，立刻鼎沸起来。方亨见士民不从，秘密报告常州府请上司派兵“多杀树威”。这封密信被义民搜获，于是在初二日擒住方亨，斩杀清差，推典史陈明遇为首，以“大明中兴”为旗号，自称江阴义民正式反清。
江阴百姓抗清的消息传开以后，清常州知府宗灏派兵丁三百人赶来镇压，闰六月初五日被江阴义民歼灭于秦望山下。其后江阴军民在陈明遇的带领下又多次打退小股清军的进攻。同时严查城中奸细，宣布有能检举、抓获奸细的人，赏银五十两。处决了私通清朝的原县令方亨以及众多出卖情报、有投敌企图的奸细，有效的遏制了江阴内部的崩溃。
闰六月二十一，清贝勒、大将博洛命降将刘良佐统重兵包围江阴城，二十四日，刘良佐作招降书一纸，从东城外射进。江阴军民公议后，回书拒绝。刘良佐见劝降无效，便四处捕杀城外义兵，企图断绝城内军民外援。七月初一日，开始攻城。城中严密防御，清兵箭如雨注，城上的人一手拿锅盖遮蔽，一手接箭，每天能得到箭三四百枝（一作三四十万）。
江阴形势的日益严峻，陈明遇虽忠肝义胆，却自感缺乏军事组织才能，于是想起了智勇双全的前典吏阎应元，想推荐赋闲在家的他代替自己领导守城，因遭到守备顾元泌坚决反对，而不了了之。七月五日的守城战斗中，元泌登城射敌，放出的箭每每射不到敌人就坠落在地，众人有所怀疑。其后，他又命令马矮子偷窃火药从城上投给敌人，众人便把顾元泌捉住，同往他住所搜查，果然找到一道清兵文书。于是处死了顾元泌及同犯四十人，从而断绝了清兵的内应。陈明遇原想请阎应元主持担负守城重任，如今顾元泌被诛，他旧事重提，众人一致赞同。陈明遇专门委派十六人连夜出城，到阎应元住所请他出山，应元道：“你们能从我则可。不然，不为你们主持。”众人道：“敢不惟命是听？”九日，阎应元带领江阴城祝塘少年六百人，执械入城，途经七里庙时，在墙壁上题诗，表达了自己誓死抗争的决心。入城后，阎应元立即把全城的户口分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵二十余万人分班上城，每个城垛十名，按时换班。由武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，应元自任守北门。他和陈明遇兼负昼夜巡查四门的责任。对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。为了解决军械粮饷供应，阎应元同绅民商议后，委任擅长理财人士负责把城内公私所藏物资分类征集，统一分配使用。在阎应元的领导下，很快就做到了人尽其才，物尽其用，各方面的工作做得井井有条。
十一日，清兵攻打阎应元镇守的北门，城上矢石如雨注，清兵不敢接近。主帅刘良佐大怒，命令上将九员先驾云梯上城，城上以长枪刺之，上将五死四伤，有的身中三箭，有的被劈去头颅，有的堕下摔成齑纷，有的被火箭烧死。主帅更怒，传令十营内选猛将几员，步军三万，扎云梯十张，来日分十处上城，如有退者立斩。次日，清兵仍攻北门，城外放炮呐喊，三万军造浮桥十条，一齐渡过外城河，分十处登云梯上城。阎应元指挥城上用砖石掷下，以长枪拒敌；一时间乱石纷飞，炮火连绵，双方死亡不计其数。某满人大将自恃勇猛，穿着三层甲，腰悬两把刀，背背两把刀，手执双把刀，亲登云梯，跨上城垛，执刀乱砍。城上守军用棺木抵挡，以枪刺其身，竟不能入。有人喊道：“刺他的脸。”于是众人纷纷刺其面，一汤姓童子，持铁钩镰，用力钩断其喉管，竹匠姚迩割下他的头，满将身子堕落城下。清兵齐来抢尸，城上梆鼓齐鸣，砖石小箭如雨点，清兵又伤亡千余人。
