（万历三十三年六月戊申），论广东锦囊、南澳、钦州等处擒斩倭奴功次，升总督尚书戴耀、总兵官都督佥事孟宗文各俸一级，赏银、币有差；按察使盛万年、参政朱东光、参将郭酉科、黄锺、庄渭扬、知府叶修、同知涂巍、原任参将刘宗汉、原任守备武应隆及经历、指挥、百户等官汪九州岛等各分别升赏。倭贼慢小等九名，行督臣处决枭示。
（七月）戊寅，命册封琉球兵科给事中夏子阳、行人王士桢作速渡海竣事，以彰大信；仍传谕彼国：以后领封海上，着为定规。先是，万历二十三年，琉球使臣于灞等为其世子尚宁请封，抚臣许孚远以倭氛未息，议遣使臣一员赍敕至福建省城，听其差官面领；或遣惯海武臣，同彼国使臣前去。部覆，奉旨：『待世子表请，礼部具题遣官于福建省城颁封』。至二十八年，尚宁具表请封，其使臣长史郑道等奏乞照旧遣官。得旨：『着选差廉勇武臣一员，同请封使臣前往行礼』。二十九年，尚宁遣使入贡，复请乞差文臣。部覆，奉旨：『遣给事中洪瞻祖、行人王士桢；待海寇宁息，渡海行礼』。继而瞻祖以忧去，乃政命子阳——同士桢于三十一年三月赍册入闽矣。今年三月，按臣方元彦以滨海多事、警报频仍，偕抚臣徐学聚请仍遣武臣暂驾成 舟而往；子阳、士桢亦以属国信不可爽、使臣义当有终，乞坚成命以慰远夷：俱不报。而礼部侍郎李廷机言：『宜断行领封初旨，并武臣之遣而罢之』。于是御史钱桓、给事中萧近高各具疏，力言其不可；且云：『此议当在钦命未定之先，不当在册使既遣之后。宜行抚、按作速成造海艘，勿误今年渡海之期。俟竣事复命，然后定为画一之规；先之以文告，令其领封海上，永为遵守』。上从之。
（九月）丙子，录闽省防汛官兵擒斩倭贼功次，故巡抚朱运昌，行礼部追恤；总兵官朱文达、副总兵施德政、原任右布政加太常寺卿致仕徐应奎、丁忧右参政俞士章、听调副使朱汝器、同知杨一桂、原任知府升副使程达各赏银十两，达仍行吏部纪录；把总沈有容、龚守忠各赏银六两，仍附簿纪录。
（十月丙寅），南京吏科给事中陈嘉训疏论拾遗候代浙江巡抚尹应元及福建巡抚徐学聚各贪婪暴横状，『请亟点浙江抚臣，早与交代。其徐学聚于吴建一事，官兵杀人数千，匿不以报；红毛番之役，彼以一船来市、远泊彭湖，一矢未加，何功可叙！乞下部院勘议施行』。不报。
（万历三十四年五月辛未），册封琉球使臣兵科右给事中夏子阳等疏请戒严海防。报闻。
（万历三十五年四月庚戌），兵部复议朝鲜与倭通好事——覆朝鲜国王李昖之疏也。倭自庚子而后，物力渐绌。平秀吉死，源家康擅政，内胁秀赖、外结高丽——数遣使往来对马、金山间。六、七年间，赍书相望，所刷还人口不绝；朝鲜犹未与市。往岁冬，家康复遣使朝鲜，自言己代秀吉为王，尽反秀吉所为；缚送癸巳时所发王京丘墓贼，朝鲜亦茫然无辨之者。而鲜僧松云自倭中归，传家康语云：「曩自平秀吉要挟朝鲜，犹以割地、求婚、质子为词；我则不然，愿两国通好而已。往者壬辰遘衅之时，吾在关东，不与兵事；师入王京，关东将卒无一人渡海者——而相视若雠，岂不谬哉」？