建文四年六月乙丑，棣兵犯金川门。徐增寿徘徊殿廷，有异志。御史魏冕帅同官殴之，与大理寺丞邹瑾请速加诛。帝手剑斩之殿庑下。穗景隆及指挥佥事刘清守金川门，登城，见棣麾盖，开门迎降。门卒龚诩恸哭去之，遂隐而死。御史连楹，叩马欲剌棣，被杀，屍直立不仆。棣迎皇太后至军中，述不得已起兵之故。宫中火起。京师哗言帝及皇后马氏崩。棣因遣中使出帝后尸火中。越八日，壬申，葬之。杀皇太子文奎。揭榜殿廷，以兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄及文学博士方孝孺等五十余人为奸臣。是日孝孺被执下狱。衡府纪善周是修留书别友人，具衣冠，为赞击衣带间，入应天府学，自缢於尊经阁。魏冕、邹瑾及给事中龚泰、叶福、秦府长史邹朴、江西副使程本立俱自杀。或云，朴即瑾子也。泰子澄，赴召未至。闻变，泰奔广德州与王叔英图兴复。子澄欲与姚善航海起兵。善谢曰：“公朝臣，当行收兵，善守土，与城存亡身耳。”子澄乃走嘉兴，就前袁州知府杨任谋举事。已而俱被执。棣将篡位，出孝孺于狱，令草登极诏。孝孺斩衰至，悲恸不已。棣降杨劳曰：“先生无自苦，予欲法周公辅成王耳。”孝孺曰：“成王安在？”曰：“彼自焚死。”曰：“何不立成王之子？”曰：“国赖长君。”曰：“何不立成王之弟？”棣曰：“此予家事耳。”顾左右授笔札，曰：“诏天下，非先生不可。”孝孺投笔于地，哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”强之，乃大书“燕贼篡位”四字。棣大怒，令以刀抉其口，两旁至两耳，复系狱。以草诏属侍读楼琏，承命不敢辞。归语妻子曰：“我固甘死，正恐累汝辈耳。”遂自经死。或曰，草诏者王景；或曰王达也。索国宝不知所在，或言付黄观出收兵矣。命有司追捕，收其妻翁氏并二女，给象奴。翁氏携女及家属十人投淮清桥死。棣既篡立，泰子澄被执至，亲诘问之。投辩不屈，遂与孝孺磔于市。孝孺并慨然就死，作绝命词曰：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉兮庶不我尤。”时年四十六。门人都督廖镛等检遗骸瘗聚宝门外山上。弟孝友同时被戮，亦赋诗一章。妻郑氏、子中宪、中愈先自经死，二女投秦淮河死。宗族亲友及门下士坐死者八百七十三人。镛及弟铭、太常少卿卢原质，及弟原朴、御史郑公智、陕西佥事林嘉猷、刑部侍郎胡子昭、河南参政郑居贞并坐孝孺党诛死。镛、铭，永忠之孙也。大理寺丞杨端、刑部郎中王高坐纵孝孺息树阴，同弃官去，劓鼻死。泰从兄弟敬宗等皆诛死。叔时永、阳彦等谪戍。黄子澄族人无少长皆斩。姻党悉戍边。杨任亦砾死。子礼、益俱斩。亲属戍边。时诸臣以不屈诛及族亲者，御史大夫练子宁、户部侍郎卓敬、主事巨敬、御史高翔、王度，及其子弟者，礼部尚书陈迪及子凤山、丹山等六人，俱磔死。
国子博士黄彦清以在梅殷军中私谥帝，诛死。漳州教授陈思贤、诸生伍性原、陈应宗、林珏、邹君默、曾廷、瑞吕贤以为帝哭临，有司执送京师，皆死。南昌知府叶惠仲以与修《太祖实录》直书靖难事，族诛。辽府左长史程通从王徙荆州以前上封事，多指斥，械至京，死于狱。其友人徽州知府黄希范亦逮至论死。宾州知州蔡运追论奸党死。
初棣发北平，道衍以孝孺为讬，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”棣颔之。卓敬之下狱也，惜其才，使人讽以管仲、魏徵事。敬泣曰：“先皇帝曾无过举，一旦横行篡夺，恨不即死，见故君地下，乃更欲臣我耶！”及其死也，棣犹叹曰：“国家养士三十年，惟得一卓敬。”然孝孺竞诛及十族；敬诛及三族；其余亲戚连坐被诛及遣戍者，不可胜数。