刘良佐命令军士索那满将的头，阎应元不允。刘良佐愿意用银赎买，命人将银当面装入银鞘吊入城。又命军士于城下哀号：“还我将军的头！”阎应元让人以蒲包裹一黄狗头，掷还之，将满将的头悬在城上。刘良佐亲自带人在城下苦苦哀求，方把头扔下。清兵拿了头回去，与身缝合，挂孝三日。阎应元击退了北城的攻击，但知道不日清兵必有更大规模的攻击。于是积极铸造守城工具，招青阳弩王黄鸣岗等千余人，入城造小弩千张、小箭数万枝，分派给守城军士。又用季从孝所合火药敷在箭头上射人，见血立死。弩长尺余，箭长五寸，百步之外，皆可命中目标。又从狱中放出陈瑞之子，令他制造火砖、木铳。火砖广三四寸许，着人即烧，木铳类银鞘，长三尺五寸、广二三寸，木制，中间藏有火药，敌人到来时，投下，机关暴发木壳崩裂，铁菱角飞出，触人即死。阎应元还亲自制造挝弩，用一块铁，边上造几个钩子，后面栓着棉绳，抛出勾住敌人，近前斩之。又模仿旧制，制造火球、火箭之类，无不精巧绝妙。所以清兵虽多，每每望城兴叹，战栗无人色。即使是满洲兵将也闻之胆落，每次攻城下来都要为幸免不死而大肆庆祝。
清兵攻城不利，又起劝降之念。刘良佐亲作劝民歌，希望江阴投降，阎应元不从。于是清兵在城下搭建牛皮帐篷，做好长期作战的准备。十五日，清兵攻东北城，刘良佐命西南放炮，东北掘城，皆用山爬攻城，城内以火球、火箭抵抗。清兵不敌欲退，良佐严令方止。阎应元继续命城内投下砖石，清兵不及闪避，数百人死于城下。良佐惭愧、惶恐。于是搭设三层牛皮帐，守而不攻。帐内有九梁八柱，矢石投在上面，都被反弹起来，不能进入。阎应元下令用人粪，掺上桐油，煎滚浇下，牛皮烫穿，浇在清兵身上，肉烂而死。没被烧着的清兵惊惶散去，城内用挝弩射向逃散的清兵，钩中者，即入城中袅首。清兵手足无措，纷纷逃散。敌营以为守城者杀下，命令发射木铳以御，反伤自己的马步卒无数。无奈之下，刘良佐命令移营至邓墓。
在坚守的同时，江阴向四方请求援助，黄蜚、吴之葵领兵至太湖，与清贝勒博洛大军相遇，二人兵败被俘后，投降清朝。海寇顾三麻子因敬慕阎应元的为人，率舟师来援，苦战三日后失败，扬帆远去。此外，义阳王来援，败于砂山；秀才金矿会集精勇四百余人来援，被刘良佐以铁骑三千截在周庄左右，全军俱没。外兵屡败，江阴沦为孤城。即便如此，刘良佐心有余悸，不敢再攻城，只用火炮攻击北城，彻夜不息，城垛在炮火的轰击下塌陷数丈。阎应元命石匠砌墙，匠危惧不前，阎应元言辞恳切，动之以情，石匠深受感动，于是冒死登城修葺城垛，使之牢固如初。
十四日，阎应元利用清军劝降之机，派城中老者，以奉送“降礼”为名，暗携火药进入清军营帐，炸死清军官兵两千余人。十七日夜，阎应元挑选勇士千人出南门劫营，或执板斧，或执短刀，或用扁担，突入敌营，伤千余人。及他营来救，应元兵已返回城中。此役之后，刘良佐再次后撤，扎营在十方庵。
十八日，刘良佐令十方庵的僧侣向城跪泣，陈说利害，劝江阴军民早降。城中皆愿以死报国，要他速去。当晚，僧人又来劝降，再次被众人遣走。十九日，刘良佐策马来到城下，劝应元道：“弘光已北，江南皆下。若足下转祸为福，爵位岂在良佐下，何自苦如此？”阎应元从容道：“江阴士民，三百年来食毛践土，深戴国恩，不忍望风降附。应元是大明典史，深知大义所在，绝不服事二君。将军位为侯伯，掌握重兵，进不能恢复中原，退不能保障江左，有何面目见我江东忠义士民乎？”良佐惭愧不已，又以清廷召谕相示，劝江阴士民接受招安。应元怒道：“有降将军，无降典史。”一声梆响，火箭齐发，良佐连跨三四马逸去，叹息道：“江阴人没救了！”
