其年秋，天子以西陲师久无功，移公督陕、甘；并授钦差大臣，督办军务。公上疏曰：『臣维西北战事利在戎马，东南战事利在舟楫；观东南事机之顺在炮、船练成以后，可知西北事机之转亦必待车营、马队练成以后也。春秋时晋侯乘郑之小驷以御秦，为秦所败；是南马不能当西马之证。汉李陵提荆湖步卒五千转战北庭，为匈奴所败；是步队不能当马队之证。见在捻、回猖獗，官军征剿多年尚未蒇事。于时急图扫荡，固我疆宇，非讲求步队、马队不为功；而欲善步队、马队之用，又非讲求步队、马队之利不可。臣谨就愚陋之见，为我皇上敬陈之。捻、回之患在平原旷野，本骑之利；官军以步队当之，鲜不被其轻轶矣。于是而图制贼之长，宜用车营助步队遏其突骑，固也。然车营、步队足以遏突骑，守虽有余；以之钞截追剿，战尚不足；则练马队为急。以马力言之，西产不若北产之健；以马队言之，西北不若东北之雄。祖宗隆兴东北，平定中原；中叶以来，平准回、靖朔漠：神武震铄，跨越古今。敬绎列圣方略官书，窃以为欲平方今之患，非追法先世遗烈，其道末由也。回马多西产，捻马多略北产零骑，故捻之战悍于回。所幸者，捻、回之马虽多至数万骑，然均用之野战，非如官军队伍钤束之不可撼；捻、回诸逆人各一心，非如官军节制赏罚之不可乱；捻、回马上多用长矛，非如官军枪械、火器之不可敌。诚于时购北口良马，得其人习练而节制之，庶制胜有其具，而贼不足平；且可藉阅历以造就人才，为国家固根本、垂久远之计』。又言：『臣由鄂入秦，先剿陕逆。此时臣军步队仅止三千余，马队尚未习练，双轮、独轮车式尚未动工制造；所拟以制贼者，步队、马队、车营皆无以应手。仓卒就戎，必贻后悔；臣不敢不慎也。方今所患者，捻匪、回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地。臣军入甘，应先分两大枝：由东路廓清，各路分别剿抚。俟大局勘定，然后入驻省城，方合机局。是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；驻兵兰州，必先清各路之贼。然后饷路常通，师行无梗』。诏从之。六年夏，取道武昌，提兵一万二千人由潼关入秦。当是时，捻酋任柱、赖文光纠数万骑扰山东、河南，是为东捻；张总愚纠数万骑扰秦中，是为西捻。陕回、甘回数十起、众至百万，横行腹地，两省几无完土。公接统陕、甘军，部署诸营，不令捻、回合势。刘提督松山领万余人、郭总兵宝昌三千人、刘总兵厚基三千人，是为剿捻之师；高提督连升三千人、刘京卿典五千人，是为剿回之师；杨总兵和贵、周总兵金品三千余人屯凤翔，周总兵绍廉二千余人屯宜君，吴郎中士迈千余人防渭，复以亲兵三千余人、水师千人、黑龙江马队千余人分布华州、华阴、潼关、渭南、临潼间，是为兼讨捻、回之师。于是诸军所向克捷，公又定计先捻、后回。张总愚既屡破于延州，复南窜，乃自宜川踰山至壶口，乘冰桥渡河山西大扰；公遣松山各军渡河蹑追。穆宗以山右毗连畿辅，召公亲往督师；公自率五千人赴援，奏以刘京卿典代督陕、甘军。六年十二月，捻自垣曲入河南，趋卫辉；复自河南北犯直隶，至河间、献县京师。戒严，诏切责公与钦差大臣李公鸿章、河南巡抚李公鹤年及直隶总督官文公，皆夺职。时东捻甫平，西捻萃于畿辅；公先令刘提督松山绕出贼前，大破贼于献，贼反奔山东。七年，公驻军吴桥，合淮军、东军、皖军击捻，卒破平于荏平南镇。
七月，公复职。入觐，天子褒美，且询西陲师期；公奏「五年可竣」。乃率师还陕；十月，至西安省城。公部兵数万人，诸将名者高连升、周绍濂、魏光焘、刘端冕、吴士迈、黄鼎、雷正绾、陶茂林、成定康、马德顺、郭宝昌、李耀南、李辉武皆能将，而刘公松山为最。刘公典已署陕西巡抚，戮力同心，赏罚严而号令明，遂定三路平回之策。公令刘公松山由绥德取道花马池，直捣金积老巢，为北路；道员周开锡由秦趋巩，讨巩昌、河狄之回，为南路；公与刘公典督诸军尽驱陕回入甘，为中路。遂破回巢数百，斩馘数万。八年二月，拔董志原老巢。四月，陕西平，进兵甘肃。刘公松山已趋定边花马池，魏光焘、周绍濂、刘端冕出合水、宁州、正宁向环、庆，雷正绾、黄鼎由董志原、泾州趋镇原、崇信、华亭、固原，李耀南、吴士迈由陇州、宝鸡趋秦州，公率亲兵马步四千道永寿、邠州、长武以赴泾，令马德顺屯灵台之上良百里镇策应南北，遂开振恤、集流亡，劝民种秋粮，兵燹遗黎栩栩有生意矣。于是诸路皆捷，兰道通。八月，刘公松山克灵州；十一月，公移驻平凉。刘公松山攻金积堡阵亡，公以松山从子锦棠统其军；东自吴忠至灵州堡寨四百五十余、西自洪乐至峡口堡寨一百二十余尽平。九年冬，克金积堡，马化龙伏诛；公奏言：『西陲之不靖于今九年，关陇讲回视金积堡为向背。今金积破，回势瓦解矣』。诏加公骑都尉世职。十年三月，宁夏平，公令诸将进规河州。秋，移驻静宁，又移安定。冬，平黑山回；尽平党川回垒，且剿且抚。十一年二月，河州平；三月，循化撤纳归诚。夏，诸军攻肃州西南贼垒，皆下。七月，公进驻兰州省城，奏调宋庆军由神木赴甘助剿；以张曜军屯金积堡，移刘锦棠军赴西宁，陶生林、金庆元、戴宏胜马步军赴肃州。十一月，刘公锦棠大破回于西宁大通。明年，金顺、宋庆、徐占彪合攻肃州。八月，公至肃州督攻。九月克之，屠客回一千五百余人，悍酋马文禄并党魁八人磔之，惟白彦虎逸出关外；拔出汉民男女一千一百余人、回民老弱妇女九百余人，肃州平。关内肃清，诏公以总督协办大学士，改骑都尉为一等轻车都尉世职；诸将给奖有差。