天启六年，周顺昌好为德。于乡有冤抑及郡中大利害，辄为所司陈说，以故士民德顺昌甚。缇骑至，众咸愤怒，号冤者塞道。比开读，不期而集者数万人，咸执香为周吏部乞命。诸生文震亨、杨廷枢、王节、刘羽翰等前谒巡抚都御史毛一鹭、巡抚御史徐吉，请以民情上闻。旗尉厉声骂曰：“东厂逮人，鼠辈敢尔！”大呼：“囚安在？”手掷琅珰于地，声琅然。众益愤，曰：“始我以为天子命，乃东厂耶！”蠭拥大呼，势如山崩。旗尉东西窜，众纵横殴击，毙一人，余负重伤，踰垣走。一鹭、吉不能语。知府寇慎、吴县知县陈文瑞素得民，曲为解谕，众始散。会旗尉往浙江逮黄尊素，过苏州，横肆甚。城外复群击之。旗尉失驾帖，不敢复往。顺昌、尊素皆自诣吏。高攀龙闻逮者至，晨谒宋儒杨时祠，以文告之。归与二门生、一弟饮后园池上，笑曰：“吾视死如归，今果然矣。”入与夫人语，如平时。出书二纸，告二孙曰：“明日以付官校。”因遣之出，扃户。移时诸子排户入，一灯荧然，已衣冠自沈於池矣。发所封纸，乃遗表也。云：“臣虽削夺，旧为大臣。大臣受辱则辱国，谨北向叩头，从屈平之遗则。”复别门人华允诚书云：“一生学问，至此亦少得力”。时年六十五。远近闻其死，莫不伤之。旗尉乃欲逮攀龙子，叶茂才力救得免。常州知府曾樱乃助缪昌期、李应升资，而经纪攀龙身后事。昌期、应升、尊素、顺昌、及周宗建皆北行，一鹭飞章告变，东厂刺事者言吴人尽反，谋断水道劫漕舟。魏忠贤大惧。已，一鹭言，缚得倡乱者颜佩韦、马杰、沈扬、杨念如、周文元等，乱已定，忠贤乃安。然自是缇骑不出国门矣。昌期等先后下镇抚狱。昌期慷慨对簿，词气不挠。竟坐赃三千，五毒备至。辛丑晦，死于狱。
初，扬州知府刘铎，作诗书僧扇，有“阴霾国事非”句，侦者得之，闻於魏忠贤，倪文焕复构之，遂逮治。铎雅善魏良卿，事得解，许还故官。良卿从容问铎：“曩锦衣往逮，索金几何？”曰：“三千。”良卿令锦衣还之。锦衣怒，日夜俟铎隙，言铎系狱时，与囚方震孺同谋居间，辛巳，再下铎镇抚狱。会铎家人有夜醮者，参将张体乾诬铎咒诅忠贤，刑部尚书薛贞坐以大辟，竟杀之。
熹宗天启六年丙寅二月，魏忠贤大构东林党。杨涟、左光斗等已逮死于诏狱。复逮吏部员外郎周顺昌等。周为吴县人，字景文，号蓼洲。时正家居不出。适魏大中被逮过苏，周愤甚，与之同起居者三日，并设宴饯行。廷尉促行。周大骂曰：“汝知世间有不畏死男子周顺昌耶？”廷尉归告忠贤，忠贤即令廷尉矫旨逮周，欲置之死地。廷尉至苏，时苏抚为毛一鹭，固忠贤之党羽也。廷尉至周家中。周即囚服随之至抚署。士民闻讯送者数千人。开读时有诸生遮请毛一鹭疏救。毛不敢发一语。廷尉即大声曰：“东厂逮人，尔等何敢置喙？”众大哗。市人颜佩苇等乃推登堂上，丛殴廷尉，立死一人。余则受伤，踰垣而遁。此外，逮御史黄尊素之廷尉亦於是时抵苏，泊舟胥门外，亦被士民击沉其舟。于是毛一鹭上章告变，谓苏民谋断粮道，继复捕获为首者五人，立予斩决。即今丛葬于虎邱山塘，张溥为作碑记之五人墓也。周氏被逮抵京后，忠贤下令拷掠，五毒备至。周氏在途中，尝寄书友人云：“当竖起脊梁，做一个铁汉”等语。诸生朱文祖，并间行抵都，为之营救，皆无效果。至六月十七日，被谋死于狱中。及至领埋，已越三日，血肉狼藉，全身已腐，仅余须发。其死事之惨，实令人不忍言者矣。天启七年丁卯七月，熹宗既崩，信王即位。首逐客氏，继将魏忠贤放于凤阳。后经群臣疏劾其罪，忠贤惧，在途中自缢。至崇祯元年戊辰三月，又诏赠冤死诸臣。