清朝亲王多铎闻知江阴久攻不下，极为震怒，他先派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携红衣大炮前往攻城。贝勒博洛平定松江后，统率所部二十万大军来到江阴城下，他认为刘良佐曾任明朝伯爵，手握重兵，却连一个江阴县城也攻不下来，无能至极，于是打了他一顿板子。他登山而望，巡视江阴城防后，对手下讲：“此城舟形也，南首北尾，若攻南北，必不破。惟攻其中，则破矣。”他命人绑缚降将黄蜚、吴之葵到城下，命令他们做书劝降，黄蜚道：“我在城中没有相识，写了劝降书又有何用？”吴之葵涕泪交横，仰头劝阎应元投降，情词悲楚，应元叱道：“大臣被缚，当速就死，何必喋喋不休！”之葵再拜泣下，蜚默默无语。
博洛见阎应元义不可动，发起总攻，分兵先抄断各镇救兵，以竹笼盛火炮，鼓吹前迎，炮手披红挂彩，限三日破城，二十日至二十七日，清兵轮番攻城不息，阎应元指挥防御，浴血奋战，终保江阴城池不失。
八月初，江阴民兵昼夜守御，甚感疲惫。开始有人出城投降。清兵在城外四处杀掠，民不聊生，为江阴百姓不齿，那些剃发投降的人，被城上看见，必然痛骂，即使是至亲也像仇敌一般。阎应元见城防吃紧，遍取民间乱发，投城下诱敌。清兵惊喜，报告刘良佐。良佐道：“还不能相信，去观察一下守城的人剃发了吗？”清兵察探后，方知是诈降。
博洛久攻不下，心中焦急，于是重新劝降，称只要拔去大明中兴的旗号，四门悬挂大清旗号四面，只杀斩首事者数人，其余一概不论，即使不剃发，也会撤兵。阎应元看出博洛的缓兵之计，遂道：“只斩我一人？我没有罪，凭什么杀我！”议不决而止。博洛又称只要在四城竖起大清旗四面，也会立刻退兵。阎应元情知有诈，仍不应。前吴军门督军王海防至江上，宰牛杀羊与诸将起誓，称江阴归顺后绝对不许杀掠。他自恃在江阴素有恩信，请缨来劝降，但临城招抚，却无人应和。此后摄政王多尔衮晓谕招安，博洛命人用箭射入城中，言明已亡，何苦死守？阎应元命人在书后补上：“愿受炮打，宁死不降！”射还给清兵。清廷多次劝降，三城已经开始有人犹豫，但因阎应元镇守的北门誓死固守，众意遂绝。
被困既久，江阴城内伤亡惨重，战斗力日减，城中石灰断缺，不能乘夜修城。饭米越来越少，只能靠征集民间的米以备缺乏，阎应元下令两日领一次米，不得预先领取。中秋前后，百姓携壶提觞登上城楼，举杯痛饮，诸生许用模仿楚歌，作《五更转曲》，让善歌的人登高传唱，以笙笛箫鼓相和。当时天无纤翳，皓月当空，清露薄野，剑戟无声，黄弩、师鼓、胡琴于西城之敌楼，歌声悲壮，响彻云霄。清兵争着靠前倾听。或怒骂，或悲叹，甚有泣下者。歌中唱道：“宜兴人，一把枪。无锡人，团团一股香。靖江人，连忙跪在沙滩上。常州人，献了女儿又献娘。江阴人，打仗八十余日，宁死不投降。”还有许多歌曲，但意思大致如此。刘良佐针锋相对，命人作劝降词，让士卒相倚而歌，自己与幕僚在帐中饮酒，不一会儿，城上炮、箭齐发，遂散去。
