科分大經章段。起自關內憑小山瑤。前代未聞也。吾祖章安作疏益詳。至荊溪將迦葉品分正緣了。別指方隅。則權實進否曉然而明。可謂善乎派深。良哉析重也。余復以佛性周徧三千具攝而分今文。分而又分。賓主問答。引文釋義。略無混亂。雖短脛亦可以厲法流孺子。敢當荷負矣。或曰猶牧女之添水。將非澆漓於乳味乎。不然乳益乳也。苟能鑽搖醍醐可獲。豈仍乳而已耶。
科文分（二）
初總題（二）
初正標題次述人號
次別文（三）
初序分（二）
初通敘佛性旨歸（四）
初積學潛心（自）二意成解行（恐）三喻法顯要（萬）四思修則契（若）
次別敘今文緣起（二）
初假夢（曾）二寄客（仍）
二正宗（二）
初正示佛性體周徧（二）
初略領客問（二）
初問（謂）二領（余）
次廣釋客難（五）
初釋涅槃瓦石佛性（四）
初釋非性文難（客）二主約大小教判（二）
初縱（余）二判（然）
三客迷部難教（客）四主復宗大小教釋（二）
初明涅槃進否權實（二）
初斥他不解（余）次明今立宗（三）
初示立意（今）二正立宗（今立）三引經釋義（二）
初釋迦葉品（二）
初佛性進否（二）
初正釋（二）
初引示正因性（三）
初約因明正性（三）
初引文（經）二釋義（請）三結在因（既）
二約果明正性（次）三兼前雙結（豈）
次引示緣了性（二）
初迦葉難（二）
初示難意（由）二引經文（故）
二如來答（三）
初標二引（二）
初先順問答（六）
初權順問（三）
初引經（先）二反難客（今）三示經意（故）
二正因結難（二）
初引經（故）次出經意（佛）
三迦葉竝空
初標示引經（迦）次明經竝意（迦）
四敘佛捨喻從法（佛）五復釋結難示正因徧六復釋捨喻示緣了局
次復宗明空（四）
初示意（次）二引經（二）
初破邪計（十）
初破心所（三）
初引經（初）二釋義（語）三斥世同邪（世）
二破光明（二）
初引經（復）二斥世同邪（世）
三破住處（二）
初引經（有）二斥世同邪（世）
四破次第（二）
初引經（有）二斥世同邪（世）
五破三處（二）
初引經（有）二斥世同邪（世）
六破可作（二）
初引經（有）二斥世同邪（世）
七破無礙處（二）
初引經（有）二斥世同邪（世）
八破與有竝合（二）
初引經（有）二斥世同邪（世）
九破器中（二）
初引經（有）二斥世同邪（世）
十破指處（二）
初引經（有）二斥世同邪（世）
次總斥無常（佛）
三釋邪正（故）四結復宗
三結斥（三）
初斥同邪計（世）二斥同迦葉（云）三斥謬斅習（世）
次結斥（此）
二教之權實
二泛示諸文
次依現未直立圓融
二釋智論無情法性三釋三因種徧四釋屢聞別見五酬四教判情性
二仍約三千顯具攝
三流通
次教之權實（二）
初正示權實（三）
初帶權（況）二說實（若頓）三釋帶權意（欲）
次泛示諸文（二）
初佛性進否（三）
初通標（故涅）二別列（四）
初報應佛性（三）
初引經（如）二試質野客（子）三預防轉計（二）
初難主有果性（二）
初以果德難因性（若）次以因性難果德（又）
次難但有法性（若）
二四句辨性（二）
初引文（又復）次難不了（子云）
三五味難性（二）
初引經（又）次難不了（何）
四道品見性（二）
初引經（又）次難不了（為）
三總斥（故子）
次教之權實（二）
初客難（客）次主答（三）
初通示涅槃權實意（二）
初為未熟用權蘇息（四）
初機劣未堪（余）二緣了不徧（涅）三三因俱局（若）四結用權意（所）
次防末代權實竝明（三）
初却示一代顯頓（又）二示大經帶權（涅）三斥客權實俱迷（若）
二別示涅槃權實文（二）
初客問（客曰）次主答（二）
初通答（余曰）二別答（五）
初權實并明（如）二一向權（若）三一向實（若）四泛例權實（他）五終舉實文斥他（如云）
三結斥（此世人下）
次依現未直立圓融（十）
初明二經顯實（二）
初法華顯實（如二）次涅槃顯實（故涅）
二令依二經破立（今搜）三斥他不曉教義（他不）四斥他反自疑心（信）五示生佛一體（故）六曉諭無差之旨（以）七結斥不知權實進否（故）八重示立論所以（余）九重約大小判斥十結斥勸信（二）
