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第29章 遗传和肿瘤的网络思考上

遗传平衡定律,奠定了群体遗传学研究的基础

1遗传性疾病和疾病的遗传学过程,这是一个耦合体,是网络的整体表达的描述。其可以继续分化为更小颗粒度的层次如发生机制,遗传规律,流行病学等等,这些层次也可以内部分化为其他层次,通过层次的相似性使得相对独立的各个层次耦合形成网络

2疾病是网络表达的正常形态,只是其整体的本征是概率的积累超过一定阈值使得病征出现。遗传病的发生率就是整体的概率,其可以分化为网络的概率矩阵,细化到各个层次。任何性质都是比较才能得出的,即我们需要观察其处于分布函数的具体位置,只有相对性才有意义

3Aa的常染色体和X^AY性染色体的量子层次是符合孟德尔遗传定律的1:2:1,其上则是双重基因的9:7,这是一个分布的结果,我们可以往上堆积不断升维,其本质是概率,其形成的网络只有在概率坍缩形成路径,即概率的积累超过一定阈值,才可以有一定的症状,如疾病。疾病和正常形态是类基因的量子的网络表达

4表观遗传是基于基因的概率表达,环境作为一个整体本征,在具体的机体会扩散为一定的网络。概率的调节就是一种分配,遗传因素和环境的作用是如同麦克斯韦方程组

5假设:疾病的治疗就是一个网络耦合的过程,只要特定药物即本征扩散的网络对原有机体的网络的互补耦合达到一个阈值(打分矩阵),就可以治愈。这是一个复杂的序列匹配,需要个体化的路径寻找,使得整体的概率网络的本征足够精确。概率就是相对比例

6遗传病的遗传因素在疾病发生、发展和康复中的作用,这是分子层次的概率网络

7复杂网络从量子的层次出发,一步一步的积累数据,最后整体耦合,信息的全息使得一沙一世界

8多层次:单基因病;多基因病;染色体病;体细胞遗传病;突变的多层次:碱基对(易位,倒位,缺失,重复)染色体结构或数目异常

9遗传病一般具有垂直传递、先天性、家族性等主要特点,在家族中的分布具有一定的比例;这是网络的性质,家族聚集性是网络的集中表达

10阴阳,即1/0,是量子的序列比对,是现实世界的本源分解,是极大量级的运算。道生一,一生二,二生三,就是模式的在层次的涌现,模式的模式就是如同语言的规则。运算速度是一种本征。畅通是网络正常运转的前提。启动子,增强子是本征

11基因复制,表达和基因修复是同一过程,虽然工具酶可能不一样,但如同忒修斯之船,正是不断的与外界进行交换才能保证个体的延续性。我们可以看作是多宇宙学说的幸存者观测即人择原理,都是网络的选择性表达,收敛的速度决定寿命。我们倾向于认为大概率的延续是本体,这是抵抗时间变化的变化。都是量子式的片段表达

12生命,是机体的各个层次的表达的本征,必须限定在一定范围,不然就会发散衰变,这是极为精确的。复制提供动力

13组合携带信息,组合本身就是信息,如同DNA双链。静态的组合有一定的涌现如基因,重复序列(不同长度的次数不同,有一定的分布),回文结构是耦合的结构;动态则是形成网络,现实是网络的不同表达,是概率坍缩成为路径,就量子层次,是无限的基因的表达背后和组合表达的变化。这是图论的,利用集合关系。与网络的分布相关,特定的中心节点可以驱动变化,可以表达成为一定的生物行为,如细胞类型变化。改变这些中心节点的序列,或许就是改变整体的网络,这是一种软件的编程

14层次的耦合使得网络具有一定的稳定性,如dna到蛋白质的简并性

15特定基因型对疾病的易感性是概率。不完全显性和不规则显性可以视为概率的表达;共显性是多个基因组合的量子层次

16DNA和RNA的耦合:表达和调控

17层次的博弈是一种必然,纳什均衡是一种倾向,但这是理想的情况,是不可能达到的,因为一切都在变化。如战争,局部有胜有负,但其有一定的本征即输赢。同时战争作为政治的延续,揭示整体层次的复杂耦合

18数据可视化是一种整体本征,将大量级的杂乱数据提取本征,这是网络的概率涌现,可以寻找高维结构:趋势和内部关系。网络的运算可以参考图像处理,是整体本征的运算。蛋白质结构是序列的结构

19符号是高维的序列结构,如同基因的启动子增强子,是语言的本征结构。符号的运算是依照逻辑的路径得出的可以比较确信结果的方法。如同我们的数学证明过程,本质上是宇宙的一种模拟,其过程是组合的网坍缩的结果

20数学运算的本质是加减,这是量子层次1/0,但这是大数据量级的。我们只能理解高维的数据,于是就有了微积分,机器语言—汇编语言—高级语言—自然语言—思维。层次的叠加,遍历是升维。语法与语义是本征的结构,函数是类似逻辑的组合方式,不同变量是不同层次,作为网络结构,其可以继续叠加形成更大的复杂网络

21网络的作用对象颗粒度越小,其线性性质越好,并非是感冒和发烧这样,而是如同抗凝剂对照抗血小板制剂治疗急性缺血性脑卒中的有效性和安全性,足够限定的条件可以得出比较确定的结果,这是还原论。整体论则是强调多个变量之间的关系,我想要构建的科学范式是建立高维网络