又刷还人口自肥前归，多称倭距关都三百里内筑城，诸岛均役，唯对马一岛以寻和独蠲；言和事不成，则分六十六州趣半筑城、趣半战朝鲜——朝鲜亦微恫之也。然家康实自以老故萨摩州，而对马主义智调信景直等犹为平氏，故独以和事责；义智心急朝鲜，恐一日失朝鲜欢——而朝鲜实懦无雠报意。至是，王昖以倭情条上。兵部复议，亦谓「相机以御、及时自固，审利害、察情实，在该国自计，难为遥度」而已——而釜山、对马亦因是私款不绝。后三年，始画开市之事。
（十一月己酉），户科给事中江灏劾福建税监高寀，不报。自税课之归有司也，税监坐而解额，诸爪牙无催督之权；然犹以新恩，不敢与有司为难。至是，高寀首发之；以课未归一，恐误上方为言。先是丙午七月，范涞为左布政，以春夏税额汇解寀处；寀受之，无以难也——诸爪牙以督催无权，实自涞始。会涞入觐告归，而闽抚之推未下；寀恐涞复出，遂疏诋涞及旧抚徐学聚——学聚时方候代，以却红番事失寀心；而寀数以二洋贸易探上意，冀朝夕得他抚，可相左右也——遂请自按月征解，又请上速点闽抚及谈诸外国方物事。上心知其奸，命有司类征如故，方物折价而已；然犹虑彼此推诿，欲一体严治也。江灏乃言：『「汇解」之旨，自范涞时已行之半年；今复一年，而屡解屡拒。夫如期而不解，则该司之罪也；如期而解——解而不纳，则该监之罪也。以类总责之有司、以解进责之税监，法守既明，则何推诿之有乎』！吏科左给事中刘道隆又上疏曰：『百官贤否进退系朝政，自卿、抚以至藩、臬皆内外重臣，采自公论、断自宸衷，虽人主不得而私喜怒焉。我朝中官干预朝政，自有常刑。皇上临驭三十余年，未尝毫发假于此辈。近以税使差出与地方有司钱粮相关，遂使二、三狂逞者妄有参评；然亦未有借名征收而欲遥执朝柄——弄威福如高寀今日者也。徐学聚虽去国之臣，而一日尚在地方，非高寀所得诋辱！范涞近推闽抚，廷论及之，姓名尚在御前；高寀何人，而肆弄机权，预挠圣意！……今福建地方乃东南门户，非痛痒不关之处；按臣久缺而无代 、抚臣久推而不点，奸人抵谳肆志其间。伏惟圣明留意，速下抚、按二臣，用塞谗间之门、重保障之计，以肃纲纪，贻后世利赖无穷』。疏上，亦不报。
壬子，朝鲜国王李昖以倭奴求和来告，犹前源家康所寻盟之词也。家康自发还人户、缚致诸贼来，无日不寻盟于鲜。至是，已潴平秀吉之宫、迁其子秀赖于海上，意欲请命中国。兵部覆言：『倭奴狡诈异常，海外势难遥度。为昔日者覆楚之怨，大义当申；为今日者城下之盟，目前难恃。千里提封，天朝巳挈而还之该国；则固守图存，今又在该国事矣』——大率以侦察堤防，责成该国如前疏指。从之。
