1587年元旦，诸大名来为丰臣秀吉祝贺，同时秀吉下达了进攻九州的军事部署。之前虽然大友宗麟多次催促秀吉出马，但由于军队人数众多，粮草难以筹集，一直未动。经过一个多月的准备，小西隆佐、石田三成、大谷吉继、长束正家四人筹集了足够30万人、2万匹马一年的吃用，输送到了尼崎港。秀吉准备与弟弟秀长一起，分兵两路攻向九州，总兵力20万。当然，武将的阵容也十分豪华：
肥后方向出阵表：
一番队毛利吉成、高桥元种、城井朝房
二番队前野長康、赤松广英、明石则实、別所重宗
三番队中川秀政、福岛正则、高山长房
四番队细川忠兴、冈本宗宪
五番队丹羽长重、生驹亲正
六番队池田辉政、林为忠、稻叶贞通
七番队长谷川秀一、木村重茲、太田一吉
八番队堀秀政、村上义明
九番队蒲生氏乡
十番队前田利家
十一番队丰臣秀勝
（总大将丰臣秀吉）
日向方向出阵表：
一番队黑田孝高(官兵卫)、蜂須贺家政
二番队小早川隆景、吉川元长
三番队毛利辉元
四番队宇喜多秀家、宫部继润、龟井茲矩、木下重坚、垣屋光成、南条元续
五番队小早川秀秋
（番外筒井定次、沟口秀勝、森忠政、大友义统、胁坂安治、加藤嘉明、九鬼嘉隆、长宗我部元亲）
（总大将丰臣秀长）
岛津义久得知丰臣秀吉出兵，急忙下令放弃之前占领的所有九州北部的城池，准备固守萨摩、日向、大隅三国。3月上旬丰臣秀长大军没有遇到什么抵抗就已经杀到了被岛津夺取的府内城。这时，岛津义弘已经来到府内与岛津家久汇合。秀长派遣僧人木食应其作为使者前去和谈，但遭到了岛津义弘的拒绝。之后两人开始向日向国撤退，并于3月18日在丰后和日向国境遭到了大友家臣志贺亲次和佐伯惟定的追击。19日岛津义弘在高城击退了敌军，与家久一起撤到了日向国的都於郡城。3月20日岛津义久来到城内，三兄弟商议对策，决定在日向与丰臣军一战。
丰臣秀长方面军的先锋毛利辉元、宇喜多秀家、宫部继润于3月29日攻下了日向国北部重镇松尾城，但是在由勇将山田有信把守的高城面前受阻。4月6日秀长大军将高城进行了二十重的包围，采取断粮的攻城战略。同时，为了防止岛津义久从都於郡城发来援军，在根白坂修筑城塞阻击援军。4月17日，岛津三兄弟果然率领2万人前来营救高城，加上山田有信守城的1万5千人，总计3万5千人。而丰臣秀长旗下有10万大军，有着压倒性的优势。根白坂要塞守将宫部继润率领1万士兵，修筑了非常坚固的防御工事，陷马坑、绊马索、栅栏、陷阱不计其数。岛津三兄弟几次冲锋都无法突破，战斗陷入了胶着状态。丰臣秀长正想率本队前去增援，但没想到被监军尾藤知宣劝阻说这是岛津诱敌之计，恐有埋伏。一向慎重的秀长，决定不发援军。藤堂高虎得知消息后，骂道：“什么狗屁监军。岛津已穷途末路，何诈之有。我领本部500人前去救援！”，刚出大门就遇到宇喜多秀家手下的大将户川达安。“高虎殿下，您这是？”“我想率兵前去营救宫部大人，不知道将军愿否同去。”“好，我与大人同去。”
藤堂高虎与户川达安不到1000人的军马从岛津军侧翼杀出，岛津军顿时大乱。但岛津三兄弟指挥有方，很快部队就回复了状态。可让岛津义久万万没想到的是，后方又杀出了黑田官兵卫和小早川隆景的人马。本想包围根白坂要塞，结果反被敌方包围。幸亏岛津忠邻、猿渡信光舍命断后，才让三兄弟逃出重围。监军尾藤知宣后被秀吉斩首。
相对于丰臣秀长，秀吉在筑前和肥后的战斗轻松很多。秀吉于3月29日向岛津方秋月种实镇守的岩石城发动进行。丰臣秀胜、蒲生氏乡、前田利长仅仅用了1天就将城池攻下，城兵死伤4000余人。秋月种实退守居城古初山城，秀吉命细川忠兴、中川秀政、堀秀政率5万人马进攻。细川忠兴先是包围城池，之后于半夜让士兵向城内投掷火把进行恐吓。同时，花了一夜时间，将之前因战乱破损的益富城修缮完毕。当秋月种实第二天看到远处修好的益富城时，深感财力和物力的不足，顿时战意全失。4月3日秋月种实剃发出家，和儿子秋月种长一起向秀吉降服。1日攻陷岩石城，3日让秋月种实降服。这么卓越的战绩，让秀吉大做文章，展开了强大的宣传攻势。不久岛津方面的诸将都不战而降，纷纷向秀吉表示臣从。4月19日秀吉大军到达了肥后国的八代城，早就向秀吉示好的锅岛直茂带领龙造寺政家前来拜见秀吉。同时，岛原方面有马晴信也对秀吉表示降服。在肥后高田地区驻守的岛津忠辰，面对秀吉的大军选择了向萨摩国撤退。
