在收服巨大的大岩蛇之后，阿虎便和小智一起进行训练神奇宝贝了，没想到这一训练就是好几天，这天当阿虎和小智正常进行对战练习的时候，皮卡丘的十万伏特一不小心打中了远处的一块石头。十万伏特的威力把石头给震碎了。“快看，这是什么？”一旁正在钓鱼的小霞看见石头后出现了东西，所以很好奇地问道。“好像是某种遗迹，小刚过去看了之后说道。“喔，这是？”小刚在搬开一块石头后就看到了一个黄色的带花纹的东西。“哎呀，就是这个，团长，发现金色之眼了。”就在小刚拿起来要过来的时候，一位少女突然出现了，并且抢走了那个东西。在她用放大镜仔细鉴定了后兴奋地对着远方喊道。“太好了，终于发现了。”之后一位大叔出现了并且拿着那个叫金色之眼的东西兴奋地说道。“你好，我是第一个发现这个的人，小生的名字叫小刚，今天…………”小刚在看到漂亮的大姐姐后又开始犯花痴了。
“太感谢你了，我叫做怀特，请多多指教。”不过这一次与以前不同，小刚还没有说完，这位叫怀特的女生就抓住了小刚的手，然后感谢道。在怀特等人的营地转移过来之后，怀特才注意到这里不止还有小刚，还有小智，小霞和阿虎。在经过了介绍后，阿虎等人知道了这是个考古队，在寻找关于超古代文明的东西。“博士，你快看看这个。”就在怀特还在对着小智等人等人介绍有关神奇宝贝文明的时候，团长拿着一个黄色的汤勺跑了进来，并且激动地对着怀特说道。
怀特看到这个后，就开始思考了，在阿虎等人问了之后，怀特就拿出了一个石板，上面写的是神奇宝贝文字。
“上面写的是什么呢？”小霞看着这些神奇宝贝文字好奇地问道。“毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑了天空，金色的眼眸，染乱了气，把世界一分为二的争端，使得人们束手无策，天空开启了异界之门，这个时候，把一切平息下来的力量，化成了圆球回到地平线底下。”怀特和阿虎同时说道。听到阿虎的话后怀特十分的震惊。怀特没想到会遇到一个和他同样懂神奇宝贝文字的人。
其实阿虎他那里懂这些所谓的神奇宝贝文字呀！刚才所说的话只不过是阿虎凭借记忆背出来的而已。但是在怀特看来阿虎并不简单，就走到阿虎面前，对着阿虎说道：“先生你好，我叫做怀特，刚才我太唐突了还没请教你的姓名。真是不好意思！”阿虎回答道：“没关系，我的名字叫做阿虎，是来自真新镇的神奇宝贝训练家。”
阿虎介绍完了以后，怀特旁边的那个中年大叔便惊动起来了，对着阿虎说道：“少年，你刚才说你叫阿虎。阿虎，你就那个神奇宝贝研究界的希望之星。”听完那个大叔的话后，阿虎点了点头表明了自己的身份，但是阿虎强调到他更多的身份是神奇宝贝训练家。怀特万万没想到阿虎竟然是就是研究界的那颗新星。所以用餐的时候怀特便和阿虎进行了一些学术上的交流，在阿虎的帮助下怀特顺利的把剩下的神奇宝贝文字给破驿。要说上辈子阿虎最强的是什么，那就只有关于神奇宝贝的知识了。所以对于怀特的一些问题阿虎就轻而易举的给回答了。
这时候最可怜的莫过于小刚了，刚遇到一个一见倾心的女孩，没想到这个女孩还和阿虎聊的火热，让小刚更加生气的是怀特和阿虎聊的问题太高深了，他居然一句也听不懂。他现在想插话也插不上。
晚上，大家都睡着之后，火箭队也出场了。“我们赶紧去拿宝物吧喵。”喵喵已经迫不及待的想要拿那些古物了。“可是那些东西都在车里……”小次郎这样说是怕车上的阿虎，对于阿虎火箭三人组是打心底里害怕。火箭三人组每次碰上阿虎，连台词都没说完就被阿虎给打败，接着就化成流星飞了出去。放到谁身上都害怕。