戊午，福建巡抚徐学聚以税监高寀征解不纳、又上章诋己，乃疏胪寀诸不法事，言『寀自数年以来，利尽山海，罪孽深重。诸细琐不俱论，姑举其著者。闽中监政引目，旧止「附海」一例；续请「依山」佐之，引悉贮司。自寀入闽，奸民林世卿导之私造南京户部盐引，俱称「依山」；每封四百引，勒银四百余金。凡引百封，伪者过十之七；商人破家，吞声切齿——自经死者，不独朱家相、洪士雅等数辈而已。又以海禁不通，则方物不至；每值东西洋船，私寄数金，归索十倍。稍不如意，则诬为漏税；一物相溷，动费千金——拷掠之毒，怨尽骨髓。又私遣人丁四出越贩，动经年岁，搜求珍异；假国用以入私橐，亵皇灵以渔外服：尤王法之所不容也。所最可异者，三十二年以抚、按并缺，令奸商潘秀等往贩和兰，勾引红夷，诈韦麻郎银钱三万，许以彭湖通市——臣等奉旨拒逐；今臣已告归，而红夷又至，杀戮商、渔，荐窥内地，使沿海将士不得安寝者，是谁启之乎！自寀坏海禁，而诸夷益轻中国；以故吕宋戕杀我二万余人，日本声言袭鸡笼、淡水：门庭骚动，皆寀之为也。惟皇上大奋干断，立命撤回；毋令寀肆炰烋，以中国与外夷为市』。疏入，亦不报。学聚之在闽，以却红夷事，原有功于闽；而独委曲高寀，为朝论不推。盖自高寀后，红夷无岁不窥彭湖矣。
（十二月己未朔），户科都给事中姚文蔚劾税监高寀。不报。
乙亥，户部尚书赵世卿以税使通夷、破坏海禁，宜严行禁绝，以遏乱萌；不报——为徐学聚劾高寀事发也。
（万历三十七年五月壬午），有倭船飘入闽洋小埕者，舟师追至漳港及仙崎，获夷众二十七人；译系日本商夷往返异域，为风飘搁。其中有朝鲜国人，先年为倭所虏而转卖者；次为吕宋、为西番，或鬵身为使令，或附舟归国。福建巡抚徐学聚以闻，因言：『朝鲜，我属国；其人民播越，宜随方安插。西番虽非贡夷，亦非逆种。若吕宋，先年薙我商民几至万数，彼民似不可轻纵；惟是原无逆志，亦难深求。而日本诸夷又多妇稚，杀之无辜，放之非法；止当待以不死』。章下兵部。
（九月辛卯），倭至昌国，参将刘炳文不敢击、复匿不以报，遂至温州麦园头，毁兵船；抵虾饭湾登岸，杀我兵，温处参将王元周一无所防。诏以元周革任听勘、炳文降调，总兵杨宗业、该道常道立各罚俸。
（万历三十八年七月辛酉），琉球国中山王尚宁咨遣陪臣王舅毛凤仪、长史金应魁等急报倭儆，致缓贡期。福建巡抚陈子贞以闻，下所司议奏。许续修贡职，赏照陈奏事例减半；仍赐毛凤仪等金织彩缎各有差。
（八月壬寅），兵部复议：『海风飘入闽境诸夷，吕宋人壹叶万等、西番人捌襄等发赴香山，听其去留；朝鲜人壹叁别等安置柔远驿，以示存恤。大郎等八名本系倭种，难纵使归；仍行巡抚衙门分置军前，严为钤束。如生心逃叛，即处以军法』。 上是之。
（九月丁未），浙江巡抚高举以沿海官军败倭大陈，疏叙有功官员。右参政王道显纪录，松海备倭把总李时英优赏；昌国备倭把总张光显以功准罪，量赏。
（十月）丙戌，兵部复议福建巡抚陈子贞海防条议七事：『一、重海道事权以资弹压。宜遵照敕书，申明职掌：凡该省沿海寨游营选用官兵、稽察粮饷、修造船器等务，俱申详海道，听其专理；仍责令汛期巡历，汛毕方回。其巡历廪给，有司供办，不累卫所。一、省汰除汛兵以熟操驾。闽海汛兵减放之说，起于戚继光；原以休息军力、减省粮饷，法称两便。而踵行者乃岁为更革、人议去留；兵无常伍，将有市心。饷减无几，军费不赀；隳坏兵制，莫甚于此。议于水陆营间酌量裒益，饷不必增而汛兵亦可无减。如此庶可练习备变，并杜总哨勒索之奸。其两月罢汛，粮仍应设法处制，使军士乐从。一、核虚冒名粮以厘夙弊。总兵官以下，酌定跟随人数，与之更始。自后有以所用跟随重派各营者、坐空名以寄粮者、假公用而科派者，无大小，据法题参；所侵冒月粮，仍坐赃究罪。一、清侵占屯田以复旧制。欲行清屯之法而无挠法之害，莫若就额粮之完欠而分别之。
