在土地兼并的恶性发展中，屯田制破坏殆尽。屯田主要有军屯和民屯两种，军屯是让卫所士兵屯耕自给。明朝建立之后，朱元璋在边境和内地普遍设卫开屯。军士屯田以分计，或每军一分，或每军户二分，每分100亩、50亩、30亩、20亩不等，依土地肥瘠、远近等不同情况酌定。军屯的种子、耕牛、农具由政府供给。屯军按分纳粮，称“屯粮”或“屯田子粒”，所交纳的屯粮作为本卫所军官俸粮。洪武年间，全国军屯约六、七十万顷，多为垦荒之地。永乐元年（1403年）屯粮计得2345万石，而全国官民田税粮总额为3129万石。这一年，是屯粮收获最丰的一年。明朝庞大的军事开支中的大部分由军屯解决了。但是，到了明中叶，随着土地兼并的发展，诸王、公侯、监军太监、统兵将领和地主豪强，把触角伸向屯田，开始竞相侵吞土地。宣德六年（1431年），山西大同有2000余顷屯田被豪右占为已有，正统年问，边境将校占据屯田有至三四十顷者，陕西镇守太监王贵夺占官达100多顷。景泰年间，口外附近各城堡膏腴之出，多被京功臣之家占为庄田，余下的空闲土地，又被镇守总兵、参将、都指挥等军官侵占。弘治时，国家的半数屯田已为私人侵占盗卖。当时，曾经对屯田进行过一次清查，户部郎中王勤清出北京及京外被侵占的屯田达41000余顷，其间尚有未清出者。明初的军粮，依靠屯军供应，到了正统时，由于屯田多入私人手中，军粮便只能依靠国库支付了。太监、军官不仅侵占屯田，而且还役使军丁为他们耕种田地，把士兵“私役在家，侵其军粮”。发放给士兵的本色粮被军官克扣，折色月饷银又多逋欠。士兵原来耕种屯田，现在田归豪室，赋累贫军，重赋、占役、克扣。使士兵不堪其苦，于是不断逃亡。嘉靖时，京军团营册籍上有38万人，而实际上只有14万人，其中可以用作兵的亦只有2万人而已。可是军费的开支并不减少，军官常常将逃卒的口粮、死马草料之饷攫为已有。
明初行之有效的屯田制，已经名存实亡了。这不仅影响到国库的收入，而且严重地削弱了国防力量。同时，军队的素质下降，军中常常充斥老弱疲惫、市井游贩之徒，军官则多为世胄纨袴、不明军旅之人，军队训练往往亦“呼舞博笑而已”。这一切的根源，都在于政治的腐败。
明代的边患，主要在北方和东南两个方面。东南沿海的浙江、福建、广东等地，多年来，一直饱尝倭寇侵扰之苦。元末明初，日本的封建领主制衰落，商业资本迅速增殖，海外贸易空前发展，在南北朝对峙的局面下，国内的各领主进行了激烈的兼并战争，北朝统一全国，南朝失败的政客、武士、浪人和部分商人结合成海盗。明帝国沿海地区有大量流民无以为生，亦从事海盗生涯。加之唯利是图的豪富、大姓舶主以为窝主，他们相互勾结在一起，始则进行走私活动，继则以武装掠夺和搔扰，成为明朝严重的边患，历史上称为倭寇。但在正统以前，海防较强，尚未酿成大患。正统以后，政治腐败导致海防松弛，沿海卫所的军士逃亡者半数以上，战舰久不整治，皆敝败不堪，所存者十之一二而已。
倭寇与海盗在东南沿海地区，抢劫财物，屠杀居民，掳掠人口。正统四年（1439年），倭寇在浙江台州桃渚村，“驱掠少壮，发掘冢墓。束婴杆上，沃以沸汤，视其啼号，拍手笑乐”，至使“积骨如陵，流血成川”。嘉靖二十五年（1546年），倭寇侵扰宁波、台州，“攻掠诸郡邑无算，官民廨舍焚毁至数百千区”。浙江巡抚朱纨因下令禁海，并击杀了通倭的李光头等96人，列名警告通倭的贵官势豪与大姓舶主，这便触犯了通倭的官僚、豪富的利益，他们在朝中的代言人弹劾朱纨“擅杀”之罪，以至朱纨下狱，在狱中被迫自杀。朱纨生前曾深感倭寇的难平，不在军事方面，而在官吏的腐败，“去外盗易，去中国盗难；去中国盗易，去中国衣冠盗难”。他本人成了王朝腐败政治的受害者。自此以后，富豪舶主“为奸日甚，官司莫敢禁”。倭寇活动日益猖獗，嘉靖三十二年（1553年），倭寇大举侵入浙东西、江南北地区，千里海防同时告警。嘉靖三十四年（1555年），倭寇二次入浙，杭州被围，“数十里外，血流成川”。后赖戚继光招募训练的“戚家军”与俞大猷等人协力歼击，加之久受倭患之苦的沿海人民的全力支持，历时数十年的倭患方得以平息。然而，腐朽的统治者在防御倭患方面的无能，却使沿海千百万人付出了惨重的生命代价，家业、财产的损失，更是无法计算。这不是偶而的事变，也不能归结为某一举措的失当，而是一个正趋末路的帝国所表现出来的衰败和腐朽。