岛津义久原本推测丰臣军战线拉的过长，补给会有问题，所以不会急忙向萨摩本国进军，但是再次失算。秀吉的部队于4月27日就向岛津家的本国萨摩国发起了进攻，出水城城主岛津忠辰、宫之城城主岛津忠长纷纷降服。同时，秀吉还特意请来了退出本愿寺的法主——本愿寺显如前来，动员当地净土真宗的势力，攻下了狮子岛城。4月28日，丰臣方先锋小西行长、胁坂安治、九鬼嘉隆、加藤嘉明在平佐城遭到了最后的抵抗。城主桂忠诠率领武士80人、杂兵300人与丰臣军7000人展开了殊死奋战。经过8个小时的攻防，城池也没有陷落，城兵死亡20余人，丰臣军战死300余人。
丰臣秀吉在九州征讨的路上接见了受毛利家庇护的足利义昭，两人谈起往事都十分感慨。丰臣秀吉遂安排足利义昭随军，在秀长帐下担任外交工作，并允许其在战后回归京都生活。将近50岁的足利义昭，也不再幻想重振足利家的雄风，同意辞去将军一职，并出家。4月21日，岛津义久通过足利义昭，将手下伊集院忠栋和平田增宗作为人质向丰臣秀长提出和睦申请。4月29日继续在高城抵抗的山田有信得知主君义久已经降服，也放弃了抵抗。同日，平佐城城主桂忠诠也接到了主君义久的书信，向秀吉请降。5月1日，秀吉将本阵移到泰平寺，接受桂忠诠的请降，因为其武勇赏赐名刀宝寿。5月6日岛津义久在前往泰平寺途中的雪窗院剃发出家，改名岛津龙伯。5月8日，岛津龙伯以一身黑衣来见秀吉，请求以自己一命赦免其他众人。秀吉说道：“既然龙伯殿下已经出家脱离俗世，我岂敢再行加害。”之后便在寺中处理战后事宜，直到5月18日才起身返回筑前国。
义久投降之后，还在饭野城据守的岛津义弘和岛津岁久依然持续抵抗。5月22日，经过义久亲自陈述利害，岛津义弘也交出儿子岛津久保为人质向秀吉投降。6月7日，秀吉本队到达了筑前国的筥崎八幡宫，在那里颁布了九州岛领地的分封命令。岛津氏之前打下来的大部分土地被没收，只剩下两国一郡之地。萨摩国由岛津龙伯掌管、大隅国和日向国的诸县郡由岛津义弘和其子久保掌管。岛津家久在交出佐土原城后，与丰臣秀长一起前去拜见秀吉，但在路上猝死，有人说是毒杀。之后，由其嫡子岛津丰久继承佐土原城和都於郡。秀吉原本给秀长下达命令本想将日向一国封给大友宗麟和伊东祐兵，大隅国的一郡封给伊集院忠栋、其他全部分给丧子的长宗我部元亲。但遭到了两人的推辞，大友宗麟更是在5月23日去世。
肥后国大半封给了佐佐成政，其他国人势力和家臣团旧领不变。入吉城在相良家臣深水长智的交涉下，封给了相良赖房。小早川隆景获得了筑前、筑后、肥前1郡约37万石的领地，黑田孝高获得了丰前国6郡12.5万石的领地，森吉成获得丰前国2郡约6万石领地，立花宗茂获得筑后柳川城13.2万石的领地，毛利胜信获得丰前国小仓城约6万石领地。之后，小早川隆景将自己的筑前3郡转让给了自己的养子毛利秀包（其实也是弟弟，毛利元就的第9子）。宗麟之子大友义统获得了丰后一国和丰前宇佐半郡之地。龙造寺政家、大村纯忠之子大村喜前、松浦镇信以及对马国的宗义智所领安堵。秋月种实和伊东祐兵被转封到了日向国。
在九州的这段时间，秀吉发现了基督教神父强制当地居民改变信仰，并到处迫害神道教和佛教教徒的行为。同时还接到了葡萄牙商人将日本人作为奴隶卖到国外的报告。秀吉大怒，于6月19日发布“神父追放令”，限日本国内的传教士于20天全部回国，但是不限制外国商人。
