五月，赣州军溃。遣使谕傅冠曰：『无律之军，何以济！雩都、会昌可径入汀州，曩无一议者何耶』？诏监军御史陈赓曰：『亟收余烬，毋自挫』！戒杨廷麟曰：『民之苦兵甚于寇贼，驱虎进豺，绿林四起，此统军之过也』。谕包象干、张家玉曰：『毋聚凶徒，终必溃散。朕将前跸汀州，亲议方略』。俄，广信陷；诏罗登辅、谢祥昌守长汀，征朱大典、顾应勋、刘承允入援。谕何吾驺曰：『田辟之军敢行溃散，大安关外复有挫失。卿其强为朕行乎』！吾驺卒无能为。张安将来迎，曹志建劾其淫掠；使还赣州。命文臣张调鼎等守永定关，谢绍芳等守大安关，黄大鹏、郑如虹守仙霞关；以郭奇、陈天榜、熊和、王秀奇、陈文廉、方登夫、巢拱极为御营十标军，然不足恃。尝谓左右曰：『延平地狭不可居，终当入江西耳』。张家玉在广东上疏：『驾出虔州，骑天下脊；上策也。暂跸雄州，出江、楚，度庾、衡，缓急由我；中策也。若入五羊，斯下策矣』。隆武帝亦无入广意。
命林垐募兵于福宁。加周芝鹤、李士琏、施福皆将军。
是月，施福、林顺军始至于建阳。使李鲁等讨清流、永福、潮阳民寇，定之。以和顺王慈囗〈火欵〉言，建阳苦兵，不敢樵采；诏曰：『如此，民何以生』！亟诏止士卒辄城入。
再使刘中藻赈温州以千金，诏卢若腾等毋重困温州民。
时博托兵逼崇安，诏施福、林顺、黄兴、曾德守之；忿其逗遛，曰：『退死于法，曷若进而死于敌乎』！
江西事益急，加郭维经督师六省衔，募兵救赣州（详「江西之乱」）。
擢章纩右佥都御史，巡抚湖北（详「湖广之乱」）。晋吴易等尚书、侍郎（详「义旅」）。
有陈谦者，宏光帝使封芝龙为南安伯，敕误为「安南」，谦媚芝龙，请受册反券，则「侯」可得，且专南服；芝龙从之，未复命而南都没。谦止衢州，矫称受命侯芝龙。鲁王再使奉表至，仅称皇叔父而不臣，且径以芝龙为公；隆武帝下谦狱。钱邦芑入告曰：『谦，郑之私也；不杀，为内虑』。芝龙闻之，将纳己官以为请；隆武帝故与语，斩谦于市，芝龙恨甚。尝责其揽权缓兵罪；芝龙反曰：『臣憨直，不能为逢迎；今见疑，请免』。实不去，专掣兵食，锢隆武帝不使行，冀非常赏。阴与博托书曰：『尽去水陆军士，倾心贵国』。博托得之，遂济钱塘，浙、闽皆没（浙事见前）。
六月，监国鲁王自绍兴溃。隆武帝闻之，急使郑之豹往救，止于泉州不进。命王芋援温州，兵纔及千；余皆为芝龙据。博托兵入上杭，曾德退守仙霞关；郑鸿逵大惧，徒跣弃关三百里，至于浦城。隆武帝大怒，尽削其职；鸿逵亦不顾。金堡上疏：『今日之势，直走湖南，用腾蛟之众，传檄中原，人疑陛下从天而降；上策也。移跸虔州，中策也。并兵出关，败不徒死；下策也。若往来延、建，观望经时，轻骑忽来，备之不及；为无策矣』。隆武帝然之。芝龙忽称海寇急，返天兴；隆武帝使少留，比使至，芝龙已逾延平矣。又尽檄施福、郭曦、陈秀、周瑞皆弃关走，期无费洪承畴一矢。因纵掠至建宁，巡按御史郑如虹闭城犒之，乃去。芝龙走安平镇，而仙霞以还二百里无一卒。李鲁忿之，疏：『四境之防，荡无锁钥，忠义灰心；宜别任人，以济大业』。隆武谓其斥芝龙，留不发。