二十一日，博洛令数百人，把二百余座大炮全部搬到花家坝，专打东北城。铁子入城，穿透洞门十三重，树亦穿过数重，落地深数尺。当日雨势甚急，外用牛皮帐护炮装药，城头危如累卵。城上因敌炮猛烈，见燃火，即躲到围墙后面。炮声过后，再登上城楼。清兵看到这种情况，故意放空炮，并让炮中只放狼烟，烟漫障天，咫尺莫辨。守城者只听炮声霹雳，认为清兵不能很快进入，而不知清兵已潜渡城河，从烟雾中蜂拥突上，众人来不及防御而崩溃。江阴终于被攻陷了。当清兵上城时，一队民兵对城列阵。清兵怕有埋伏，僵持半日不敢进攻。到黄昏时，城中鼎沸，民兵阵脚散乱，清兵才敢下城。
城破之时，阎应元端坐于东城敌楼之上，要了一支笔，在城门上提到：“八十日带发效忠，表太祖十七朝人物，十万人同心死义，留大明三百里江山。”题讫，带着千人上马格斗，杀死清兵无数，欲从西门突围而不得。他环顾从者道：“为我谢百姓，吾报国事毕矣！”自拔短刀，刺胸血出，投在前湖中。义民陆正先想把他从水中扯起，正赶上刘良佐遣兵来擒，良佐自称与阎应元有旧，要生擒他，于是清兵把他捞起绑住，没有杀他。良佐踞坐在明佛殿，见应元来了，跃起，两手拍应元背而哭。应元道：“有什么好哭的，事已至此，只有一死。速杀我！”博洛坐在县署，急索应元至堂上。阎应元挺立不屈，背向贝勒，骂不绝口。一卒以枪刺他的小腿，阎应元血流如注，不支倒地。博洛命人把他关到栖霞庵。当夜，寺中僧人不停听到“速杀我”的声音，天明时，终遇害。一月后，其子开启草敛的棺木，换贵重棺椁迁葬通州，见其尸体面如生。
后记：
阎应元死后，家丁犹存十余人，皆因不降而被杀，陆正先也一同殉难。江阴县衙，男女大小共四十三人举火****，典吏陈明遇自己持刀与清兵血战，身负重创，握刀僵立，死时，身子倚在墙边，屹立不倒。训导冯厚敦自缢于明伦堂，妻与姊投井死。中书戚勋、诸生许用举家****而死。诸生许王家，被清军拘押时，“或劝曰：‘君故明一诸生，未食天碌，何以身殉？’王家曰：‘君臣之义，岂论仕与不仕？公等复言。’”书生笪某，被清军抓获之后，“刑前叹曰：‘我一介小人，今日得之士大夫之烈，为忠义而死，死之犹生也。’临刑神色不变。”
八月二十二日，清寇开始屠城，百姓或力战到底，或坦然就义，都以先死为幸，妇女多贞烈，投河而死。七岁孩童毅然就义，无一人顺从。清军屠城两日后“出榜安民”，城内百姓仅剩“大小五十三人”而已。“有明之季，士林无羞恶之心。居高官、享重名者，以蒙面乞降为得意；而封疆大帅，无不反戈内向。独阎、陈二典史乃于一城见义。向使守京口如是，则江南不至拱手献人矣。”此言甚当，沧海横流方显英雄本色，在江南各地望风披靡之时，阎应元以微末下吏凭借江阴百姓的支持，面对强敌，临危不惧，坚持了近三个月，击杀清寇数万人，重挫了清寇锐气，钳制了清寇主力南下，推动了各地的抗清斗争。在城破以后，仍拚死巷战，“竟无一人降者”。以阎应元为代表的江阴士民抗击满清的英雄事迹，凛凛气节在中华反侵略史上留下了光彩夺目的一页。若我国人还有明人之气节。何叫300年后日寇侵华，伪军大盛？
阎典史牺牲之后，清军在江阴城进行了大屠杀。从此以后，整个江阴地区的人们都采取了对清廷不合作的态度：不当清朝的官，不应清朝的举。直到乾隆年间，乾隆给阎典史在江阴修祠，主动向江阴示好，局面才有了改观。
八十日带发效忠，表太祖十七朝人物。
十万人同心死义，留大明三百里江山。
————阎应元绝命诗
腐胬白骨满疆场，万死孤城未肯降。
寄语路人休掩鼻，活人不及死人香。
————江阴女子题
忠义之邦
————中华民国军事委员长蒋中正