一約法（故子）二約喻（二）
初事理相對（五）
初立喻（是）二合法（雖）三約法斥他（若）四直示法體（故）五以事理結（此）
次事理各論（三）
初喻（二）
初唯理（若唯）二唯迷（若唯）
二約有情略合（情）三以無情例合（無）
二釋智論無情法性（二）
初客難（於是）次主答（四）
初斥世謬傳（余）二泛通其義（汛）三客反徵（客曰）四廣徵各（五）
初客斥（余曰）二約佛即法徵（理）三佛法相須徵（不）四以即否定大小（是）五廣以異名難客（五）
初總真定如法性（故）二難真如（若）三難法性（二）
初牒計（若）次引經難（四）
初證有報佛性（何）二證有應佛性（又）三證有法佛性（又）四誡勸免迷（請）
四正示名體同異（二）
初名異體同（二）
初體同（二）
初囗囗囗囗囗囗（二）
初正釋（故）次引證（故佛）
次法性與真如同（三）
初引文示義（華）二例餘名（所）三結斥（故）
二義異（二）
初廣明義異（二）
初泛約三類明異（然）次別示從因所以（所）
次的示涅槃佛性（二）
初徧名之意（二）
初正明經義（涅）次斥世不了（世）
次性徧所由（三）
初由煩惱心（又）二由生死色（子）三結由心色一如（何）
次名同體異（三）
初結前生後（故）二引示名同（故）三勉釋舊疑（子）
五總示世失（三）
初牒計（故）二斥失（則）三觀生新解（子）
三釋三因種徧（二）
初客難（切）次主客（五）
初原他不决之由（余）二定今開導之法（余）三主問攻通（二）
初攻解（八）
初約佛性（問）二約無常（問）三約唯心（問）四約眾生（問）五約佛土（問）六約果成（問）七約真如（問）八約譬喻（問）
次攻行（問行）
四示立問之意（二）
初略示（如）次委示（二）
初客問（客）次主答（四）
初示問意該攝（余）二約對鈍根（為）三及對六即（及）四復示互融（應）
五客述信解（三）
初五番徃復領大教之旨（五）
第一番（二）
初客述（客曰）次主徵（余曰）
第二番（二）
初客述（客）次主徵（余）
第三番（二）
初客述（客）次主徵（余）
第四番（二）
初客述（客）次主徵（余）
第五番（二）
初客述（四）
初領二無差別（客）二領諸教大旨（世）三領果德之意（了）四領佛現之由（應）
次主印證（余）
二二番徃復審修證之法（二）
第一番（二）
初客問（客）次主答（余）
第二番（二）
初客問（客）次主答（余）
三客重仰慕誓為仗託（客曰善哉）
四釋屢聞別見（二）
初客疑次主釋（二）
初推原諸師過由（二）
初約法斥（四）
初不知大小（余）二亡佛圓宗（亡）三傳習之謬（謬）四不曉出沒（專）
次約喻斥（如）
次令反問諸師（忽）
五終酬四教判情性（四）
初客問（客）二主却（余）三客并問（客）四主許示（二）
初許（余）次示（三）
初以偏圓判情性（二）
初判偏教伹云無情（何）次明圓人心外無境（圓）
二以造等釋偏圓義（三）
初迭論通局（言）二以徧釋具（以）三總結通局（所）
三以偏圓結造等相（二）
初歷教揀造（故）二對揀反具（論）
二仍約三千顯具攝（五）
初依方便品（三）
初三千體量（二）
初客問（客）二主答（余）
二三千所出（二）
初客問（客）二主答（余）
三三千名相（二）
初客問（客）二主答（余）
二明通亘二部（是故）三結唯在法花（由前）四示為諸法本（當知）五勉勸修進（子得）
三流通分（四）
初客請（於是）二主答（二）
初汛示佛經方軌（二）
初知根（余）次不知根（然）
次正喻今文流通（四）
初勉護順（子應）二正示方軌（五）
初為未稟者（二）
初為開解（六）
初示種性（若）二示體量（既）三示體德（既）四破伹清淨性（若）五破但正因性（若）六總結種等（今）
次令修行（既）
二為巳稟者（若巳）三為散心者（散）四為觀心者（一）五為憚教者（若）
三證令謙喻（故）四勸信流通（余今）
維時延寶龍飛己未以明藏科本謄寫焉沙門慧湛