以皇子生，进芝龙泉国公，寻改平国公；鸿逵漳国公，寻改定国公。郑氏厮养，皆受命。钱邦芑言：『元子诞生，正浙东新破之日；且爵赏不宜太滥』。不报。皇子寻薨，芝龙亦无戴德意。
再加张肯堂督师命，而军资、器械无所出。肯堂不得已，自募军六千屯鹭门；使僧广济征海外兵，亦无济。
金堡入朝上敕印，郑芝龙惧其将大任，愈嫉之。曾樱言：『必全堡者，宜听其去』。堡旋行。
侍郎于华玉为贼黄通袭执于宁化，苏观生军亦溃于南安。
秋七月，隆武帝御午门，使内侍出小匮；曰：『朕本无利天下心，勋辅戴翼，遂尔勉循。粝食粗衣，有何人君之乐；所期上对祖宗，下慰百姓。今守关吏得诸臣迎降书，盖二百余，俱在于此』。遂命焚之；曰：『朕不欲知其姓名也』。盖均诱于芝龙者，隆武帝知之而无如何。李鲁谓今国势，宜固汀州。单骑入上杭图之；至，已不可为。
八月，博托军自衢州、广信分道入福建。前锋至仙霞关，无人；迟回数日，乃敢进。人为语曰：『蒨峭仙霞路，逍遥车马过；将军爱百姓，拱手奉山河』。博托遂以兵陷建宁。隆武帝闻之，决计幸赣州。闻郝永忠来迎，欲改之韶，以道阻。仓猝行，侍郎曹履泰留守。甲午，发延平，宫人皆骑从，犹载书数十簏；从臣大学士朱继祚、何吾驺、黄鸣骏数十人，而无兵卫。乙未，博托踰仙霞，遂入浦城，行在益警。丁酉，隆武帝至顺昌。是日，博托将杜尔德入延平，至于剑津；隆武帝闻之，弃御舟器用行，妃嫔有三人并骑者。吾驺等皆溃去；福清伯周之藩、给事中熊纬以兵从，纔五百人。博托闻之，使降将李成栋来追，自趣天兴。庚子，隆武帝入汀。博托将努山伪称何吾驺兵，昼夜急驰；辛未昧爽，至汀州，先以数骑叩宫门曰：『我扈跸者也』。门启而众入，呼索明皇帝；隆武帝及曾后遇害于汀州之府堂，总兵姜希声溃去。隆武帝长身丰颐，音类宏钟，恢廓大度。少遭悯凶；即位后，慨然以兴复为己任，勤于听政。阅章奏，丙辰不休。上书陈事者，手诏批答。敦风节，恤民隐，惩乱军，收召名士不次用，将大有为于天下。尤喜读书，披览不倦；手下玺书，词意真切，人不能及。复尚节俭，行宫之葺，出金五百使苟合，毋役民；以选女厨，谓扰民不许。郑芝龙进美女十二，留之绝不御。矢志亲征，冀若汉之世祖。后亦贤明，护卫高墙中，剖股以疗隆武帝疾。以无嗣，选淑女以侍。居恒，共决章奏。徒于芝龙所制，以至于败（或曰：后投九龙江以殉）。永历帝即位，遥上帝号曰「思文皇帝」、后曰「思文皇后」。其后刑部侍郎王虞石之厦门，言实自至五指山，隆武帝固在，为僧山中，赖垓、熊纬从。汀州死者，为聿钊。俄以敕至，群臣不能决。其后使复至，询问诸臣；且言已去五指至平远，将起兵。诸臣为公疏求敕旨，不得要领云。
博托兵陷崇安，遂入福州。唐王聿钊以下皆走去。博托使谭泰徇各邑，福州府、县皆降。
九月，谭泰兵至泉州。郑芝豹先闭城，拷索助饷；不予者，杖杀之。欲焚城，闻兵逼，遁走。郑芝龙在安平，使进降表于博托；博托受之。上杭人执李鲁以降。张肯堂以周芝鹤言，出鹭门；降将周洪益袭败之。