有田无军，田必势占；有屯无粮，屯必迷失。就中清出侵占屯地以养军丁、以充贴驾，饷不增而兵足用，策无便于此。独刁军暗受势贿，告讦猬兴；得田入手，潜复典卖：则前弊未清，后害相踵。或有司惮劳，委之佐领，其弊端尤难究诘；要在设法详审，委任得人耳。一、禁往倭大船以绝勾引。闽人贩海为生，旧俱由海澄出洋，兴贩东西洋诸岛；伪引有禁，压冬有禁，越境盗贩有禁。然不绝其贸易之路者，要以弭其穷蹙易乱之心耳。近奸民以贩日本之利倍于吕宋，夤缘所在官司擅给票引，任意开洋；高桅巨舶，络绎倭国：将来构通接济之害，殆不可言。今当清查由引，严禁压冬，禁造违式大船；及以引饷大权俱归海道管核，各衙门不得径给票引。其有依托势要阻挠官司、不服禁捕者，抚臣绳以三尺；甚则据例参奏，治以通番引寇之罪。一、公山海利泽以安内地。山海场荡畋渔之所取给、埠头墟集负贩之所为生，寸土皆属公家，豪强本非世业；今将官山、官海除丈量收饷入册年久者姑准照旧外，其未经清丈、近年告佃者，悉追还官府，与小民公共。至于豪家设立私牙抽取埠税、擅操榷算侵牟商贾者，一裁以法』。得旨：『岛夷窥伺边海，防御宜周；如议行』。
（十一月戊午），朝鲜国王李珲遣陪臣议政府左赞成李时彦等贡方物及马谢恩；赐宴赉如例。是日，并送回漂海人丁陈成等二十九名；仍钦赏国王银、币并陪臣各有差。其漂海人丁系称福建址籍，兵部覆：『应照例解发本省军门严加审鞫，果无通贩情弊，即照常省发回籍；倘有隐讳别情，仍从重问拟，具奏施行』。上是之。
（万历三十九年六月）己卯，南直隶柘林营信地获日本夷人三名，因航海过暹罗，飓风覆舟飘至；抚、按以闻。部议：『分解陕西延、绥等处戍边安插』。从之。
（八月甲午），朝鲜国陪臣李顺庆等解还中国漂海人民林润台等三十二名，俱莆田、仙游人。命差官解发福建巡抚衙门严加鞫审：果无情弊，照常省发；倘有隐情，从重问拟具奏——仍谕申饬海防之禁。
（十二月庚寅），朝鲜国奏获民人张亨兴等十七人，中有洪驼者即前细屿岛作贼船工，而亨兴等以前来往海上节行细屿岛抢劫之人；且称「水贼之扰，近年滋甚。时或捕获，皆称上国人民，不敢擅戮——海洋之警，曾无宁息。接年五次解来漂海人犯，甚为属国之扰」。兵部议覆：『乱生有阶，如嘉、隆间倭寇因闽、浙沿海奸徒与倭为市，而宁、绍大姓阴为主持，遂使淮、扬以南至于广海靡不残破。使早听给事中夏言、抚臣朱纨之疏预防其始，则宋素卿、王直、陈冬（东）、徐海、曾一本、许恩之辈安得以中国之民而挟倭为难哉！今此辈捍罔，即远屏以御魑魅，情理俱当；合将张亨兴等解发延绥巡抚衙门审实边堡安插，庶奸民知儆』。从之。