周氏长子茂兰，字子佩，以虽蒙赠恤，然父仇未报，倪文焕、毛一鹭等，仍未置之于法，心有不甘。遂刺血上疏，为父鸣冤。疏成，步行三千里，伏阙上书。抵京后，寓姚文毅公官舍，拟恳姚公代为递进。姚氏览疏，见血迹殷然，霍然改容。读至中间，见有“鼎湖劝进”一语，谓周曰：“今上初立，君以此语上疏，恐有犯圣怒，且偾事矣。”周曰：“然则重书可乎？”姚公曰：“墨书易耳，今为血书，何可再改，恐尔血枯矣。奈何？”周遂破舌重书贴黄以进。帝览疏动容，竟至泪下。于是诏赠太常卿，谥忠介，并推赠三世。倪文焕亦因而伏法，毛一鹭已死，下诏追戮其尸。至是，周氏沉冤，乃得昭雪。考周氏之死，在丙寅六月十七日，及至昭雪在戊辰三月，相去不及二载，沉冤终至大白，父仇终得报复，亦可谓迅速也。周茂兰为父鸣冤，不惜两度刺血书疏。其孝行之烈，尤为难得。此项血疏，周氏累世保存，并为装裱。明末清初诸名家，均会为之题跋。至道光年间，乃被南昌万氏所得。至光绪二十四年，复由南昌万氏后裔万福昌氏，将原文及题跋抄录付梓，由俞曲园先生为之作序。血疏全文，共计一百四十四字。今此项刻本，已极稀少。至于原疏，历经兵燹，未识其无恙否也。
福王弘光元年，（清顺治元年）治从贼之狱，仿唐制六等定罪，十二月，刑部尚书解学龙议定上之。其一等应磔者：宋企郊、牛金星、李振声、喻上猷、陆之祺、杨王休、知府张嶙然、提学参议黎志升、太仆寺少卿曹钦程、给事中高翔汉、检讨刘世芳十一人。二等应斩秋决者：光时亨、巩焴、周钟、主事方允昌四人。三等应绞拟赎者：杨枝起、廖国遴、王承曾、副使原毓宗、庶吉士何孕光、少詹事项煜、修撰陈名夏七人。四等应戍拟赎者：侯恂、主事王孙蕙、检讨梁兆阳、大理寺钱位坤、副使王秉鉴、御史陈羽白、裴希度、张懋爵、郎中刘大巩、员外郎郭万象、给事中申芝芳、修撰杨廷鉴、举人吴达、金汝厉、黄继祖十五人。五等应徒拟赎者：方拱乾、参议宋学显、主事缪沅、给事中吴兆龙、傅振铎、进士吴刚思、检讨方以智、傅鼎铨、庶吉士张家玉、及沈元龙十人。六等拟杖应赎者：员外郎潘同春、吴泰来、主事张琦、行人王于曜、行取知县周寿明、进士徐家麟及向列星、李？八人。其留北俟后定夺者：杨观光、龚鼎孳、孙承泽、张若麒、少詹事何瑞徵、副使方大猷、侍郎党崇雅、熊文举、太仆寺卿叶初春、给事中戴明说、刘昌、御史涂必泓、张鸣骏、司业薛所蕴、参议赵京仕、编修高尔俨、郎中卫周祚及黄纪、孙襄十九人。其另存再议者：给事中翁元益、郭充、庶吉士鲁橹、吴尔壎、史可程、王自超、白孕谦、梁清标、杨楼鹗、张元琳、吕崇烈、李化麟、朱积、赵颍、刘廷琮、郎中侯佐、吴之琦、员外郎左懋泰、邹明魁、行人许作梅、进士胡显、博士龚懋熙及王之牧、王皋、梅鹗、姬琨、朱国寿、吴嵩孕二十八人。其已奉旨录用者：兵部尚书张缙彦，卫允文、给事中时敏、喻德、韩四维、御史苏京、行取知县黄国琦、施凤仪、郎中张正声、中书顾大成及姜荃林等十人也。得旨：周钟等不当缓决；陈名夏未蔽厥辜；侯恂、宋学显、吴刚思、方以智、潘同春等，拟罪未合；新榜进士，尽污伪命，不当复玷班联，令再议。惟方拱乾结纳马士英、阮大铖，特旨免其罪。然学龙所定案亦多漏网，而所拟一等诸犯，皆随西行，实未尝正刑辟也。
大清顺治二年弘光二年，先是，有狂僧大悲出语不类，为总督京营戎政赵之龙所捕。阮大铖欲假以诛东林及素所不合者，因造十八罗汉、五十三参之目。书史可法、高宏图、姜曰广等姓名，纳大悲袖中，海内人望，无不备列。礼部尚书钱谦益，先已疏颂马士英，且为大铖讼冤修好矣。大铖憾不释，亦列焉，将穷治其事；狱词诡秘，朝士皆自危。士英不欲兴大狱，乃当大悲妖言律斩而止。