冬十月，博托兵取兴化。辛卯，入漳州；八闽全没。惟芝龙踞安平城街衢，船炮亘数十里，尽迁其财贿于海。又负撤兵功，思督两广，而以立隆武帝及谭泰兵逼之为词。博托使降臣郭必昌招之，檄谭泰退军三十里；曰：『吾重将军，正以立唐藩也。今两广未平，已铸「闽粤总督印」相待』。芝龙大喜。朱成功谏曰：『闽、粤非北方，收人心、贩海口、选将练兵，号召不难；鱼不可离于渊也』。弗听。出告鸿逵，鸿逵壮之；入告芝龙：『人生若朝露，能垂大名，则不可止。果不可为，则亦不敢以劝。今带甲十万，号召天下，不难也；何为委身于人乎』？芝龙谓以一隅敌天下，不听。鸿逵终虑不可测；芝龙曰：『我以诚往，何害焉』！使召周鹤芝；鹤芝流涕曰：『某海隅亡命，所惜明公二十年威望，一旦扫地为天下笑。请效死于前』。抽刀自刺，芝龙持之。监军朱永佑忿芝龙甚，使赵牧刺之；不克。俄闻郑彩奉监国鲁王至，〔芝龙〕又使彩执献，将以厚己功；彩不可。芝龙使朱成功偕降，鸿逵教之逸。监军陈士京更说之，乃与所善陈辉、张金以二舰入于海；芝龙哂之。
十一月，郑芝龙以五百人入福州降；博托燕之。使招成功，复曰：『教子以忠，不闻以贰。至今有变，儿惟缟素以从』。博托曰：『芝龙黠桀，今单骑至，实观望；挟之北，其众无首，不能为矣』！分其从卒于各旗，禁不相见。夜半，蹴芝龙行；求别亲族，亦不许。芝龙曰：『吾子弟非驯者，脱弄兵于海，将奈何』？博托不听，芝龙遂北。
所娶倭妇犹居于安平；谭泰入城，大淫掠，倭妇以污缢。成功闻之，躃踊号痛，拥众而至，谭泰走泉州。成功剖母腹敛之，出屯于金门；鸿逵屯白沙、彩屯厦门、联屯浯州，各自立。惟芝豹复入居安平，张肯堂、周鹤芝北趋镇东卫（见前）。
十二月癸酉朔，招讨大将军忠孝伯朱成功起兵海上。成功以变故，悲歌慷慨，携儒巾至文庙哭，焚之；曰：『昔为孺子，今作孤臣。去就之间，惟先师实昭鉴之』！自金门返安平，会曾樱、路振飞设高皇帝位，誓师恢复；略言：『本藩乃故明之臣子，缟素应然；实中兴之将佐，披肝无地。冀诸英杰，共伸大义』。移文仍称「隆武二年」，自称「罪臣朱某」，钤以「招讨大将军印」；出私财以犒军。以洪政、陈辉为左右先锋镇，杨才、丁镇为亲军镇，郭泰、余宽为左右护卫镇，林习为楼船镇，柯宸枢、杨朝为参军，杜辉为协理；移军澎屿，练士卒、聚船艘，往来海上以观变。
顺治四年（永历元年、鲁王监国二年、朱成功仍称隆武三年）夏四月，朱成功及郑彩、杨耿入海澄，破九都。魏一桂亦自江西袭将乐，破之；与诸室堂王共攻建宁（详「诸方义旅」）。
五月，诸将岑本高、王思忠、江中英、江中元、林文耀、林国球共攻浦城，约原任监军吴承昊、徐元、毛文杰、张裔元为内应；谋泄，诸人皆死，本高诸人亦败没。朱成功以兵助监国鲁王攻福建。
秋七月，李长蛟复建宁。朱成功使烧江东桥，分攻长泰、海澄、龙溪、南安、安溪诸县。