22原癌基因和抑癌基因的综合作用就是癌症,这是网络的选择性表达。如阴阳1/0

23图论的连通性等价于矩阵的打分的最短路径寻找

24任何研究总要选择一定的指标,这是网络的本征。同时可以通过指标的变化来确定我们的影响是否成立

25提高男性能力的****激素也可以成为性冷淡女性的救星,即网络的等价性和互补性

26量子层次的匹配,各种杂交是序列的运算

27质数的非因数分解是一种量子性质,其是一种分布函数,其分布规律是在一定范围的概率表达,如“1000”|168|16。8%。但具体的质数求解又是选择性表达的结果。因此我们不必构造质数,其可以与几何集合结合。素数分布的绝大部分猜想都取决于黎曼zeta函数ζ(s)的零点位置。那些非平凡零点都落在复平面中实部为1/2的直线上(只要维数足够,必有线性关系,这是高维的线性,可以转换为线性的高维即网络的不断堆积)。

;所有的不小于6的偶数,都可以表示为两个奇素数之和,每个不小于9的奇数都可以表示为三个奇素数之和,这也是量子的性质

28是混沌系统,变量的层次耦合可以达到一定的稳定状态,即奇异点;abc的不同取值是网络的本征;有对称的能级分布,可以考虑过渡系统的存在;分解为更为低维的结构利于寻找本质的结构,如和0的关系

29利用数据的信息全息性质(网络的本征求解=本征的网络求解),根据少量数据构建一定的数据模型,再不断地引进新数据,根据贝叶斯网络修改概率。个体的变化不显著,可以到群体水平寻找本征(升维再降维=降维再升维,有效值=瞬时值的平方的平方根)

30流动的电子的运动是势差的运动形式,与其耦合的还有磁场,统称电磁场,这是往复的不断组合。元件形成的直流电路是静态的结构,串联和并联都是一定的守恒,从而可以构建等效电路(假设,网络的的等价性,不同部位的不同电阻是网络的概率分布电流是网络的本征,不同的端口和接口是不同的观测,有不同的结果),复杂网络只要找到一个本征,如电压的分布就可以简化网络成为低维结构;基尔霍夫定律是相对独立的网络的耦合的结构,是欧姆定律(量子)的高维结构;惠斯通电路是根据稳态的达成而确定的不同路径的相同比例;叠加原理是一种高维的运算,是一种理想化的单独作用的综合结果;虚数,引进新维度,与三角函数相关,是二维自耦合的运算;欧拉公式使得乘法运算转换为加减法运算;共振是阻力最短的结果,谐振是电容和电感(1/0)的组合,相反的趋势的中间交叉点是敏感点;交流电可以调控电压,通过改变电流的衰减速度;足够多的环路耦合的观测是不同组合及组合的组合;三相交流电使得供给效率提高;最大的节能是将能量用作途径,利用更大范围的环境能

31矩阵是网络的数学形式,不同变量的矩阵之间的比例是本征;有用功本质上是一种比例,是分布函数的相对位置;微积分与指数函数的转化

32线粒体疾病是相对独立的细胞器的异变,由于层次的包含,线粒体DNA突变可以引起人类的疾病。基因的节段式分布,酶和tRNA的间隔是表达的特点,需要特定位点结合;重链携带更多的信息且富含G,这与密码子表对应的氨基酸相关;复制和表达的连续与离散的耦合;其分子上无核苷酸结合蛋白,缺少组蛋白的保护。线粒体内无DNA损伤修复系统,mtDNA易发生突变并容易得到保存。这可能是细胞突变的来源,如果mtDNA能够整合到核DNA(每个线粒体内含有2~10个拷贝的mtDNA分子。每个细胞可具有数千个mtDNA分子。这是概率网络的基础);

疾病是突变型基因的相对比例超过一定阈值的结果

33共显性基因的累积效应,基因可以形成的网络;性状以分布函数体现;微效基因的累加;发病有家族倾向,这是网络的聚类,中心节点的优先连接;随着亲属级别降低,发病风险迅速下降,收敛函数;发病率有种族(或民族)差异,整体的性质,即本征;Carter效应,超过一定阈值才可以有可观测的现象

34染色体疾病与染色体数目或结构畸变相关,变异是生物的必然,但不同的网络的本征不同;染色体/细胞不分离,形成嵌合体;基因组病是网络的本征:同源重组,低拷贝重复,拷贝数变异,叉拖延和模板转换,非同源末端连接,反转录转座,多AT的回文结构,B-DNA构象,是基因剂量效应,主要包括基因拷贝数改变、调控元件改变或者基因被打断等。

35群体水平的遗传检测可以奠定前验的基础,使得个体水平的突变的概率可以通过贝叶斯公式得出;随机交配是大规模的,需要时间才能达到平衡,显现出一定的比例,但这是理想状态,不可能达到,但可以确定的是,不同时间可以达到分布函数的不同阶段;平衡的快速收敛,但随机的前提不可能达到;选择对适合度的影响;突变压力对其他基因的频率的影响;系数等于路径数*概率

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