这种衰败和无能，同样表现在防御北方蒙古族入侵方面。边军的腐败，边防的废弛，演成了正统十四年（1449年）的“土木之变”，明英宗成为蒙古入侵者的阶下囚。嘉靖时，北方边患更加严重，蒙古士兵铁蹄所至，杀掠劫夺，万顷良田至为荒芜之地，锋芒所及，连京师都曾几度震惊，为之戒严，甚至兵临北京城下，抢掠而归。明朝统治者惊慌失措，却拿不出任何有效的防御措施。
与政治腐败相联系的，是明帝国严重的财政危机。夏秋两税，是国家主要的财政来源。明初洪武年间，两税收入米2473万石，麦471万石。正德（1506-1521年）以后，由于土地高度集中，大地主隐匿赋税，两税收入减为米2216万石，麦462万石。嘉靖（1522-1566年）以后，更锐减为米1822万石，麦462万石。财政收入大幅度减少，而支出却大量增加。世宗崇尚道教，用于木土斋醮之费，不计其数，仅香蜡一项，宫中每年用黄蜡20余万斤，白蜡10余万斤，香品数十万斤。光禄寺供鹰、犬、虫、鸟的食肉每年达16000余斤，食米5200多石。西苑蓄养豹一只，用夫役240余人，岁廪2800余石。皇族的支出，仅禄米一项，较之国初，激增数十倍。太祖26子，除懿文太子外，其余皆封王。每个皇帝继位，又增加了若干王，王的长子袭封。其诸子为郡王，又递降有镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉等，王和郡王的女儿为公主、郡主，又递降有县主、郡君、县君、乡君，她们的丈夫或为附马、或为仪宾，这些人都享有岁禄，从王的1万石到仪宾的200石不等。太祖的子息经过一代一代的繁衍，数目已经相当庞大，嘉靖末年，依皇族谱碟所载，有28492位之多。洪武初年，晋府一王，岁支禄米1万石，到嘉靖时，晋王已生有2800多个子孙，岁支禄米达87万多石了。嘉靖四十一年（1562年），御史林润谓：“天下之事极弊而大可虑者，莫甚于宗藩禄廪。天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米几八百五十三万石。以山西言，存留百五十二万石，而宗禄二百十二万。以河南言，存留八十万三千石，而宗禄百九十二万。是二省之粮，借令全输，不足供禄米之半。”此外，官僚机构日益膨胀，明初武职官员1，8万余人，成化时，已愈8万，加上文职官员，约10余万人，冗官的俸禄也是一笔庞大的开支。再者，南、北边患日深，造成军费开支的巨额增加，正统时期，每年补助边用20余万两，弘治（1488-1505年）、正德时，增至43万两。嘉靖二十九年（1550年），俺答进逼北京，为筹集兵饷，增加田赋，“加派”由此开始。嘉靖三十年（1551年），各边境饷银达500多万两，整修边塞等工役又800余万两，合计1300余万两，而正赋与其他加派合起来才1000余万两。嘉靖朝财政入不敷出，每年亏空400万两。隆庆元年（1567年），太仓银仅存135万两，只够三个月的支出。明政府的财政已山穷水尽，濒临绝境。
历史上任何一种社会制度，都不可避免地存在着一系列的社会问题和弊病。一般说来，在社会制度处于上升时期和没落时期，社会弊病的性质和表现往往会有所不同。但是，由于各种主观和客观因素的影响，在社会制度的同一发展时期，也会出现形式不同的社会弊病。同时，同一种社会制度，不论上升时期，还是没落时期，由于制度本身的局限，自始至终都存在着一些弊端。而解决这些社会弊病以及挽救由于弊病丛生造成的社会危机，只有通过改革来实现。明中叶的中国封建社会制度，经历了汉唐的全盛时期，已经进入后期发展阶段，这一时期的社会问题，既有封建制度自身不可避免的弊病，也有封建制度衰落时期的特点，更有治理不善等人为因素造成的危机。内外交困的明帝国，只有一条出路，这就是以惊人的魄力，对腐败的社会机体进行大胆的改革，通过改革，矫治社会弊端，调整和改善社会运行机制，挽救危局，进行社会自救。改革，成为明中叶社会提出的迫切要求。
