“怒发冲冠，凭栏处，潇潇雨歇。抬望眼，仰天长啸，壮怀激烈。三十功名尘与土，八千里路云和月。莫等闲，白了少年头，空悲切！”湘军士兵齐声唱到，目送着熊天麟的棺木下葬。
熊天麟的遗体从杭城被带到了金陵，周仁远在金陵城外给他找了一块地方安葬下来，并上奏朱慈烺要封熊天麟为平南伯。金陵城已经在十天前被湘军水师攻克下来了，清兵统领冷僧机带着残部逃向了江北，然后逃到了山东。
而豪格和吴三桂在半路上的得知杭城和金陵相继陷落，立马率军返回江北，再由江北逃到了山东。至此。周仁远一举收复江南，整个南方重新回归大明的统治。
自从占领金陵后，周仁远下令开始清算金陵城原先投降满清明朝勋贵。把魏国公徐文爵等人全部削去爵位，废为庶民，打入监狱。并下令，这些人的子孙不再继任他们的爵位，而且还清点他们的财产土地，只给他们的子孙几亩田地度日，其余的财产充公，田地分给贫穷的百姓。
整个金陵城沸腾了，百姓们无不交口称赞，都说摄政王周仁远是大明的救世主，是大明百姓的救世主。周仁远在魏国公府听到百姓这么称呼他，叹道“世上没有救世主，我只是想拯救自己而已。”
周仁远已经把魏国公府改为金陵行营，墨竹和于航一班侍卫搬进来后，他见整个魏国公府还有很多空房间，便把罗斯特和郑成功也邀请住进了魏国公府。
接来下几天，周仁远一直忙着选任江南各地州县的知府和县令的人选。他特地列了一份名单，派出士兵到处找寻这批名单上的人。过了不久，喜讯一个接着一个传来，陈贞慧，冒辟疆，候恂，史德威等人都被找到了。周仁远大喜之下，把他们全部接回了金陵，任命候恂为南直隶总督，陈贞慧为常州知府，史德威为扬州总兵，冒辟疆为扬州知府。
周仁远专门随史德威和冒辟疆去了一趟扬州，寻找史可法的遗体。但是听史德威说史可法别多铎碎尸了，无法找到遗骸。周仁远只得命令史德威找来史可法曾经穿过的袍服和笏板为其招魂，并把史可法的衣冠葬在扬州城外的梅花岭上，建了一座很大的衣冠冢，墓碑上刻着“大明督师兵部尚书兼东阁大学士史可法之墓”。周仁远上书请封史可法谥号，以表彰他为国捐躯的壮举。
远在武昌的朱慈烺接到周仁远的捷报和请封奏折后，一一应允，并封周仁远为皇叔父摄政王，下令封史可法谥号”忠靖”二字。当他看到周仁远要为熊天麟请封伯爵的奏章时，一愣，看着熊天麟的名字自言自语道“他竟然战死了？”
朱慈烺站起身来，望着窗外瓢泼的大雨，他的细心里不禁心潮起伏，思绪万千。朱慈烺早就想起自己在洞庭湖赏月，被熊天麟推入湖里的事情。他一直隐忍不发，就是不知道这件事是熊天麟自己的主意，还是受周仁远的指使。但是他后来想通了，如果周仁远要他死，完全可以在李自成攻进京城时不救他出来，心下才稍稍安定下来。后来周仁远去武昌时也把他带走了，心里才知道周仁远一直一如既往地想保护自己。
想到这里，朱慈烺回到座位，自言自语道“人既然死了，一切都烟消云散吧！”随即拿起笔在奏章上写了个“准”字。
而此时的周仁远正在书房内和郑成功谈话。“成功，我来问你，当日攻打杭城之时，为何你的水师迟迟不到？”周仁远板着脸问道。
郑成功迟疑道“殿下，末将……末将……”他不知该如何分辩。
“你不要叫我殿下，你也不要叫自己末将。你知道的，父王和王兄接连过世，如今我只有你一个义弟。而你的父亲投了鞑子，母亲自尽，可以说已经没了父母。你我兄弟再不敞开心扉，坦诚相对？如何能重振大明，收复故土？”周仁远语重心长地说道。
郑成功听了双眼含泪，跪下说道“小弟让王兄失望了！”
周仁远皱眉道“你起来，不要动不动就跪。有什么话，你可以对我直言。是不是福建水师军心不稳？”
郑成功站起身来，说道“王兄，小弟是坚决要抵抗鞑子的。可是我那两个叔父担心我军一直猛打鞑子，我在京城的父亲会有生命危险，所以迟迟不肯前去杭城配合大军攻城。我说破了嘴，才劝得他们前往杭城，所以耽搁了时间。”
周仁远沉默了一会儿，说道“可是郑鸿逵和郑芝豹二人？”
郑成功点点头。周仁远站起身，在书房内走了几步，说道“他们担心你父亲的安全，我也能理解。但是你的父亲已经走错一步，我不希望你们接着错下去。你也看到了，如今我大军气势如虹，而鞑子龟缩在北方，兔子尾巴是长不了的。你的父亲如有悔改之意，我一定会想办法救他出来，但是如果他一条道走到黑，我也没有办法。”
郑成功点头道“这个道理我懂。王兄，你有没有办法能联系上我父亲？”
“这件事情，我自会安排。”周仁远说道“不过，我要把你的福建水师拆开重新整编。”
郑成功惊讶道“怎么整编？王兄你不会削了我的兵权吧？”
周仁远笑道“这个不会。我要把郑鸿逵和郑芝豹的水师编入湘军水师，然后从湘军水师抽出一部分编入福建水师。还有，福建水师就不要回福州驻防了，你就去杭城驻防兼任浙江总兵。我要在杭城建立一个船厂，我后面还有盘大棋需要你的帮助。”
郑成功急忙问道“那福州怎么办？那里可是海外贸易的基地。”
“这个你不用担心，我会叫黄爵和郑鸿逵去福州专门从事海外贸易。另外郑芝豹我会安排他担任武昌水师总兵去湖广驻扎。”周仁远笑着回答道。
郑成功无奈地点点头，喜的是郑芝豹可以独当一面，成了总兵，郑鸿逵还可以回福州继续他的老本行。忧的是周仁远把福建水师拆的七零八落，但是周仁远把最忠于自己的部下没调走，还增加了湘军水师给自己，自己的兵力没有减少，并把浙江一省的兵权交给了自己，看来这个义兄还是信任自己的。
周仁远其实现在也无力再渡江继续攻打多尔衮，因为自己占领了江南，恢复生产，安抚百姓才是第一要务。自己这些时间不断征战，士兵疲乏，粮草都已经见底了，他需要再等待几年才能北伐。
而多尔衮此时在京城也是这个想法，江南几次失利，丢掉了整个南方，北方的兵力只剩下十万人，加上蒙古骑兵也只有十四万了，已经经不起再次大战。所以他最希望的就是能守住北方，恢复生产，增加国库收入，以恢复元气后，再和周仁远决战。
一时之间，南北双方都不再互相进攻，而是对峙着。南北的百姓难得没有战火，进入了一个相对平静的时期。
