经过抢救，被刺伤的三人，一个名叫乘玉泉的户部主事被当场刺死，都察院经历冀良骏重伤后，被抬去太医院急救，可惜不治身亡。工部屯田清吏司主事邗文敏因为躲避及时，受轻伤，算是其中最幸运的一个。
作为皇帝的“打工仔”，竟然在皇帝家里被刺客给杀了，震怒的同时，朱慈炯也觉得非常的过意不去，下旨抚慰殉难、受伤的官员家属，恩荫、封赏有差。
吴邦辅的调查很快有了眉目，皇城中有一名小太监失踪了，而刺客，正是穿着这名小太监的服饰，至于这刺客从哪里来，据推测，应该是冬至那天皇城开放而进来的。
而根据长安左右门进出皇城的参观百姓的堪合查验记录，并没有发现有滞留在皇城里的人，也就是说冬至当天进入皇城参观的百姓是五千人，最后从长安左门离开的人数也是五千人。
那么很明显，刺客很有可能是进入皇城后，与小太监互换服饰，之后，由小太监带着刺客的堪合与牙牌出了皇城。于是，进出皇城的人数才能相等。
“尚存疑之处是，刺客进了皇城后，一天一夜的时间究竟躲在了哪里，是否还有同谋，臣还在查。”吴邦辅奏道。
朱慈炯蹙眉问道：“那小太监是哪个宫的，何人手下，每晚奴婢们都要点卯，竟然没人发现么？是玩忽职守还是故意包庇，你查了么？”
吴邦辅肃然道：“臣查了，是西角门太监汤正业的人，当晚发现那小太监没来点卯，隐瞒未报，臣已将他捉拿下狱”。
朱慈炯“嗯”了一声，不置可否，这时********魏德坤求见，朱慈炯便命吴邦辅退下了。
“奴婢有罪，罪该万死”，魏德坤进来就伏地认罪，大有你不杀了我我就不起来的势头。
“奴婢失职，致使刺客入了皇城，求皇上治臣之罪。”
朱慈炯盯着他看了看，虚扶一把道：“魏公公请起吧，此事罪不在你，你也不必过于自责，不过你既然是总管，不罚你也说不过去，便罚你三月俸禄。”
魏德坤老泪纵横：“皇上仁德，奴婢叩谢皇上恩典”，便五拜三叩行了大礼，山呼万岁后这才告退。
腊月初一，朱慈炯上完朝，来到御书房处理政务，通政司给他送来了当天的报纸，朱慈炯翻了翻当天的报纸，华盖殿行刺案果然很快就传了出去，有的报纸甚至夸张的报道“刺客连杀百官十余人”，朱慈炯气道：“简直就是胡说八道。”
他把报纸往书案上一拍，对钱谦益说道：“钱老，这报纸该管一管了”。
此时史可法已经去扬州督师，钱谦益实掌首辅事，钱谦益忙上前回道：“确实，报纸所言，多有夸大，或牵强附会，或道听途说，中伤干吏，妄议国政，实宜取缔。”
朱慈炯苦笑道：“你这是懒政，报纸乃是新兴之物，做好监管即可。”
于是朱慈炯命内阁专门写了一篇关于华盖殿行刺案的通告，交给南京各大报纸去印刷，并查处了几家一直胡说八道、毫无职业操守的书局。
