天京失陷后，李世贤奉幼主到广德。听王陈炳文，初与康王汪海洋俱守杭州，至是走江西。扶王陈得才，初属陈玉成。玉成败后，自湖北走豫南，入汉中。是年夏间，回救天京，至安徽，闻天京已陷，自杀。世贤尚未知之，劝攻湖州的堵王黄文金，同奉幼主，合海洋、炳文的兵出湖南，北连陈得才。文金必欲破湖州以泄愤。湖州破而清兵大至，文金中炮死。世贤奉幼主入福建，至延平。时汪海洋亦至福建，两军相距仅30里。世贤军为清将席宝田所破，与秀成子荣椿俱走海洋军求救。幼主随难民行，误投敌军，为清营官苏元春所得。元春要将他释放，而事为席宝田所知，将幼主取去，有人对宝田说：“你的祸不远了，曾国藩奏称洪氏无遗类，你却擒获了幼主，他怎肯和你干休呢？”（陈恭禄《中国近代史》云：李秀成言天王家人皆死，实为免祸之计。左宗棠获其养子，知其母、妻、幼子，均免于难。见左氏《奏疏》，据闻其子收养于外人，今尚存在）。宝田乃将幼主送交沈葆桢，为其所杀。世贤匿民间，奉秀成母以终。陈炳文为汪海洋所杀，海洋以是年十二月，战死于广东嘉应州。石达开自别为一军后，出没于安徽、江西、福建之间。太平天国九年（1859），败于南安，入湖南，又为巡抚骆秉章所败，入广西。明年，入广东，出没湘粤间。十一年（1861），入四川。清以骆秉章为四川总督御之。达开入贵州，十二年（1862），再入四川，转入云南。十三年（1863），再自云南入四川。将渡大渡河，为清兵所扼，又贿土司绝其退路。达开对手下的人说：“吾一人自赴敌军，尔等可免死。”乃张黄盖，服黄袍，乘白马，从数人入清军。至成都，见骆秉章，说：“吾来乞死，兼为士卒请命。”清人磔达开于市，而使诸将围歼其兵2000余人。
太平天国自起兵至灭亡，前后共历15年。兵锋所至之地，共17省（内地18省，惟甘肃一省未到）。但得城多不能守。所恃为根据地的，实止自天京至九江、武汉的一线，及皖南北若干州县。其后九江、武汉皆失，仅恃安庆与天京相犄角，而皖南北亦日受攻击，形势就更危险了。太平军在军略上的失策：（一）未能于初起时全军北上，与清人争一旦之命。（二）在南方又未立定规模。（三）初起时借长江的便利，未久即下天京，后来水师之利反为清人所有。至其军队，初起时确甚优良。广西军人，强悍善战，其纪律颇严，并无奸淫杀掠之事，所以人民颇为欢迎。清张德坚撰《贼情汇编》称“贼至则争先迎之，官军至皆罢市。此等情形，比比皆然，而湖北为尤甚”。可见光复军兴时，箪食壶浆的盛况。此时太平军军队未甚多，其首领的骄奢淫逸亦未甚。所破州县，到处都有蓄积，取之已足敷用。人民亦有自动进贡，以求免祸的，故其财政宽然有余，无事诛求。其后财政渐窘，军队中旧兵渐少，胁从渐多，军纪亦渐坏，掳掠焚杀之事，遂不能免。天国四年（1854），曾国藩奏疏云：“前此官军有骚扰之名，贼匪有要结之术。百姓不甚怨贼，不甚惧贼，且有甘心从逆者。自今年以来，贼匪往来日密，抢劫日甚。升米尺布，掳掠罄空。焚毁屋庐，击碎釜缶。百姓无论贫富，恨之刺骨。”军纪的好坏，影响于民心的向背和士气的盛衰，这确是天国失败的一个大原因。