“那些全是些微不足道的小东西，真正值钱的宝物应该还在最里面，出来吧，阿柏怪，钻到地底里面，把最好的宝物给我拿过来。”武藏则是认为值钱的宝物都还在地底，于是派出了阿柏怪，让阿柏怪去找宝物。过了一会阿伯怪就在地里面叼出了一个黑色的东西，就在火箭队还在疑惑的时候，那个黑色的东西突然发出了红光，把火箭队给吸了进去。
在早上阿虎等人醒来后了，就看见了车外有一个巨大的脚印和一个黑色的东西。“好像有什么东西离开过这里。”小刚看着这个巨大的脚印说道。“博士，这个会不会是代表黑暗的东西呢？”团长看着那个黑色东西后对着怀特问道。“先送到车上吧。”怀特不太肯定地说道。就在一个研究员去拿那个黑色的东西的时候，那个黑色的东西就把他吸了进去。
“大家快跑。”阿虎看到后立刻喊道。然后拉着小智往车面里跑，小刚则是拉着怀特和小霞。
“那，那个是耿鬼吗？怎么会这么大？”到车上后，小霞从玻璃里看到那个黑色的东西慢慢变成了一只巨大的耿鬼，惊讶地说道。
“黑色的黑暗，染黑了天空，原来是指是这个。”看着耿鬼把天空变黑后，怀特担忧地说道。“难道说，这边的石头也会把我们给吸进去。”在大家转过身就看到黄金之眼也开始了发光，而且周围的的东西都飘了起来，小霞担心地说道。之后那个黄色的汤勺就冲破了玻璃，然后插入了黄金之眼的凹槽里面，随后在发出一阵强光后，黄金之眼在众人的目前变成了一只巨大的胡地。“啊，是胡地”小刚看到这个巨大的胡地后立刻喊道。
“毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑了天空，金色的眼眸，染乱了气，把世界一分为二的争端，使得人们束手无策，天空开启了异界之门。”阿虎看这两只神奇宝贝战斗后装模作样的念出石板上的神奇宝贝文字。之后这两只神奇宝贝的攻击交杂在一起的时候，能量却往天空射去，最后在天空中形成了一个洞。
“啊，异界之门？看来是那两个神奇宝贝的战斗时发出的力量毁灭了神奇宝贝文明。”怀特看到天空中的动后惊讶地说道。
这在大家感动绝望的时候，遗迹上的大钟开始了发光，并且飘到了两只超古代神奇宝贝面前。“这次又会是什么啊？”看到钟飘到了两只超古代神奇宝贝面前，小霞恐惧地问道。“啊！是胖丁啊。”之后钟开始了发光，最后在大家的目光下，一只巨大的的胖丁出来了，小智看到后惊讶地说道。
最后和原剧一样，胖丁使用了唱歌，耿鬼和胡地慢慢地睡着了，就连阿虎等人也慢慢地睡着了，被耿鬼吸进去的人也出来了。直到傍晚，阿虎等人才醒来了。“大家都没事吧。”阿虎醒来后问道。
“没事。”小刚看了看大家后说道。
“大家都没事，太好了。”而怀特看到团长他们也都出来了，非常高兴地说道。“巨大耿鬼和胡地呢？”小刚看到超古代神奇宝贝都不见了后问道。
“它们一定是变成圆球回到地底下了。”怀特最后说道。
阿虎看到天已经很晚了，就和小智他们在怀特的营地里住了一宿。第二天早上临走的时候，怀特为了感谢阿虎帮她解决了一些学术上的问题，便送给了阿虎一个神奇宝贝蛋。并告诉阿虎说这个神奇宝贝蛋并不是从遗迹中得来的，而是他在一个草丛中无意捡到的，他也不知道是什么神奇宝贝的蛋。在加上怀特每天要东奔西跑的。也没时间照顾这个神奇宝贝，索性就送给阿虎，让阿虎帮忙照顾。
当阿虎回答研究所后，就看见大木博士和正辉博士一脸的兴奋。就问大木博士怎么了，大木博士告诉阿虎研究所的扩建工作已经全部完成了，现在的大木研究所比以前大了四倍还多。还有了一片属于研究所的海洋和内河以及一座适合冰系神奇宝贝居住的假山。正辉博士更是亲自为阿虎的化石神奇宝贝设计了一个环境幽雅的地下石窟。