八月，朱成功在海澄。郑鸿逵语之曰：『安平弹丸无可恃，吾助汝攻泉州乎』！使其部守海澄，自会鸿逵于桃花山，沈佺期诸人皆应之；进逼泉州，击降将赵国祚败之。降将解应龙守溜石寨，成功为所掣；乃使鸿逵攻城，而使桑筠、杜辉袭溜石，伏兵邀之，斩应龙而寨破。国祚大惧，其将杨义阴约诸葛斌降，不克死（详「义旅」）。成功军屯刺园、浔尾；自军于五陵，使林顺等攻泉州。降将王进在漳州，三分其军，称合潮州兵数万攻安平而宵行，道冷井、何坑，出荆安，突及泉州。洪政战败，鸿逵惧，走揭阳，旋入金门；成功亦退。谍知进兵少，大悔；以兵邀之不及，成功反安平。故浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎来谒，成功礼之。海澄人甘辉、漳浦人蓝登、安南人施琅及弟显皆来附，成功任之训兵佽食为后图。
九月，郧西王常潮入松溪，庆元、崇安、政和、光泽、建阳山寨多应者。马得功自浦城来攻，却之。又复将乐、顺昌。寻败于松溪（详「义旅」）。
冬十月，监国鲁王颁戊子大统历于海滨；朱成功以隆武帝故，置不用。已从路振飞、曾樱言，称隆武四年，钤以文渊阁印。
十二月，马得功攻大尾溪；成功军败。
顺治五年（永历二年、鲁王监国三年、朱成功称隆武四年）春正月，朱成功奉淮王常清监国于其军，改元「东武」。
五月，朱成功〔取〕同安，降将折光秋、廉朗、王彪等出战，甘辉击败之，杀其将王庭朗与知县张效龄；弃城走。成功入之；以叶翼云摄县事、陈鼎为教谕，使邱缙、林壮猷、金作裕守之。
秋八月，佟国器及降臣李率泰、陈锦分道攻同安，缙及壮猷军大盈岭、作裕军芒溪、翼云城守。降卒黄有信射缙，中之；壮猷不能支，与作裕入城守。国器、率泰、锦昼夜攻，陷之；遂屠同安，死者无艺，缙、壮猷、作裕、翼云、鼎皆死。朱成功在铜山急来救，至金门而同安覆（详「殉节」）。成功乃还。
漳浦守将王起凤谋应成功；事泄，弃家奔铜山。成功使及何宸枢谕诸境募兵求饷，诏安林日灼拒命；成功使甘辉击其寨，寻灭之。
林察以唐王败，航海依成功；始知永历帝已即位，成功额手曰：『吾有君矣』。使光禄卿陈士京、中书舍人江于灿、黄志高往，称臣进表，供献有差。
时郑芝龙至北京，授子爵；其弟芝豹及子世恩留安平守祖墓，尽征其妻妾、诸子入北京，隶正黄旗。
冬十月，永历帝在肇庆；使晋成功威远侯，招讨大将军如故。成功改称永历，号召远近，军声颇振。淮王逊位。
是月，成功攻云宵，击降将张国柱败之，遂克其城；擒姚国泰，以其勇，疗其创而用之。
是岁，德化王慈烨攻大田、龙溪、顺昌诸邑，寻退守将军寨（详「义旅」）。
顺治六年（永历三年、监国鲁王四年）春三月，降将某陷宁德，朱成功使黄廷、洪政守罗山岭，何宸枢守盘陀岭；自以兵下诏安，屯于分水关。使杨干生招郝尚久于潮州，弗应；将攻之。黄海如曰：『潮州有备，不如取诸邑』。乃击杨广、许隆于达濠、于霞美，阵斩黄礼，略定新墟、金田诸寨；使黄山自靖海入惠来。以陈斌勇武，擢为后劲镇。
夏四月，福安陷。
秋七月，永历帝晋朱成功广平公。
郑彩、郑联各弃监国鲁王，自屯于金门。
冬十一月，郑芝鹏弃溜石城走。成功在海上。
顺治七年（永历四年、监国鲁王五年）春，朱成功取潮阳，知县常望凤降。使洪旭征粮于和平，不应；右镇杨才屠之。不数日，才暴死；以林勇将其军。
夏四月，朱成功以施琅为左先锋镇、其弟显为右先锋镇、黄廷为右援剿镇、王秀奇为戎旗镇、甘辉为亲军镇。复自揭阳攻新埠，其长请输赋，许之。诏安人万礼拥众数千，因施琅降。
